Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (original) (raw)
Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) adalah sebuah alat perangkat lunak yang dikembangkan oleh para anggota laboratorium , dengan aplikasi web terkait yang dikembangkan oleh di . Tujuannya adalah untuk mengimplementasikan nomenklatur dinamis (dikenal sebagai nomenklatur PANGO) untuk mengklasifikasikan garis keturunan genetik dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19.
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN, denominació artificiosa que traduïda literalment seria «assignació filogenètica de llinatges de brots globals anomenats», i de forma més ajustada al que significa hauria de ser «denominació filogenètica de llinatges per al SARS-CoV-2». PANGOLIN és un programari desenvolupat per membres del Rambaut Lab, i l'aplicació web associada és desenvolupat pel Centre for Genomic Pathogen Surveillance a (Anglaterra). El seu propòsit és implementar una nomenclatura dinàmica dels del SARS-CoV-2 (el virus que causa la COVID-19), coneguda com la nomenclatura Pango. Permet a un usuari assignar a una mostra de SARS-CoV-2 a un llinatge Pango comparant la seqüència del genoma de la mostra amb altres seqüències de genoma, i assigna el llinatge més probable (llinatge Pango) a les seqüències de consulta SARS-CoV-2. Tal com es descriu a i cols. (2020), un llinatge Pango es descriu com un cúmul de seqüències associades a un esdeveniment epidemiològic, per exemple, la introducció del virus en una àrea geogràfica diferent amb evidències de propagació posterior. Els llinatges estan dissenyats per capturar la vora emergent de la pandèmia i tenen una resolució de gra fi adequada per a la vigilància epidemiològica genòmica i la investigació dels brots. (ca) La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (en español, Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados) (PANGOLIN por sus siglas) es una herramienta de software desarrollada por miembros del laboratorio de Andrew Rambaut, con una aplicación web asociada desarrollada por el Centro de vigilancia de patógenos genómicos en South Cambridgeshire. Su propósito es implementar una nomenclatura dinámica (conocida como nomenclatura PANGO) para clasificar los linajes genéticos del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19. Un usuario con una secuencia completa del genoma de una muestra de SARS-CoV-2 puede usar la herramienta para enviar esa secuencia, que luego se compara con otras secuencias del genoma y se le asigna el linaje más probable (linaje PANGO). Son posibles ejecuciones únicas o múltiples, y la herramienta puede devolver más información sobre el historial conocido del linaje asignado. Además, interactúa con Microreact, para mostrar una secuencia de tiempo de la ubicación de los informes de muestras secuenciadas del mismo linaje.Esta última característica se basa en genomas disponibles públicamente obtenidos del COVID-19 Genomics UK Consortium y de los presentados a GISAID. Lleva el nombre del pangolín. (es) The Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) is a software tool developed by Dr. Áine O'Toole and members of the Andrew Rambaut laboratory, with an associated web application developed by the Centre for Genomic Pathogen Surveillance in South Cambridgeshire. Its purpose is to implement a dynamic nomenclature (known as the PANGO nomenclature) to classify genetic lineages for SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19. A user with a full genome sequence of a sample of SARS-CoV-2 can use the tool to submit that sequence, which is then compared with other genome sequences, and assigned the most likely lineage (PANGO lineage). Single or multiple runs are possible, and the tool can return further information regarding the known history of the assigned lineage. Additionally, it interfaces with Microreact, to show a time sequence of the location of reports of sequenced samples of the same lineage. This latter feature draws on publicly available genomes obtained from the COVID-19 Genomics UK Consortium and from those submitted to GISAID. It is named after the pangolin. (en) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) adalah sebuah alat perangkat lunak yang dikembangkan oleh para anggota laboratorium , dengan aplikasi web terkait yang dikembangkan oleh di . Tujuannya adalah untuk mengimplementasikan nomenklatur dinamis (dikenal sebagai nomenklatur PANGO) untuk mengklasifikasikan garis keturunan genetik dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. (in) Lignées Pango ou Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées (PANGOLIN) est un outil logiciel développé par les membres du laboratoire Rambaut, et l'application Web associée. Son objectif est de mettre en œuvre la nomenclature dynamique des lignées SARS-CoV-2, connue sous le nom de nomenclature Pango. Un utilisateur avec une séquence génomique complète d'un échantillon de SARS-CoV-2 peut utiliser l'outil pour soumettre cette séquence, qui est ensuite comparée à d'autres séquences génomiques, et assignée à la lignée la plus probable (Lignées Pango). (fr) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) är ett mjukvaruprogram som utvecklats av medlemmar från consortium. Programmet använder sekvenser från helgenomsekvensering av patientprover med viruset sars-cov-2 för att sortera in de olika virusen i "släktträd", samt namnge olika grenar av det. Förkortningen pangolin betyder på engelska myrkotte, vilket är ett av de djur som misstänkts ha varit värd för sars-cov-2 innan viruset kom till människan. Programmet har alltså namngivits för att ge en lämplig förkortning. (sv) Atribuição filogenética de linhagens de surto globais nomeadas (em inglês: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages, sigla: pangolin) é uma ferramenta de software desenvolvida por membros do Rambaut Lab, e o aplicativo da web associado é desenvolvido pelo Centro de Vigilância de Patógenos Genómicos em South Cambridgeshire . O seu objectivo é implementar a nomenclatura dinâmica de linhagens SARS-CoV-2, conhecida como nomenclatura Pango. Ela permite que um utilizador atribua uma amostra de SARS-CoV-2 (o vírus que causa COVID-19 ) a uma linhagem Pango, comparando a sequência do genoma da amostra com outras sequências genómicas, e atribui a linhagem mais provável (linhagem Pango) para sequências de consulta SARS-CoV-2. Conforme descrito em Andrew Rambaut et al. (2020), uma linhagem Pango é descrita como um agrupamento de sequências associadas a um evento epidemiológico, por exemplo, uma introdução do vírus numa área geográfica distinta com evidência de disseminação progressiva. (pt) PANGOLIN（Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages，中文又翻譯為彭高命名系統）是一个由Rambaut Lab成员开发的软件工具，與其相关的网络应用由位於英國南劍橋郡的开发。該工具可以被用來對严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2的進行动态命名（PANGO命名法）。 據此命名系統的發起人之一Andrew Rambaut所說，SARS-CoV-2有數以萬計的基因體，該基因體數量可是前所未見的，由於截至2020年7月還沒有共識去為SARS-CoV-2種系命名，因此就訂出這個Pango Lineage系統來為基因體譜系命名。 (zh) |
| dbo:license | dbr:GNU_General_Public_License |
| dbo:programmingLanguage | dbr:Python_(programming_language) |
| dbo:releaseDate | 2020-04-30 (xsd:date) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/Pangolin_logo.svg?width=300 |
| dbo:wikiPageExternalLink | https://github.com/cov-lineages/pangolin |
| dbo:wikiPageID | 66467501 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 11343 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1107232022 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbc:Genome_databases dbr:Python_(programming_language) dbr:Variants_of_SARS-CoV-2 dbr:Conda_(package_manager) dbr:SARS-CoV-2 dbr:GISAID dbr:GNU_General_Public_License dbr:GitHub dbr:Andrew_Rambaut dbr:COVID-19 dbr:COVID-19_pandemic dbr:Centre_for_Genomic_Pathogen_Surveillance dbc:Medical_software dbr:Lineage_(genetic) dbr:Pangolin dbc:Phylogenetics_software dbr:COVID-19_Genomics_UK_Consortium dbr:Phylogenetic_tree dbr:South_Cambridgeshire dbr:Nextstrain dbr:Epidemiological_surveillance dbr:Command_line |
| dbp:date | March 2021 (en) |
| dbp:license | dbr:GNU_General_Public_License |
| dbp:logo | File:Pangolin logo.svg (en) |
| dbp:logoCaption | PANGOLIN logo (en) |
| dbp:programmingLanguage | dbr:Python_(programming_language) |
| dbp:reason | more specific details of usage instructions would be good (en) |
| dbp:released | 2020-04-30 (xsd:date) |
| dbp:repo | https://github.com/cov-lineages/pangolin |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:GitHub dbt:Citation_needed dbt:Cn dbt:Explain dbt:Infobox_software dbt:Official_website dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:Start_date_and_age dbt:Wikidata |
| dct:subject | dbc:Genome_databases dbc:Medical_software dbc:Phylogenetics_software |
| rdf:type | owl:Thing dbo:Software schema:CreativeWork dbo:Work wikidata:Q386724 wikidata:Q7397 |
| rdfs:comment | Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) adalah sebuah alat perangkat lunak yang dikembangkan oleh para anggota laboratorium , dengan aplikasi web terkait yang dikembangkan oleh di . Tujuannya adalah untuk mengimplementasikan nomenklatur dinamis (dikenal sebagai nomenklatur PANGO) untuk mengklasifikasikan garis keturunan genetik dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan Covid-19. (in) Lignées Pango ou Attribution phylogénétique des lignées d'épidémies mondiales nommées (PANGOLIN) est un outil logiciel développé par les membres du laboratoire Rambaut, et l'application Web associée. Son objectif est de mettre en œuvre la nomenclature dynamique des lignées SARS-CoV-2, connue sous le nom de nomenclature Pango. Un utilisateur avec une séquence génomique complète d'un échantillon de SARS-CoV-2 peut utiliser l'outil pour soumettre cette séquence, qui est ensuite comparée à d'autres séquences génomiques, et assignée à la lignée la plus probable (Lignées Pango). (fr) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) är ett mjukvaruprogram som utvecklats av medlemmar från consortium. Programmet använder sekvenser från helgenomsekvensering av patientprover med viruset sars-cov-2 för att sortera in de olika virusen i "släktträd", samt namnge olika grenar av det. Förkortningen pangolin betyder på engelska myrkotte, vilket är ett av de djur som misstänkts ha varit värd för sars-cov-2 innan viruset kom till människan. Programmet har alltså namngivits för att ge en lämplig förkortning. (sv) PANGOLIN（Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages，中文又翻譯為彭高命名系統）是一个由Rambaut Lab成员开发的软件工具，與其相关的网络应用由位於英國南劍橋郡的开发。該工具可以被用來對严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2的進行动态命名（PANGO命名法）。 據此命名系統的發起人之一Andrew Rambaut所說，SARS-CoV-2有數以萬計的基因體，該基因體數量可是前所未見的，由於截至2020年7月還沒有共識去為SARS-CoV-2種系命名，因此就訂出這個Pango Lineage系統來為基因體譜系命名。 (zh) La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN, denominació artificiosa que traduïda literalment seria «assignació filogenètica de llinatges de brots globals anomenats», i de forma més ajustada al que significa hauria de ser «denominació filogenètica de llinatges per al SARS-CoV-2». PANGOLIN és un programari desenvolupat per membres del Rambaut Lab, i l'aplicació web associada és desenvolupat pel Centre for Genomic Pathogen Surveillance a (Anglaterra). El seu propòsit és implementar una nomenclatura dinàmica dels del SARS-CoV-2 (el virus que causa la COVID-19), coneguda com la nomenclatura Pango. Permet a un usuari assignar a una mostra de SARS-CoV-2 a un llinatge Pango comparant la seqüència del genoma de la mostra amb altres seqüències de genoma, i assigna el ll (ca) La Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (en español, Asignación Filogenética de Linajes de Brotes Globales Nombrados) (PANGOLIN por sus siglas) es una herramienta de software desarrollada por miembros del laboratorio de Andrew Rambaut, con una aplicación web asociada desarrollada por el Centro de vigilancia de patógenos genómicos en South Cambridgeshire. Su propósito es implementar una nomenclatura dinámica (conocida como nomenclatura PANGO) para clasificar los linajes genéticos del SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19. Un usuario con una secuencia completa del genoma de una muestra de SARS-CoV-2 puede usar la herramienta para enviar esa secuencia, que luego se compara con otras secuencias del genoma y se le asigna el linaje más probable (linaje PANGO). Son p (es) The Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN) is a software tool developed by Dr. Áine O'Toole and members of the Andrew Rambaut laboratory, with an associated web application developed by the Centre for Genomic Pathogen Surveillance in South Cambridgeshire. Its purpose is to implement a dynamic nomenclature (known as the PANGO nomenclature) to classify genetic lineages for SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19. A user with a full genome sequence of a sample of SARS-CoV-2 can use the tool to submit that sequence, which is then compared with other genome sequences, and assigned the most likely lineage (PANGO lineage). Single or multiple runs are possible, and the tool can return further information regarding the known history of the assigned lineage. Addition (en) Atribuição filogenética de linhagens de surto globais nomeadas (em inglês: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages, sigla: pangolin) é uma ferramenta de software desenvolvida por membros do Rambaut Lab, e o aplicativo da web associado é desenvolvido pelo Centro de Vigilância de Patógenos Genómicos em South Cambridgeshire . O seu objectivo é implementar a nomenclatura dinâmica de linhagens SARS-CoV-2, conhecida como nomenclatura Pango. Ela permite que um utilizador atribua uma amostra de SARS-CoV-2 (o vírus que causa COVID-19 ) a uma linhagem Pango, comparando a sequência do genoma da amostra com outras sequências genómicas, e atribui a linhagem mais provável (linhagem Pango) para sequências de consulta SARS-CoV-2. (pt) |
| rdfs:label | Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (ca) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (es) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (in) Lignées Pango (fr) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (en) Atribuição Filogenética de Linhagens de Surto Globais Nomeadas (pt) Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (sv) PANGOLIN (zh) |
| owl:sameAs | wikidata:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-ca:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-da:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-es:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-fr:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-id:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-no:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-pt:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-sv:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages dbpedia-zh:Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages https://global.dbpedia.org/id/FNSdk |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_Lineages?oldid=1107232022&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/Pangolin_logo.svg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_Lineages |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:Pango_(disambiguation) |
| is dbo:wikiPageRedirects of | dbr:PANGO_Lineage dbr:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_LINeages dbr:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_LINeages_(PANGOLIN) dbr:PANGOLIN |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:Variants_of_SARS-CoV-2 dbr:SARS-CoV-2_Alpha_variant dbr:SARS-CoV-2_Gamma_variant dbr:GISAID dbr:Pango_(disambiguation) dbr:Pangolin_(disambiguation) dbr:COVID-19 dbr:COVID-19_pandemic dbr:Centre_for_Genomic_Pathogen_Surveillance dbr:List_of_COVID-19_simulation_models dbr:PANGO_Lineage dbr:Pandemic_prevention dbr:SARS-CoV-2_Theta_variant dbr:COVID-19_Genomics_UK_Consortium dbr:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_LINeages dbr:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_LINeages_(PANGOLIN) dbr:SARS-CoV-2_Mu_variant dbr:Variant_of_concern dbr:SARS-CoV-2_lineage_B.1.617 dbr:PANGOLIN |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Phylogenetic_Assignment_of_Named_Global_Outbreak_Lineages |
