(original) (raw)

TY - JOUR AU - Calabrese, Claudia AU - Davidson, Natalie R. AU - Demircioğlu, Deniz AU - Fonseca, Nuno A. AU - He, Yao AU - Kahles, André AU - Lehmann, Kjong-Van AU - Liu, Fenglin AU - Shiraishi, Yuichi AU - Soulette, Cameron M. AU - Urban, Lara AU - Calabrese, Claudia AU - Davidson, Natalie R. AU - Demircioğlu, Deniz AU - Fonseca, Nuno A. AU - He, Yao AU - Kahles, André AU - Lehmann, Kjong-Van AU - Liu, Fenglin AU - Shiraishi, Yuichi AU - Soulette, Cameron M. AU - Urban, Lara AU - Greger, Liliana AU - Li, Siliang AU - Liu, Dongbing AU - Perry, Marc D. AU - Xiang, Qian AU - Zhang, Fan AU - Zhang, Junjun AU - Bailey, Peter AU - Erkek, Serap AU - Hoadley, Katherine A. AU - Hou, Yong AU - Huska, Matthew R. AU - Kilpinen, Helena AU - Korbel, Jan O. AU - Marin, Maximillian G. AU - Markowski, Julia AU - Nandi, Tannistha AU - Pan-Hammarström, Qiang AU - Pedamallu, Chandra Sekhar AU - Siebert, Reiner AU - Stark, Stefan G. AU - Su, Hong AU - Tan, Patrick AU - Waszak, Sebastian M. AU - Yung, Christina AU - Zhu, Shida AU - Awadalla, Philip AU - Creighton, Chad J. AU - Meyerson, Matthew AU - Ouellette, B. F. Francis AU - Wu, Kui AU - Yang, Huanming AU - Fonseca, Nuno A. AU - Kahles, André AU - Lehmann, Kjong-Van AU - Urban, Lara AU - Soulette, Cameron M. AU - Shiraishi, Yuichi AU - Liu, Fenglin AU - He, Yao AU - Demircioğlu, Deniz AU - Davidson, Natalie R. AU - Calabrese, Claudia AU - Zhang, Junjun AU - Perry, Marc D. AU - Xiang, Qian AU - Greger, Liliana AU - Li, Siliang AU - Liu, Dongbing AU - Stark, Stefan G. AU - Zhang, Fan AU - Amin, Samirkumar B. AU - Bailey, Peter AU - Chateigner, Aurélien AU - Cortés-Ciriano, Isidro AU - Craft, Brian AU - Erkek, Serap AU - Frenkel-Morgenstern, Milana AU - Goldman, Mary AU - Hoadley, Katherine A. AU - Hou, Yong AU - Huska, Matthew R. AU - Khurana, Ekta AU - Kilpinen, Helena AU - Korbel, Jan O. AU - Lamaze, Fabien C. AU - Li, Chang AU - Li, Xiaobo AU - Li, Xinyue AU - Liu, Xingmin AU - Marin, Maximillian G. AU - Markowski, Julia AU - Nandi, Tannistha AU - Nielsen, Morten M. AU - Ojesina, Akinyemi I. AU - Pan-Hammarström, Qiang AU - Park, Peter J. AU - Pedamallu, Chandra Sekhar AU - Pedersen, Jakob S. AU - Siebert, Reiner AU - Su, Hong AU - Tan, Patrick AU - Teh, Bin Tean AU - Wang, Jian AU - Waszak, Sebastian M. AU - Xiong, Heng AU - Yakneen, Sergei AU - Ye, Chen AU - Yung, Christina AU - Zhang, Xiuqing AU - Zheng, Liangtao AU - Zhu, Jingchun AU - Zhu, Shida AU - Awadalla, Philip AU - Creighton, Chad J. AU - Meyerson, Matthew AU - Ouellette, B. F. Francis AU - Wu, Kui AU - Yang, Huanming AU - Göke, Jonathan AU - Schwarz, Roland F. AU - Stegle, Oliver AU - Zhang, Zemin AU - Brazma, Alvis AU - Rätsch, Gunnar AU - Brooks, Angela N. AU - Brazma, Alvis AU - Brooks, Angela N. AU - Göke, Jonathan AU - Rätsch, Gunnar AU - Schwarz, Roland F. AU - Stegle, Oliver AU - Zhang, Zemin AU - Aaltonen, Lauri A. AU - Abascal, Federico AU - Abeshouse, Adam AU - Aburatani, Hiroyuki AU - Adams, David J. AU - Agrawal, Nishant AU - Ahn, Keun Soo AU - Ahn, Sung-Min AU - Aikata, Hiroshi AU - Akbani, Rehan AU - Akdemir, Kadir C. AU - Al-Ahmadie, Hikmat AU - Al-Sedairy, Sultan T. AU - Al-Shahrour, Fatima AU - Alawi, Malik AU - Albert, Monique AU - Aldape, Kenneth AU - Alexandrov, Ludmil B. AU - Ally, Adrian AU - Alsop, Kathryn AU - Alvarez, Eva G. AU - Amary, Fernanda AU - Amin, Samirkumar B. AU - Aminou, Brice AU - Ammerpohl, Ole AU - Anderson, Matthew J. AU - Ang, Yeng AU - Antonello, Davide AU - Anur, Pavana AU - Aparicio, Samuel AU - Appelbaum, Elizabeth L. AU - Arai, Yasuhito AU - Aretz, Axel AU - Arihiro, Koji AU - Ariizumi, Shun-ichi AU - Armenia, Joshua AU - Arnould, Laurent AU - Asa, Sylvia AU - Assenov, Yassen AU - Atwal, Gurnit AU - Aukema, Sietse AU - Auman, J. Todd AU - Aure, Miriam R. R. AU - Awadalla, Philip AU - Aymerich, Marta AU - Bader, Gary D. AU - Baez-Ortega, Adrian AU - Bailey, Matthew H. AU - Bailey, Peter J. AU - Balasundaram, Miruna AU - Balu, Saianand AU - Bandopadhayay, Pratiti AU - Banks, Rosamonde E. AU - Barbi, Stefano AU - Barbour, Andrew P. AU - Barenboim, Jonathan AU - Barnholtz-Sloan, Jill AU - Barr, Hugh AU - Barrera, Elisabet AU - Bartlett, John AU - Bartolome, Javier AU - Bassi, Claudio AU - Bathe, Oliver F. AU - Baumhoer, Daniel AU - Bavi, Prashant AU - Baylin, Stephen B. AU - Bazant, Wojciech AU - Beardsmore, Duncan AU - Beck, Timothy A. AU - Behjati, Sam AU - Behren, Andreas AU - Niu, Beifang AU - Bell, Cindy AU - Beltran, Sergi AU - Benz, Christopher AU - Berchuck, Andrew AU - Bergmann, Anke K. AU - Bergstrom, Erik N. AU - Berman, Benjamin P. AU - Berney, Daniel M. AU - Bernhart, Stephan H. AU - Beroukhim, Rameen AU - Berrios, Mario AU - Bersani, Samantha AU - Bertl, Johanna AU - Betancourt, Miguel AU - Bhandari, Vinayak AU - Bhosle, Shriram G. AU - Biankin, Andrew V. AU - Bieg, Matthias AU - Bigner, Darell AU - Binder, Hans AU - Birney, Ewan AU - Birrer, Michael AU - Biswas, Nidhan K. AU - Bjerkehagen, Bodil AU - Bodenheimer, Tom AU - Boice, Lori AU - Bonizzato, Giada AU - De Bono, Johann S. AU - Boot, Arnoud AU - Bootwalla, Moiz S. AU - Borg, Ake AU - Borkhardt, Arndt AU - Boroevich, Keith A. AU - Borozan, Ivan AU - Borst, Christoph AU - Bosenberg, Marcus AU - Bosio, Mattia AU - Boultwood, Jacqueline AU - Bourque, Guillaume AU - Boutros, Paul C. AU - Bova, G. Steven AU - Bowen, David T. AU - Bowlby, Reanne AU - Bowtell, David D. L. AU - Boyault, Sandrine AU - Boyce, Rich AU - Boyd, Jeffrey AU - Brazma, Alvis AU - Brennan, Paul AU - Brewer, Daniel S. AU - Brinkman, Arie B. AU - Bristow, Robert G. AU - Broaddus, Russell R. AU - Brock, Jane E. AU - Brock, Malcolm AU - Broeks, Annegien AU - Brooks, Angela N. AU - Brooks, Denise AU - Brors, Benedikt AU - Brunak, Søren AU - Bruxner, Timothy J. C. AU - Bruzos, Alicia L. AU - Buchanan, Alex AU - Buchhalter, Ivo AU - Buchholz, Christiane AU - Bullman, Susan AU - Burke, Hazel AU - Burkhardt, Birgit AU - Burns, Kathleen H. AU - Busanovich, John AU - Bustamante, Carlos D. AU - Butler, Adam P. AU - Butte, Atul J. AU - Byrne, Niall J. AU - Børresen-Dale, Anne-Lise AU - Caesar-Johnson, Samantha J. AU - Cafferkey, Andy AU - Cahill, Declan AU - Calabrese, Claudia AU - Caldas, Carlos AU - Calvo, Fabien AU - Camacho, Niedzica AU - Campbell, Peter J. AU - Campo, Elias AU - Cantù, Cinzia AU - Cao, Shaolong AU - Carey, Thomas E. AU - Carlevaro-Fita, Joana AU - Carlsen, Rebecca AU - Cataldo, Ivana AU - PCAWG Transcriptome Core Group AU - PCAWG Transcriptome Working Group AU - PCAWG Consortium PY - 2020 DA - 2020/02/01 TI - Genomic basis for RNA alterations in cancer JO - Nature SP - 129 EP - 136 VL - 578 IS - 7793 AB - Transcript alterations often result from somatic changes in cancer genomes1. Various forms of RNA alterations have been described in cancer, including overexpression2, altered splicing3 and gene fusions4; however, it is difficult to attribute these to underlying genomic changes owing to heterogeneity among patients and tumour types, and the relatively small cohorts of patients for whom samples have been analysed by both transcriptome and whole-genome sequencing. Here we present, to our knowledge, the most comprehensive catalogue of cancer-associated gene alterations to date, obtained by characterizing tumour transcriptomes from 1,188 donors of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium of the International Cancer Genome Consortium (ICGC) and The Cancer Genome Atlas (TCGA)5. Using matched whole-genome sequencing data, we associated several categories of RNA alterations with germline and somatic DNA alterations, and identified probable genetic mechanisms. Somatic copy-number alterations were the major drivers of variations in total gene and allele-specific expression. We identified 649 associations of somatic single-nucleotide variants with gene expression in cis, of which 68.4% involved associations with flanking non-coding regions of the gene. We found 1,900 splicing alterations associated with somatic mutations, including the formation of exons within introns in proximity to Alu elements. In addition, 82% of gene fusions were associated with structural variants, including 75 of a new class, termed ‘bridged’ fusions, in which a third genomic location bridges two genes. We observed transcriptomic alteration signatures that differ between cancer types and have associations with variations in DNA mutational signatures. This compendium of RNA alterations in the genomic context provides a rich resource for identifying genes and mechanisms that are functionally implicated in cancer. SN - 1476-4687 UR - https://doi.org/10.1038/s41586-020-1970-0 DO - 10.1038/s41586-020-1970-0 ID - Calabrese2020 ER -