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La chromatographie sur colonne est basée sur le même principe que la chromatographie sur couche mince, sauf que la silice ne se trouve pas sur une plaque mais dans une colonne. Cette technique est très utilisée dans la purification en chimie organique. La séparation des composés est provoquée par l'écoulement continu d'un éluant passant dans la colonne par gravité ou sous l'effet d'une faible pression. Les composés sont entraînés par l’éluant à des vitesses différentes en fonction de leurs affinités avec la silice et avec l’éluant. Ce procédé permet de séparer les différents composants d’un produit mais aussi de purifier le produit d’une réaction.
