* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 7 декабря 2011.
Начал карьеру в 2000 году в родном штате, в клубе «Баия», и уже через год получил приглашение от «Крузейро», где стал игроком основы. В 2003 году Вагнера вместе с Леандро приобрёл российский клуб «Локомотив» (Москва), но там обоим бразильским футболистам не удалось закрепиться, поскольку их в основном использовали не на привычных позициях. Во первой половине года Вагнер был отдан в аренду в «Коринтианс», где провёл 18 матчей и забил 2 гола. В 2004 году ему продолжали не доверять место в основе, выпустив флангового полузащитника лишь 4 раза в чемпионате России, в основном на позицию в центре. Впрочем, эти 4 матча позволили ему в итоге стать чемпионом России. В 2005 году Жорже Вагнер был отдан в аренду в «Интернасьонал», где заработал себе высокую репутацию и числился даже среди кандидатов в сборную Бразилии. По итогам чемпионата «Интер» занял второе место, причём чемпионского титула команда не смогла завоевать лишь из-за судейского скандала и последовавших за ним переигровок. В первой половине 2006 года Вагнер оставался игроком «Локомотива», будучи в аренде в «Интере». Российский клуб мог по контракту призвать футболиста в свои ряды, но ходатайство руководителей «Интера» помогло остаться лучшему правому латералю Бразилии в рядах «Колорадос», и в итоге команда выиграла впервые в своей истории Кубок Либертадорес. Сразу после этого контракт Жорже Вагнера с «Локомотивом» истёк, и на правах свободного агента он перешёл в испанский «Реал Бетис». Там он провёл 10 матчей первого круга чемпионата Испании (то есть, больше половины) и в начале 2007 года согласился на предложение о переходе в «Сан-Паулу», ставивший куда бо́льшие цели, чем команда, борющаяся за выживание в чемпионате Испании. В итоге, вместе со своим бывшим одноклубником по «Локомотиву» Леандро, Жорже Вагнер в 2007 году стал чемпионом Бразилии. В 2008 году Жорже Вагнер заключил трёхлетний контракт с «Сан-Паулу» (до конца 2010 года).
Жорже Вагнер
Бразилия
Касива Рейсол
Локомотив (Москва)
Реал Бетис