Bisulfite sequencing (original) (raw)

dbo:abstract

Die Bisulfit-Sequenzierung ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von DNA-Methylierungen im Rahmen epigenetischer Untersuchungen durch Reaktion mit Bisulfit. Die Bisulfit-Sequenzierung besteht aus einer Bisulfit-Konversion meistens in Kombination mit einer DNA-Sequenzierung. (de)
Bisulfite sequencing (also known as bisulphite sequencing) is the use of bisulfite treatment of DNA before routine sequencing to determine the pattern of methylation. DNA methylation was the first discovered epigenetic mark, and remains the most studied. In animals it predominantly involves the addition of a methyl group to the carbon-5 position of cytosine residues of the dinucleotide CpG, and is implicated in repression of transcriptional activity. Treatment of DNA with bisulfite converts cytosine residues to uracil, but leaves 5-methylcytosine residues unaffected. Therefore, DNA that has been treated with bisulfite retains only methylated cytosines. Thus, bisulfite treatment introduces specific changes in the DNA sequence that depend on the methylation status of individual cytosine residues, yielding single-nucleotide resolution information about the methylation status of a segment of DNA. Various analyses can be performed on the altered sequence to retrieve this information. The objective of this analysis is therefore reduced to differentiating between single nucleotide polymorphisms (cytosines and thymidine) resulting from bisulfite conversion (Figure 1). (en)
La secuenciación por bisulfito es el tratamiento del ADN con bisulfito previo a una secuenciación con el fin de determinar el patrón de metilación de la muestra. La metilación del ADN fue la primera marca epigenética descubierta y es la más estudiada. En animales se basa en la adición de un grupo metilo al carbono 5 de los residuos de citosina en los dinucleótidos CpG. Estas marcas epigenéticas están implicadas en la represión de la actividad transcripcional. El tratamiento del ADN con bisulfito convierte los residuos de citosina a uracilo pero no afecta a los residuos de 5-metilcitosina. Por lo tanto, el ADN tratado con bisulfito solo mantiene las citosinas metiladas, mostrando información acerca del estado de metilación de un segmento de ADN a nivel de nucleótido. Para recopilar esta información pueden realizarse distintos análisis sobre la muestra alterada, el objetivo de estas pruebas es localizar polimorfismos puntuales causados por la conversión producida por el bisulfito. (es)
亚硫酸盐定序（英语：bisulfite sequencing）是一种利用亚硫酸盐处理，测定DNA甲基化情形的方法。DNA甲基化是最早被发现的表观遗传标记，也是被研究最为深入的表观遗传改变。原理在于亚硫酸盐可使DNA上的胞嘧啶（C）转变为尿嘧啶（U），同时已受甲基化的5-甲基胞嘧啶則不受影响。如此一來，就可以使实验者得知DNA序列上甲基化的情形(Figure 2)。对动物而言，DNA甲基化主要是指对CpG位点中胞嘧啶的五号碳上增加一个甲基的过程。DNA位点的甲基化可能对该基因的转录活性起到抑制作用。使用亚硫酸盐处理DNA会将胞嘧啶残基转化成尿嘧啶，但被甲基化的胞嘧啶残基则不受影响；因此，被亚硫酸鹽处理后的DNA片段只保留甲基化的胞嘧啶。基于此原理，亚硫酸盐能在单个核苷酸水平上揭示DNA的甲基化情况。有多种检测方法可以实现对亚硫酸盐处理后DNA序列的分析，分析的实际问题就是亚硫酸盐使碱基从C到U最终到T造成的区别（Figure 1）。 (zh)
Бисульфи́тное секвени́рование — общее название группы методов, направленных на изучение паттерна метилирования ДНК посредством обработки её бисульфитом. Метилирование — первое открытое эпигенетическое маркирование. Оно влияет на уровень экспрессии генов, подавляя транскрипционную активность. Кроме того, во многих случаях метилирование наследуемо, что придает дополнительный интерес его исследованию. Бисульфит действует на одноцепочечную ДНК, превращая цитозин в урацил. Если же этот цитозин метилирован, то есть к его пятому атому углерода присоединена метильная группа, то такой цитозин не подвергается превращению. Таким образом, бисульфит изменяет последовательность ДНК в зависимости от её паттерна метилирования, и после его воздействия можно установить, какие CpG-динуклеотиды были метилированы, сравнив измененную последовательность с исходной. (ru)

rdfs:comment

Die Bisulfit-Sequenzierung ist eine biochemische Methode zur Bestimmung von DNA-Methylierungen im Rahmen epigenetischer Untersuchungen durch Reaktion mit Bisulfit. Die Bisulfit-Sequenzierung besteht aus einer Bisulfit-Konversion meistens in Kombination mit einer DNA-Sequenzierung. (de)
亚硫酸盐定序（英语：bisulfite sequencing）是一种利用亚硫酸盐处理，测定DNA甲基化情形的方法。DNA甲基化是最早被发现的表观遗传标记，也是被研究最为深入的表观遗传改变。原理在于亚硫酸盐可使DNA上的胞嘧啶（C）转变为尿嘧啶（U），同时已受甲基化的5-甲基胞嘧啶則不受影响。如此一來，就可以使实验者得知DNA序列上甲基化的情形(Figure 2)。对动物而言，DNA甲基化主要是指对CpG位点中胞嘧啶的五号碳上增加一个甲基的过程。DNA位点的甲基化可能对该基因的转录活性起到抑制作用。使用亚硫酸盐处理DNA会将胞嘧啶残基转化成尿嘧啶，但被甲基化的胞嘧啶残基则不受影响；因此，被亚硫酸鹽处理后的DNA片段只保留甲基化的胞嘧啶。基于此原理，亚硫酸盐能在单个核苷酸水平上揭示DNA的甲基化情况。有多种检测方法可以实现对亚硫酸盐处理后DNA序列的分析，分析的实际问题就是亚硫酸盐使碱基从C到U最终到T造成的区别（Figure 1）。 (zh)
Bisulfite sequencing (also known as bisulphite sequencing) is the use of bisulfite treatment of DNA before routine sequencing to determine the pattern of methylation. DNA methylation was the first discovered epigenetic mark, and remains the most studied. In animals it predominantly involves the addition of a methyl group to the carbon-5 position of cytosine residues of the dinucleotide CpG, and is implicated in repression of transcriptional activity. (en)
La secuenciación por bisulfito es el tratamiento del ADN con bisulfito previo a una secuenciación con el fin de determinar el patrón de metilación de la muestra. La metilación del ADN fue la primera marca epigenética descubierta y es la más estudiada. En animales se basa en la adición de un grupo metilo al carbono 5 de los residuos de citosina en los dinucleótidos CpG. Estas marcas epigenéticas están implicadas en la represión de la actividad transcripcional. (es)
Бисульфи́тное секвени́рование — общее название группы методов, направленных на изучение паттерна метилирования ДНК посредством обработки её бисульфитом. Метилирование — первое открытое эпигенетическое маркирование. Оно влияет на уровень экспрессии генов, подавляя транскрипционную активность. Кроме того, во многих случаях метилирование наследуемо, что придает дополнительный интерес его исследованию. (ru)