Isobaric labeling (original) (raw)
La marcatura isobarica è una strategia di quantificazione proteica che sfrutta l'uso di uno spettrometro di massa. È stata inventata dal Prof. Dr. Darryl Pappin, il cui lavoro è stato, poi, commercializzato, da Applied Biosystems col nome di iTRAQ. I peptidi o le proteine vengono marcate con vari gruppi chimici accomunati dall'essere isobari, ovvero dotati della medesima massa complessiva. Tuttavia una frammentazione condotta attraverso una spettrometria di massa tandem permette l'insorgenza di ioni provvisti di masse differenti che fungono da indicatori.
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| dbo:abstract | Isobaric labeling is a mass spectrometry strategy used in quantitative proteomics. Peptides or proteins are labeled with chemical groups that have (at least nominally) identical mass (isobaric), but vary in terms of distribution of heavy isotopes in their structure. These tags, commonly referred to as tandem mass tags, are designed so that the mass tag is cleaved at a specific linker region upon high-energy CID (HCD) during tandem mass spectrometry yielding reporter ions of different masses. The most common isobaric tags are amine-reactive tags. However, tags that react with cysteine residues and carbonyl groups have also been described. These amine-reactive groups go through N-hydroxysuccinimide (NHS) reactions, which are based around three types of functional groups. Isobaric labeling methods include tandem mass tags (TMT), isobaric tags for relative and absolute quantification (iTRAQ), mass differential tags for absolute and relative quantification, and dimethyl labeling. TMTs and iTRAQ methods are most common and developed of these methods. Tandem mass tags have a mass reporter region, a cleavable linker region, a mass normalization region, and a protein reactive group and have the same total mass. (en) La marcatura isobarica è una strategia di quantificazione proteica che sfrutta l'uso di uno spettrometro di massa. È stata inventata dal Prof. Dr. Darryl Pappin, il cui lavoro è stato, poi, commercializzato, da Applied Biosystems col nome di iTRAQ. I peptidi o le proteine vengono marcate con vari gruppi chimici accomunati dall'essere isobari, ovvero dotati della medesima massa complessiva. Tuttavia una frammentazione condotta attraverso una spettrometria di massa tandem permette l'insorgenza di ioni provvisti di masse differenti che fungono da indicatori. (it) Marcação isobárica é uma estratégia de espectrometria de massa usada em . Peptídeos ou proteínas são marcados com vários grupos químicos que são (pelo menos nominalmente) de massas idênticas (isobáricos), mas variam em termos de distribuição de isótopos pesados em torno de sua estrutura. Essas marcações, comumente chamadas de marcações de massa em tandem, são projetadas para que a marcação de massa seja clivada em uma região de ligação específica em alta energia (na literatura em inglês abreviada como CID, de collision-induced dissociation), incluindo a técnica HCD (higher-energy collisional dissociation, dissociação colisional de alta energia) durante espectrometria de massa em tandem produzindo íons repórteres de diferentes massas. Os marcadores isobáricos mais comuns são os reativos à amina. No entanto, tags que reagem com resíduos de cisteína e grupos carbonila também tem sido descritas. Esses grupos reativos à amina passam por reações de N-hidroxisuccinimida (NHS), que se baseiam em três tipos de grupos funcionais. Os métodos de marcação isobárica incluem (TMT, tandem mass tag), (iTRAQ, isobaric tag for relative and absolute quantitation), marcações de massa diferenciais para quantificação absoluta e relativa e marcação de dimetila. Métodos TMTs iTRAQ são os mais comuns e desenvolvidos desses métodos. Marcações de massa em tandem tem uma região de registro de massa, uma região ligante clivável, uma região de normalização de massa e um grupo reativo de proteínas, e tem a mesma massa total. (pt) |
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