Photo-reactive amino acid analog (original) (raw)
نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً هي مجموعة من النظائر الاصطناعية من الأحماض الأمينية الطبيعية التي يمكن استخدامها لربط مركبات البروتين. ويمكن دمج نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً مع البروتينات والببتيدات في الجسم الحي أو في المختبر. وتتمثل نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً شائعة الاستخدام في نظائر الديازيرين الفعّالة ضوئياً واللوسين والميثيونين وبي-بينزويلافينيلانين. وعند التعرّض إلى الأشعة فوق البنفسجية، يتم تنشيط هذه النظائر وربطها بشكلٍ تساهمي للتفاعل مع البروتينات التي تدخل في نطاق عددٍ قليل من وحدات الأنغستروم الخاصة بنظير الحمض الأميني الفعّال ضوئياً.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Un aminoàcid anàleg fotoreactiu és un tipus d'aminoàcid artificial, anàleg als naturals, que pot ésser incorporat a proteïnes i pèptids amb la principal finalitat de detectar interaccions entre diverses proteïnes. Aquestes interaccions entre proteïnes són de vital importància per als processos cel·lulars (metabolisme, comunicació...) que es desenvolupen a l'interior dels organismes vius. Des de l'era genòmica va sorgir la important necessitat de saber quines són les organitzacions i xarxes proteiques que controlen les funcions cel·lulars, i són molts els estudis que han demostrat que la major part de les proteïnes funcionen com a complexos: interaccionant entre elles -reticulació- i no pas com a unitats individuals i separades. Uns exemples d'aquests aminoàcids fotoreactius són: la fotometionina -amb fórmula molecular C6H11N3O2- que deriva de la metionina (C5H11NO2S), o la fotoleucina (C5H9N3O2) que deriva de la leucina (C6H13NO2). Per tant, detectar aquestes interaccions i relacions entre les proteïnes serà molt important; no només per la investigació bàsica sinó també pel desenvolupament de tractaments i fàrmacs. (ca) نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً هي مجموعة من النظائر الاصطناعية من الأحماض الأمينية الطبيعية التي يمكن استخدامها لربط مركبات البروتين. ويمكن دمج نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً مع البروتينات والببتيدات في الجسم الحي أو في المختبر. وتتمثل نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً شائعة الاستخدام في نظائر الديازيرين الفعّالة ضوئياً واللوسين والميثيونين وبي-بينزويلافينيلانين. وعند التعرّض إلى الأشعة فوق البنفسجية، يتم تنشيط هذه النظائر وربطها بشكلٍ تساهمي للتفاعل مع البروتينات التي تدخل في نطاق عددٍ قليل من وحدات الأنغستروم الخاصة بنظير الحمض الأميني الفعّال ضوئياً. وتُعد نظائر اللوسين-الضوئية L (L-Photo-Leucine) ونظائر الميثيونين-الضوئية-L (L-Photo-Methionine) نظائر الأحماض الأمينية المتمثلة في اللوسين-L والميثيونين-L والتي تظهر بشكلٍ طبيعي، ويتم إدراجها في التسلسل الرئيس للبروتينات خلال التركيب باستخدام آليات الانتقال العادية. ويتم بعد ذلك تنشيطها باستخدام الأشعة فوق البنفسجية لربط البروتينات بشكلٍ تساهمي في نطاقات تفاعل البروتين-البروتين في بيئتها الأصلية الحيوية. وتساعد الطريقة في تحديد خصائص كلٍ من تفاعلات البروتين الثابتة والعابرة في الخلايا بدون إضافة روابط كيميائية ومذيبات مرتبطة بها، والتي يمكن أن تؤثر سلبًا على البيولوجيا الخلوية قيد الدراسة في التجربة. وعندما يتم استخدامها في تركيبةٍ محدودة الوسائط وتخلو من اللوسين والميثيونين، يتم التعامل مع المشتقات الفعّالة ضوئياً كما لو كانت أحماض أمينية تحدث بشكل طبيعي من خلال آلية تخليق البروتين الخلوي. وكنتيجةٍ لذلك، يمكنها أن تكون بديلاً للوسين أو الميثيونين في الهيكل الأساسي للبروتينات. وتحتوي مشتقات اللوسين الضوئي والميثيونين الضوئي على حلقات الديازيرين التي يتم تنشيطها عند التعرض للأشعة فوق البنفسجية لتصبح الوسيطة التفاعلية التي تشكل روابط تساهمية مع السلاسل والدعامات الجانبية البروتينية المجاورة. ويمكن بطبيعة الحال محاصرة البروتينات المتفاعلة داخل الخليّة على الفور بواسطة التنشيط الضوئي للبروتينات التي تحتوي على الديازيرين في الخلايا المزروعة. ويمكن الكشف عن مركبات البروتين المترابطة عن طريق تقليل الحركة على طريقة «إس دي إس بايج» (دودسيل كبريتات الصوديوم متعدد الأكريلاميد "SDS-PAGE") متبوعة باختبار اللطخة الغربيّة أو حجم الاستبعاد اللوني أو الترسيب متدرج الكثافة للسكروز أو قياس الطيف الكتلي. (ar) Photo-reactive amino acid analogs are artificial analogs of natural amino acids that can be used for crosslinking of protein complexes. Photo-reactive amino acid analogs may be incorporated into proteins and peptides in vivo or in vitro. Photo-reactive amino acid analogs in common use are photoreactive diazirine analogs to leucine and methionine, and para-benzoylphenylalanine. Upon exposure to ultraviolet light, they are activated and covalently bind to interacting proteins that are within a few angstroms of the photo-reactive amino acid analog. L-Photo-leucine and L-photo-methionine are analogs of the naturally occurring L-leucine and L-methionine amino acids that are endogenously incorporated into the primary sequence of proteins during synthesis using the normal translation machinery. They are then ultraviolet light (UV)-activated to covalently crosslink proteins within protein–protein interaction domains in their native in-vivo environment. The method enables the determination and characterization of both stable and transient protein interactions in cells without the addition of chemical crosslinkers and associated solvents that can adversely affect the cell biology being studied in the experiment. When used in combination with limiting media that is devoid of leucine and methionine, the photo-activatable derivatives are treated like naturally occurring amino acids by the cellular protein synthesis machinery. As a result, they can be substituted for leucine or methionine in the primary structure of proteins. Photo-leucine and photo-methionine derivatives contain diazirine rings that are activated when exposed to UV light to become reactive intermediates that form covalent bonds with nearby protein side chains and backbones. Naturally interacting proteins within the cell can be instantly trapped by photoactivation of the diazirine-containing proteins in the cultured cells. Crosslinked protein complexes can be detected by decreased mobility on SDS-PAGE followed by Western blotting, size exclusion chromatography, sucrose density gradient sedimentation or mass spectrometry. (en) |
| dbo:wikiPageExternalLink | http://www.genengnews.com/articles/chitem.aspx%3Faid=2427 |
| dbo:wikiPageID | 14136041 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 4057 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1094396066 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Ultraviolet_light dbr:Mass_spectrometry dbr:Protein–protein_interaction dbc:Biotechnology dbr:Covalent_bonds dbr:Protein_synthesis dbr:Angstrom dbr:Leucine dbr:Sucrose dbc:Proteomics dbr:Cell_biology dbc:Biochemistry_methods dbc:Protein–protein_interaction_assays dbr:L-Photo-leucine dbr:L-Photo-methionine dbr:Diazirine dbr:Methionine dbr:Western_blot dbr:Photochemistry dbr:Size_exclusion_chromatography dbr:Photoactivation |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Doi dbt:Reflist |
| dcterms:subject | dbc:Biotechnology dbc:Proteomics dbc:Biochemistry_methods dbc:Protein–protein_interaction_assays |
| gold:hypernym | dbr:Analogs |
| rdf:type | dbo:ChemicalSubstance yago:WikicatBiochemistryMethods yago:Ability105616246 yago:Abstraction100002137 yago:Appraisal105733583 yago:Assay105738625 yago:BasicCognitiveProcess105701944 yago:Classification105732756 yago:Cognition100023271 yago:Know-how105616786 yago:Method105660268 yago:Process105701363 yago:PsychologicalFeature100023100 yago:WikicatProtein–proteinInteractionAssays |
| rdfs:comment | نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً هي مجموعة من النظائر الاصطناعية من الأحماض الأمينية الطبيعية التي يمكن استخدامها لربط مركبات البروتين. ويمكن دمج نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً مع البروتينات والببتيدات في الجسم الحي أو في المختبر. وتتمثل نظائر الأحماض الأمينية الفعّالة ضوئياً شائعة الاستخدام في نظائر الديازيرين الفعّالة ضوئياً واللوسين والميثيونين وبي-بينزويلافينيلانين. وعند التعرّض إلى الأشعة فوق البنفسجية، يتم تنشيط هذه النظائر وربطها بشكلٍ تساهمي للتفاعل مع البروتينات التي تدخل في نطاق عددٍ قليل من وحدات الأنغستروم الخاصة بنظير الحمض الأميني الفعّال ضوئياً. (ar) Un aminoàcid anàleg fotoreactiu és un tipus d'aminoàcid artificial, anàleg als naturals, que pot ésser incorporat a proteïnes i pèptids amb la principal finalitat de detectar interaccions entre diverses proteïnes. Uns exemples d'aquests aminoàcids fotoreactius són: la fotometionina -amb fórmula molecular C6H11N3O2- que deriva de la metionina (C5H11NO2S), o la fotoleucina (C5H9N3O2) que deriva de la leucina (C6H13NO2). (ca) Photo-reactive amino acid analogs are artificial analogs of natural amino acids that can be used for crosslinking of protein complexes. Photo-reactive amino acid analogs may be incorporated into proteins and peptides in vivo or in vitro. Photo-reactive amino acid analogs in common use are photoreactive diazirine analogs to leucine and methionine, and para-benzoylphenylalanine. Upon exposure to ultraviolet light, they are activated and covalently bind to interacting proteins that are within a few angstroms of the photo-reactive amino acid analog. (en) |
| rdfs:label | نظائر الأحماض الأمينية الفعالة ضوئيا (ar) Aminoàcid anàleg fotoreactiu (ca) Photo-reactive amino acid analog (en) |
| owl:sameAs | freebase:Photo-reactive amino acid analog yago-res:Photo-reactive amino acid analog wikidata:Photo-reactive amino acid analog dbpedia-ar:Photo-reactive amino acid analog dbpedia-ca:Photo-reactive amino acid analog https://global.dbpedia.org/id/4tfMA |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Photo-reactive_amino_acid_analog?oldid=1094396066&ns=0 |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Photo-reactive_amino_acid_analog |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:Photo-methionine dbr:Photo_amino_acid dbr:Photoreactive_amino_acid |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Methods_to_investigate_protein–protein_interactions dbr:Cross-link dbr:Tandem_affinity_purification dbr:Amino_acid dbr:L-Photo-leucine dbr:Methionine dbr:Photo-methionine dbr:Photo_amino_acid dbr:Photoreactive_amino_acid |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Photo-reactive_amino_acid_analog |