(original) (raw)

TY - JOUR AU - Dunham, Ian AU - Kundaje, Anshul AU - Aldred, Shelley F. AU - Collins, Patrick J. AU - Davis, Carrie A. AU - Doyle, Francis AU - Epstein, Charles B. AU - Frietze, Seth AU - Harrow, Jennifer AU - Kaul, Rajinder AU - Khatun, Jainab AU - Lajoie, Bryan R. AU - Landt, Stephen G. AU - Lee, Bum-Kyu AU - Pauli, Florencia AU - Rosenbloom, Kate R. AU - Sabo, Peter AU - Safi, Alexias AU - Sanyal, Amartya AU - Shoresh, Noam AU - Simon, Jeremy M. AU - Song, Lingyun AU - Trinklein, Nathan D. AU - Altshuler, Robert C. AU - Birney, Ewan AU - Brown, James B. AU - Cheng, Chao AU - Djebali, Sarah AU - Dong, Xianjun AU - Dunham, Ian AU - Ernst, Jason AU - Furey, Terrence S. AU - Gerstein, Mark AU - Giardine, Belinda AU - Greven, Melissa AU - Hardison, Ross C. AU - Harris, Robert S. AU - Herrero, Javier AU - Hoffman, Michael M. AU - Iyer, Sowmya AU - Kellis, Manolis AU - Khatun, Jainab AU - Kheradpour, Pouya AU - Kundaje, Anshul AU - Lassmann, Timo AU - Li, Qunhua AU - Lin, Xinying AU - Marinov, Georgi K. AU - Merkel, Angelika AU - Mortazavi, Ali AU - Parker, Stephen C. J. AU - Reddy, Timothy E. AU - Rozowsky, Joel AU - Schlesinger, Felix AU - Thurman, Robert E. AU - Wang, Jie AU - Ward, Lucas D. AU - Whitfield, Troy W. AU - Wilder, Steven P. AU - Wu, Weisheng AU - Xi, Hualin S. AU - Yip, Kevin Y. AU - Zhuang, Jiali AU - Bernstein, Bradley E. AU - Birney, Ewan AU - Dunham, Ian AU - Green, Eric D. AU - Gunter, Chris AU - Snyder, Michael AU - Pazin, Michael J. AU - Lowdon, Rebecca F. AU - Dillon, Laura A. L. AU - Adams, Leslie B. AU - Kelly, Caroline J. AU - Zhang, Julia AU - Wexler, Judith R. AU - Green, Eric D. AU - Good, Peter J. AU - Feingold, Elise A. AU - Bernstein, Bradley E. AU - Birney, Ewan AU - Crawford, Gregory E. AU - Dekker, Job AU - Elnitski, Laura AU - Farnham, Peggy J. AU - Gerstein, Mark AU - Giddings, Morgan C. AU - Gingeras, Thomas R. AU - Green, Eric D. AU - Guigó, Roderic AU - Hardison, Ross C. AU - Hubbard, Timothy J. AU - Kellis, Manolis AU - Kent, W. James AU - Lieb, Jason D. AU - Margulies, Elliott H. AU - Myers, Richard M. AU - Snyder, Michael AU - Stamatoyannopoulos, John A. AU - Tenenbaum, Scott A. AU - Weng, Zhiping AU - White, Kevin P. AU - Wold, Barbara AU - Khatun, Jainab AU - Yu, Yanbao AU - Wrobel, John AU - Risk, Brian A. AU - Gunawardena, Harsha P. AU - Kuiper, Heather C. AU - Maier, Christopher W. AU - Xie, Ling AU - Chen, Xian AU - Giddings, Morgan C. AU - Bernstein, Bradley E. AU - Epstein, Charles B. AU - Shoresh, Noam AU - Ernst, Jason AU - Kheradpour, Pouya AU - Mikkelsen, Tarjei S. AU - Gillespie, Shawn AU - Goren, Alon AU - Ram, Oren AU - Zhang, Xiaolan AU - Wang, Li AU - Issner, Robbyn AU - Coyne, Michael J. AU - Durham, Timothy AU - Ku, Manching AU - Truong, Thanh AU - Ward, Lucas D. AU - Altshuler, Robert C. AU - Eaton, Matthew L. AU - Kellis, Manolis AU - Djebali, Sarah AU - Davis, Carrie A. AU - Merkel, Angelika AU - Dobin, Alex AU - Lassmann, Timo AU - Mortazavi, Ali AU - Tanzer, Andrea AU - Lagarde, Julien AU - Lin, Wei AU - Schlesinger, Felix AU - Xue, Chenghai AU - Marinov, Georgi K. AU - Khatun, Jainab AU - Williams, Brian A. AU - Zaleski, Chris AU - Rozowsky, Joel AU - Röder, Maik AU - Kokocinski, Felix AU - Abdelhamid, Rehab F. AU - Alioto, Tyler AU - Antoshechkin, Igor AU - Baer, Michael T. AU - Batut, Philippe AU - Bell, Ian AU - Bell, Kimberly AU - Chakrabortty, Sudipto AU - Chen, Xian AU - Chrast, Jacqueline AU - Curado, Joao AU - Derrien, Thomas AU - Drenkow, Jorg AU - Dumais, Erica AU - Dumais, Jackie AU - Duttagupta, Radha AU - Fastuca, Megan AU - Fejes-Toth, Kata AU - Ferreira, Pedro AU - Foissac, Sylvain AU - Fullwood, Melissa J. AU - Gao, Hui AU - Gonzalez, David AU - Gordon, Assaf AU - Gunawardena, Harsha P. AU - Howald, Cédric AU - Jha, Sonali AU - Johnson, Rory AU - Kapranov, Philipp AU - King, Brandon AU - Kingswood, Colin AU - Li, Guoliang AU - Luo, Oscar J. AU - Park, Eddie AU - Preall, Jonathan B. AU - Presaud, Kimberly AU - Ribeca, Paolo AU - Risk, Brian A. AU - Robyr, Daniel AU - Ruan, Xiaoan AU - Sammeth, Michael AU - Sandhu, Kuljeet Singh AU - Schaeffer, Lorain AU - See, Lei-Hoon AU - Shahab, Atif AU - Skancke, Jorgen AU - Suzuki, Ana Maria AU - Takahashi, Hazuki AU - Tilgner, Hagen AU - Trout, Diane AU - Walters, Nathalie AU - Wang, Huaien AU - Wrobel, John AU - Yu, Yanbao AU - Hayashizaki, Yoshihide AU - Harrow, Jennifer AU - Gerstein, Mark AU - Hubbard, Timothy J. AU - Reymond, Alexandre AU - Antonarakis, Stylianos E. AU - Hannon, Gregory J. AU - Giddings, Morgan C. AU - Ruan, Yijun AU - Wold, Barbara AU - Carninci, Piero AU - Guigó, Roderic AU - Gingeras, Thomas R. AU - Rosenbloom, Kate R. AU - Sloan, Cricket A. AU - Learned, Katrina AU - Malladi, Venkat S. AU - Wong, Matthew C. AU - Barber, Galt P. AU - Cline, Melissa S. AU - Dreszer, Timothy R. AU - Heitner, Steven G. AU - Karolchik, Donna AU - Kent, W. James AU - Kirkup, Vanessa M. AU - Meyer, Laurence R. AU - Long, Jeffrey C. AU - Maddren, Morgan AU - Raney, Brian J. AU - Furey, Terrence S. AU - Song, Lingyun AU - Grasfeder, Linda L. AU - Giresi, Paul G. AU - Lee, Bum-Kyu AU - Battenhouse, Anna AU - Sheffield, Nathan C. AU - Simon, Jeremy M. AU - Showers, Kimberly A. AU - Safi, Alexias AU - London, Darin AU - Bhinge, Akshay A. AU - Shestak, Christopher AU - Schaner, Matthew R. AU - Ki Kim, Seul AU - Zhang, Zhuzhu Z. AU - Mieczkowski, Piotr A. AU - Mieczkowska, Joanna O. AU - Liu, Zheng AU - McDaniell, Ryan M. AU - Ni, Yunyun AU - Rashid, Naim U. AU - Kim, Min Jae AU - Adar, Sheera AU - Zhang, Zhancheng AU - Wang, Tianyuan AU - Winter, Deborah AU - Keefe, Damian AU - Birney, Ewan AU - Iyer, Vishwanath R. AU - Lieb, Jason D. AU - Crawford, Gregory E. AU - Li, Guoliang AU - Sandhu, Kuljeet Singh AU - Zheng, Meizhen AU - Wang, Ping AU - Luo, Oscar J. AU - Shahab, Atif AU - Fullwood, Melissa J. AU - Ruan, Xiaoan AU - Ruan, Yijun AU - Myers, Richard M. AU - Pauli, Florencia AU - Williams, Brian A. AU - Gertz, Jason AU - Marinov, Georgi K. AU - Reddy, Timothy E. AU - Vielmetter, Jost AU - Partridge, E. AU - Trout, Diane AU - Varley, Katherine E. AU - Gasper, Clarke AU - The ENCODE Project Consortium AU - Overall coordination (data analysis coordination) AU - Data production leads (data production) AU - Lead analysts (data analysis) AU - Writing group AU - NHGRI project management (scientific management) AU - Principal investigators (steering committee) AU - Boise State University and University of North Carolina at Chapel Hill Proteomics groups (data production and analysis) AU - Broad Institute Group (data production and analysis) AU - Cold Spring Harbor, University of Geneva, Center for Genomic Regulation, Barcelona, RIKEN, Sanger Institute, University of Lausanne, Genome Institute of Singapore group (data production and analysis) AU - Data coordination center at UC Santa Cruz (production data coordination) AU - Duke University, EBI, University of Texas, Austin, University of North Carolina-Chapel Hill group (data production and analysis) AU - Genome Institute of Singapore group (data production and analysis) AU - HudsonAlpha Institute, Caltech, UC Irvine, Stanford group (data production and analysis) PY - 2012 DA - 2012/09/01 TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature SP - 57 EP - 74 VL - 489 IS - 7414 AB - The human genome encodes the blueprint of life, but the function of the vast majority of its nearly three billion bases is unknown. The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) project has systematically mapped regions of transcription, transcription factor association, chromatin structure and histone modification. These data enabled us to assign biochemical functions for 80% of the genome, in particular outside of the well-studied protein-coding regions. Many discovered candidate regulatory elements are physically associated with one another and with expressed genes, providing new insights into the mechanisms of gene regulation. The newly identified elements also show a statistical correspondence to sequence variants linked to human disease, and can thereby guide interpretation of this variation. Overall, the project provides new insights into the organization and regulation of our genes and genome, and is an expansive resource of functional annotations for biomedical research. SN - 1476-4687 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - Dunham2012 ER -