OrbiMol (LCT) (original) (raw)

OrbiMol v4.2

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Cette base de données est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification 3.0 France. Pour une utilisation en public ou pour une parution, merci de référencer OrbiMol de la sorte :

P. Chaquin et F. Fuster, OrbiMol, Sorbonne Université, CNRS, Laboratoire de Chimie Théorique, LCT, F. 75005 Paris, France

	Une sortie VRML est disponible pour réaliser une impression 3D d'une orbitale moléculaire. La procédure est expliquée ici.

Nous pouvons ajouter « à la demande » des molécules. Pour cela merci de contacter l’équipe OrbiMol en nous fournissant le nom et, si possible, la géométrie (xyz, coordonnées internes, …) de la molécule demandée. Pour toute demande ou problème n’hésitez pas à nous contacter.

Quelques précisions et précautions

Rappelons que les calculs sont effectués en général au niveau AM1. C’est une méthode autocohérente semi-empirique, simple mais robuste, qui ne traite explicitement que les électrons de valence (on trouvera quelques précisions à l’adresse HartreeFock.pdf, page 7). En raison des simplifications et approximations qu’elle comporte, les résultats ont un caractère essentiellement comparatif et donc non absolu notamment :

• L’énergie des orbitales occupées correspond approximativement à l’opposé de l’énergie d'ionisation. Bien que sans interprétation théorique, l'énergie de l'orbitale vacante de plus basse énergie est empiriquement corrélée à l’affinité électronique. Les énergies de l’orbitale occupée de plus haute énergie (HO, en anglais HOMO) et de l’orbitale vacante de plus basse énergie (BV, en anglais LUMO) sont des indices de nucléophilie et d’électrophilie, respectivement.
• Les charges « atomiques », qui de toute façon impliquent toujours une attribution plus ou moins arbitraire des électrons à chaque noyau (ne pas oublier qu’il n’y a pas, à proprement parler, d’atomes dans les molécules !). Les valeurs rapportées ici sont les « populations de Mulliken » (cf. ExemplesSCF.pdf, page 8).

Les calculs sont effectués pour une molécule isolée, c’est-à-dire dans le vide. Les énergies orbitalaires des ions positifs sont fortement abaissées par rapport à leur valeur en solution. C’est pourquoi nous présentons également des résultats en solution dans un solvant indiqué entre parenthèses, généralement le méthanol. Le solvant est modélisé par un continuum polarisable.

Certains ions négatifs, en particulier dans des complexes, présentent des énergies orbitalaires positives, ce qui signifierait la perte spontanée d’un ou plusieurs électrons. Ces résultats aberrants peuvent provenir d’une insuffisance du niveau de calcul, de l’absence de solvant ou de contre-ions. Nous les donnons cependant sous réserve, la structure des OM et leurs énergies relatives conservant un caractère indicatif.

Les molécules contenant des éléments non paramétrés en AM1 sont traitées au niveau Hartree-Fock avec la base STO-3G. Les complexes modèles MLn et les fragments correspondants M et Ln sont calculés par la méthode de Hückel généralisée (EHMO).

Erreurs

Depuis la mise en service du site, nous avons corrigé un certain nombre d’erreurs. Il en reste surement, n’hésitez pas à nous les signaler.

Sur les petites molécules

Selon les conventions de la théorie des groupes, l’axe d’ordre supérieur est pris comme axe z. Par exemple, dans les molécules pyramidales comme NH3 (groupe C3v) l’axe z est l’axe d’ordre 3. Dans les molécules AX2, c’est l’axe d’ordre 2 ; dans ce dernier cas cependant, la convention de placer la molécule dans le plan yz n’a pas toujours été respectée.

Pour toutes les petites molécules inorganiques, en particulier celles destinées à illustrer la méthode VSEPR, la géométrie expérimentale a été utilisée. De légères différences peuvent se manifester selon les sources.

Les molécules possédant un axe d’ordre 3 ou plus présentent des dégénérescences. Comme toute combinaison d’orbitales dégénérées est aussi une orbitale du système, le programme délivre souvent des OM présentant des mélanges px et py. Pour des raisons de clarté pédagogique, nous avons pallié cet inconvénient en fournissant des OM ne contenant que (ou pratiquement que) py ou py. Des oublis peuvent cependant subsister.

Molécules à couches incomplètes

Ces molécules présentent des électrons non appariés : les radicaux (état doublet), le dioxygène, le carbène etc. (état triplet) les fragments (voir plus loin). La méthode AM1 effectue un calcul de type UHF (Unrestricted Hartree-Fock), « sans contrainte de spin ». Cela signifie que les électrons de spin α et les électrons de spin β sont laissés « libres » de ne pas occuper deux à deux la même OM (cf. HartreeFock.pdf page 8). Il en résulte effectivement des différences (souvent faibles) dans les OM des électrons de chaque « paire » électronique. Les orbitales sont données par le programme successivement : d’abord celle des spins α, puis celles des spins β. Celles-ci ont été supprimées.

Forces orbitalaires « dynamiques »

On peut définir un type de force orbitalaire fondé sur le théorème de Koopmans. Ce théorème établit que l’énergie eide la ième orbitale occupée est égale à la différence entre l’énergie Hartree-Fock E° de la molécule neutre et celle de la molécule ayant perdu un électron de cette OM, dans l’approximation des orbitales gelées, c’est-à-dire en supposant que les OM de l’ion sont restées identiques à celle du neutre : ei = E° - E+

C’est pourquoi ei est peu différent de l’énergie d’ionisation de l’électron qui occupe cette OM. Malgré les approximations que ce résultat suppose, il bénéficie d’une heureuse compensation d’erreurs qui le rend relativement fiable, surtout pour les OM occupées de plus haute énergie (premières énergies d’ionisation).

Dans le cas des molécules diatomiques de distance internucléaire R, la dérivée de l’énergie orbitalaire par rapport à R est égale à la différence des forces s’exerçant sur les noyaux lorsqu’un électron de cette OM a été supprimé. Si le paramètre R a été optimisé dans l’entité neutre (R = Re), la dérivée de E° par rapport à R est nulle et on a donc égalité des dérivées par rapport à R de ei et de E+ (au signe prêt). Après le départ de l’électron, l’énergie du système évolue en se stabilisant (relaxation), soit par l’allongement de la liaison si e’i = dei/dR est positif, ce qui correspond au départ d’un électron liant, soit par son raccourcissement si e’i = dei/dR est négatif (électron antiliant).

On caractérise ainsi le caractère liant/antiliant local de l’OM considérée (ici les orbitales de valence et la BV). Ces forces orbitalaires peuvent être qualifiées de « dynamiques » (DOF, « dynamic orbital forces »), car elles n’apparaissent que lors du départ d’un électron. Pour les OM dégénérées et/ou les liaisons identiques par symétrie, la valeur moyenne de la DOF est affichée.

Fragments

La rubrique « fragments » permet notamment d’observer les orbitales adaptées à la symétrie de groupes Hn. Pour un traitement symétrique de tous les hydrogènes, on a placé un électron dans chacun d’entre avec des spins parallèles (multiplicité n + 1).

Diagrammes de Walsh

On trouvera dans cette rubrique quelques petites molécules dans leur géométrie d’équilibre et dans une géométrie déformée permettant d’établir des diagrammes de Walsh (cf. MoleculesAHn.pdf page 106). Ne pas oublier que la somme des énergies orbitalaires n'est pas égale à l'énergie totale dans un calcul de type Hartree-Fock.

Vibrations Moléculaires

Cette rubrique fournit les modes et les fréquences de vibration de petites molécules, calculées au niveau B3LYP avec une base 6-311+G(dp). Les paramètres géométriques, optimisés au même niveau de calcul, peuvent différer légèrement de leur valeur expérimentale. Les modes de vibrations sont sélectionnables soit par l'animation correspondante soit par l'affichage de vecteurs. Les nombres d'onde calculés sont supérieurs d'environ 5 % à la valeur expérimentale.

Pour la création d'une vidéo, nous vous conseillons d'utiliser un programme externe comme CamStudio qui permet d'enregistrer au format AVI ce qui se passe à l'écran. L'utilisateur a le choix d'enregistrer uniquement l'activité d'une zone sélectionnée (par exemple la fenêtre Jmol) ou bien celle de la totalité de l'écran Windows.

Vous pouvez trouver ici un exemple de film.

Approche topologie de la liaison chimique

Le langage des orbitales moléculaires apporte des informations fondamentales sur une molécule et permet de préciser un certain nombre d'interactions. Toutefois, ces analyses sont fractionnées, et rendent difficile toute définition de la liaison chimique. Afin de faire apparaître les liaisons et les paires libres, il est possible d'utiliser une méthode simple et visuelle.

Fonction de Localisation Electronique :

Elle est basée sur la probabilité de trouver deux électrons de spins différents en un même point de l'espace. Plus la valeur de la fonction est élevée, plus la localisation électronique est grande. Les valeurs de la fonction ELF vont de 0 à 1. La visualisation de la fonction permet de mettre en évidence à la fois les couches électroniques de coeurs des atomes (ELF proche de 1) et aussi des domaines où la localisation électronique est intermédiaire (ELF entre 0.5 et 0.9). Les maxima de la fonction sont appelés attracteurs.

La représentation de l'isosurface (surface constituée des points ayant la même valeur de la fonction) permet de voir l'espace global de localisation. L'augmentation de la valeur de ELF définissant l'isosurface (curseur cutoff) permet de faire apparaître les différents domaines de localisation appelés bassins. Un bassin contient un seul attracteur. Ces bassins peuvent être soit partagés par plusieurs coeurs d'atomes (polysynpatiques) soit par un seul coeur (monosynaptique). Dans le premier cas, le bassin caractérise une liaison chimique et dans le deuxième cas une paire libre.

Enfin, l'intégration de la densité électronique dans les volumes définis par les différents bassins permet de calculer les populations. Par exemple, le bassin de coeur du carbone sera peuplé par 2 électrons.

Une nomenclature et un code couleur ont été établis pour faciliter cette représentation : C(X), bassin de coeur,V(X) bassin monosinaptique,V(X, Y, ...) bassin polysinaptique,V(X, H) bassin disynaptique protoné.

Prenons l'exemple de la glycine :

Les électrons de cœur des atomes sont représentés par des bassins magenta. Ces électrons sont fortement localisés dans ces bassins (forte valeur de l'attracteur de la fonction ELF). Comme attendu, le fichier populations indique des peuplements de 2.1 électrons pour les carbones, les oxygènes et l'azote.
Les liaisons C-C, C-O et C-N sont représentées par les bassins disynpatiques verts. Il y a bien des liaisons chimiques (covalentes) entre ces paires d'atomes. Le fichier populations indique des peuplements de 2.18 électrons pour le bassin V(C1, C2), 2.4 pour V(C2,O2) et 1.6 pour V(C2,O1), 1.67 pour V(C1,N). On peut noter que la liaison double entre C2 et O2 n'est peuplée que de 2.4 électrons contrairement au modèle de Lewis (4 électrons : 2 électrons sigma et 2 électrons pi), nous y reviendrons. Les variations observées sont dues à la délocalisation électronique au sein de la molécule et l'électronégativité des atomes composant la glycine.
Les paires libres des oxygènes et de l'azote sont représentées par les bassins monosynpatiques orange. Les populations sont de 2.15 pour V(N), de 4.44 électrons pour V(O1) et de 5.34 électrons (2.72+2.62) pour V(O2). Les deux paires libres de O2 sont surpeuplées au détriment de la population de la liaison C2-O2. L'excès est de 1.34 (5.34-4) que l'on peut attribuer au bassin V(C2,O2) ce qui lui redonne une population de 3.74 électrons (2.4+1.34). Cette valeur est proche de la population d'une liaison double au point de vue de Lewis (4 électrons).
Les hydrogènes sont représentés par des bassins bleus. Les populations sont proches de 2 électrons sauf pour le bassin V(H3,O1) qui est de 1.7 électron. La population manquante se retrouve dans le bassin V(O1) qui a un surplus de 0.44 électron (4.44-4).

Les calculs ont été réalisés en B3LYP avec une base d'orbitales 6-31+G(d). Les calculs de la fonction ELF ont été réalisés par la suite logicielle TopMod développée dans notre laboratoire.

Pour l'enseignement de la chimie, cette approche topologique fournit un support visuel de la liaison chimique.

• liaison covalente simple C2H6 : la liaison simple C-C est caractérisée par un bassin disynaptique vert et une population de 1.81e.
• liaison covalente double C2H4 : la liaison double C-C est caractérisée par deux bassins disynaptiques verts et des populations de 1.72e (un total de 3.44e). Le nombre de bassins n'est pas corrélé à la multiplicité de la liaison, mais est dû à la symétrie locale.
• liaison covalente triple C2H2 : la liaison triple C-C est caractérisée par un bassin vert torique et une population de 5.19e. La forme de ce bassin est due à la symétrie locale.
• liaison dative H3NBH3 : pour une valeur de ELF de 0.803, on peut voir que ce bassin est connecté aux hydrogènes de NH3 tandis qu'il n'est pas connecté aux hydrogènes de BH3 (connexion effective pour une valeur de ELF de 0.377). C'est pourquoi on peut affirmer que l'azote "apporte" le bassin disynaptique vert peuplé de 1.90e (paire libre de l'azote avant formation de la liaison dative).
• liaison ionique NaCl : pas de bassin vert entre les deux atomes, mais un bassin vert sur l'atome de chlore qui partage une séparatrice avec l'atome de sodium.
• liaison hydrogène (FH)2 : pas de bassin vert entre les deux FH mais ils partagent une séparatrice. Ici pas de liaison chimique mais une interaction physique.
• liaison aromatique benzène : les bassins de liaisons sont connectés (pour ELF~0.653) ce qui explique la possibilité de délocalisation électronique.
• liaison 3 centres-4 électrons (3c-4e) FHF- : liaison hydrogène forte caractérisée par deux bassins V(F, H). La somme de la population V(F,H) et V(H) est de 2.11e. Les deux électrons manquants sont situés dans les paires libres des fluores.
• liaison 3 centres-2 électrons (3c-2e) B2H6 : les deux bores sont liés à l'hydrogène peuplé par 1.91e d'où le nom de cette liaison.
• liaison 2 centres-3 électrons (2c-3e) H2S2.- : il n'y a pas de bassin disynaptique vert entre les deux soufres. La présence du troisième électron (dans une OM anitliante) induit une perte de covalence de la liaison S-S.
• H2O : on peut faire un parallèle avec la structure de Lewis de l'eau et le dessin topologique. Deux paires libres en position tétraédrique avec les deux hydrogènes. On peut enfin "voir" la place occupée par ces paires libres et expliquer facilement les répulsions au sein de cette molécule.
• H2O2 : la liaison entre les deux oxygènes est caractérisée par la présence d'un bassin disynaptique vert contenant 0.5e. On peut noter que ce bassin se sépare du reste de la valence (ELF~0.703) aussi rapidement qu'il disparaît (ELF~0.744).

Prérequis

Installation :

OrbiMol a été développé avec l'applet Jsmol. Jsmol est la nouvelle version de Jmol sans Java.

Il suffit d'utiliser un navigateur internet qui supporte le HTML5. Penser à rafraichir la visualisation de notre site web pour avoir toutes les nouvelles options (combinaison de touches selon OS/navigateur : MAJ + F5 ou (SHIFT +) CTRL + F5 ou (SHIFT +) COMMAND + R).

Présentation de l'interface

Zoom

Pour optimiser l’affichage de l’interface pensez à utiliser le zoom du navigateur (touche Ctrl et mollette de la souris ou Ctrl et les touches + ou -).

Visualisation OrbiMol

La rubrique « Visualisation OrbiMol » permet de changer la couleur du fond de la fenêtre Jmol, les données affichées lorsque qu’on active l’affichage d’une orbitale moléculaire : le nom de la molécule, l’énergie, le numéro et l’occupation de l’OM.

Dans le cas des radicaux, la HOMO est en fait semi-occupée (SOMO). Dans les molécules à l’état triplet (ex. O2) la HOMO et la HOMO-1 sont semi-occupées. En cas de doute, la charge et la multiplicité peuvent être lues dans le fichier de résultats (rubrique " Fichier Gaussian ")

L’énergie est calculée en unité atomique (u.a. ou Hartree). Les facteurs de conversion sont :

1 hartree = 27,2114 eV = 627,5095 kcal/mol = 2 625,2550 kJ/mol
(valeurs utilisées dans Gaussian 03)

L’occupation indique si l’orbitale affichée est occupée « O » (par 1 ou 2 électrons) ou vacante « V ».

Le choix de la résolution de la fenêtre de visualisation permet d’intervenir indirectement sur la taille de la capture d’écran.

Source wikipedia

	Une sortie VRML est disponible pour réaliser une impression 3D d'une orbitale moléculaire. La procédure est expliquée ici.

Un clic droit de la souris sur la fenêtre Jmol permet d’afficher le menu " standard " Jmol. La ligne de commande permet un accès rapide aux commandes de Jmol.

Menu d’OrbiMol et recherche dans la base de données

	Menu d’OrbiMol : les molécules sont organisées par fonctions organiques, type VSEPR, ... une molécule peut faire partie de plusieurs rubriques. Ces rubriques pourront évoluer au gré des ajouts demandés par les utilisateurs de cette base de données. Depuis la version 3.1, il est possible d'effectuer une recherche dans la base de données. Vous pouvez lancer une recherche en cliquant sur " Chercher " de la barre de navigation ou sur le nombre de molécules du menu d'OrbiMol. La recherche s'effectue sur les familles, les noms ou les formules brutes des molécules.

Fichier Gaussian/fréquences/population

Quand une molécule est lue par l'interface d'OrbiMol, un lien " Fichier gaussian : " suivit du nom de la molécule apparaît dans la barre de navigation. Cela permet de lire le fichier résultat ainsi que de le sauvegarder pour le lire avec d’autres programmes (clic droit de la souris et option " enregistrer la cible sous … "). Les calculs Gaussian/fréquences sont réalisés avec le programme de chimie théorique commercial, Gaussian version 03. Les calculs ont été généralement effectués au niveau semi-empirique AM1. La géométrie a été optimisée au même niveau, sauf pour de petites molécules pour lesquelles la géométrie expérimentale a été utilisée.

Les calculs de la fonction ELF ont été réalisés par la suite logiciel TopMod développée dans notre laboratoire. Ces calculs ont été réalisés en B3LYP avec une base d'orbitales 6-31+G(d).

Atomes et liaisons

La rubrique " Atomes et Liaisons" permet de modifier les options du modèle moléculaire. Les options sont les suivantes pour la représentation boules/bâtons :

	" taille des atomes" est un curseur permettant de modifier proportionnellement le rayon atomique des atomes (par défaut 10% du rayon de Van der Waals) accompagné du bouton " VdW " pour afficher 100% du rayon de Vand der Waals, " reset " pour revenir à la valeur par défaut et d'un bouton " off " pour le mettre à zéro,
	" taille des liaisons " même chose que l’option précédente pour les liaisons,
	" couleur/texture " permet de choisir pour la couleur du modèle (cpk : couleur attribuée par élément chimique, rouge, bleu, vert, scian, b&w), accompagné de deux boutons pour afficher le modèle opaque (par défaut) ou transparent,

	" étiquettes " affiche les symboles des éléments (nomenclature de Berzelius), les symboles avec des numéros, ou les charges de Mulliken avec le choix de la taille de la fonte et une projection des charges de Mulliken sur la surface de Connolly (explications ici) avec le code couleur roygb de Jmol.
Le calcul des valeurs de la charge de Mulliken sur les points de la surface se fait par la formule : où Na est le nombre d'atomes, qi est la charge de Mulliken de l'atome i et di la distance entre l'atome i et le point de la surface.
	" axes " affiche le repère cartésien xyz,
	" perspective " affiche avec perspective (par défaut),
	" 3D " permet de passer au mode stéréoscopique (sans lunettes),
	" spin " pour une rotation infinie,
	Placement perpendiculairement aux plans " xy " ou " xy " ou " yz " et un bouton " reset " pour revenir à la position par défaut.

Orbitales Moléculaires

La rubrique " Orbitales Moléculaires " permet de choisir l’OM à visualiser ainsi que les options d’affichage. Par défaut la HOMO est affichée sauf si l'option off a été choisie :

	" numéro " permet de choisir l’O.M. par ordre d’énergie, à savoir, " n°1 " la plus basse en énergie, la " précédente " (OM-1) et la " suivante " (OM+1) dans le diagramme énergétique ou par critère d’occupation (cf. rubrique " Visualisation OrbiMol ") comme la " HOMO " (highest occupied molecular orbital) et la " LUMO " (lowest unoccupied molecular orbital).
	" diagramme des énergies orbitalaires " permet d'afficher les informations sur la molécule (formule brute et développée), sur son état électronique (charge, multiplicité de spin) et sur le diagramme énergétiques des OM. Les niveaux sont cliquables pour afficher l'isosurface de l'OM correspondante.
	" Walsh " permet d'afficher les diagrammes de Walsh.
	DOF " permet d'afficher les forces orbitalaires dynamiques.La dérivée des énergies des orbitales moléculaires par rapport à une longueur de liaison (forces orbitalaires dynamiques [DOF]) est utilisée pour estimer le caractère de liant / antiliant des MO de valence le long de cette liaison. DOF < 0 : orbitale moléculaire à fort caractère antiliant DOF = 0 : orbitale moléculaire non liante DOF > 0 : orbitale moléculaire à fort caractère liant Les flèches bleues/rouges indiquent un caractère liant/antiliant, avec une épaisseur proportionnelle au % de la DOF maximum. Pour les OM dégénérées et/ou les liaisons identiques par symétrie, la valeur moyenne de la DOF est affichée.
	" type de surface " permet de choisir la manière de représenter l'isosurface des OMs en mode grille, plein ou points. Ces trois types sont combinables. Les options sont disponibles pour modifier l'apparence des OMs mais pas des OAs (LCAO) : la résolution de l'isosurface dans les 3 modes, l'" épaisseur " des lignes et la " taille des points " des points. Attention au choix de la résolution, car cela influence directement la rapidité d’affichage de la surface
	le type " LCAO " permet d'afficher les OAs utilisées dans le calcul LCAO (rubrique " Molecular Orbital Coefficients " dans la sortie Gaussian Inc.). Les options liées à la visualisation LCAO n'apparaissent que lorsque l'option LCAO est cochée :
	" couleur " modifie les couleurs des phases positives et négatives des OMs et des OAs (s, p), accompagnées de boutons pour rendre les surfaces opaques (défaut) ou transparentes. L'option " b&w " passe toutes les surfaces (OMs, OAs) en noir et blanc. Un bouton " reset " permet de revenir aux couleurs "OrbiMol" par défaut. La palette s'affiche de cette manière :
	" cutoff OM " est un paramètre permettant d’affiche la valeur (absolue) de la fonction d’onde sur la surface d’isovaleur calculée. Une valeur élevée (0.2 ou plus) permet de voir la localisation principale de l’orbitale moléculaire. Une valeur plus faible (0.1-0.05) indique les localisations secondaires.
	" ambient " et " diffuse ", deux options, pour modifier la lumière ambiante et le rendu de la surface accompagnées de leurs boutons " reset " respectifs.

Approche topologie de la liaison chimique

La rubrique " Approche topologique " permet d'afficher la fonction de localisation électronique, fonction ELF. Pour plus d'informations sur cette fonction c'est ici.

Le fichier contenant les populations est accessible par le lien qui apparaît en haut dans la barre de navigation.

	" type de surface " permet de en mode grille, plein ou points. Ces trois types sont combinables. Les options sont disponibles pour modifier leur apparence : " face avant " pour les modes plein ou grille (pas pour le mode points) et " taille des points " pour le mode point,
	" texture " modifie la texture de l'isosurface, opaque (défaut) ou transparente.
	" étiquettes " affiche les noms des bassins C(Xi), V(Xi, Yi), V(Xi, Hi) (avec i les indices affichés dans le fichier contenant les populations), la valeur de la fonction ELF aux attracteurs et les valeurs des populations.
	" cutoff " est un paramètre permettant d’affiche l'isosurface de la valeur indiquée. Plus cette valeur est haute et plus la localisation électronique est élevée.
	" Slab " permet de couper l'isosurface. La valeur par défaut, 50, montre 50% de l'arrière de l'isosurface.
	" ambient ", " diffuse " et " specular ", trois options, pour modifier la lumière ambiante et le rendu de la surface accompagnées de leurs boutons " reset " respectif.

Groupe de symétrie

La rubrique " Groupe de symétrie " permet d'afficher les éléments de symétrie de la molécule.

Enfin, vous pouvez afficher la liste des éléments de symétrie.

Kit d'optimisation

Jmol n’affiche pas les liaisons multiples ce qui peut être regrettable pour une utilisation pédagogique d’OrbiMol. L’ajout de liaison double ou triple est possible via le kit d’optimisation.

Dans le menu Jmol (clic droit sur la fenêtre Jmol) choisir Calcul et enfin, Kit de modélisation. Choisir le type de liaison et cliquer sur la liaison à modifier.

Historique

Version 4.2

Ajout des orbitales atomiques (s,p et d) pour une visulaisation de l'approximation LCAO.

Ajout de la rubrique sur les principes actifs.

Ajout de la rubrique des colorants.

Visualisation des dérivées des énergies des orbitales moléculaires (dynamic orbital force [DOF]).

Version 4.1

Sorties MOL et WRL pour permettre une impression 3D de l'orbitale sélectionnée.

Menu OrbiMol multiniveaux.

Ajout d'informations pédagogiques et scientifiques sur les diagrammes de Walsh.

Amélioration du menu de navigation.

Choix de visualisation sauvegardés entre deux chargements.

Version 4.0

Utilisation de Jsmol (HTML5).

Ajout de la rubrique sur les colorants.

Version 3.1

Recherche dans la base de données.

Ajout de la rubrique sur les métaux de transitions.

Affichage des éléments de symétrie de la molécule.

Diagramme des énergies orbitalaires.

Ajout curseur et pour le cutoff

Version 3.0

Présentation de la liaison chimique à l'aide de l'approche topologique de la fonction de localisation électronique, ELF.

Passage au

Traduction automatique de la base de données

Nouvelle palette, avec un nuancier, disponible pour les couleurs des orbitales, du texte et du fond de Jmol.

Aide contextuelle sur les intitulés des rubriques.

Scripts php pour la gestion dynamique de la base de données

Version 2.4

Formules chimiques en HTML

Menu dynamique compatible avec IE6 ...

Affichage des charges de Mulliken

Rubrique " Précisions Techniques "

Version 2.3

Utilisation de

Menu dynamique en " accordéon " pour le classement des molécules

Curseurs dynamiques

Choix du cutoff par un curseur dynamique

Option d’affichage des données dans la fenêtre Jmol.

Version 2.2

Dans le menu Atomes et Liaisons : la section couleur/texture permet de choisir la couleur puis la texture appliquée.

Dans le menu Orbitales Moléculaires :

- Texture transparente

- choix numérique du cutoff à valider par un bouton Valider.

- Choix des couleurs des orbitales moléculaires avec un rappel du signe/couleur de la phase. Bouton Reset.

Version 2.1

Mis à niveau de tous les anciens calculs avec l’option compatible Jmol.

Abandon de la version Molden.

Version 2.0

Passage à la version Jmol pour les calculs récents (option Gaussian) et Molden pour les anciens calculs.

Visualisation des orbitales moléculaires avec Jmol.

Version 1.0

Création du site web.

Visualisation de la structure avec Jmol

Affichage du fichier Gaussian.

Installation des scripts bash pour la maintenance de la base de données.

A voir ...

	TopChemWeb, une implémentation en Cloud Computing du code TopChem2 qui est un programme autonome pour des analyses topologiques avancées et robustes de la densité électronique, F. Fuster et J. Pilmé
	NCIWeb Server, une nouvelle implémentation de l'index des interactions non covalentes pour les systèmes biomoléculaires, T. Novoa, R. Laplaza, F. Peccati, F. Fuster, J. Contreras-García
	Rayon atomique, Angel Herráez
	HuLiS, Hückel Calculator, par Nicolas Goudard, Yannick Carissan, Denis Hagebaum-Reignier et Stéphane Humbel
	MolArch+, S. Immel