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La Δ3,5-Δ2,4-diénoyl-CoA isomérase est une isomérase qui catalyse la réaction : Δ3,5-diénoyl-CoA Δ2,4-diénoyl-CoA. Cette enzyme, qui présente des similitudes avec l'énoyl-CoA hydratase, existe sous différentes isoformes présentes dans les mitochondries et les peroxysomes. Elle intervient dans le métabolisme des acides gras polyinsaturés.