MARIBEL HUARINGA - Academia.edu (original) (raw)
Papers by MARIBEL HUARINGA
Bionatura (Ibarra - Impresa), Nov 15, 2021
Resumen: Actualmente a nivel mundial se utiliza la reacción en cadena de la polimerasa con transc... more Resumen: Actualmente a nivel mundial se utiliza la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) como una técnica de alta precisión en la detección y amplificación de secciones específicas de la estructura génica. En tal sentido es considerado como prueba diagnóstica molecular en la detección del SARS-CoV-2. Se realizó una revisión de la literatura en artículos publicados en los últimos 5 años (2015-2020). Se consultaron las bases de datos: PUBMED (Medline), PUBMED CENTRAL, y SCIELO. Se recuperaron artículos en español, portugués, e inglés, mediante los términos de búsqueda SARS-CoV-2, RT-PCR, y COVID-19. Las RT-PCR que utilicen especímenes de hisopado nasal y faríngeos son considerados como gold standard en casos sospechosos de COVID-19. Mediante lo revisado a nivel de Sudamérica, la RT-PCR resultó ser la prueba de elección durante el período menor a 7 días de infección, resaltando la producción in house en escala por Uruguay y la Prueba de amplificación isotérmica mediada por bucle (RT-LAMP) adaptado en Perú, como una alternativa diagnóstica rápida con principios similares a la RT-PCR, solo que para establecimientos de salud con menor equipamiento, e infraestructura y personal entrenado. La disponibilidad de pruebas diagnósticas moleculares también es crucial para el aislamiento de casos positivos y el seguimiento de la cadena epidemiológica de transmisión.
Bioinformation, Sep 30, 2019
Influenza caused by A(H1N1)pdm09 is a public health issue with severe conditions in vulnerable po... more Influenza caused by A(H1N1)pdm09 is a public health issue with severe conditions in vulnerable populations leading to death. Therefore, it is of interest to characterize and monitor influenza A(H1N1)pdm09 genotypes using High Resolution Melting (HRM), a post PCR molecular biology method. We used HRM analysis (using RotorGene Q thermocycler) to characterize A(H1N1)pdm09 genotypes from several places of Peru. RNA was purified from nasal and pharyngeal swab samples referred to LRNVR-INS, synthesized cDNA, and then the hemagglutinin gene and matrix fragment were amplified. Thus, 287 samples positive for influenza A(H1N1)pdm09 were identified across Peru where places like Lima, Piura, and Arequipa documented highest number of cases. The HRM data was analyzed and results showed different profiles which were further grouped into four genotypes for the HA (A, B, C, D) and 3 for the M (a, b, c) genes. We also report ten genotypes (I-X) of virus using combined HA (hemagglutinin) and M gene profiles representing a national geography. The prevalent genotypes are I and II with a frequency of 35.89% (103) and 29.27% (84), respectively linking with severe acute respiratory infection.
Ejc Supplements, Sep 1, 2009
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, Sep 30, 2022
IgG determinados mediante ELISA desarrollados con antígenos de linajes Wuhan y Lambda en trabajad... more IgG determinados mediante ELISA desarrollados con antígenos de linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de salud vacunados con BBIBP-CORV.
PLOS ONE, Mar 10, 2020
Since the 2009 influenza pandemic, Latin American (LA) countries have strengthened their influenz... more Since the 2009 influenza pandemic, Latin American (LA) countries have strengthened their influenza surveillance systems. We analyzed influenza genetic sequence data from the 2017 through 2018 Southern Hemisphere (SH) influenza season from selected LA countries, to map the availability of influenza genetic sequence data from, and to describe, the 2017 through 2018 SH influenza seasons in LA. Methods We analyzed influenza A/H1pdm09, A/H3, B/Victoria and B/Yamagata hemagglutinin sequences from clinical samples from 12 National Influenza Centers (NICs) in ten countries (
Microbiology resource announcements, May 7, 2020
A near-complete genome sequence was obtained for a novel coronavirus (SARS-CoV-2) strain obtained... more A near-complete genome sequence was obtained for a novel coronavirus (SARS-CoV-2) strain obtained from an oropharyngeal swab from a Peruvian patient with coronavirus syndrome (COVID-19) who had contact with an individual who had returned to Peru from travel to Italy.
PLOS ONE, Aug 8, 2019
There are limited published data about the circulation of influenza B/Victoria and B/Yamagata in ... more There are limited published data about the circulation of influenza B/Victoria and B/Yamagata in Latin America and the Caribbean (LAC) and most countries have a vaccine policy that includes the use of the trivalent influenza vaccine. We analyzed influenza surveillance data to inform decision-making in LAC about prevention strategies, such as the use of the quadrivalent influenza vaccine.
Microbiology Resource Announcements, 2021
A near-complete genome sequence was obtained for a novel severe acute respiratory syndrome corona... more A near-complete genome sequence was obtained for a novel severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variant of concern (VOC) 202012/01 strain obtained from an oropharyngeal swab sample from a Peruvian patient with coronavirus syndrome who had contact with an individual who had recently returned from England.
ABSTRACTThe dissemination of cases of the new SAR-COV-2 coronavirus represents a serious public h... more ABSTRACTThe dissemination of cases of the new SAR-COV-2 coronavirus represents a serious public health problem for Latin America and Peru. For this reason, it is important to characterize the genome of the isolates that circulate in Latin America. To characterize the complete genome of first samples of the virus circulating in Peru, we amplified seven overlapping segments of the viral genome by RT-PCR and sequenced using Miseq platform. The results indicate that the genomes of the Peruvian SARS-COV-2 samples belong to the genetic groups G and S. Likewise, a phylogenetic and MST analysis of the isolates confirm the introduction of multiple isolates from Europe and Asia that, after border closing, were transmitted locally in the capital and same regions of the country. These Peruvian samples (56%) grouped into two clusters inside G clade and share B.1.1.1 lineage. The characterization of these isolates must be considered for the use and design of diagnostic tools, and effective treatm...
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública
Objetivos. Evaluar la respuesta de preparados IgG por ELISA utilizando rígidos Wuhan y Lambda en ... more Objetivos. Evaluar la respuesta de preparados IgG por ELISA utilizando rígidos Wuhan y Lambda en trabajadores de la salud con y sin antecedentes de infección por SARS-CoV-2 antes de la inmunización con la primera y segunda dosis de la vacuna Sinopharm (BBIBP-CorV). Materiales y métodos.Se realizó un estudio analítico en trabajadores sanitarios mayores de 18 años. Se incluyeron 51 participantes con antecedentes y 100 participantes sin antecedentes de infección por SARS-CoV-2, que recibieron dos dosis de la vacuna Sinopharm. Los obtenidos IgG se evaluaron 21 días después de la primera dosis, 21 días después de la segunda dosis y 3 meses después de la segunda dosis mediante ELISA interno utilizando el endurecimiento completo de la variante de Wuhan (B.1.1) y la variante lambda ( C-37) del virus SARS-CoV-2. Resultados.Ambos grupos mostraron un gran aumento en el porcentaje de personas con resultados después de la segunda dosis, sin embargo, este porcentaje llegó a los 3 meses después de...
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública
En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilanc... more En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilancia laboratorial estructurado y en funcionamiento desde hace 22 años, basado en la vigilancia de influenza; inicialmente en modalidad de unidades centinela, y después fortaleciéndose e innovándose, con recur-sos propios y con apoyo externo, para generar información de calidad. Se han implementado avances biotecnológicos para la confirmación diagnóstica e incrementado las capacidades de la red nacional de laboratorios, manteniendo la eficiencia, considerando las diversas y complejas realidades de los niveles regionales, y superando dificultades de comunicación y articulación entre instituciones. Resulta necesa-rio consolidar este sistema, con trabajo colaborativo y coordinado entre sus componentes, impulsando su eficacia y oportunidad y promoviendo la vigilancia genómica de nuevos virus y variantes, como ac-tualmente ocurre con el SARS-CoV-2.
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 2021
Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para ... more Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/μL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.
Para que sea exitoso este proceso, se recomienda utilizar estrategias de comunicación interperson... more Para que sea exitoso este proceso, se recomienda utilizar estrategias de comunicación interpersonal (consejería, visita domiciliaria) acompañadas de estrategias grupales (sesiones demostrativas y otros talleres vivenciales, ferias, pasacalles, teatro, campañas escolares, comunales, distritales, regionales, entre otras). Simultáneamente, se buscará la intervención de los diferentes medios de comunicación (radio, televisión, prensa escrita) para reforzar los contenidos educativos que se desarrollan en los espacios interpersonal y grupal.
medRxiv, 2020
Molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in developing countries is still a big challenge. The reference... more Molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in developing countries is still a big challenge. The reference standard, RT-qPCR, recommended by WHO, is not widely available, difficulting early identification of cases. Furthermore, the transport logistic between the sample collection point and the laboratory facilities can alter the samples, producing false negative results. RT-LAMP is a cheaper, simpler molecular technique that can be an interesting alternative to be offered in hospital laboratories. We present the evaluation of a RT-LAMP for diagnosis of SARS-CoV-2 in two steps: the laboratory standardization and the clinical validation, comparing it with the standard RT-qPCR. In the standardization phase, limit of detection and robustness values were obtained using RNA from a Peruvian SARS-CoV-2 strain. It presented 100% agreement between triplicates (RT-LAMP agreement with all RT-qPCR reactions that presented Ct [≤] 30) and robustness (RT-LAMP successful reactions with 80% reaction volume an...
Validar el método de ensayo del "RT-PCR multiplex en Tiempo Real para la detección del virus SARS... more Validar el método de ensayo del "RT-PCR multiplex en Tiempo Real para la detección del virus SARS-CoV-2" a partir de muestras clínicas respiratorias para la detección in vitro del virus SARS-CoV-2 mediante los parámetros establecidos para este método aplicado en el laboratorio de Virus Respiratorios. Se realizó la validación debido a que este método está basado en protocolos publicados en revistas de investigación, los cuales han sido modificadas por el laboratorio.
![Research paper thumbnail of [First case of confirmed reinfection by SARS-CoV-2 in Peru]](https://attachments.academia-assets.com/88866834/thumbnails/1.jpg)
](Revista peruana de medicina experimental y salud publica, 2021
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2021
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SA... more Coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become a major threat to public health. Rapid molecular testing for convenient and timely diagnosis of SARS-CoV-2 infections represents a challenge that could help to control the current pandemic and prevent future outbreaks. We aimed to develop and validate a multiplex and colorimetric reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay using lyophilized LAMP reagents for sensitive and rapid detection of SARS-CoV-2. LAMP primers were designed for a set of gene targets identified by a genome-wide comparison of viruses. Primer sets that showed optimal features were combined into a multiplex RT-LAMP assay. Analytical validation included assessment of the limit of detection (LoD), intra- and inter-assay precision, and cross-reaction with other respiratory pathogens. Clinical performance compared to that of real-time reverse transcriptase-polymerase cha...
Revista Española de Quimioterapia, 2021
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 2021
Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla c... more Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta...
Bionatura (Ibarra - Impresa), Nov 15, 2021
Resumen: Actualmente a nivel mundial se utiliza la reacción en cadena de la polimerasa con transc... more Resumen: Actualmente a nivel mundial se utiliza la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) como una técnica de alta precisión en la detección y amplificación de secciones específicas de la estructura génica. En tal sentido es considerado como prueba diagnóstica molecular en la detección del SARS-CoV-2. Se realizó una revisión de la literatura en artículos publicados en los últimos 5 años (2015-2020). Se consultaron las bases de datos: PUBMED (Medline), PUBMED CENTRAL, y SCIELO. Se recuperaron artículos en español, portugués, e inglés, mediante los términos de búsqueda SARS-CoV-2, RT-PCR, y COVID-19. Las RT-PCR que utilicen especímenes de hisopado nasal y faríngeos son considerados como gold standard en casos sospechosos de COVID-19. Mediante lo revisado a nivel de Sudamérica, la RT-PCR resultó ser la prueba de elección durante el período menor a 7 días de infección, resaltando la producción in house en escala por Uruguay y la Prueba de amplificación isotérmica mediada por bucle (RT-LAMP) adaptado en Perú, como una alternativa diagnóstica rápida con principios similares a la RT-PCR, solo que para establecimientos de salud con menor equipamiento, e infraestructura y personal entrenado. La disponibilidad de pruebas diagnósticas moleculares también es crucial para el aislamiento de casos positivos y el seguimiento de la cadena epidemiológica de transmisión.
Bioinformation, Sep 30, 2019
Influenza caused by A(H1N1)pdm09 is a public health issue with severe conditions in vulnerable po... more Influenza caused by A(H1N1)pdm09 is a public health issue with severe conditions in vulnerable populations leading to death. Therefore, it is of interest to characterize and monitor influenza A(H1N1)pdm09 genotypes using High Resolution Melting (HRM), a post PCR molecular biology method. We used HRM analysis (using RotorGene Q thermocycler) to characterize A(H1N1)pdm09 genotypes from several places of Peru. RNA was purified from nasal and pharyngeal swab samples referred to LRNVR-INS, synthesized cDNA, and then the hemagglutinin gene and matrix fragment were amplified. Thus, 287 samples positive for influenza A(H1N1)pdm09 were identified across Peru where places like Lima, Piura, and Arequipa documented highest number of cases. The HRM data was analyzed and results showed different profiles which were further grouped into four genotypes for the HA (A, B, C, D) and 3 for the M (a, b, c) genes. We also report ten genotypes (I-X) of virus using combined HA (hemagglutinin) and M gene profiles representing a national geography. The prevalent genotypes are I and II with a frequency of 35.89% (103) and 29.27% (84), respectively linking with severe acute respiratory infection.
Ejc Supplements, Sep 1, 2009
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, Sep 30, 2022
IgG determinados mediante ELISA desarrollados con antígenos de linajes Wuhan y Lambda en trabajad... more IgG determinados mediante ELISA desarrollados con antígenos de linajes Wuhan y Lambda en trabajadores de salud vacunados con BBIBP-CORV.
PLOS ONE, Mar 10, 2020
Since the 2009 influenza pandemic, Latin American (LA) countries have strengthened their influenz... more Since the 2009 influenza pandemic, Latin American (LA) countries have strengthened their influenza surveillance systems. We analyzed influenza genetic sequence data from the 2017 through 2018 Southern Hemisphere (SH) influenza season from selected LA countries, to map the availability of influenza genetic sequence data from, and to describe, the 2017 through 2018 SH influenza seasons in LA. Methods We analyzed influenza A/H1pdm09, A/H3, B/Victoria and B/Yamagata hemagglutinin sequences from clinical samples from 12 National Influenza Centers (NICs) in ten countries (
Microbiology resource announcements, May 7, 2020
A near-complete genome sequence was obtained for a novel coronavirus (SARS-CoV-2) strain obtained... more A near-complete genome sequence was obtained for a novel coronavirus (SARS-CoV-2) strain obtained from an oropharyngeal swab from a Peruvian patient with coronavirus syndrome (COVID-19) who had contact with an individual who had returned to Peru from travel to Italy.
PLOS ONE, Aug 8, 2019
There are limited published data about the circulation of influenza B/Victoria and B/Yamagata in ... more There are limited published data about the circulation of influenza B/Victoria and B/Yamagata in Latin America and the Caribbean (LAC) and most countries have a vaccine policy that includes the use of the trivalent influenza vaccine. We analyzed influenza surveillance data to inform decision-making in LAC about prevention strategies, such as the use of the quadrivalent influenza vaccine.
Microbiology Resource Announcements, 2021
A near-complete genome sequence was obtained for a novel severe acute respiratory syndrome corona... more A near-complete genome sequence was obtained for a novel severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variant of concern (VOC) 202012/01 strain obtained from an oropharyngeal swab sample from a Peruvian patient with coronavirus syndrome who had contact with an individual who had recently returned from England.
ABSTRACTThe dissemination of cases of the new SAR-COV-2 coronavirus represents a serious public h... more ABSTRACTThe dissemination of cases of the new SAR-COV-2 coronavirus represents a serious public health problem for Latin America and Peru. For this reason, it is important to characterize the genome of the isolates that circulate in Latin America. To characterize the complete genome of first samples of the virus circulating in Peru, we amplified seven overlapping segments of the viral genome by RT-PCR and sequenced using Miseq platform. The results indicate that the genomes of the Peruvian SARS-COV-2 samples belong to the genetic groups G and S. Likewise, a phylogenetic and MST analysis of the isolates confirm the introduction of multiple isolates from Europe and Asia that, after border closing, were transmitted locally in the capital and same regions of the country. These Peruvian samples (56%) grouped into two clusters inside G clade and share B.1.1.1 lineage. The characterization of these isolates must be considered for the use and design of diagnostic tools, and effective treatm...
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública
Objetivos. Evaluar la respuesta de preparados IgG por ELISA utilizando rígidos Wuhan y Lambda en ... more Objetivos. Evaluar la respuesta de preparados IgG por ELISA utilizando rígidos Wuhan y Lambda en trabajadores de la salud con y sin antecedentes de infección por SARS-CoV-2 antes de la inmunización con la primera y segunda dosis de la vacuna Sinopharm (BBIBP-CorV). Materiales y métodos.Se realizó un estudio analítico en trabajadores sanitarios mayores de 18 años. Se incluyeron 51 participantes con antecedentes y 100 participantes sin antecedentes de infección por SARS-CoV-2, que recibieron dos dosis de la vacuna Sinopharm. Los obtenidos IgG se evaluaron 21 días después de la primera dosis, 21 días después de la segunda dosis y 3 meses después de la segunda dosis mediante ELISA interno utilizando el endurecimiento completo de la variante de Wuhan (B.1.1) y la variante lambda ( C-37) del virus SARS-CoV-2. Resultados.Ambos grupos mostraron un gran aumento en el porcentaje de personas con resultados después de la segunda dosis, sin embargo, este porcentaje llegó a los 3 meses después de...
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública
En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilanc... more En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilancia laboratorial estructurado y en funcionamiento desde hace 22 años, basado en la vigilancia de influenza; inicialmente en modalidad de unidades centinela, y después fortaleciéndose e innovándose, con recur-sos propios y con apoyo externo, para generar información de calidad. Se han implementado avances biotecnológicos para la confirmación diagnóstica e incrementado las capacidades de la red nacional de laboratorios, manteniendo la eficiencia, considerando las diversas y complejas realidades de los niveles regionales, y superando dificultades de comunicación y articulación entre instituciones. Resulta necesa-rio consolidar este sistema, con trabajo colaborativo y coordinado entre sus componentes, impulsando su eficacia y oportunidad y promoviendo la vigilancia genómica de nuevos virus y variantes, como ac-tualmente ocurre con el SARS-CoV-2.
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 2021
Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para ... more Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/μL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.
Para que sea exitoso este proceso, se recomienda utilizar estrategias de comunicación interperson... more Para que sea exitoso este proceso, se recomienda utilizar estrategias de comunicación interpersonal (consejería, visita domiciliaria) acompañadas de estrategias grupales (sesiones demostrativas y otros talleres vivenciales, ferias, pasacalles, teatro, campañas escolares, comunales, distritales, regionales, entre otras). Simultáneamente, se buscará la intervención de los diferentes medios de comunicación (radio, televisión, prensa escrita) para reforzar los contenidos educativos que se desarrollan en los espacios interpersonal y grupal.
medRxiv, 2020
Molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in developing countries is still a big challenge. The reference... more Molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in developing countries is still a big challenge. The reference standard, RT-qPCR, recommended by WHO, is not widely available, difficulting early identification of cases. Furthermore, the transport logistic between the sample collection point and the laboratory facilities can alter the samples, producing false negative results. RT-LAMP is a cheaper, simpler molecular technique that can be an interesting alternative to be offered in hospital laboratories. We present the evaluation of a RT-LAMP for diagnosis of SARS-CoV-2 in two steps: the laboratory standardization and the clinical validation, comparing it with the standard RT-qPCR. In the standardization phase, limit of detection and robustness values were obtained using RNA from a Peruvian SARS-CoV-2 strain. It presented 100% agreement between triplicates (RT-LAMP agreement with all RT-qPCR reactions that presented Ct [≤] 30) and robustness (RT-LAMP successful reactions with 80% reaction volume an...
Validar el método de ensayo del "RT-PCR multiplex en Tiempo Real para la detección del virus SARS... more Validar el método de ensayo del "RT-PCR multiplex en Tiempo Real para la detección del virus SARS-CoV-2" a partir de muestras clínicas respiratorias para la detección in vitro del virus SARS-CoV-2 mediante los parámetros establecidos para este método aplicado en el laboratorio de Virus Respiratorios. Se realizó la validación debido a que este método está basado en protocolos publicados en revistas de investigación, los cuales han sido modificadas por el laboratorio.
Revista peruana de medicina experimental y salud publica, 2021
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2021
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SA... more Coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has become a major threat to public health. Rapid molecular testing for convenient and timely diagnosis of SARS-CoV-2 infections represents a challenge that could help to control the current pandemic and prevent future outbreaks. We aimed to develop and validate a multiplex and colorimetric reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay using lyophilized LAMP reagents for sensitive and rapid detection of SARS-CoV-2. LAMP primers were designed for a set of gene targets identified by a genome-wide comparison of viruses. Primer sets that showed optimal features were combined into a multiplex RT-LAMP assay. Analytical validation included assessment of the limit of detection (LoD), intra- and inter-assay precision, and cross-reaction with other respiratory pathogens. Clinical performance compared to that of real-time reverse transcriptase-polymerase cha...
Revista Española de Quimioterapia, 2021
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 2021
Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla c... more Objetivos: Estandarizar una prueba RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 y validarla con muestras de laboratorio y de campo en pacientes con sospecha clínica de COVID-19. Materiales y métodos: Se estandarizó una prueba molecular RT-LAMP in house para la detección de SARS-CoV-2 estableciéndose el límite de detección con células Vero de cepas peruanas aisladas de SARS-CoV-2. Se validó la prueba en laboratorio con 384 muestras de hisopado nasal y faríngeo (HNF) obtenidas entre marzo y julio de 2020. Para la validación de campo se obtuvieron muestras de HNF de 383 casos sintomáticos sospechosos de COVID-19. Todas las muestras fueron evaluadas por RT-LAMP y RT-qPCR. Para la validación de laboratorio y de campo se consideró como estándar de referencia al RT-qPCR, se calcularon medidas de concordancia y rendimiento diagnóstico. Resultados: El límite de detección fue consistente en los casos con umbral de ciclo (Ct) Ct 30 en ambas pruebas, mostrando eficiencia para detectar hasta...