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La microbiologie alimentaire est l'étude des micro-organismes qui habitent, forment ou contaminent les aliments. Si l'étude des micro-organismes à l'origine de la détérioration des aliments est une composante essentielle de cette branche de la science agro-alimentaire, les « bonnes » bactéries, telles que les probiotiques, prennent désormais une importante croissante. Par ailleurs, les microorganismes sont absolument essentiels pour la production d'aliments tels que le fromage, le yaourt, le pain, la bière, le vin et d'autres aliments fermentés.