Rho factor (original) (raw)
ρ因子（ρ factor，或記作Rho factor）是指在细胞遗传学当中，是一种参与转录终止的原核蛋白。ρ因子与转录终止子暂停位点结合，后者是缺乏明显二级结构的富含C/贫含G的序列的开放阅读框后的单链RNA（一个有72个核苷酸的区段）的暴露区域。 ρ因子是原核生物中必需的转录蛋白。 在大肠杆菌中，它是有相同亚基的~274.6kD的六聚体。 每个亚基具有RNA结合结构域和ATP水解结构域。 ρ是ATP依赖性六聚体螺旋酶家族的成员，其通过将核酸包裹在围绕整个六聚体延伸的单个裂口周围起作用。 ρ作为RNA聚合酶的辅助因子起作用。 于1969年在大肠杆菌中发现。分子质量为2.0×105 Da。它能识别终止信号，水解各种核苷三磷酸，使得新产生的RNA从三元转录复合物中解离出来，进而停止转录。 2009年大约有200个ρ终止基因座（Rho-terminated loci）通过实验被验证。
| Property | Value |
|---|---|
| dbo:abstract | Rho (ρ faktor) je bakteriální protein s helikázovou aktivitou, který se účastní procesu ukončení (terminace) bakteriální transkripce. Tento typ ukončení transkripce se proto označuje jako rho-dependentní (závislý na rho). Je to zřejmě nejznámější . Rho je hexamerický proteinový komplex složený z šesti identických podjednotek. Váže se na právě vznikající molekuly RNA, konkrétně na oblasti bohaté na cytosin. Následně se spustí ATPázová aktivita, Rho se pohybuje podél vlákna ve směru 5'-3' a začne dohánět RNA polymerázu. Když se s ní dostane do kontaktu, RNA polymeráza se pustí vlákna a ukončí se transkripce. Díky helikázové aktivitě následně rho rozplete komplex a RNA se definitivně uvolní. U Escherichia coli je protein rho možné inhibovat pomocí antibiotika , který znemožňuje ATPázovou aktivitu proteinu rho. (cs) Der ρ-Faktor (Rho-Faktor) ist ein Protein, das in Prokaryoten die RNA-Transkription beenden kann. Es agiert als ATP-abhängige Helikase, die sich entlang neu synthetisierter RNA Richtung 3'-Ende bewegt und schließlich die RNA von der DNA ablöst und damit die RNA-Synthese beendet. In E. coli ist Rho ein ca. 275kDa schweres Hexamer aus sechs identischen Untereinheiten, von denen jede eine RNA-bindende und eine ATP-bindende Domäne aufweist. Die Untereinheiten sind um einen Hohlraum in der Mitte angeordnet, durch den der RNA-Strang hindurchläuft. Das Protein bindet an einen ungefähr 70 Nukleotide langen Bereich der neu synthetisierten, einzelsträngigen RNA, der reich an Cytosin und arm an Guanin ist. Von dort zieht sich das Enzym unter Verbrauch von ATP zur Transkriptionsblase, in der die RNA von der RNA-Polymerase synthetisiert wird. Hier wirkt es als Helikase, die den RNA-Strang von der DNA und der Polymerase trennt. Die Bindestelle, rut – rho utilization site genannt, befindet sich oberhalb des Transkriptions-Endes. Es sind verschiedene Bindestellen identifiziert worden, ohne eine Consensussequenz zu finden. Möglicherweise gibt es eine weitere, spezifische Terminationssequenz, an der die Polymerase langsamer wird, so dass sie vom Rho-Faktor eingeholt werden kann; allerdings ist die Kinetik komplex und noch nicht abschließend analysiert. (de) El factor rho son hexámeros proteicos de la familia de las helicasas. Constituyen un método de terminación de la transcripción alternativo al habitual (las secuencias de terminación palindrómicas en las que el transcrito primario se vuelve autocomplementario y se disocia de la ARN polimerasa). En zonas sin , la transcripción puede detenerse mediante proteínas rho. Estas se unen a zonas del ARN desnudo llamadas , e hidrolizan adenosín trifosfato (ATP) para generar energía que emplean para cerrar la burbuja de transcripción y expulsar el ARN. Aún no se sabe bien cómo actúan y cómo deciden en qué punto terminar la transcripción. Se empezó a sospechar que debía haber métodos alternativos de terminación a las señales de ADN cuando se comprobó que, en el laboratorio (mezclando ARN Polimerasa, ADN y ribonucleósidos trifosfato (NTPr), se obtenían transcritos de ARN más largos de lo habitual, lo que se explicó por la ausencia de estas proteínas rho. * Datos: Q307446 (es) A ρ factor (Rho factor) is a bacterial protein involved in the termination of transcription. Rho factor binds to the transcription terminator pause site, an exposed region of single stranded RNA (a stretch of 72 nucleotides) after the open reading frame at C-rich/G-poor sequences that lack obvious secondary structure. Rho factor is an essential transcription protein in bacteria. In Escherichia coli, it is a ~274.6 kD hexamer of identical subunits. Each subunit has an RNA-binding domain and an ATP-hydrolysis domain. Rho is a member of the RecA/SF5 family of ATP-dependent hexameric helicases that function by wrapping nucleic acids around a single cleft extending around the entire hexamer. Rho functions as an ancillary factor for RNA polymerase. There are two types of transcriptional termination in bacteria, rho-dependent termination and intrinsic termination (also called Rho-independent termination). Rho-dependent terminators account for about half of the E. coli factor-dependent terminators. Other termination factors discovered in E. coli include Tau and nusA. Rho-dependent terminators were first discovered in bacteriophage genomes. (en) Il Fattore Rho è una proteina procariotica coinvolta nella terminazione della trascrizione.In Escherichia coli, è un esamero di identiche subunità di ~275 kD. Ogni subunità ha un dominio di legame all'RNA ed un dominio di idrolisi dell'ATP. Rho è un membro della famiglia delle elicasi ATP dipendenti, che funziona come fattore ancillare dell'RNA polimerasi. * Struttura molecolare della proteina. La funzione chiave di Rho consiste nella sua attività di elicasi, per la quale l'energia è fornita dall'idrolisi dell'ATP. Il sito iniziale di legame è un'estesa regione a singola elica (~70 nucleotidi, qualche volta 80-100), ricca in citosina e povera in guanina, chiamato rut (Rho utilization site), a monte della reale sequenza di . Sono state trovate molte sequenze di legame per esso. Rho si lega all'RNA e usa la sua attività ATPasica per fornire l'energia necessaria per muoversi lungo l'RNA, fino al raggiungimento della regione a doppia elica RNA-DNA, dove svolge la struttura ibrida. L'RNA polimerasi si ferma alla sequenza di terminazione, perché è presente un sito chiamato Rho-sensitive pause (distante 100 nucleotidi). Una mutazione nonsenso in un gene di un operone, impedisce la traduzione dei geni successivi presenti nell'unità. Questo effetto è chiamato mutazione polare. Una causa comune è l'assenza di mRNA corrispondente alle parti distali dell'unità. Normalmente ci sono terminatori Rho-dipendenti all'interno dell'unità trascrizionale che non vengono utilizzati, perché il ribosoma impedisce a Rho di raggiungere l'RNA polimerasi. Ma una mutazione nonsenso rilascia il ribosoma, in modo che Rho è libero di attaccare e/o muoversi lungo l'RNA polimerasi, consentendo ad essa di agire sul terminatore. Come risultato, l'enzima viene rilasciato, e le regioni distali della unità di trascrizione non vengono mai trascritte. (it) De rhofactor (ρ-factor) is een eiwit dat in prokaryoten de RNA-transcriptie kan beëindigen. Het reageert als een ATP-afhankelijke helicase, die langs een nieuw gevormde RNA-streng richting het 3'-eind beweegt en ten slotte ervoor zorgt dat het RNA van het DNA loslaat. Bij Escherichia coli is de rhofactor een ca. 275 kDa zwaar hexameer dat uit zes dezelfde subeenheden bestaat, waarvan elke subeenheid een RNA-bindend en een ATP-bindend heeft. De subeenheden zijn rondom een holle ruimte gerangschikt, waar de RNA-streng doorheen gevoerd wordt. De rho-factor bindt aan de transcriptie-terminator-pauzeplaats. Deze plaats is een enkelstrengs RNA, dat 72 nucleotiden lang is en achter de open leesraam ligt. Het is een C-rijke/G-arme (cytosine-rijke/guanine-arme) sequentie zonder secundaire structuur. Vanaf deze plaats gaat het enzym onder verbruik van ATP naar de transcriptieplaats, waar het RNA door de RNA-polymerase gevormd wordt. De rhofactor werkt op deze plaats als een helicase. Daardoor wordt de vorming van de RNA-streng beëindigd. De bindingsplaats (rho utilization site) zit boven het transcriptie-eind. Er zijn verschillende bindingsplaatsen gevonden. (nl) O fator Rho é uma proteína que auxilia no evento de terminação do processo de transcrição de procariotos.Em análises obtidas de estudos em E. coli observou-se que existem, pelo menos, dois tipos de sinais de terminação em bactérias: um dependente de um fator proteico chamado ρ (rho) e a outra é independente dessa proteína . Ocorre que, cerca da metade dos sítios de terminação de E. coli não apresenta similaridade evidente e é incapaz de formar grampos fortes (característica relacionada a classe independente de ρ), o que torna necessária a participação de uma proteína conhecida como fator Rho para terminar a transcrição. O fator Rho (ρ) foi descoberto a partir de análises de transcritos in vivo, notavelmente mais curtos que os transcritos in vitro correspondentes. Essa proteína é uma helicase hexamérica pertencente a família RecA com subunidades idênticas de 419 resíduos, que aumenta a eficiência de terminação dos transcritos terminados de forma espontânea e induz a terminação de transcritos não espontaneamente terminados. (pt) ρ因子（ρ factor，或記作Rho factor）是指在细胞遗传学当中，是一种参与转录终止的原核蛋白。ρ因子与转录终止子暂停位点结合，后者是缺乏明显二级结构的富含C/贫含G的序列的开放阅读框后的单链RNA（一个有72个核苷酸的区段）的暴露区域。 ρ因子是原核生物中必需的转录蛋白。 在大肠杆菌中，它是有相同亚基的~274.6kD的六聚体。 每个亚基具有RNA结合结构域和ATP水解结构域。 ρ是ATP依赖性六聚体螺旋酶家族的成员，其通过将核酸包裹在围绕整个六聚体延伸的单个裂口周围起作用。 ρ作为RNA聚合酶的辅助因子起作用。 于1969年在大肠杆菌中发现。分子质量为2.0×105 Da。它能识别终止信号，水解各种核苷三磷酸，使得新产生的RNA从三元转录复合物中解离出来，进而停止转录。 2009年大约有200个ρ终止基因座（Rho-terminated loci）通过实验被验证。 (zh) Ро-фактор, или ρ-фактор (англ. Rho factor), — прокариотический белок, участвующий в терминации транскрипции. Ро-фактор связывается с сайтом паузы терминации транскрипции, открытой области одноцепочечной РНК (на протяжении 72 нуклеотидов) после открытой рамки считывания в GC-rich последовательностях, нуждающихся во вторичной структуре. Ро-фактор является существенным транскрипционным белком у прокариот. У кишечной палочки, это ~ 274,6 kD гексамерных идентичных субъединиц. Каждая субъединица имеет РНК-связывающий и АТФ — гидролизный домены. Ро-фактор является членом семейства АТФ-зависимых гексамерных геликаз, которые функционируют путём обертывания нуклеиновых кислот вокруг одной щели, проходя по всему гексамеру. Ро-фактор действует в качестве вспомогательного фактора РНК-полимеразы. Существуют два типа терминации транскрипции у прокариот: ро-зависимая терминация и внутренняя терминация (называемая также ро-независимая терминация). На ро-зависимые терминаторы приходится около половины терминаций Escherichia coli, зависящих от фактора терминации. Другие факторы терминации, обнаруженные у кишечной палочки включают Tau и nusA. Ро-зависимые терминаторы были впервые обнаружены в геномах бактериофагов. Ро-фактор действует на РНК-субстрате. Ключевая функция ро-фактора заключается в его геликазной активности, энергия для которой обеспечивается с помощью РНК-зависимого АТФ-гидролиза. Первичным сайтом связывания ро-фактора является расширенный одноцепочечный регион (~ 70 нуклеотидов, иногда 80—100 нуклеотидов), богатый цитозином и бедными в гуанином, называемый ро-утилизационным сайтом (rut), синтезируемым в РНК, выше фактической последовательности терминатора. Были выявлены несколько связывающих последовательностей ро-фактора. Консенсус не найден среди них, но различные последовательности, каждая по своему, так же как и небольшие мутации в последовательностях нарушает его функцию. Ро-фактор связывается с РНК, а затем использует активность его АТФазы, чтобы получить энергию для перемещения вдоль РНК, пока не достигнет спирального участка РНК-ДНК, где он ослабляет структуру гибридного дуплекса. РНК-полимераза приостанавливает терминацию последовательности, потому что есть специфичный сайт около 100 nt от сайта связывания ро-фактора, называемый ро-чувствительным сайтом паузы. Таким образом, даже при том, что РНК-полимераза приблизительно на 40 нуклеотидов в секунду быстрее, чем ро-фактор, это не создает проблем для механизма ро-терминации, так как РНК-полимераза позволяет ро-фактору сократить отставание. Короче говоря, ро-фактор действует как АТФ-зависимый ослабляющий фермент, движущийся вдоль вновь образованной молекулы РНК относительно её направленности и выделяющий её из ДНК-матрицы. Нонсенс-мутация в одном гене оперона предотвращает трансляцию последующих генов в блоке. Этот эффект называется мутационной полярностью. Распространенной причиной является отсутствие мРНК, соответствующей последующим (дистальным) частям блока. Предполагается наличие ро-зависимых терминаторов в пределах транскрипционной единицы, то есть, до терминатора, которые в данном случае и используются. Обычно эти более ранние терминаторы не используются, поскольку рибосомы предотвращают вытягивание ро-факторов из РНК-полимеразы. Но нонсенс-мутация освобождает рибосому, так что ро-фактор свободно прикрепляются и/или перемещается вдоль РНК, что позволяет ему действовать на РНК-полимеразу в качестве терминатора. В результате, фермент освобождается и дистальные участки блока транскрипции никогда не расшифровываются. (ru) |
| dbo:thumbnail | wiki-commons:Special:FilePath/PDB_1pv4_EBI.jpg?width=300 |
| dbo:wikiPageID | 495236 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageLength | 6103 (xsd:nonNegativeInteger) |
| dbo:wikiPageRevisionID | 1106991665 (xsd:integer) |
| dbo:wikiPageWikiLink | dbr:Messenger_RNA dbr:Intrinsic_termination dbr:Nonsense_mutation dbr:Open_reading_frame dbr:Operon dbr:Archaea dbr:Bacterial dbc:Bacterial_proteins dbr:Transcription_(genetics) dbr:Helicase dbr:Adenosine_triphosphate dbc:Gene_expression dbr:Cytosine dbr:Escherichia_coli dbr:Directionality_(molecular_biology) dbr:Protein dbr:Guanine dbr:Bacteriophage dbr:Hydrolysis dbr:ATPase dbc:Escherichia_coli dbr:Termination_factor dbr:RNA_polymerase dbr:Mutation_Frequency_Decline dbr:Ribosome dbr:Rho_utilisation_site |
| dbp:caption | Rho factor homohexamer (en) |
| dbp:name | Transcription termination factor Rho (en) |
| dbp:organism | E. coli (en) |
| dbp:symbol | rho (en) |
| dbp:uniprot | P0AG30 (en) |
| dbp:wikiPageUsesTemplate | dbt:Citation_needed dbt:Infobox_nonhuman_protein dbt:MeshName dbt:Reflist dbt:Short_description dbt:Transcription dbt:Transcription_factors dbt:Escherichia_coli |
| dcterms:subject | dbc:Bacterial_proteins dbc:Gene_expression dbc:Escherichia_coli |
| gold:hypernym | dbr:Protein |
| rdf:type | yago:WikicatBacterialProteins yago:Abstraction100002137 yago:Chemical114806838 yago:Compound114818238 yago:Macromolecule114944888 yago:Material114580897 yago:Matter100020827 yago:Molecule114682133 yago:OrganicCompound114727670 yago:Part113809207 yago:PhysicalEntity100001930 yago:Protein114728724 yago:Relation100031921 dbo:Protein yago:Substance100019613 yago:Thing100002452 yago:Unit109465459 |
| rdfs:comment | ρ因子（ρ factor，或記作Rho factor）是指在细胞遗传学当中，是一种参与转录终止的原核蛋白。ρ因子与转录终止子暂停位点结合，后者是缺乏明显二级结构的富含C/贫含G的序列的开放阅读框后的单链RNA（一个有72个核苷酸的区段）的暴露区域。 ρ因子是原核生物中必需的转录蛋白。 在大肠杆菌中，它是有相同亚基的~274.6kD的六聚体。 每个亚基具有RNA结合结构域和ATP水解结构域。 ρ是ATP依赖性六聚体螺旋酶家族的成员，其通过将核酸包裹在围绕整个六聚体延伸的单个裂口周围起作用。 ρ作为RNA聚合酶的辅助因子起作用。 于1969年在大肠杆菌中发现。分子质量为2.0×105 Da。它能识别终止信号，水解各种核苷三磷酸，使得新产生的RNA从三元转录复合物中解离出来，进而停止转录。 2009年大约有200个ρ终止基因座（Rho-terminated loci）通过实验被验证。 (zh) Rho (ρ faktor) je bakteriální protein s helikázovou aktivitou, který se účastní procesu ukončení (terminace) bakteriální transkripce. Tento typ ukončení transkripce se proto označuje jako rho-dependentní (závislý na rho). Je to zřejmě nejznámější . U Escherichia coli je protein rho možné inhibovat pomocí antibiotika , který znemožňuje ATPázovou aktivitu proteinu rho. (cs) Der ρ-Faktor (Rho-Faktor) ist ein Protein, das in Prokaryoten die RNA-Transkription beenden kann. Es agiert als ATP-abhängige Helikase, die sich entlang neu synthetisierter RNA Richtung 3'-Ende bewegt und schließlich die RNA von der DNA ablöst und damit die RNA-Synthese beendet. (de) El factor rho son hexámeros proteicos de la familia de las helicasas. Constituyen un método de terminación de la transcripción alternativo al habitual (las secuencias de terminación palindrómicas en las que el transcrito primario se vuelve autocomplementario y se disocia de la ARN polimerasa). * Datos: Q307446 (es) A ρ factor (Rho factor) is a bacterial protein involved in the termination of transcription. Rho factor binds to the transcription terminator pause site, an exposed region of single stranded RNA (a stretch of 72 nucleotides) after the open reading frame at C-rich/G-poor sequences that lack obvious secondary structure. (en) Il Fattore Rho è una proteina procariotica coinvolta nella terminazione della trascrizione.In Escherichia coli, è un esamero di identiche subunità di ~275 kD. Ogni subunità ha un dominio di legame all'RNA ed un dominio di idrolisi dell'ATP. Rho è un membro della famiglia delle elicasi ATP dipendenti, che funziona come fattore ancillare dell'RNA polimerasi. * Struttura molecolare della proteina. (it) De rhofactor (ρ-factor) is een eiwit dat in prokaryoten de RNA-transcriptie kan beëindigen. Het reageert als een ATP-afhankelijke helicase, die langs een nieuw gevormde RNA-streng richting het 3'-eind beweegt en ten slotte ervoor zorgt dat het RNA van het DNA loslaat. De bindingsplaats (rho utilization site) zit boven het transcriptie-eind. Er zijn verschillende bindingsplaatsen gevonden. (nl) O fator Rho é uma proteína que auxilia no evento de terminação do processo de transcrição de procariotos.Em análises obtidas de estudos em E. coli observou-se que existem, pelo menos, dois tipos de sinais de terminação em bactérias: um dependente de um fator proteico chamado ρ (rho) e a outra é independente dessa proteína . Ocorre que, cerca da metade dos sítios de terminação de E. coli não apresenta similaridade evidente e é incapaz de formar grampos fortes (característica relacionada a classe independente de ρ), o que torna necessária a participação de uma proteína conhecida como fator Rho para terminar a transcrição. (pt) Ро-фактор, или ρ-фактор (англ. Rho factor), — прокариотический белок, участвующий в терминации транскрипции. Ро-фактор связывается с сайтом паузы терминации транскрипции, открытой области одноцепочечной РНК (на протяжении 72 нуклеотидов) после открытой рамки считывания в GC-rich последовательностях, нуждающихся во вторичной структуре. Короче говоря, ро-фактор действует как АТФ-зависимый ослабляющий фермент, движущийся вдоль вновь образованной молекулы РНК относительно её направленности и выделяющий её из ДНК-матрицы. (ru) |
| rdfs:label | Rho (faktor) (cs) Rho-Faktor (de) Factor rho (es) Fattore Rho (it) Rhofactor (nl) Rho factor (en) Fator Rho (pt) Ро-фактор (ru) Ρ因子 (zh) |
| owl:sameAs | freebase:Rho factor yago-res:Rho factor wikidata:Rho factor dbpedia-cs:Rho factor dbpedia-de:Rho factor dbpedia-es:Rho factor dbpedia-it:Rho factor dbpedia-nl:Rho factor dbpedia-pt:Rho factor dbpedia-ru:Rho factor dbpedia-sh:Rho factor dbpedia-sr:Rho factor dbpedia-zh:Rho factor https://global.dbpedia.org/id/2rTJk |
| prov:wasDerivedFrom | wikipedia-en:Rho_factor?oldid=1106991665&ns=0 |
| foaf:depiction | wiki-commons:Special:FilePath/PDB_1pv4_EBI.jpg |
| foaf:isPrimaryTopicOf | wikipedia-en:Rho_factor |
| is dbo:wikiPageDisambiguates of | dbr:Rho_(disambiguation) |
| is dbo:wikiPageWikiLink of | dbr:PTPN13 dbr:Index_of_biochemistry_articles dbr:Index_of_genetics_articles dbr:Intrinsic_termination dbr:Post-transcriptional_regulation dbr:Pseudomon-Rho_RNA_motif dbr:Transcription_(biology) dbr:Helicase dbr:ATP_synthase_alpha/beta_subunits dbr:Escherichia_coli_sRNA dbr:List_of_MeSH_codes_(D12.776.930) dbr:Rho dbr:Rho_(disambiguation) dbr:Bacterial_transcription dbr:ATP_synthase dbr:Termination_factor dbr:Terminator_(genetics) dbr:RNA_polymerase dbr:Ranjan_Sen dbr:ROCK1 dbr:Transcription-translation_coupling dbr:Rho_(protein) dbr:Rho_utilisation_site |
| is foaf:primaryTopic of | wikipedia-en:Rho_factor |
