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### R code from vignette source 'BiSEp.Snw' ################################################### ### code chunk number 1: BiSEp.Snw:18-23 ################################################### require(BiSEp) data(INPUT_data) INPUT_data[1:2,1:6] ################################################### ### code chunk number 2: packages ################################################### BISEP_data <- BISEP(INPUT_data) biIndex <- BISEP_data$BI bisepIndex <- BISEP_data$BISEP ################################################### ### code chunk number 3: BiSEp.Snw:40-43 ################################################### biIndex[1:10,] bisepIndex[1:10,] ################################################### ### code chunk number 4: fig1 ################################################### plot(density(INPUT_data["TUSC3",]), main="TUSC3 Density Distribution") ################################################### ### code chunk number 5: fig2 ################################################### plot(density(INPUT_data["MLH1",]), main="MLH1 Density Distribution") ################################################### ### code chunk number 6: packages ################################################### plot(density(INPUT_data["MLH1",]), main="MLH1 Density Distribution") ################################################### ### code chunk number 7: BiSEp.Snw:72-73 ################################################### BIGEE_out <- BIGEE(BISEP_data, sampleType="cell_line") ################################################### ### code chunk number 8: BiSEp.Snw:78-79 ################################################### BIGEE_out[1:4,] ################################################### ### code chunk number 9: fig3 ################################################### expressionPlot(BISEP_data, gene1="SMARCA4", gene2="SMARCA1") ################################################### ### code chunk number 10: fig4 ################################################### expressionPlot(BISEP_data, gene1="MTAP", gene2="MLH1") ################################################### ### code chunk number 11: BiSEp.Snw:101-103 ################################################### data(MUT_data) MUT_data[1:4,1:10] ################################################### ### code chunk number 12: BiSEp.Snw:106-107 ################################################### BEEMout <- BEEM(BISEP_data, mutData=MUT_data, sampleType="cell_line", minMut=40) ################################################### ### code chunk number 13: BiSEp.Snw:112-113 ################################################### BEEMout ################################################### ### code chunk number 14: fig5 ################################################### waterfallPlot(BISEP_data, MUT_data, expressionGene="MICB", mutationGene="PBRM1") ################################################### ### code chunk number 15: fig6 ################################################### waterfallPlot(BISEP_data, MUT_data, expressionGene="BOK", mutationGene="BRCA2") ################################################### ### code chunk number 16: packages ################################################### fOut <- FURE(BIGEE_out[1,], inputType="BIGEE") frPairs <- fOut$funcRedundantPairs allPairs <- fOut$allPairs ################################################### ### code chunk number 17: BiSEp.Snw:145-146 ################################################### allPairs[1,]