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Une liaison isopeptidique est une liaison peptidique qui se trouve dans la chaine principale de la protéine. Ce lien se forme entre les fonctions « acide carboxylique » et « groupe aminé » d'une chaine latérale (figure 1). Des liaisons isopeptidiques peuvent se créer entre l'amine de la chaine latérale de la lysine et les groupes carboxyle de la chaine latérale du glutamate ou de l'aspartate. La formation spontanée d'une liaison isopeptidique nécessite la présence d'un autre résidu, l'acide glutamique, qui catalyse la formation de liaisons induites par proximité.

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