(original) (raw)

��ࡱ�>�� XZ����W��������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������@ ��rbjbj�.�. 4X�D�Dr���������������$$$$@�GhPPPPP+++�������$�R"��!�+++++���PP�sss+��P�P�s+�ssZ���PD `/���s�$r�0Gz,�"L�"��������"��x++s+++++����d$i ��$Supplementary Table 7. Likelihood-based statistical comparison of competing evolutionary hypotheses under a model of non-stationary nucleotide frequencies. Data partition!(!PKHPSHPRELLpsbA, All sites  Tree 1-13147.50NANANA0.75 Tree 2-13182.14-34.60.2450.2520.25psbA, 1st and 2nd codon positions Tree 1-4117.33-90.40.0040.0040.003 Tree 2-4026.88NANANA0.997psbD, All sites  Tree 1-9785.28NANANA0.76 Tree 2-9808.98-23.70.2390.2390.24psbA, 1st and 2nd codon positions Tree 1-3020.89-45.7700.0120.0160.009 Tree 2-2975.12NANANA0.991PKH denotes the P-value for the KH normal test of Kishino and Hasegawa (1989). PSH denotes the P-value for the SH test (Shimodaira and Hasegawa, 1999). PRELL denotes the RELL bootstrap proportion (Kishino and Hasegawa, 1989). Note that although tree 1 and tree 2 were not selected independently of the data, neither was selected according to its likelihood score. For both genes, Tree 1grouped lineages along lines of similarity in evolutionary rates and compositional biases, and Tree 2 did not. For both psbA and psbD, individual sequences exhibiting a signature for intragenic recombination (Suppl. Tables 1, 2) were excluded from analysis. Tree 1 was estimated by a Neighbour-Joining analysis of LogDet distances from all sites, and Tree 2 was estimated by a Neighbour-Joining analysis of LogDet distances based on only 1st and 2nd codon positions. Likelihood scores were obtained under non-stationary models of nucleotide frequencies (see Suppl. Table 5 for additional model details). (*< Z \ ^ ` b d f l n r t v ~ � � � � � . 2 5 7 = ? � ���̸̣�̸���̸��~l~[~l~I~I~#hXh�CJH*OJQJ^JaJ hXh�3mCJOJQJ^JaJ#hXh�6�CJOJQJ^JaJ hXh�CJOJQJ^JaJ&hXh�5�CJH*OJQJ^JaJ) jD�hXh�5�CJOJQJ^JaJ&hXh�5�6�CJOJQJ^JaJ#hXh�5�CJOJQJ^JaJh�9G5�CJOJQJ^JaJ#hXh�5�CJOJQJ^JaJ< Z ^ d l t � ������� $$Ifa$gd� $Ifgd�gd�r�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd$$If�l�ֈ��� O��,") IIJIJ t��0�������6������������������������������4�4� la�� � � � � ���� $$Ifa$gd�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd�$$If�l�ֈ��� O��,") ����I����I����J����I����J���� t��0�������6������������������������������������������������4�4� la�� � � � � ���� $$Ifa$gd�� �   8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd�$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�   ! & ���� $$Ifa$gd�& ' ( ) 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd�$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�) * + , - ���� $$Ifa$gd�- . P Q 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd�$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�Q R S T U ���� $$Ifa$gd�U V ` i 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd�$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�i o u { � ���� $$Ifa$gd�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd|$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�� � � � � �    & ( � � � � � � � � � � � � ) * . � % &n z �������޺޺��ި������������sasP hXh6qCJOJQJ^JaJ#hXh}[�CJOJQJ\�^JaJ#hXh6qCJOJQJ\�^JaJ hXh�CJOJQJ^JaJ#hXh�CJH*OJQJ^JaJ#hXh�6�CJOJQJ^JaJ#hXh�CJH*OJQJ^JaJ#hXh�6�CJOJQJ^JaJ hXh�CJOJQJ^JaJ hXh�3mCJOJQJ^JaJ� � � � � ���� $$Ifa$gd�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kdf$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�� � � � � ���� $$Ifa$gd�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kdP$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�� � � � � ���� $$Ifa$gd�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd:$$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�� � � � � ���� $$Ifa$gd�� � � � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd$ $$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�� �   ���� $$Ifa$gd�    8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd $$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�     ���� $$Ifa$gd�  9 : 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd� $$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�: ; < = > ���� $$Ifa$gd�> ? I R 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd� $$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�R Z ` f l ���� $$Ifa$gd�l m w � 8/# $$Ifa$gd� $Ifgd��kd� $$If�l�ֈ��� O��,") ��������I��������I��������J��������I��������J�������� t��0�������6������������������������������������������������������������������4�4� la�� � � � � ���� $$Ifa$gd�� � qr8/-��`��gd��kd� $$If�l�ֈ��� O��,") ����I����I����J����I����J���� t��0�������6������������������������������������������������4�4� la�z � � � � � � � � � � �����PQqr��˹˹˨˚ˉw�w��f�YhXh�OJQJ^J hXh�p�CJOJQJ^JaJ#hXh.\oCJH*OJQJ^JaJ hXh.\oCJOJQJ^JaJhM.�CJOJQJ^JaJ hXh�3mCJOJQJ^JaJ#hXh�6�CJOJQJ^JaJ hXh�CJOJQJ^JaJ hXh6qCJOJQJ^JaJ#hXh6qCJOJQJ\�^JaJ21�h:p� ���/ ��=!�"�#��$��%����� ���$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ��$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������$$If�!vh5�) 5�I5�I5�J5�I5�J#v) #vI#vJ#vI#vJ:V�l t��0�������6�5�) 5�I5�J5�I5�J/� ���������@@��@ @S�NormalCJ_HaJmH sH tH DA���D Default Paragraph FontRi@���R  Table Normal�4� l4�a� (k���(No Listj�@��j @S� Table Grid7:V�0������H�H �/� Balloon TextCJOJQJ^JaJB'�B <�Comment ReferenceCJaJ<"< <� Comment TextCJaJ@j!"@ <�Comment Subject5�\�rX��������������������������!&'()*+,-.PQRSTUV`iou{��������������������������������� 9:;<=>?IRZ`flmw������qt�0��x�0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��� �0��0�0��x� z r+� � � � �  & ) - Q U i � � � � � � � � � �    : > R l � � r  !"#$%&'()*r �8�@�����������0�( � ��B �S ���� ?���.2@E��).�� V]��������NT����CHt�t33�.YB��Jqtt��EP�)������������V��9^��`�V�CJOJQJaJo(�h�H����������^��`���OJQJ^Jo(�h�Ho��p����p^�p`���OJQJo(�h�H����@ ����@ ^�@ `���OJQJo(�h�H��������^�`���OJQJ^Jo(�h�Ho��������^��`���OJQJo(�h�H����������^��`���OJQJo(�h�H����������^��`���OJQJ^Jo(�h�Ho��P����P^�P`���OJQJo(�h�H����E��������X��        ���EZ^��d �p �tT0~~�I�W� �/��d" Y#�d#�U$�R&LL(�T+�,�-$0po0� 1K\1� 21Y2./3^8�59�@;EV;x<m=*>c1?�Cn4C�eD�E�9GKGfH�[Ki]L�iN�QKtQ�S�TQT�(WX\+X�[YMZ6lZc~Zr^=$^;*_�6_l `�\e /im:i�m�3m�;o.\o6qRq�jqGwk3w�7|�}|2~4#6�dY���Tp��5��V��p��t�:F��`�8Z�$�w8�[� I�k��{�Pt�7)�@S�� �B�B �8�>�I!��h�x�Q�I2��q���\j� `����U��.���%-��/�2���{ ���4��I�^��d��i�-N��|����4��_�� �?L�����<��7��e���G��V�`��o��0�M.�}[��f�����������������������!&'()*+,-.PQRSTUV`iou{��������������������������������� 9:;<=>?IRZ`flmw������t�����������������@���|$�����r``@��Unknown������������G��z ��Times New Roman5��Symbol3&� �z ��Arial5&� �za��Tahoma?5� �z ��Courier New;��Wingdings"q���hL�F/L�FL��f�| �| !������24doo 3�q�HX(��?�����������������������d���Supplementary Table 1J. P. Bielawski Matt Sullivan �������Oh��+'��0��������  8 D P \hpx��Supplementary Table 11uppJ. P. Bielawski. PNormaliMatt Sullivani3ttMicrosoft Word 10.0@�Ik@�?;m �@63��s�@:���s��|����՜.��+,��0 hp���� ���� � ��Bielawski Research Groupl oO Supplementary Table 1 Title  !"#$%&'()*+,����./01234����6789:;<=>?@ABCDEF����HIJKLMN����PQRSTUV��������Y������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������Root Entry�������� �F@� ��s�[�Data ������������-1Table����5�"WordDocument����4XSummaryInformation(������������GDocumentSummaryInformation8��������OCompObj������������j������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������ ���� �FMicrosoft Word Document MSWordDocWord.Document.8�9�q