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TY - JOUR AU - Okazaki, Y. AU - Furuno, M. AU - Kasukawa, T. AU - Adachi, J. AU - Bono, H. AU - Kondo, S. AU - Nikaido, I. AU - Osato, N. AU - Saito, R. AU - Suzuki, H. AU - Yamanaka, I. AU - Kiyosawa, H. AU - Yagi, K. AU - Tomaru, Y. AU - Hasegawa, Y. AU - Nogami, A. AU - Schönbach, C. AU - Gojobori, T. AU - Baldarelli, R. AU - Hill, D. P. AU - Bult, C. AU - Hume, D. A. AU - Quackenbush, J. AU - Schriml, L. M. AU - Kanapin, A. AU - Matsuda, H. AU - Batalov, S. AU - Beisel, K. W. AU - Blake, J. A. AU - Bradt, D. AU - Brusic, V. AU - Chothia, C. AU - Corbani, L. E. AU - Cousins, S. AU - Dalla, E. AU - Dragani, T. A. AU - Fletcher, C. F. AU - Forrest, A. AU - Frazer, K. S. AU - Gaasterland, T. AU - Gariboldi, M. AU - Gissi, C. AU - Godzik, A. AU - Gough, J. AU - Grimmond, S. AU - Gustincich, S. AU - Hirokawa, N. AU - Jackson, I. J. AU - Jarvis, E. D. AU - Kanai, A. AU - Kawaji, H. AU - Kawasawa, Y. AU - Kedzierski, R. M. AU - King, B. L. AU - Konagaya, A. AU - Kurochkin, I. V. AU - Lee, Y. AU - Lenhard, B. AU - Lyons, P. A. AU - Maglott, D. R. AU - Maltais, L. AU - Marchionni, L. AU - McKenzie, L. AU - Miki, H. AU - Nagashima, T. AU - Numata, K. AU - Okido, T. AU - Pavan, W. J. AU - Pertea, G. AU - Pesole, G. AU - Petrovsky, N. AU - Pillai, R. AU - Pontius, J. U. AU - Qi, D. AU - Ramachandran, S. AU - Ravasi, T. AU - Reed, J. C. AU - Reed, D. J. AU - Reid, J. AU - Ring, B. Z. AU - Ringwald, M. AU - Sandelin, A. AU - Schneider, C. AU - Semple, C. A. M. AU - Setou, M. AU - Shimada, K. AU - Sultana, R. AU - Takenaka, Y. AU - Taylor, M. S. AU - Teasdale, R. D. AU - Tomita, M. AU - Verardo, R. AU - Wagner, L. AU - Wahlestedt, C. AU - Wang, Y. AU - Watanabe, Y. AU - Wells, C. AU - Wilming, L. G. AU - Wynshaw-Boris, A. AU - Yanagisawa, M. AU - Yang, I. AU - Yang, L. AU - Yuan, Z. AU - Zavolan, M. AU - Zhu, Y. AU - Zimmer, A. AU - Carninci, P. AU - Hayatsu, N. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Konno, H. AU - Nakamura, M. AU - Sakazume, N. AU - Sato, K. AU - Shiraki, T. AU - Waki, K. AU - Kawai, J. AU - Aizawa, K. AU - Arakawa, T. AU - Fukuda, S. AU - Hara, A. AU - Hashizume, W. AU - Imotani, K. AU - Ishii, Y. AU - Itoh, M. AU - Kagawa, I. AU - Miyazaki, A. AU - Sakai, K. AU - Sasaki, D. AU - Shibata, K. AU - Shinagawa, A. AU - Yasunishi, A. AU - Yoshino, M. AU - Waterston, R. AU - Lander, E. S. AU - Rogers, J. AU - Birney, E. AU - Hayashizaki, Y. AU - The FANTOM Consortium and the RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I & II Team* AU - FANTOM Consortium: AU - RIKEN Genome Exploration Research Group Phase I Team: AU - RIKEN Genome Exploration Research Group Phase II Team: AU - Mouse Genome Sequencing Consortium: AU - Scientific management: PY - 2002 DA - 2002/12/01 TI - Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs JO - Nature SP - 563 EP - 573 VL - 420 IS - 6915 AB - Only a small proportion of the mouse genome is transcribed into mature messenger RNA transcripts. There is an international collaborative effort to identify all full-length mRNA transcripts from the mouse, and to ensure that each is represented in a physical collection of clones. Here we report the manual annotation of 60,770 full-length mouse complementary DNA sequences. These are clustered into 33,409 ‘transcriptional units’, contributing 90.1% of a newly established mouse transcriptome database. Of these transcriptional units, 4,258 are new protein-coding and 11,665 are new non-coding messages, indicating that non-coding RNA is a major component of the transcriptome. 41% of all transcriptional units showed evidence of alternative splicing. In protein-coding transcripts, 79% of splice variations altered the protein product. Whole-transcriptome analyses resulted in the identification of 2,431 sense–antisense pairs. The present work, completely supported by physical clones, provides the most comprehensive survey of a mammalian transcriptome so far, and is a valuable resource for functional genomics. SN - 1476-4687 UR - https://doi.org/10.1038/nature01266 DO - 10.1038/nature01266 ID - Okazaki2002 ER -