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La médaille Helmholtz a été créée le 31 août 1891 à l'occasion du 70e anniversaire de Hermann von Helmholtz et récompense les chercheurs pour leurs réalisations exceptionnelles dans les domaines des sciences naturelles et de la technologie, de la médecine et de la théorie de la connaissance en sciences sociales. Elle a d'abord été décernée par l'Académie royale des sciences de Prusse: à partir de 1946 par l'Académie allemande des sciences de Berlin, renommée depuis 1972 Académie des sciences de la RDA. Depuis 1992, c'est à l'Académie des sciences de Berlin-Brandebourg que revient cet honneur. La médaille Helmholtz est décernée tous les deux ans à partir de 1994.