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TY - JOUR AU - McLendon, Roger AU - Friedman, Allan AU - Bigner, Darrell AU - Van Meir, Erwin G. AU - Brat, Daniel J. AU - M. Mastrogianakis, Gena AU - Olson, Jeffrey J. AU - Mikkelsen, Tom AU - Lehman, Norman AU - Aldape, Ken AU - Alfred Yung, W. K. AU - Bogler, Oliver AU - VandenBerg, Scott AU - Berger, Mitchel AU - Prados, Michael AU - Muzny, Donna AU - Morgan, Margaret AU - Scherer, Steve AU - Sabo, Aniko AU - Nazareth, Lynn AU - Lewis, Lora AU - Hall, Otis AU - Zhu, Yiming AU - Ren, Yanru AU - Alvi, Omar AU - Yao, Jiqiang AU - Hawes, Alicia AU - Jhangiani, Shalini AU - Fowler, Gerald AU - San Lucas, Anthony AU - Kovar, Christie AU - Cree, Andrew AU - Dinh, Huyen AU - Santibanez, Jireh AU - Joshi, Vandita AU - Gonzalez-Garay, Manuel L. AU - Miller, Christopher A. AU - Milosavljevic, Aleksandar AU - Donehower, Larry AU - Wheeler, David A. AU - Gibbs, Richard A. 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AU - Schaefer, Carl AU - Madhavan, Subhashree AU - Buetow, Kenneth H. AU - Collins, Francis AU - Good, Peter AU - Guyer, Mark AU - Ozenberger, Brad AU - Peterson, Jane AU - Thomson, Elizabeth AU - The Cancer Genome Atlas Research Network AU - Tissue source sites: Duke University Medical School AU - Emory University AU - Henry Ford Hospital AU - MD Anderson Cancer Center AU - University of California San Francisco AU - Genome sequencing centres: Baylor College of Medicine AU - Broad Institute of MIT and Harvard AU - Washington University in St Louis AU - Cancer genome characterization centres: Broad Institute/Dana-Farber Cancer Institute AU - Harvard Medical School/Dana-Farber Cancer Institute AU - Johns Hopkins/University of Southern California AU - HudsonAlpha Institute/Stanford University AU - Lawrence Berkeley National Laboratory AU - Memorial Sloan-Kettering Cancer Center AU - University of North Carolina, Chapel Hill AU - Biospecimen Core Resource AU - Data Coordinating Center AU - Project teams: National Cancer Institute AU - National Human Genome Research Institute PY - 2008 DA - 2008/10/01 TI - Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways JO - Nature SP - 1061 EP - 1068 VL - 455 IS - 7216 AB - Human cancer cells typically harbour multiple chromosomal aberrations, nucleotide substitutions and epigenetic modifications that drive malignant transformation. The Cancer Genome Atlas (TCGA) pilot project aims to assess the value of large-scale multi-dimensional analysis of these molecular characteristics in human cancer and to provide the data rapidly to the research community. Here we report the interim integrative analysis of DNA copy number, gene expression and DNA methylation aberrations in 206 glioblastomas—the most common type of adult brain cancer—and nucleotide sequence aberrations in 91 of the 206 glioblastomas. This analysis provides new insights into the roles of ERBB2, NF1 and TP53, uncovers frequent mutations of the phosphatidylinositol-3-OH kinase regulatory subunit gene PIK3R1, and provides a network view of the pathways altered in the development of glioblastoma. Furthermore, integration of mutation, DNA methylation and clinical treatment data reveals a link between MGMT promoter methylation and a hypermutator phenotype consequent to mismatch repair deficiency in treated glioblastomas, an observation with potential clinical implications. Together, these findings establish the feasibility and power of TCGA, demonstrating that it can rapidly expand knowledge of the molecular basis of cancer. SN - 1476-4687 UR - https://doi.org/10.1038/nature07385 DO - 10.1038/nature07385 ID - McLendon2008 ER -