I. Kofiadi - Academia.edu (original) (raw)
Papers by I. Kofiadi
Background The vast majority of SARS-CoV-2 vaccines which are licensed or under development focus... more Background The vast majority of SARS-CoV-2 vaccines which are licensed or under development focus on the spike (S) protein and its receptor binding domain (RBD). However, S and RBD from SARS-CoV-2 variants of concerns show considerable sequence variations and repeated injections for boosting specific immunity are necessary. Aim of this study was to develop and characterize a SARS-CoV-2 vaccine targeting the highly conserved nucleocapsid (N) protein. Methods Recombinant N protein was expressed in Escherichia coli, purified to homogeneity by chromatography and characterized by SDS-PAGE, immunoblotting, mass spectrometry, dynamic light scattering and differential scanning calorimetry. The N protein vaccine was obtained by formulation of recombinant N as squalane-based emulsion and used to immunize Balb/c mice, NOD scid gamma (NSG) mice engrafted with human PBMC, rabbits and marmoset monkeys to study safety as well as antibody and cellular immunity using ELISA for antibodies, measuremen...
Immunologiya, 2020
Для корреспонденции Зулькарнаев Алексей Батыргараевичдоктор медицинских наук, профессор кафедры т... more Для корреспонденции Зулькарнаев Алексей Батыргараевичдоктор медицинских наук, профессор кафедры трансплантологии, нефрологии и искусственных органов факультета усовершенствования врачей ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»,
Vaccines, 2022
Understanding the T cell response to SARS-CoV-2 is critical to vaccine development, epidemiologic... more Understanding the T cell response to SARS-CoV-2 is critical to vaccine development, epidemiological surveillance, and control strategies for this disease. This review provides data from studies of the immune response in coronavirus infections. It describes general mechanisms of immunity, its T cell components, and presents a detailed scheme of the T cell response in SARS-CoV-2 infection, including from the standpoint of determining the most promising targets for assessing its level. In addition, we reviewed studies investigating post-vaccination immunity in the development of vaccines against COVID-19. This review also includes the peculiarities of immunity in different age and gender groups, and in the presence of a number of factors, for example, comorbidity or disease severity. This study summarizes the most informative methods for assessing the immune response to SARS-CoV-2 infection.
Agrarian science
Relevance. Despite the more than 20-year history of research, the study of the polymorphism of th... more Relevance. Despite the more than 20-year history of research, the study of the polymorphism of the kappacasein (CSN3) gene in domestic dairy cattle breeds and its effect on the indicators of dairy productivity of cows is still relevant. The largest number of domestic studies on the kappa-casein gene was carried out on the Black-and-White and Yaroslavl breeds, while the Kostroma breed of dairy cattle in this area has not been studied enough.Methods. The source of DNA for analysis was whole blood taken from the tail vein of animals and treated with a set of reagents "Proba-NK" ("NPO DNA Technology" LLC, Russia) according to the manufacturer’s instructions. Genotyping of the single-nucleotide polymorphism of the kappa-casein gene (rs43703017) was implemented by real-time PCF using the "DTprime" amplifier ("NPO DNA Technology" LLC, Russia) and HRM-analysis technology (high resolution melting). The results were processed using methods of zootechnic...
BACKGROUND Severe acute respiratory syndrome corona virus (SARS-CoV-2) infection frequently cause... more BACKGROUND Severe acute respiratory syndrome corona virus (SARS-CoV-2) infection frequently causes severe and prolonged disease but only few specific treatments are available. We aimed to investigate safety and efficacy of a SARS-CoV-2-specific siRNA-peptide dendrimer formulation (MIR 19 ®) targeting a conserved sequence in known SARS-CoV-2 variants for treatment of COVID-19. METHODS We conducted an open-label, randomized controlled multicenter phase II trial (NCT05184127) evaluating safety and efficacy of inhaled MIR 19 ® (3.7mg and 11.1 mg/day: groups 1 and 2, respectively) in comparison with standard etiotropic drug treatment (group 3) in patients hospitalized with moderate COVID-19. The primary endpoint was the time to clinical improvement according to predefined criteria within 14 days of randomization. RESULTS Patients from group1 had a significantly reduced (median 6 days (95% confidence interval [CI]: 5-7, HR 1.75, P=0.0005) time to clinical improvement compared to patients ...
Immunologiya, 2021
Влияние локального подавления экспрессии гена Stat3 на нейтрофильное воспаление легких в эксперим... more Влияние локального подавления экспрессии гена Stat3 на нейтрофильное воспаление легких в экспериментальной модели на мышах 1 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства, 115522, г. Москва, Российская Федерация 2 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии-МВА имени К.И. Скрябина Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, 109472, г. Москва, Российская Федерация 3 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет), 119991, г. Москва, Российская Федерация 4 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 117997, г. Москва, Российская Федерация Резюме Введение. Бронхиальная астма (БА)-это хроническое воспалительное заболевание дыхательных путей. Длительное время считалось, что БА развивается исключительно по Th2-зависимому механизму, однако к настоящему времени выделяют несколько фенотипов заболевания, один из них-нейтрофильная БА. У таких пациентов болезнь характеризуется резистентностью к стандартной терапии глюкокортикостероидами, определяя необходимость создания новых способов терапии. Нейтрофильное воспаление легких при БА протекает по ИЛ-6/STAT3-зависимому механизму, что делает компоненты этого сигнального пути перспективными терапевтическими мишенями. Один из способов, посредством которого можно регулировать экспрессию генов,-это интерференция РНК. Цель данного исследования-оценить эффекты локального подавления экспрессии гена Stat3 на модели нейтрофильной БА у мышей. Материал и методы. На фоне развития признаков нейтрофильной БА мышам ингаляционным способом вводили комплекс молекул малых интерферирующих РНК (миРНК) и пептида-носителя. После курса ингаляций у животных оценивали степень выраженности основных проявлений БА: уровень аллерген-специфических антител, изменение гиперреактивности бронхов, клеточный состав бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ), гистопатологические изменения в легких. Результаты. Осуществлен дизайн 5 вариантов молекул миРНК против гена Stat3 и в экспериментах in vitro показано, что вариант siSTAT3-1426 в 5 раз снижал экспрессию целевого гена. Создан комплекс молекул миРНК и пептида-носителя LTP, который подавлял экспрессию генов Stat3 и Il17a в Th17-лимфоцитах. В исследованиях in vivo на модели нейтрофильной БА у мышей показано, что 3-кратное ингаляционное введение этого комплекса приводило к подавлению экспрессии гена Stat3 в клетках БАЛ в 2 раза и, как следствие, к ослаблению Th17-иммунного ответа, а в итоге-к 3-кратному снижению инфильтрации легких нейтрофилами и восстановлению толщины стенок бронхов. Заключение. Создан комплекс молекул миРНК, направленных против гена Stat3, и пептида-носителя, ингаляции которым приводят к уменьшению Th17-зависимого нейтрофильного воспаления легких в модели нейтрофильной БА у мышей. Применение созданного комплекса может быть многообещающим подходом к терапии нейтрофильной кортикостероид-резистентной БА.
Immunologiya
Новые мутации в гене BTK у российских пациентов с X-сцепленной агаммаглобулинемией 1 Федеральное ... more Новые мутации в гене BTK у российских пациентов с X-сцепленной агаммаглобулинемией 1 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства, 115522, г. Москва, Российская Федерация 2 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)» Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, 141701, г. Долгопрудный, Российская Федерация 3 Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-Технология», 117587, г. Москва, Российская Федерация 4 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 117997, г. Москва, Российская Федерация Резюме Введение. X-сцепленная агаммаглобулинемия (ХСА) относится к первичным иммунодефицитам (ПИД) с дефектом гуморального иммунитета. Данная болезнь манифестирует у пациентов с мутациями в гене BTK и характеризуется невозможностью развития зрелых B-лимфоцитов. Дифференцировать XСA от других ПИД с похожими симптомами необходимо для выбора оптимальной тактики лечения, а также для генетического консультирования семьи, учитывая сцепленное с полом наследование заболевания. В настоящий момент наиболее эффективным методом генетического скрининга является секвенирование нового поколения (NGS). Цель исследования-подтвердить диагноз XСA с помощью собственной тестсистемы для получения NGS-библиотек гена BTK и охарактеризовать клинические, иммунологические и генетические особенности пациентов с XСA. Материал и методы. Разработан набор реагентов для получения кДНК, включающей все 19 экзонов гена BTK и подходящей для секвенирования на платформе Ion PGM, для подтверждения диагноза XСA согласно критериям ESID. В исследование были включены 14 пациентов от 9 до 40 лет с неверифицированной агаммаглобулинемией из России из разных семей. Результаты. Анализ последовательности гена BTK выявил 3 новых, предположительно патогенных, мутации: 2 делеции NP_000052.1:p.Met570del/NM_000061. 2:c.1708_1710delATG и p.Cys145Alafs*31/NM_000061.2:c.433delT, а также 1 однонуклеотидный полиморфизм (SNP)-NM_000061.2:c.1909-1G>A. 2 пациента не имели мутаций в гене BTK, несмотря на классические симптомы XСA. У большинства пациентов не выявлено существенной связи между генотипом и фенотипом, что согласуется с литературными данными. Заключение. Данное исследование подтверждает эффективность NGS для оценки мутационного профиля гена BTK и предлагает точный метод генетического подтверждения диагноза «X-сцепленная агаммаглобулинемия». Пациенты с диагнозом, не подтвержденным генетическим тестированием, в дальнейшем будут обследованы другими методами для установления аутосомных мутаций, связанных с развитием ПИД и уточнения диагноза. Ключевые слова: первичный иммунодефицит; X-сцепленная агаммаглобулинемия; таргетное секвенирование; NGS; высокоэффективное секвенирование
Abstract. The article presents the results of a comparative assessment of the frequency of allele... more Abstract. The article presents the results of a comparative assessment of the frequency of alleles and genotypes for the gene of beta-casein (β-CN) in cattle of the Kostroma and Yaroslavl breeds. The data on 137 bulls-producers of comparable and related breeds, presented on the official sites of “OOO Head Center for the Reproduction of Farm Animals” and the breeding farm “OOO Yaroslavskoe”, have been analyzed. The blood of cows from the Kostroma and Yaroslavl breeds in the breeding farms of the Kostroma region served as the object of DNA research. A total of 80 animals were genotyped. Evaluation of the distribution of the desired genotype β-CNА2/А2 in stud bulls showed that two breeds are in the lead – the Schwyz and the Kostroma breed, with the frequency of occurrence – 0.9090 and 0.6250, respectively. Moreover, in the Kostroma breed, there are no bulls carriers of the homozygous β-CNА1/А1 genotype. If we take into account the frequency of distribution of the β-CNА2 allele in bulls...
Immunologiya, 2020
Алгоритм анализа данных NGS при оценке репертуаров Т-клеточных рецепторов, вовлеченных в противоо... more Алгоритм анализа данных NGS при оценке репертуаров Т-клеточных рецепторов, вовлеченных в противоопухолевый иммунный ответ 1 Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины Федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 117997, г. Москва, Российская Федерация 2 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства, 115522, г. Москва, Российская Федерация Резюме Введение. Репертуар Т-и В-клеточных рецепторов представлен большим числом последовательностей. В связи с этим характеристика иммунного рецепторного репертуара является сложной в техническом плане задачей. Наиболее современным методом изучения иммунных рецепторных репертуаров является NGS-секвенирование. Для снижения риска ошибки при работе с последовательностями используются методы вычислительной биологии, упрощающие обработку больших объемов данных. Цель исследования-разработка и апробация алгоритма анализа данных NGS для сравнительной оценки репертуаров Т-клеточных рецепторов при сингенном и аллогенном ответе на опухоль. Материал и методы. В рамках настоящей работы нами создана цепочка программных сценариев, позволяющих повысить эффективность анализа репертуара Т-клеточных рецепторов. Разработанные сценарии позволяют автоматически запускать обработку «сырых» данных в программном обеспечении MIGEC, объединять последовательности в пределах групп, проводить анализ клонального состава популяций Т-клеток с учетом специфичности иммунного ответа. Для оценки сингенного ответа опухолевые клетки тимомы EL-4 прививали мышам линии C57BL/6, а для оценки аллогенного ответа-мышам линии B10.D2 (R101). Для исключения аллоспецифической составляющей при аллогенном ответе на опухоль дополнительная группа животных линии B10.D2 (R101) была иммунизирована нормальными тимоцитами мышей линии C57BL/6. Результаты. При сравнении репертуаров Т-клеточных рецепторов в обследованных группах установлено, что противоопухолевый Т-клеточный ответ характеризуется снижением разнообразия и повышением клональности иммунного ответа на опухоль, наиболее выраженными в аллогенной группе мышей линии B10.D2 (R101). Анализ противоопухолевых клонов в сингенной и аллогенной модели продемонстрировал достоверные отличия качественного состава Т-клеточного репертуара. С помощью разработанных программных сценариев проведен анализ клонального состава Т-клеточных популяций с учетом аллоспецифической составляющей иммунного ответа и установлены конкретные клоны, обеспечивающие противоопухолевый ответ в сингенной и аллогенной модели. Заключение. В результате исследования разработан алгоритм анализа данных NGSсеквенирования, прошедших обработку в программном обеспечении MIGEC. Условия и параметры анализа апробированы в биологическом эксперименте по сравнению противоопухолевого ответа в группах мышей, иммунизированных опухолевыми клетками линии EL-4. Проведено секвенирование α-и β-цепей Т-клеточных рецепторов у иммунизированных мышей и у контрольных животных. Проведен сравнительный анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов у мышей в сингенной и аллогенной модели при развитии противоопухолевого иммунного ответа. Установлено, что сингенный и аллогенный противоопухолевый ответ, как и аллогенный ответ на интактную ткань, отличаются друг от друга. При этом в структуре иммунного ответа в аллогенной модели, по всей видимости, присутствуют опухоль-специфичные клоны, отсутствующие в сингенной модели. Ключевые слова: Т-клеточный рецептор; NGS; оценка репертуара Т-клеточных рецепторов, противоопухолевый иммунный ответ Статья поступила 26.06.2020. Принята в печать 17.08.2020. Для корреспонденции Кофиади Илья Андреевичдоктор биологических наук, заведующий лабораторией молекулярной иммуногенетики ФГБУ «ГНЦ Институт иммунологии» ФМБА России,
Standard asthma therapy includes prescription of β2-agonists. Changes in the functional activity ... more Standard asthma therapy includes prescription of β2-agonists. Changes in the functional activity of β2-adrenergic receptor are associated with ADRB2 genepolymorphism and related to the low therapeutic response to β2-agonists. Identification of carriers of the clinically significant gene variants will help to avoidineffective treatment and prescribe an alternative therapy. This study aimed to assess clinical significance of the ADRB2 gene polymorphisms (Arg16Gly andGln27Glu) associated with the therapeutic response to β2-agonists in the group of asthma patients. We subjected a small group of adult nonsmoking patients(n = 21) with moderate asthma (III–IV stage of GINA) to clinical and genetic examination. The group included patients with the new theratype, those that poorlyrespond to β2-adrenergic drugs but significantly to M-cholinergic agonists. The first group included patients responding well to both salbutamol and ipratropiumbromide. The second group was comprised of the patients...
Bulletin of Siberian Medicine, 2019
Host genetic factors influencing the intracellular part of HIV live cycle and regulating of HIV-s... more Host genetic factors influencing the intracellular part of HIV live cycle and regulating of HIV-specific immune response are reviewed. Its include genes coding proteins which support viral replication and assembly of new virions, genes coding antiviral defense proteins, HLA genes and some others. Variants of these genes and its compositions affect individual succeptibility/resistance to HIV infection, influence the pathogenesis of the disease and also associate with efficacy of antiretroviral therapy.
Transplantologiya. The Russian Journal of Transplantation
One of the greatest medical advances of the last century has been the introduction of organ trans... more One of the greatest medical advances of the last century has been the introduction of organ transplantation. However, despite the considerable potential of transplantation as often the only therapy for severe diseases, the toxicity of immunosuppressive drugs supporting the transplant remains a serious problem for its further development. Modification of immune response in order to form tolerance to the transplanted organ can play an important role on the way to minimize immunosuppression. Successful cases of withdrawal of immunosuppressive drugs for medical reasons in kidney and liver transplantation recorded in the literature, as well as the results obtained in the process of modeling such a situation in the experiment, prove that achieving tolerance in organ transplantation is fundamentally possible.The aim of this review is to investigate the ways of immunologic suppression and fundamental mechanisms of immunologic tolerance in the field of transplantation and to review the lates...
JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, 2014
We look forward to you joining us in beautiful Moscow to explore the most recent and important de... more We look forward to you joining us in beautiful Moscow to explore the most recent and important developments in HIV/AIDS research and other viral diseases and to acknowledge the progress and challenges in global health research.
Russian Journal of Allergy
Russian Journal of Genetics, 2021
This article is a continuation of the series of works devoted to determining the frequency of mut... more This article is a continuation of the series of works devoted to determining the frequency of mutations associated with the development of common monogenic diseases among the representatives of the Russian population. The frequencies of mutations in the genes HFE , ATP7B , and MEFV in primary blood donors who identify themselves as Russians and permanently reside in the Russian Federation were established. The method of adjacent probes was used for SNP genotyping. Genotyping revealed 57 carriers of the C282Y mutation of the HFE gene, the most significant in the development of hemochromatosis type I (the frequency in the sample of 911 donors was 6.3%, or 1 : 16), and 18 carriers of the H1069Q mutation in the ATP7B gene, associated with the development of Wilson–Konovalov disease (the frequency in the sample of 1032 donors was 1.7%, or 1 : 57). A high frequency of the K695R mutation in the MEFV gene (the frequency in the sample of 1212 donors was 7.3%, or 1 : 14), associated with the ...
Background The vast majority of SARS-CoV-2 vaccines which are licensed or under development focus... more Background The vast majority of SARS-CoV-2 vaccines which are licensed or under development focus on the spike (S) protein and its receptor binding domain (RBD). However, S and RBD from SARS-CoV-2 variants of concerns show considerable sequence variations and repeated injections for boosting specific immunity are necessary. Aim of this study was to develop and characterize a SARS-CoV-2 vaccine targeting the highly conserved nucleocapsid (N) protein. Methods Recombinant N protein was expressed in Escherichia coli, purified to homogeneity by chromatography and characterized by SDS-PAGE, immunoblotting, mass spectrometry, dynamic light scattering and differential scanning calorimetry. The N protein vaccine was obtained by formulation of recombinant N as squalane-based emulsion and used to immunize Balb/c mice, NOD scid gamma (NSG) mice engrafted with human PBMC, rabbits and marmoset monkeys to study safety as well as antibody and cellular immunity using ELISA for antibodies, measuremen...
Immunologiya, 2020
Для корреспонденции Зулькарнаев Алексей Батыргараевичдоктор медицинских наук, профессор кафедры т... more Для корреспонденции Зулькарнаев Алексей Батыргараевичдоктор медицинских наук, профессор кафедры трансплантологии, нефрологии и искусственных органов факультета усовершенствования врачей ГБУЗ МО «Московский областной научно-исследовательский клинический институт им. М.Ф. Владимирского»,
Vaccines, 2022
Understanding the T cell response to SARS-CoV-2 is critical to vaccine development, epidemiologic... more Understanding the T cell response to SARS-CoV-2 is critical to vaccine development, epidemiological surveillance, and control strategies for this disease. This review provides data from studies of the immune response in coronavirus infections. It describes general mechanisms of immunity, its T cell components, and presents a detailed scheme of the T cell response in SARS-CoV-2 infection, including from the standpoint of determining the most promising targets for assessing its level. In addition, we reviewed studies investigating post-vaccination immunity in the development of vaccines against COVID-19. This review also includes the peculiarities of immunity in different age and gender groups, and in the presence of a number of factors, for example, comorbidity or disease severity. This study summarizes the most informative methods for assessing the immune response to SARS-CoV-2 infection.
Agrarian science
Relevance. Despite the more than 20-year history of research, the study of the polymorphism of th... more Relevance. Despite the more than 20-year history of research, the study of the polymorphism of the kappacasein (CSN3) gene in domestic dairy cattle breeds and its effect on the indicators of dairy productivity of cows is still relevant. The largest number of domestic studies on the kappa-casein gene was carried out on the Black-and-White and Yaroslavl breeds, while the Kostroma breed of dairy cattle in this area has not been studied enough.Methods. The source of DNA for analysis was whole blood taken from the tail vein of animals and treated with a set of reagents "Proba-NK" ("NPO DNA Technology" LLC, Russia) according to the manufacturer’s instructions. Genotyping of the single-nucleotide polymorphism of the kappa-casein gene (rs43703017) was implemented by real-time PCF using the "DTprime" amplifier ("NPO DNA Technology" LLC, Russia) and HRM-analysis technology (high resolution melting). The results were processed using methods of zootechnic...
BACKGROUND Severe acute respiratory syndrome corona virus (SARS-CoV-2) infection frequently cause... more BACKGROUND Severe acute respiratory syndrome corona virus (SARS-CoV-2) infection frequently causes severe and prolonged disease but only few specific treatments are available. We aimed to investigate safety and efficacy of a SARS-CoV-2-specific siRNA-peptide dendrimer formulation (MIR 19 ®) targeting a conserved sequence in known SARS-CoV-2 variants for treatment of COVID-19. METHODS We conducted an open-label, randomized controlled multicenter phase II trial (NCT05184127) evaluating safety and efficacy of inhaled MIR 19 ® (3.7mg and 11.1 mg/day: groups 1 and 2, respectively) in comparison with standard etiotropic drug treatment (group 3) in patients hospitalized with moderate COVID-19. The primary endpoint was the time to clinical improvement according to predefined criteria within 14 days of randomization. RESULTS Patients from group1 had a significantly reduced (median 6 days (95% confidence interval [CI]: 5-7, HR 1.75, P=0.0005) time to clinical improvement compared to patients ...
Immunologiya, 2021
Влияние локального подавления экспрессии гена Stat3 на нейтрофильное воспаление легких в эксперим... more Влияние локального подавления экспрессии гена Stat3 на нейтрофильное воспаление легких в экспериментальной модели на мышах 1 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства, 115522, г. Москва, Российская Федерация 2 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования Московская государственная академия ветеринарной медицины и биотехнологии-МВА имени К.И. Скрябина Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, 109472, г. Москва, Российская Федерация 3 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования Первый Московский государственный медицинский университет имени И.М. Сеченова Министерства здравоохранения Российской Федерации (Сеченовский Университет), 119991, г. Москва, Российская Федерация 4 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 117997, г. Москва, Российская Федерация Резюме Введение. Бронхиальная астма (БА)-это хроническое воспалительное заболевание дыхательных путей. Длительное время считалось, что БА развивается исключительно по Th2-зависимому механизму, однако к настоящему времени выделяют несколько фенотипов заболевания, один из них-нейтрофильная БА. У таких пациентов болезнь характеризуется резистентностью к стандартной терапии глюкокортикостероидами, определяя необходимость создания новых способов терапии. Нейтрофильное воспаление легких при БА протекает по ИЛ-6/STAT3-зависимому механизму, что делает компоненты этого сигнального пути перспективными терапевтическими мишенями. Один из способов, посредством которого можно регулировать экспрессию генов,-это интерференция РНК. Цель данного исследования-оценить эффекты локального подавления экспрессии гена Stat3 на модели нейтрофильной БА у мышей. Материал и методы. На фоне развития признаков нейтрофильной БА мышам ингаляционным способом вводили комплекс молекул малых интерферирующих РНК (миРНК) и пептида-носителя. После курса ингаляций у животных оценивали степень выраженности основных проявлений БА: уровень аллерген-специфических антител, изменение гиперреактивности бронхов, клеточный состав бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ), гистопатологические изменения в легких. Результаты. Осуществлен дизайн 5 вариантов молекул миРНК против гена Stat3 и в экспериментах in vitro показано, что вариант siSTAT3-1426 в 5 раз снижал экспрессию целевого гена. Создан комплекс молекул миРНК и пептида-носителя LTP, который подавлял экспрессию генов Stat3 и Il17a в Th17-лимфоцитах. В исследованиях in vivo на модели нейтрофильной БА у мышей показано, что 3-кратное ингаляционное введение этого комплекса приводило к подавлению экспрессии гена Stat3 в клетках БАЛ в 2 раза и, как следствие, к ослаблению Th17-иммунного ответа, а в итоге-к 3-кратному снижению инфильтрации легких нейтрофилами и восстановлению толщины стенок бронхов. Заключение. Создан комплекс молекул миРНК, направленных против гена Stat3, и пептида-носителя, ингаляции которым приводят к уменьшению Th17-зависимого нейтрофильного воспаления легких в модели нейтрофильной БА у мышей. Применение созданного комплекса может быть многообещающим подходом к терапии нейтрофильной кортикостероид-резистентной БА.
Immunologiya
Новые мутации в гене BTK у российских пациентов с X-сцепленной агаммаглобулинемией 1 Федеральное ... more Новые мутации в гене BTK у российских пациентов с X-сцепленной агаммаглобулинемией 1 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства, 115522, г. Москва, Российская Федерация 2 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)» Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, 141701, г. Долгопрудный, Российская Федерация 3 Общество с ограниченной ответственностью «ДНК-Технология», 117587, г. Москва, Российская Федерация 4 Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 117997, г. Москва, Российская Федерация Резюме Введение. X-сцепленная агаммаглобулинемия (ХСА) относится к первичным иммунодефицитам (ПИД) с дефектом гуморального иммунитета. Данная болезнь манифестирует у пациентов с мутациями в гене BTK и характеризуется невозможностью развития зрелых B-лимфоцитов. Дифференцировать XСA от других ПИД с похожими симптомами необходимо для выбора оптимальной тактики лечения, а также для генетического консультирования семьи, учитывая сцепленное с полом наследование заболевания. В настоящий момент наиболее эффективным методом генетического скрининга является секвенирование нового поколения (NGS). Цель исследования-подтвердить диагноз XСA с помощью собственной тестсистемы для получения NGS-библиотек гена BTK и охарактеризовать клинические, иммунологические и генетические особенности пациентов с XСA. Материал и методы. Разработан набор реагентов для получения кДНК, включающей все 19 экзонов гена BTK и подходящей для секвенирования на платформе Ion PGM, для подтверждения диагноза XСA согласно критериям ESID. В исследование были включены 14 пациентов от 9 до 40 лет с неверифицированной агаммаглобулинемией из России из разных семей. Результаты. Анализ последовательности гена BTK выявил 3 новых, предположительно патогенных, мутации: 2 делеции NP_000052.1:p.Met570del/NM_000061. 2:c.1708_1710delATG и p.Cys145Alafs*31/NM_000061.2:c.433delT, а также 1 однонуклеотидный полиморфизм (SNP)-NM_000061.2:c.1909-1G>A. 2 пациента не имели мутаций в гене BTK, несмотря на классические симптомы XСA. У большинства пациентов не выявлено существенной связи между генотипом и фенотипом, что согласуется с литературными данными. Заключение. Данное исследование подтверждает эффективность NGS для оценки мутационного профиля гена BTK и предлагает точный метод генетического подтверждения диагноза «X-сцепленная агаммаглобулинемия». Пациенты с диагнозом, не подтвержденным генетическим тестированием, в дальнейшем будут обследованы другими методами для установления аутосомных мутаций, связанных с развитием ПИД и уточнения диагноза. Ключевые слова: первичный иммунодефицит; X-сцепленная агаммаглобулинемия; таргетное секвенирование; NGS; высокоэффективное секвенирование
Abstract. The article presents the results of a comparative assessment of the frequency of allele... more Abstract. The article presents the results of a comparative assessment of the frequency of alleles and genotypes for the gene of beta-casein (β-CN) in cattle of the Kostroma and Yaroslavl breeds. The data on 137 bulls-producers of comparable and related breeds, presented on the official sites of “OOO Head Center for the Reproduction of Farm Animals” and the breeding farm “OOO Yaroslavskoe”, have been analyzed. The blood of cows from the Kostroma and Yaroslavl breeds in the breeding farms of the Kostroma region served as the object of DNA research. A total of 80 animals were genotyped. Evaluation of the distribution of the desired genotype β-CNА2/А2 in stud bulls showed that two breeds are in the lead – the Schwyz and the Kostroma breed, with the frequency of occurrence – 0.9090 and 0.6250, respectively. Moreover, in the Kostroma breed, there are no bulls carriers of the homozygous β-CNА1/А1 genotype. If we take into account the frequency of distribution of the β-CNА2 allele in bulls...
Immunologiya, 2020
Алгоритм анализа данных NGS при оценке репертуаров Т-клеточных рецепторов, вовлеченных в противоо... more Алгоритм анализа данных NGS при оценке репертуаров Т-клеточных рецепторов, вовлеченных в противоопухолевый иммунный ответ 1 Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины Федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего образования «Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова» Министерства здравоохранения Российской Федерации, 117997, г. Москва, Российская Федерация 2 Федеральное государственное бюджетное учреждение «Государственный научный центр «Институт иммунологии» Федерального медико-биологического агентства, 115522, г. Москва, Российская Федерация Резюме Введение. Репертуар Т-и В-клеточных рецепторов представлен большим числом последовательностей. В связи с этим характеристика иммунного рецепторного репертуара является сложной в техническом плане задачей. Наиболее современным методом изучения иммунных рецепторных репертуаров является NGS-секвенирование. Для снижения риска ошибки при работе с последовательностями используются методы вычислительной биологии, упрощающие обработку больших объемов данных. Цель исследования-разработка и апробация алгоритма анализа данных NGS для сравнительной оценки репертуаров Т-клеточных рецепторов при сингенном и аллогенном ответе на опухоль. Материал и методы. В рамках настоящей работы нами создана цепочка программных сценариев, позволяющих повысить эффективность анализа репертуара Т-клеточных рецепторов. Разработанные сценарии позволяют автоматически запускать обработку «сырых» данных в программном обеспечении MIGEC, объединять последовательности в пределах групп, проводить анализ клонального состава популяций Т-клеток с учетом специфичности иммунного ответа. Для оценки сингенного ответа опухолевые клетки тимомы EL-4 прививали мышам линии C57BL/6, а для оценки аллогенного ответа-мышам линии B10.D2 (R101). Для исключения аллоспецифической составляющей при аллогенном ответе на опухоль дополнительная группа животных линии B10.D2 (R101) была иммунизирована нормальными тимоцитами мышей линии C57BL/6. Результаты. При сравнении репертуаров Т-клеточных рецепторов в обследованных группах установлено, что противоопухолевый Т-клеточный ответ характеризуется снижением разнообразия и повышением клональности иммунного ответа на опухоль, наиболее выраженными в аллогенной группе мышей линии B10.D2 (R101). Анализ противоопухолевых клонов в сингенной и аллогенной модели продемонстрировал достоверные отличия качественного состава Т-клеточного репертуара. С помощью разработанных программных сценариев проведен анализ клонального состава Т-клеточных популяций с учетом аллоспецифической составляющей иммунного ответа и установлены конкретные клоны, обеспечивающие противоопухолевый ответ в сингенной и аллогенной модели. Заключение. В результате исследования разработан алгоритм анализа данных NGSсеквенирования, прошедших обработку в программном обеспечении MIGEC. Условия и параметры анализа апробированы в биологическом эксперименте по сравнению противоопухолевого ответа в группах мышей, иммунизированных опухолевыми клетками линии EL-4. Проведено секвенирование α-и β-цепей Т-клеточных рецепторов у иммунизированных мышей и у контрольных животных. Проведен сравнительный анализ репертуаров Т-клеточных рецепторов у мышей в сингенной и аллогенной модели при развитии противоопухолевого иммунного ответа. Установлено, что сингенный и аллогенный противоопухолевый ответ, как и аллогенный ответ на интактную ткань, отличаются друг от друга. При этом в структуре иммунного ответа в аллогенной модели, по всей видимости, присутствуют опухоль-специфичные клоны, отсутствующие в сингенной модели. Ключевые слова: Т-клеточный рецептор; NGS; оценка репертуара Т-клеточных рецепторов, противоопухолевый иммунный ответ Статья поступила 26.06.2020. Принята в печать 17.08.2020. Для корреспонденции Кофиади Илья Андреевичдоктор биологических наук, заведующий лабораторией молекулярной иммуногенетики ФГБУ «ГНЦ Институт иммунологии» ФМБА России,
Standard asthma therapy includes prescription of β2-agonists. Changes in the functional activity ... more Standard asthma therapy includes prescription of β2-agonists. Changes in the functional activity of β2-adrenergic receptor are associated with ADRB2 genepolymorphism and related to the low therapeutic response to β2-agonists. Identification of carriers of the clinically significant gene variants will help to avoidineffective treatment and prescribe an alternative therapy. This study aimed to assess clinical significance of the ADRB2 gene polymorphisms (Arg16Gly andGln27Glu) associated with the therapeutic response to β2-agonists in the group of asthma patients. We subjected a small group of adult nonsmoking patients(n = 21) with moderate asthma (III–IV stage of GINA) to clinical and genetic examination. The group included patients with the new theratype, those that poorlyrespond to β2-adrenergic drugs but significantly to M-cholinergic agonists. The first group included patients responding well to both salbutamol and ipratropiumbromide. The second group was comprised of the patients...
Bulletin of Siberian Medicine, 2019
Host genetic factors influencing the intracellular part of HIV live cycle and regulating of HIV-s... more Host genetic factors influencing the intracellular part of HIV live cycle and regulating of HIV-specific immune response are reviewed. Its include genes coding proteins which support viral replication and assembly of new virions, genes coding antiviral defense proteins, HLA genes and some others. Variants of these genes and its compositions affect individual succeptibility/resistance to HIV infection, influence the pathogenesis of the disease and also associate with efficacy of antiretroviral therapy.
Transplantologiya. The Russian Journal of Transplantation
One of the greatest medical advances of the last century has been the introduction of organ trans... more One of the greatest medical advances of the last century has been the introduction of organ transplantation. However, despite the considerable potential of transplantation as often the only therapy for severe diseases, the toxicity of immunosuppressive drugs supporting the transplant remains a serious problem for its further development. Modification of immune response in order to form tolerance to the transplanted organ can play an important role on the way to minimize immunosuppression. Successful cases of withdrawal of immunosuppressive drugs for medical reasons in kidney and liver transplantation recorded in the literature, as well as the results obtained in the process of modeling such a situation in the experiment, prove that achieving tolerance in organ transplantation is fundamentally possible.The aim of this review is to investigate the ways of immunologic suppression and fundamental mechanisms of immunologic tolerance in the field of transplantation and to review the lates...
JAIDS Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes, 2014
We look forward to you joining us in beautiful Moscow to explore the most recent and important de... more We look forward to you joining us in beautiful Moscow to explore the most recent and important developments in HIV/AIDS research and other viral diseases and to acknowledge the progress and challenges in global health research.
Russian Journal of Allergy
Russian Journal of Genetics, 2021
This article is a continuation of the series of works devoted to determining the frequency of mut... more This article is a continuation of the series of works devoted to determining the frequency of mutations associated with the development of common monogenic diseases among the representatives of the Russian population. The frequencies of mutations in the genes HFE , ATP7B , and MEFV in primary blood donors who identify themselves as Russians and permanently reside in the Russian Federation were established. The method of adjacent probes was used for SNP genotyping. Genotyping revealed 57 carriers of the C282Y mutation of the HFE gene, the most significant in the development of hemochromatosis type I (the frequency in the sample of 911 donors was 6.3%, or 1 : 16), and 18 carriers of the H1069Q mutation in the ATP7B gene, associated with the development of Wilson–Konovalov disease (the frequency in the sample of 1032 donors was 1.7%, or 1 : 57). A high frequency of the K695R mutation in the MEFV gene (the frequency in the sample of 1212 donors was 7.3%, or 1 : 14), associated with the ...