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サイエンス

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じぇんばんく

】

The International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)の一つで NCBI で管理されているデータベース．

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関連ブログ

macでインフォマティクス•1ヶ月前

細菌の種レベル以上でのパンゲノム計算のための包括的コアゲノムアノテーションパイプライン RIBAP2024/09/03 追記, 9/５追記 微生物パンゲノム解析は、原核生物ゲノム中の遺伝子の有無を同定する。しかし、現在のツールでは、配列の多様性が高い種や、属や科のような分類学上の上位の種を解析する場合には限界がある。Roary ILP Bacterial core Annotation Pipeline (RIBAP)は、コア遺伝子を同定するためにRoaryが予測した遺伝子クラスターを改良する整数線形計画法（integer linear programming approach）を用いている。RIBAPは、クラミジア、クレブシエラ、ブルセラ、エンテロコッカスゲノムの複雑さと多様性をうまく処…

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7ブックマークGenBank OverviewGenBank Overview What is GenBank? GenBank ® is the NIH genetic sequence database, an annotated collection of all publicly available DNA sequences (Nucleic Acids Research, 2013 Jan;41(D1):D36-42). GenBank is part of the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, which comprises the ...www.ncbi.nlm.nih.gov

5ブックマークSample GenBank RecordAn official website of the United States government Here's how you know The .gov means it's official. Federal government websites often end in .gov or .mil. Before sharing sensitive information, make sure you're on a federal government site. The site is secure. The https:// ensures that you are c...www.ncbi.nlm.nih.gov

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Nob!!の勝手に甲殻類 ～ミジンコからタカアシガニまで～（その2）•1ヶ月前

【文献紹介】セミエビ科フィロソーマ幼生の同定やりたいことは山ほどあれど、なんかスイッチ入らず、ちょっと気になってた文献について紹介したいと思います。（紹介なんておこがましく、この文書きながら勉強させていただいております）、、、現実逃避orz フィロゾーマ幼生はなんか特異な形をした、広義のイセエビ類の浮遊幼生で、大型プランクトンネット採集物中に、比較的普通にみられる海洋プランクトンです。種同定のためのテキストとして、雑誌『海洋と生物』に連鎖があり、コピーはとったものの、Nob!!は不勉強のまま書棚の肥やしになった状態。おはずかしい。こちらも追って紹介したいと思いますが、、、今回は最近学術雑誌『水生動物』に掲載されているセミエビのフィロゾー…

chalkless::weblog•4ヶ月前

なぜバイオインフォの人は自宅サーバーを立てないのかこのはてブに投稿するのがなんと4年ぶりか。本当はもっと早く投稿したかった。今回はなぜバイオインフォマティクスの人は自宅サーバーを立てないのかについて述べてみたい。いや、別に原因を考察するわけではなくて、自分の例をただ述べるだけである。つまり疑問でなくて反語である（いや、むしろ「立てたらいいのに」か）。 バイオインフォ界隈の中でも、世代によって自宅サーバーを立てるのが世間的にもブームで経験した世代と、世間的にもそんな無駄なことすべきでないので経験していないという世代と縞模様になっているのではないかと思う。そして今は、バイオインフォの中の「べき」で言うとちょうど真ん中くらいで、現状はしてない人が多…

macでインフォマティクス•4ヶ月前

ゲノム領域を柔軟に調整して視覚化と比較ができるユーザーフレンドリーなアプリケーション GenoFig生物の分子進化の歴史を理解するには、通常、近縁種や系統のゲノム領域を視覚的に比較する必要がある。このタスクを達成するためのアプリケーションはすでにいくつか存在するが、それらは古すぎたり、限定的すぎたり、あるいは複雑すぎたりして、ほとんどのユーザーのニーズには合わない。GenoFigは、原核生物のゲノム領域を視覚化するためのグラフィカルなアプリケーションであり、可能な限り使いやすく、様々なニーズに適応できる柔軟性を意図している。GenoFigは、正規表現を用いて、GenBankファイルから抽出されたアノテーションを、配列間で一貫した方法でパーソナライズされた形で表現することができる。また、配列間…

macでインフォマティクス•4ヶ月前

タンパク質のドメインレベルのアノテーションを行う Domainator2024/06/03 タイトル修正、誤字修正 生物学的配列の大規模なデータベースが利用可能になったことで、遺伝子の多様性と機能を深く探求する機会がもたらされた。細菌防御系は、多様であるがアノテーションが困難な遺伝子の豊富な供給源であり、バイオテクノロジーへの応用が期待される。この研究では、ドメインベースの遺伝子近傍およびタンパク質の検索、抽出、クラスタリングのための柔軟でモジュール化されたソフトウェアスイートであるDomainatorを紹介する。Domainatorの有用性を、細菌防御システムに関する3つの例を通して実証する。第一に、CRISPR-associated Rossman fold…

macでインフォマティクス•4ヶ月前

リガンド誘導性転写因子のゲノムマイニングを行う Ligify 原核生物の転写因子はリガンドによって遺伝子発現を制御するバイオセンサーとして利用可能であるが、現在はバイオセンサーが存在する化学リガンドのランドスケープは極めて限られている。この状況を拡大するために、本著者らは、enzyme reaction databasesの情報を活用して、ユーザーが定義した化学物質に反応する転写因子を予測するウェブアプリケーション、Ligifyを開発した。そして、候補となる転写因子を、標的化学物質に反応してGFPを発現するようにデザインされた自動生成プラスミド配列に組み込む。ベンチマーク分析により、Ligifyは既に検証された31/100のバイオセンサーを正しく予測し、…

macでインフォマティクス•4ヶ月前

大規模な細菌の系統推定パイプライン OrthoPhyl一般に公開されている細菌ゲノム配列の数は驚くほど多く（NCBIのGenBankだけでも200万アセンブル）、その数は増え続けている。このような豊富なデータから、これらの配列を進化の文脈の中で位置づける系統解析が求められている。系統的な配置は分類学的な分類を助けるだけでなく、新しい表現型の進化、選択の標的、水平的な遺伝子転移の情報を提供する。多遺伝子コドンのアラインメントから系統樹を構築するのは、バイオインフォマティクスの専門知識、オルソログの厳密なキュレーション、重い計算を必要とする骨の折れる作業である。この問題をさらに深刻にしているのは、大規模なゲノムデータからツリーを構築するために、これら…

macでインフォマティクス•7ヶ月前

バクテリアのインテグロンを同定する IntegronFinder22024/02/28 コマンド修正 インテグロンは柔軟な遺伝子交換プラットフォームであり、アクセサリー遺伝子をコードする複数のカセットを含み、その順序は特定のインテグラーゼによってシャッフルされる。移動性遺伝要素に組み込まれたインテグロンには、しばしば複数の抗生物質耐性遺伝子が含まれており、院内感染病原体の間で拡散し、現在の抗生物質耐性の危機の一因となっている。しかしほとんどのインテグロンはおそらく定常的であり、はるかに多様な機能をコードしている。IntegronFinderは、細菌ゲノム中の新規インテグロンを同定するために広く使われているソフトウェアであるが、古くなり、ドラフトゲノムやメタゲ…

macでインフォマティクス•7ヶ月前

抗生物質耐性遺伝子、インテグロン、トランスポゾンを同定するアノテーションサーバー BacAnt細菌の全ゲノムシークエンシング（WGS）は診断検査における日常的な手法となっている。WGSの臨床的に最も有用な利点の1つは、細菌配列中の抗菌薬耐性遺伝子（ARG）や移動性遺伝要素（MGE）を予測できることである。これにより、このような遺伝的特徴を包括的に調査することが可能になるが、疫学調査にも利用できる。細菌DNA配列の詳細なアノテーションのために、rapid annotation using subsystem technology (RAST)、Resfinder、ISfinder、INTEGRALL、The Transposon Registryなど、数多くのソフトウェアが開発されている…

macでインフォマティクス•8ヶ月前

メタゲノムのリードの発生からbinningまで自動でシミュレーションする MAGICIANシーケンスリードからメタゲノムアセンブリゲノム（MAGs）を回収することで、微生物群集とその構成員に関するさらなる洞察が可能になり、場合によっては単一分離ゲノム用に設計されたツールでそのような配列を解析することもできる。結果の質は配列の質に依存するため、単一分離ゲノム用のツールの性能をMAG上で事前にテストする必要がある。バイオインフォマティクスをレバレッジして、この目的のために、構成が既知の様々な合成テストセットを迅速に作成することができる。 本著者らは、MAGのシミュレーションのための柔軟でユーザーフレンドリーなパイプラインであるMAGICIANを発表する。MAGICIANは、合成メタゲノ…

macでインフォマティクス•8ヶ月前

大規模微生物データセットのためのスケーラブルなコアゲノムアライメント Parsnp 2.02016年以降、NCBIでリファレンスゲノムが利用可能な微生物種の数は3倍以上に増えている。Multiple genome alignmentは、共通の祖先を共有する複数のゲノムのヌクレオチドを特定するプロセスであり、多くの下流の比較解析手法の入力として使用される。Parsnpは、現在のゲノムデータ時代に対応できる数少ないマルチプルゲノムアライメント手法の1つであるが、2014年の最初のリリース以来、メジャーリリースは行われていない。このギャップを解決するために、本著者らはParsnp v2を開発した。Parsnp v2では、ユーザーがプログラムの実行をよりコントロールできるようになり、Par…

市場調査レポート(産業資料)の紹介ブログ•9ヶ月前

バイオテクノロジー機器の世界市場：製品別（細胞培養機器、分析機器）、エンドユーザー別（～2030年） 市場概要 バイオテクノロジー機器の世界市場規模は2022年に862億8000万米ドルと推定され、2023年から2030年にかけて年平均成長率（CAGR）3.94％で成長すると予測されています。精密医療の採用の増加、分子生物学とゲノミクスの知識の増加、医薬品開発のための分光技術の需要の増加は、市場の成長を促進すると予想される要因のいくつかです。さらに、COVID-19、心血管障害、糖尿病、癌などの慢性疾患の有病率の増加が市場成長を促進すると予測されています。パンデミックは、ワクチン開発と診断の需要増加により市場に大きな影響を与え、サプライチェーンと研究室へのアクセスに混乱を引き起こし、自動化と…

NGSデータ解析まとめ•10ヶ月前

GenBankに公開されている魚類ゲノムのファイルを一括でダウンロードする以下は、ほとんど自分用のメモ。 ncbi-genome-downloadなどを使って、NCBI Genomeの魚類ゲノムをまとめてダウンロードしたい場合、"vertebrate_other"を指定すると魚類以外の脊椎動物のゲノムも一緒にダウンロードされてしまうので、ちょっとした工夫が必要になる。そこで、とりあえず以下のような方法でダウンロードしてみた。まず、NCBI genomeから、"Actinopteri"（=条鰭類）で検索し、summaryのテキストファイルをダウンロードする。 2. Cyprinodon nevadensis Cyprinodon nevadensis overview…