Şahin Çakır | Necmettin Erbakan University (original) (raw)

Papers by Şahin Çakır

Bruselloz; Sığır, koyun, keçi, koç, domuz gibi hayvanlarda özellikle uterus, meme, testis gibi ge... more Bruselloz; Sığır, koyun, keçi, koç, domuz gibi hayvanlarda özellikle uterus, meme, testis gibi genital organlara yerleşerek abortus, infertilite, epidimitis ve orşitise neden olan kronik, bulaşıcı, nekrotik ve yangısal karekterde zoonoz bir hastalıktır (1). Enfekte hayvanların sütleri, süt ürünleri ve atık materyalleriyle etkenler insanlara bulaştıkları için halk sağlığı yönünden tehlike arz etmektedir. Ayrıca hastalık evcil hayvanlarda ciddi ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Dünya'daki yaygın infeksiyöz zoonoz hastalıklardan biridir. Dünya Sağlık Örgütü (WHO) dünya çapında her yıl raporlanan 500.000 insan bruselloz vakasına işaret etmektedir (2). İnsan brusellozu olgularının % 70 'inden B.melitensis, % 25 'inden B.abortus ve % 5'inden de B.suis sorumludur (3) Tablo 1. Brusella türlerinin öncelikli konak tercihleri ve insan için patojenitesi (4,5). *İmmun riski olan bir avcıda B.suis biovar 2 enfeksiyonun bir vakası Fransa'da tanımlanmıştır. **Bir insanda laboratuvar kontaminasyonu İngiltere'de tanımlanmıştır. Enfeksiyonun kaynağı deniz memelilerine dayandırılamamasına rağmen, doğal edinilmiş iki vaka tanımlanmıştır. Özet Bu derleme, Dünya'da yaygın infeksiyöz zoonoz hastalıklardan biri olan, halk sağlığı yönünden tehlike arz eden ve evcil hayvanlarda ciddi ekonomik kayıplara neden olan koyun ve keçi brusellozunun ülkemizde kontrol ve eradikasyonunu sağlamayı ve uygun olan stratejiyi ortaya koymayı amaçlayan güncel bir çalışmadır. Bu kapsamda, güncel literatür taraması yapılarak ülkemizde Tarım ve Orman Bakanlığınca yürütülen sero-survey, kontrol ve eradikasyon çalışmaları incelenmiş ve yürütülen kontrol çalışmalarının fayda-maliyet analizleri değerlendirilmiştir. Sonuç olarak; Ülkemizde küçük ruminantlarda bruselloz hastalığının kontrol ve eradikasyonu ile ilgili yapılacak olan çalışmalara katkı sağlanması amaçlanmıştır.

Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 2021

Türkiye’de Sığır Tüberkülozu (bTB), sığır sürülerinde endemik bir seyir izlemektedir. Bugüne kada... more Türkiye’de Sığır Tüberkülozu (bTB), sığır sürülerinde endemik bir seyir izlemektedir. Bugüne kadar, hastalıkla mücadele amacıyla yürütülen çalışmalardan çeşitli nedenlerden dolayı istenen sonuç elde edilememiştir. Sığır Tüberkülozu mihrak sayıları son yıllarda artmaya devam etmektedir. Bu süreç, ülkemiz hayvan sağlığı ve halk sağlığı için risk artışını, damızlık hayvan kaybını ve sosyo ekonomik kaybı beraberinde getirmektedir. Bu çalışmayla ülkesel olarak sahada bu artışın nedeni olan sorunlar epidemiyolojik olarak belirlenmeye çalışılmıştır. Ayrıca tespit edilen sorunların elde edilen bilgiler ışığında çözüm analizi yapılıp öneriler sunularak, mevcut ulusal mücadele stratejisinin geliştirilmesine katkı sağlanması ve hastalıkla mücadelede politika oluşturma sürecine rehberlik edilmesi amaçlanmıştır. Sığır Tüberkülozu hastalığının doğası ve Türkiye’nin şartları düşünüldüğünde hastalık prevalansının azaltılması için mücadelenin zorlu ve maliyetli olacağı anlaşılmaktadır. Bu çalışma so...

Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, Dec 31, 2018

Etlik veteriner mikrobiyoloji dergisi, Dec 30, 2021

Sığır Tüberkülozu (bTB) Türkiye'de sığır sürülerinde endemik bir seyir izlemektedir. Bugüne kadar... more Sığır Tüberkülozu (bTB) Türkiye'de sığır sürülerinde endemik bir seyir izlemektedir. Bugüne kadar, hastalıkla mücadele amacıyla yürütülen çalışmalardan çeşitli nedenlerden dolayı istenen sonuç elde edilememiştir. Sığır Tüberkülozu mihrak sayıları son yıllarda artmaya devam etmektedir. Bu süreç, ülkemiz hayvan sağlığı ve halk sağlığı için risk artışını, damızlık hayvan kaybını ve sosyo ekonomik kaybı beraberinde getirmektedir. Bu çalışmayla ülkesel olarak sahada bu artışın nedeni olan sorunlar epidemiyolojik olarak belirlenmeye çalışılmıştır. Ayrıca tespit edilen sorunların elde edilen bilgiler ışığında çözüm analizi yapılıp öneriler sunularak, mevcut ulusal mücadele stratejisinin geliştirilmesine katkı sağlanması ve hastalıkla mücadelede politika oluşturma sürecine rehberlik edilmesi amaçlanmıştır. Sığır Tüberkülozu hastalığının doğası ve Türkiye'nin şartları düşünüldüğünde hastalık prevalansının azaltılması için mücadelenin zorlu ve maliyetli olacağı anlaşılmaktadır. Bu çalışma sonucunda, sadece bu işe odaklanacak bir veteriner hizmetleri teşkilat yapısının yeniden oluşturulup, tüm paydaşlarla birlikte uzun sürede ve sabırla yürütülecek bir çalışmayla hastalığın prevalansı azaltılıp, kademeli ari bölgeler oluşturularak başarıya ulaşılacağı kanaatine varılmıştır.

Etlik veteriner mikrobiyoloji dergisi, Jun 20, 2023

Tarımsal Araştırmalar Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) güçlü alt yapısı ve uzman personeliyle ... more Tarımsal Araştırmalar Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) güçlü alt yapısı ve uzman personeliyle ülkemizde tarımsal araştırmaları destekleyen en önemli kurumlardan birisidir. Çalışmamızda 1992-2022 yılları arasında TAGEM tarafından hayvan sağlığı alanında desteklenerek sonuçlandırılmış 317 projeden üretilmiş bilimsel yayınların bibliyometrik analizi yapılmıştır. Enstitülerin sonuçlandırdıkları proje sayıları incelediğinde Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü 57 projeyle ilk sırada, bilimsel performansları incelendiğinde ise, Elazığ Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü'nün ilk sırada yer aldığı görülmüştür. Proje sonuçlarının bir çıktısı olarak uluslararası ve ulusal dergilerde 142 makalenin yayımlandığı tespit edilmiştir. Projelerin kelime yoğunluk dağılım bulutu incelediğinde sırasıyla koyun, aşı, sığır, şap, ELISA, virus ve PCR en çok kullanılan anahtar kelimeler olmuştur. Yayımlanan makalelerin bilim dallarına göre dağılımları incelendiğinde ise, en çok mikrobiyoloji (53 makale) alanında yayım yapıldığı, bunu sırasıyla viroloji (46 makale), parazitoloji (22 makale), biyokimya, farmakoloji ve toksikoloji ile patoloji bilim dallarının takip ettiği belirlenmiştir. Projelerden yayımlanan makalelerin %69,7'lik oranının mikrobiyoloji ve viroloji bilim dallarından, %4,2'lik oranının ise farmakoloji ve toksikoloji bilim dalından olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmayla ilk defa TAGEM'in hayvan sağlığı alanında desteklediği araştırma projelerinden üretilen bilimsel yayımların bibliyometrik analizi yapılmıştır. Elde edilen bulgularla araştırmaları yürüten enstitülerin bilimsel performansı karşılaştırılmalı bir şekilde ortaya konulmuştur. Anahtar kelimeler incelenerek araştırma eğilimleri belirlenmiştir. Elde edilen bulguların araştırma ve insan kaynağı politikaları için önemli veriler içerdiği tespit edilmiştir.

DergiPark (Istanbul University), Dec 31, 2018

Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 2023

Since the beginning of the XXI. century, it has been seen that bovine tuberculosis (bTB) disease ... more Since the beginning of the XXI. century, it has been seen that bovine tuberculosis (bTB) disease in Türkiye has both increased in the number of outbreaks and gradually spread throughout the country. This study aims to map the spatial distribution of bTB between 2017 and 2021 at the scale of outbreak premises. Besides, the basic data of the research, which includes the results of the filiation studies carried out in the outbreak premises, were taken from the veterinary information system. The inclusion of the geographical coordinates of each premises with a bTB outbreak in the system has enabled point mapping of the data throughout Türkiye by using geographical information systems. As a result, the spatial distribution of the number of bTB outbreaks both in Türkiye and in the province of Erzurum, annual and five-years temporal distribution patterns, filiation graphs of the disease, and animal movements in the outbreak premises were revealed. Although the number of bTB outbreaks varie...

Bu derleme, Dunya’da yaygin infeksiyoz zoonoz hastaliklardan biri olan, halk sagligi yonunden teh... more Bu derleme, Dunya’da yaygin infeksiyoz zoonoz hastaliklardan biri olan, halk sagligi yonunden tehlike arz eden ve evcil hayvanlarda ciddi ekonomik kayiplara neden olan koyun ve keci brusellozunun ulkemizde kontrol ve eradikasyonunu saglamayi ve uygun olan stratejiyi ortaya koymayi amaclayan guncel bir calismadir. Bu kapsamda, guncel literatur taramasi yapilarak ulkemizde Tarim ve Orman Bakanliginca yurutulen sero-survey, kontrol ve eradikasyon calismalari incelenmis ve yurutulen kontrol calismalarinin fayda-maliyet analizleri degerlendirilmistir. Sonuc olarak; Ulkemizde kucuk ruminantlarda bruselloz hastaliginin kontrol ve eradikasyonu ile ilgili yapilacak olan calismalara katki saglanmasi amaclanmistir.

TURKISH JOURNAL OF MEDICAL SCIENCES, 2021

Background/aim: SARS-CoV-2 disease was announced as a pandemic by The World Health Organization i... more Background/aim: SARS-CoV-2 disease was announced as a pandemic by The World Health Organization in on early 2020. It is still threatening the world population. Here, we aimed to produce hyperimmune sera that contain immunoglobulin G and F(ab')2 fragments sourced from horse antibodies as an urgent response to the pandemic. Materials and methods: SARS-CoV-2 was produced and inactivated with three different methods [formaldehyde (FA), formaldehyde, and binary ethylene amine (FA+BEI), and heat treatment]. After invitro in vitro inactivation control, immunogens were mixed with Freund's adjuvant, thereafter horses (n: 2 for FA, 4 for FA + BEI, 2 for Heat inactivation) and New Zealand rabbits (n: 6 for FA, 6 for FA + BEI, 6 for Heat inactivation) were immunized four times. Neutralizing antibody levels of the sera were measured at the 4 th , 6 th , and 8 th weeks. When the antibodies were detected at the peak level, plasma was collected from horses and hyperimmune sera procured after the purification process. Results: Horses and rabbits produced highly neutralizing antibodies against the SARS-CoV-2 in FA and FA + BEI inactivation groups, foreign proteins were removed effectively after purification. Conclusion: This study presents a profitable practice to develop horse-specific antisera against SARS-CoV-2 for emergency and low-cost response. In further studies, new purification methods can be used to increase the efficiency of the final product.

Etlik Veteriner Mikrobiyoloji Dergisi, 2021

This research aims to reveal the temporal changes and spatial patterns of Bovine Tuberculosis (bT... more This research aims to reveal the temporal changes and spatial patterns of Bovine Tuberculosis (bTB) in Turkey in the last 16 years using OIE and MoAF data. Considering the zoonotic character and socio-economic impact of the disease, the rapid increase in the number of bTB outbreaks has reached alarming levels recently. As a matter of fact, around 20-fold increase in the number of outbreaks between 2005 and 2020 clearly shows this. In the same period, the compensation payment of approximately 611 million new TL (₺) for 168,244 cattle that were conditionally slaughtered and died due to illness reveals the economic impact of the disease. Also, it is known that human cases are caused by M. bovis, although at a low rate (5.3%). In parallel with the increase in the number of bTB outbreaks, it has spread throughout the country (except for some provinces) geographically. It is important to fight bTB disease effectively, to reduce the risks to public health and the socio-economic losses caus...

TAGEM tarafından desteklenen hayvan sağlığı araştırma projelerinden üretilen makalelerin bilim dallarına göre bibliyometrik analizi, 2023

Tarımsal Araştırmalar Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) güçlü alt yapısı ve uzman personeliyle ... more Tarımsal Araştırmalar Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM) güçlü alt yapısı ve uzman personeliyle ülkemizde tarımsal araştırmaları destekleyen en önemli kurumlardan birisidir. Çalışmamızda 1992-2022 yılları arasında TAGEM tarafından hayvan sağlığı alanında desteklenerek sonuçlandırılmış 317 projeden üretilmiş bilimsel yayınların bibliyometrik analizi yapılmıştır. Enstitülerin sonuçlandırdıkları proje sayıları incelediğinde Veteriner Kontrol Merkez Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü 57 projeyle ilk sırada, bilimsel performansları incelendiğinde ise, Elazığ Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü’nün ilk sırada yer aldığı görülmüştür. Proje sonuçlarının bir çıktısı olarak uluslararası ve ulusal dergilerde 142 makalenin yayımlandığı tespit edilmiştir. Projelerin kelime yoğunluk dağılım bulutu incelediğinde sırasıyla koyun, aşı, sığır, şap, ELISA, virus ve PCR en çok kullanılan anahtar kelimeler olmuştur. Yayımlanan makalelerin bilim dallarına göre dağılımları incelendiğinde ise, en çok mikrobiyoloji (53 makale) alanında yayım yapıldığı, bunu sırasıyla viroloji (46 makale), parazitoloji (22 makale), biyokimya, farmakoloji ve toksikoloji ile patoloji bilim dallarının takip ettiği belirlenmiştir. Projelerden yayımlanan makalelerin %69,7’lik oranının mikrobiyoloji ve viroloji bilim dallarından, %4,2’lik oranının ise farmakoloji ve toksikoloji bilim dalından olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışmayla ilk defa TAGEM’in hayvan sağlığı alanında desteklediği araştırma projelerinden üretilen bilimsel yayımların bibliyometrik analizi yapılmıştır. Elde edilen bulgularla araştırmaları yürüten enstitülerin bilimsel performansı karşılaştırılmalı bir şekilde ortaya konulmuştur. Anahtar kelimeler incelenerek araştırma eğilimleri belirlenmiştir. Elde edilen bulguların araştırma ve insan kaynağı politikaları için önemli veriler içerdiği tespit edilmiştir.

Mapping and filiation of bovine tuberculosis outbreaks in Türkiye (2017-2021), 2023

Since the beginning of the XXI st century, it has been seen that bovine tuberculosis (bTB) diseas... more Since the beginning of the XXI st century, it has been seen that bovine tuberculosis (bTB) disease in Türkiye has both increased in the number of outbreaks and gradually spread throughout the country. This study aims to map the spatial distribution of bTB between 2017 and 2021 at the scale of outbreak premises. Besides, the basic data of the research, which includes the results of the filiation studies carried out in the outbreak premises, were taken from the veterinary information system. The inclusion of the geographical coordinates of each premises with a bTB outbreak in the system has enabled point mapping of the data throughout Türkiye by using geographical information systems. As a result, the spatial distribution of the number of bTB outbreaks both in Türkiye and in the province of Erzurum, annual and five-years temporal distribution patterns, filiation graphs of the disease, and animal movements in the outbreak premises were revealed. Although the number of bTB outbreaks varies according to years, thanks to the fact that the spatial scale in the data is at the premises level, the clustering areas in the country are determined in much more detail than the distribution maps according to the provinces. Two points provide as a concise summary of the findings. The first is to explain the spatial spread of bTB across the country; secondly, it is expected to guide decision-makers to identify target intervention areas in the fight against the disease and to determine the national fight strategy.

Epidemiological investigation of bovine tuberculosis infection dynamics in Turkey, 2022

A national epidemiological research project was carried out to define the dynamics affecting the ... more A national epidemiological research project was carried out to define the dynamics affecting the epidemiology of bovine
tuberculosis (bTB) infection in Turkey and to identify the risk factors. Official veterinarian (OV) and breeder original questionnaires
were produced separately as part of this study to collect thorough data regarding the disease from the field. The number of questionnaires
that needed to be filled out was decided by 95% confidence interval (CI) and 5% margin of error. The findings of 371 OV and 317
breeder questionnaires completed online across the country were analyzed. In addition, 28 outbreaks determined by random method
were visited. To observe regional differences and field conditions, the opinions of OVs who monitored the disease and breeders were
compiled. It was observed that the data obtained from both questionnaires was largely compatible. The main factors in the epidemiology
of bTB infection were found to be effective fight, development of state policy, providing adequate financing, animal purchase, ear tagging
and records, animal traders, animal markets, animal movements, conditional slaughtering, slaughterhouses, postmortem inspection,
premise conditions, socio-economic impact, evaluation of raw milk, disease-free premises, compensation payments, and quarantine
processes

Türkiye’de sığır tüberkülozu enfeksiyonun epidemiyolojik sorunları ve çözüm analizi, 2021

Temporal and spatial distribution of bovine tuberculosis outbreaks in Turkey (2005-2020), 2021

This research aims to reveal the temporal changes and spatial patterns of Bovine Tuberculosis (bT... more This research aims to reveal the temporal changes and spatial patterns of Bovine Tuberculosis (bTB) in Turkey in the last 16 years using OIE and MoAF data. Considering the zoonotic character and socioeconomic impact of the disease, the rapid increase in the number of bTB outbreaks has reached alarming levels recently. As a matter of fact, around 20-fold increase in the number of outbreaks between 2005 and 2020 clearly shows this. In the same period, the compensation payment of approximately 611 million new TL (₺) for 168,244 cattle that were conditionally slaughtered and died due to illness reveals the economic impact of the disease. Also, it is known that human cases are caused by M. bovis, although at a low rate (5.3%). In parallel with the increase in the number of bTB outbreaks, it has spread throughout the country (except for some provinces) geographically. It is important to fight bTB disease effectively, to reduce the risks to public health and the socioeconomic losses caused by the disease. For this reason, it is extremely important to monitor the temporal course of the disease outbreaks epidemiologically and to reveal their spatial patterns at various scales. For an effective fight against bTB, it is vital to monitor, analyze, and put into practice the temporal changes and spatial distribution dynamics of all the variables (especially animal movements) of the transmission dynamics in the epidemiology of the disease.

History repeats itself: horse originated hyperimmune sera production against SARS CoV-2, 2021

Background/aim: SARS-CoV-2 disease was announced as a pandemic by The World Health Organization i... more Background/aim: SARS-CoV-2 disease was announced as a pandemic by The World Health Organization in early 2020. It is still threatening the world population. Here, we aimed to produce hyperimmune sera that contain immunoglobulin G and F(ab')2 fragments sourced from horse antibodies as an urgent response to the pandemic. Materials and methods: SARS-CoV-2 was produced and inactivated with three different methods [formaldehyde (FA), formaldehyde, and binary ethylene amine (FA + BEI), and heat treatment]. After in vitro inactivation control, immunogens were mixed with Freund's adjuvant, thereafter horses (n: 2 for FA, 4 for FA + BEI, 2 for heat inactivation) and New Zealand rabbits (n: 6 for FA, 6 for FA + BEI, 6 for heat inactivation) were immunized four times. Neutralizing antibody levels of the sera were measured at the 4th, 6th, and 8th weeks. When the antibodies were detected at the peak level, plasma was collected from horses and hyperimmune sera procured after the purification process. Results: Horses and rabbits produced highly neutralizing antibodies against the SARS-CoV-2 in FA and FA + BEI inactivation groups, foreign proteins were removed effectively after purification. Conclusion: This study presents a profitable practice to develop specific antisera in horses against SARS-CoV-2 for emergency and low-cost response. In further studies, new purification methods can be used to increase the efficiency of the final product.

Dicle Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2018

Bu derleme, Dünya’da yaygın infeksiyöz zoonoz hastalıklardan biri olan, halk sağlığı yönünden teh... more Bu derleme, Dünya’da yaygın infeksiyöz zoonoz hastalıklardan biri olan, halk sağlığı yönünden tehlike arz eden ve evcil hayvanlarda ciddi ekonomik kayıplara neden olan koyun ve keçi brusellozunun ülkemizde kontrol ve eradikasyonunu sağlamayı ve uygun olan stratejiyi ortaya koymayı amaçlayan güncel bir çalışmadır. Bu kapsamda, güncel literatür taraması yapılarak ülkemizde Tarım ve Orman Bakanlığınca yürütülen sero-survey, kontrol ve eradikasyon çalışmaları incelenmiş ve yürütülen kontrol çalışmalarının fayda-maliyet analizleri değerlendirilmiştir. Sonuç olarak; Ülkemizde küçük ruminantlarda bruselloz hastalığının kontrol ve eradikasyonu ile ilgili yapılacak olan çalışmalara katkı sağlanması amaçlanmıştır.