* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 1 июля 2011. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, откорректировано по состояниюна 29 марта 2011.
Начав свою карьеру в «Лорьяне» (главным тренером клуба был его отец Кристиан Гуркюфф), в 2001 году Йоанн подписал контракт с «Ренном»
В сезоне 2003/04 он сыграл 9 матчей. Следующие сезоны были более успешны. В сезоне 2005/06 Гуркюфф забил 16 голов, а «Ренн» завершил сезон на 7-ом месте и завоевал место в Кубке Интертото.
Летом 2006 года ведущие клубы Европы, такие, как «Валенсия», «Аякс» и «Арсенал», были заинтересованы в покупке игрока, но Гуркюфф выбрал «Милан», подписав контракт до 2011 года. Свою карьеру в этом клубе Йоанн начал голом в ворота клуба АЕК в матче Лиги чемпионов. В июне 2008 года «Милан» отдал Гуркюффа в аренду во французский «Бордо», в составе которого он стал лучшим игроком чемпионата Франции. Позже «Бордо» выкупил трансфер Йоанна за €15 млн.
23 августа 2010 года лионский «Олимпик» выкупил у «Бордо» трансфер футболиста за €22 млн[3]. 25 августа Гуркюфф подписал с лионцами 5-летний контракт[4][5].