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Papers by Aravind Somanchi
The unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii can adapt to limiting CO2 conditions through... more The unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii can adapt to limiting CO2 conditions through the action of a CO2 concentrating mechanism (CCM). When grown on elevated CO2 (10 to 100 times ambient levels of CO2), C. reinhardtii exhibits relatively poor affinity for external inorganic carbon. However if cells grown on elevated CO2 are switched to low CO2 conditions (ambient levels of C2 the alga will adapt to the limiting CO2 environment within four hours. During this adaptation a number of new proteins are synthesized and significant morphological changes occur. We have found that over 90% of the Rubisco within the cell is localized to the pyrenoid when cells are grown on low CO2 conditions. In contrast, in cells grown on elevated CO2 a majority of the Rubisco (60%) is found in the chloroplast stroma. In addition to the redistribution of Rubisco, messages encoding three isoforms of carbonic anhydrase, a cyclophilin and three novel membrane proteins increase under low CO2 conditi...
<b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspect... more <b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspectives on signaling from the chloroplast to the nucleus"Genome Biology 2001;2(8):reviews1021.1-reviews1021.4.Published online 30 Jul 2001PMCID:PMC138953.Copyright © 2001 BioMed Central Ltd H, I and D are the ChlH, ChlI and ChlD subunits of Mg-chelatase, respectively; the octagons represent possible receptors for proto IX (pink) and MgProtoME (orange), respectively; the yellow ovals represent unidentified chloroplast envelope proteins involved in signal transduction. Plus and minus signs denote a positive or negative effect on transcription in the nucleus, respectively.
Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses ... more Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses recombinees produisant des huiles a base de triglycerides presentant des profils d'acides gras et regiospecifiques ou stereospecifiques recherches. Parmi les genes manipules, on peut citer ceux codant pour la stearoyl-ACP-desaturase, la desaturase d'acide gras delta 12, l'acyl-ACP thioesterase, la cetoacyl-ACP synthase et l'acylatransferase de l'acide lysophosphatidique. L'huile produite peut presenter une stabilite oxydative ou thermique amelioree, ou peut etre utilisee en tant qu'huile de friture, matiere grasse de cuisson, matiere grasse pour feuilletage, graisse de temperage, substitut au beurre de cacao, lubrifiant ou matiere premiere pour divers processus chimiques. Le profil en acides gras peut etre enrichi en profils a chaine moyenne ou l'huile peut etre enrichie en triglycerides de type sature-insature-sature.
Biochemical Society Transactions, 2001
The HMG-B (HMB-box) family of relatively abundant chromosomal proteins bend linear D N A and bind... more The HMG-B (HMB-box) family of relatively abundant chromosomal proteins bend linear D N A and bind preferentially to various distorted D N A substrates. The prototype members of this family, vertebrate H M G l and 2, have two H M G boxes and a long acidic tail. H M G l and 2 promote the binding of several sequence-specific proteins to their cognate D N A sites and appear to be recruited to these sites through protein-protein interactions. Through their ability to bend D N A they may promote interactions between the transcription factor and further sequence-specific DNA-binding proteins, performing an "architectural" role in the formation of nucleoprotein complexes. The two H M G boxes are likely to have different roles; although similar, they show significant structural differences, as well as functional differences in vitro. O n e role of the acidic tail may be to modulate the DNA-binding properties of the H M G boxes. It lowers the affinity for most D N A substrates but has little effect on binding of the H M G boxes to D N A minicircles, in which the D N A is highly distorted.
How do algae concentrate CO How do algae concentrate CO 2 2 to increase the efficiency of to incr... more How do algae concentrate CO How do algae concentrate CO 2 2 to increase the efficiency of to increase the efficiency of photosynthetic carbon fixation? photosynthetic carbon fixation?
<b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspect... more <b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspectives on signaling from the chloroplast to the nucleus"Genome Biology 2001;2(8):reviews1021.1-reviews1021.4.Published online 30 Jul 2001PMCID:PMC138953.Copyright © 2001 BioMed Central Ltd Solid arrows represent single steps; dashed arrows represent multiple steps; open arrows represent catalysis by an enzyme. Abbreviations: protogen IX, protoporphyrinogen IX; proto IX, protoporphyrin IX; MgProto, Mg-protoporphyrin IX; MgProtoME, Mg-protoporphyrin monomethyl ester; PPO, protoporphyrinogen IX oxidase.
<b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspect... more <b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspectives on signaling from the chloroplast to the nucleus"Genome Biology 2001;2(8):reviews1021.1-reviews1021.4.Published online 30 Jul 2001PMCID:PMC138953.Copyright © 2001 BioMed Central Ltd PPO oxidizes protogen IX to proto IX in the chloroplast envelope (dark gray), whereupon it is imported back into the stroma by atABC1 and an integral membrane protein. In the mutant (shown in blue), proto IX import is inhibited, allowing its accumulation in the cytoplasm. In the presence of flumioxazin (shown in green), PPO is inhibited, allowing protogen IX into the cytoplasm where it is oxidized non-specifically to proto IX, thus mimicking the phenotype. Adapted from []; for abbreviations, see Figure legend.
Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses ... more Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses recombinees produisant des huiles a base de triglycerides presentant des profils d'acides gras et regiospecifiques ou stereospecifiques recherches. Parmi les genes manipules, on peut citer ceux codant pour la stearoyl-ACP-desaturase, la desaturase d'acide gras delta 12, l'acyl-ACP thioesterase, la cetoacyl-ACP synthase et l'acylatransferase de l'acide lysophosphatidique. L'huile produite peut presenter une stabilite oxydative ou thermique amelioree, ou peut etre utilisee en tant qu'huile de friture, matiere grasse de cuisson, matiere grasse pour feuilletage, graisse de temperage, substitut au beurre de cacao, lubrifiant ou matiere premiere pour divers processus chimiques. Le profil en acides gras peut etre enrichi en profils a chaine moyenne ou l'huile peut etre enrichie en triglycerides de type sature-insature-sature.
L'invention concerne des procedes et compositions pour la production d'huile, de carburan... more L'invention concerne des procedes et compositions pour la production d'huile, de carburants, de produits oleochimiques, et d'autres composes dans des microorganismes recombinants, comprenant des microorganismes oleagineux, et des procedes de culture a faible cout de tels microorganismes. Des cellules de microalgues contenant des genes exogenes codant pour, par exemple, une lipase, un transporteur du saccharose, une saccharose invertase, une fructokinase, une enzyme degradant les polysaccharides, une enzyme cetoacyle-ACP synthase, un acyle gras-ACP thioesterase, une acyle gras-CoA/aldehyde reductase, une acyle gras-CoA reductase, une aldehyde gras reductase, une acide gras hydroxylase, une enzyme desaturase, une aldehyde gras decarbonylase et/ou une proteine support d'acyle, qui sont utiles dans la fabrication de carburants de transport, tel que du diesel renouvelable, du biodiesel, et du carburant d'aviation renouvelable, ainsi que des produits oleochimiques, tel...
L'invention concerne des compositions pour le soin de la peau a base de microalgues, ainsi qu... more L'invention concerne des compositions pour le soin de la peau a base de microalgues, ainsi que des procedes pour ameliorer la sante et l'aspect de la peau. L'invention concerne egalement des methodes d'utilisation de polysaccharides pour des applications telles que des produits topiques de soins personnels, des cosmetiques et des compositions destinees a reduire les rides. L'invention concerne par ailleurs de nouvelles compositions decolorees a base de microalgues qui sont utiles pour ameliorer la sante et l'aspect de la peau. L'invention concerne en outre des particules polysaccharidiques insolubles a appliquer sur la peau.
The unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii can adapt to limiting CO2 conditions through... more The unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii can adapt to limiting CO2 conditions through the action of a CO2 concentrating mechanism (CCM). When grown on elevated CO2 (10 to 100 times ambient levels of CO2), C. reinhardtii exhibits relatively poor affinity for external inorganic carbon. However if cells grown on elevated CO2 are switched to low CO2 conditions (ambient levels of C2 the alga will adapt to the limiting CO2 environment within four hours. During this adaptation a number of new proteins are synthesized and significant morphological changes occur. We have found that over 90% of the Rubisco within the cell is localized to the pyrenoid when cells are grown on low CO2 conditions. In contrast, in cells grown on elevated CO2 a majority of the Rubisco (60%) is found in the chloroplast stroma. In addition to the redistribution of Rubisco, messages encoding three isoforms of carbonic anhydrase, a cyclophilin and three novel membrane proteins increase under low CO2 conditi...
<b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspect... more <b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspectives on signaling from the chloroplast to the nucleus"Genome Biology 2001;2(8):reviews1021.1-reviews1021.4.Published online 30 Jul 2001PMCID:PMC138953.Copyright © 2001 BioMed Central Ltd H, I and D are the ChlH, ChlI and ChlD subunits of Mg-chelatase, respectively; the octagons represent possible receptors for proto IX (pink) and MgProtoME (orange), respectively; the yellow ovals represent unidentified chloroplast envelope proteins involved in signal transduction. Plus and minus signs denote a positive or negative effect on transcription in the nucleus, respectively.
Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses ... more Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses recombinees produisant des huiles a base de triglycerides presentant des profils d'acides gras et regiospecifiques ou stereospecifiques recherches. Parmi les genes manipules, on peut citer ceux codant pour la stearoyl-ACP-desaturase, la desaturase d'acide gras delta 12, l'acyl-ACP thioesterase, la cetoacyl-ACP synthase et l'acylatransferase de l'acide lysophosphatidique. L'huile produite peut presenter une stabilite oxydative ou thermique amelioree, ou peut etre utilisee en tant qu'huile de friture, matiere grasse de cuisson, matiere grasse pour feuilletage, graisse de temperage, substitut au beurre de cacao, lubrifiant ou matiere premiere pour divers processus chimiques. Le profil en acides gras peut etre enrichi en profils a chaine moyenne ou l'huile peut etre enrichie en triglycerides de type sature-insature-sature.
Biochemical Society Transactions, 2001
The HMG-B (HMB-box) family of relatively abundant chromosomal proteins bend linear D N A and bind... more The HMG-B (HMB-box) family of relatively abundant chromosomal proteins bend linear D N A and bind preferentially to various distorted D N A substrates. The prototype members of this family, vertebrate H M G l and 2, have two H M G boxes and a long acidic tail. H M G l and 2 promote the binding of several sequence-specific proteins to their cognate D N A sites and appear to be recruited to these sites through protein-protein interactions. Through their ability to bend D N A they may promote interactions between the transcription factor and further sequence-specific DNA-binding proteins, performing an "architectural" role in the formation of nucleoprotein complexes. The two H M G boxes are likely to have different roles; although similar, they show significant structural differences, as well as functional differences in vitro. O n e role of the acidic tail may be to modulate the DNA-binding properties of the H M G boxes. It lowers the affinity for most D N A substrates but has little effect on binding of the H M G boxes to D N A minicircles, in which the D N A is highly distorted.
How do algae concentrate CO How do algae concentrate CO 2 2 to increase the efficiency of to incr... more How do algae concentrate CO How do algae concentrate CO 2 2 to increase the efficiency of to increase the efficiency of photosynthetic carbon fixation? photosynthetic carbon fixation?
<b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspect... more <b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspectives on signaling from the chloroplast to the nucleus"Genome Biology 2001;2(8):reviews1021.1-reviews1021.4.Published online 30 Jul 2001PMCID:PMC138953.Copyright © 2001 BioMed Central Ltd Solid arrows represent single steps; dashed arrows represent multiple steps; open arrows represent catalysis by an enzyme. Abbreviations: protogen IX, protoporphyrinogen IX; proto IX, protoporphyrin IX; MgProto, Mg-protoporphyrin IX; MgProtoME, Mg-protoporphyrin monomethyl ester; PPO, protoporphyrinogen IX oxidase.
<b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspect... more <b>Copyright information:</b>Taken from "Interorganellar crosstalk: new perspectives on signaling from the chloroplast to the nucleus"Genome Biology 2001;2(8):reviews1021.1-reviews1021.4.Published online 30 Jul 2001PMCID:PMC138953.Copyright © 2001 BioMed Central Ltd PPO oxidizes protogen IX to proto IX in the chloroplast envelope (dark gray), whereupon it is imported back into the stroma by atABC1 and an integral membrane protein. In the mutant (shown in blue), proto IX import is inhibited, allowing its accumulation in the cytoplasm. In the presence of flumioxazin (shown in green), PPO is inhibited, allowing protogen IX into the cytoplasm where it is oxidized non-specifically to proto IX, thus mimicking the phenotype. Adapted from []; for abbreviations, see Figure legend.
Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses ... more Des techniques de recombinaison d'ADN sont utilisees pour produire des cellules oleagineuses recombinees produisant des huiles a base de triglycerides presentant des profils d'acides gras et regiospecifiques ou stereospecifiques recherches. Parmi les genes manipules, on peut citer ceux codant pour la stearoyl-ACP-desaturase, la desaturase d'acide gras delta 12, l'acyl-ACP thioesterase, la cetoacyl-ACP synthase et l'acylatransferase de l'acide lysophosphatidique. L'huile produite peut presenter une stabilite oxydative ou thermique amelioree, ou peut etre utilisee en tant qu'huile de friture, matiere grasse de cuisson, matiere grasse pour feuilletage, graisse de temperage, substitut au beurre de cacao, lubrifiant ou matiere premiere pour divers processus chimiques. Le profil en acides gras peut etre enrichi en profils a chaine moyenne ou l'huile peut etre enrichie en triglycerides de type sature-insature-sature.
L'invention concerne des procedes et compositions pour la production d'huile, de carburan... more L'invention concerne des procedes et compositions pour la production d'huile, de carburants, de produits oleochimiques, et d'autres composes dans des microorganismes recombinants, comprenant des microorganismes oleagineux, et des procedes de culture a faible cout de tels microorganismes. Des cellules de microalgues contenant des genes exogenes codant pour, par exemple, une lipase, un transporteur du saccharose, une saccharose invertase, une fructokinase, une enzyme degradant les polysaccharides, une enzyme cetoacyle-ACP synthase, un acyle gras-ACP thioesterase, une acyle gras-CoA/aldehyde reductase, une acyle gras-CoA reductase, une aldehyde gras reductase, une acide gras hydroxylase, une enzyme desaturase, une aldehyde gras decarbonylase et/ou une proteine support d'acyle, qui sont utiles dans la fabrication de carburants de transport, tel que du diesel renouvelable, du biodiesel, et du carburant d'aviation renouvelable, ainsi que des produits oleochimiques, tel...
L'invention concerne des compositions pour le soin de la peau a base de microalgues, ainsi qu... more L'invention concerne des compositions pour le soin de la peau a base de microalgues, ainsi que des procedes pour ameliorer la sante et l'aspect de la peau. L'invention concerne egalement des methodes d'utilisation de polysaccharides pour des applications telles que des produits topiques de soins personnels, des cosmetiques et des compositions destinees a reduire les rides. L'invention concerne par ailleurs de nouvelles compositions decolorees a base de microalgues qui sont utiles pour ameliorer la sante et l'aspect de la peau. L'invention concerne en outre des particules polysaccharidiques insolubles a appliquer sur la peau.