Zuhal ÖNDER - Academia.edu (original) (raw)

Papers by Zuhal ÖNDER

Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı... more Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı bölgelerden izole edilmiş saha suşlarının genotipik yapıları temelindeimmundominant özellik gösteren rekombinant immobilizan antijenlerini(i-antijen) kodlayan genlerin bakteriyel ekspresyon sistemine klonlanarakeksprese ve karakterize edilmeleri, antijenik profillerinin ortaya çıkarılmasıve aşı adayı olabilecek rekombinant antijenlerin elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada 2018 ve 2019 yıllarının Temmuz ve Ağustos ayları arasında Gökkuşağıalabalığı yetiştiriciliğinin yoğun yapıldığı Samsun, Rize, Kayseri, Elazığ,Burdur, Antalya ve Muğla illerinde bulunan işletmeler ziyaret edilerek balıkpopülasyonları üzerinde saha araştırmaları yürütülmüş ve I. multifiliis ile enfekte bulunan balıklardan ilgili protokolleregöre izolasyon gerçekleştirilmiştir. Laboratuvara uygun solüsyonlar ve soğukzincir altında intikal ettirilen örneklerden cDNA ve gDNA izolasyonlarıgerçekleştirilmiştir. I. mult...

Kocatepe Veterinary Journal, 2022

Blastocystis is one of the most common emerging zoonotic parasites in humans and animals. This st... more Blastocystis is one of the most common emerging zoonotic parasites in humans and animals. This study aimed to determine the molecular prevalence and subtype of Blastocystis in cattle (Bos taurus). A total of 150 fresh fecal samples were collected from slaughtered cattle from various slaughterhouses in Kayseri Province, Central Anatolia. Genomic DNA was extracted from all samples and used in PCR analyses of the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) gene of Blastocystis. Blastocystis positive samples were sequenced for identify subtypes. Obtained sequences were assembled with suitable genetic software, then phylogenetic relationships were revealed. According to PCR analyses, overall prevalence of Blastocystis was determined as 58.7%. The sequence analyses of the PCR product gene revealed the presence of one known livestock-specific subtype, ST10. Phylogenetic analysis revealed that ST10 isolates the characterized in the study were clustered with isolates identified previously from cattle. Molecular characterization and subtype of Blastocystis sp. in slaughtered cattle in slaughterhouses were obtained data with this study.

Bu calisma, Avanos ve cevresindeki sokak kopeklerinde filarial nematod enfeksiyonlarinin prevalan... more Bu calisma, Avanos ve cevresindeki sokak kopeklerinde filarial nematod enfeksiyonlarinin prevalansini tespit etmek amaciyla yurutulmustur. Bu amacla, Mayis-Eylul 2013 tarihleri arasinda farkli yas, cinsiyet ve irktan olmak uzere toplam 138 sokak kopeginden kan ornekleri alinmistir. Alinan kan ornekleri oncelikle natif, modifiye knott ve membran filtrasyon-asit fosfataz histokimyasal boyama yontemleri ile perifer kandaki mikrofilerler yonunden incelenmistir. Sonraki basamakta toplanan kanlardan genomik DNA ekstraksiyonu yapilmis ve elde edilen genomik DNA’lar Dirofilaria immitis’in 5.8S-ITS2-28S ve cytochrome oxidase subunit 1 (COI) spesifik gen bolgelerini parsiyel olarak amplifiye eden primerler ile PCR analizine tabii tutulmuslardir. PCR analizi sonucunda, 138 kopegin 3’u (%2.17) D. immitis pozitif olarak belirlenmis, diger filarial nematod enfeksiyonlarina ise rastlanmamistir. Molekuler olarak pozitif belirlenen 3 ornegin 2’sinde perifer kan muayene yontemleri ile mikrofilerler s...

Turkish Journal of Parasitology, 2021

Investigation of Zoonotic Cryptosporidium and Giardia intestinalis Species and Genotypes in Cats ... more Investigation of Zoonotic Cryptosporidium and Giardia intestinalis Species and Genotypes in Cats (Felis catus) Kedilerde (Felis catus) Zoonotik Cryptosporidium ve Giardia intestinalis Tür/Genotiplerinin Araştırılması Objective: Giardia intestinalis and Cryptosporidium spp. are important zoonotic protozoan parasites that infect humans and various animals. We investigated the occurrence of G. intestinalis and Cryptosporidium spp. infection in cats. To provide data on the zoonotic transmission dynamics of these parasites, genotypes of the detected isolates were investigated through DNA sequence characterization. Methods: A total of 100 fecal samples were collected from cats between June and October 2020 in Kayseri and Samsun provinces. Fecal samples were examined by nested polymerase chain reaction (PCR), targeting the β-giardin gene of G. intestinalis and small subunit (SSU) rRNA gene of Cryptosporidium spp. All PCR products were sequenced for genotyping. Results: Of the samples examined, Giardia intestinalis was determined in 8 samples (8.0%), whereas none of the samples were found positive for Cryptosporidium spp. Sequence analyses of the β-giardin PCR products indicated that all G. intestinalis isolates were classed into the zoonotic assemblage B. Conclusion: This study adds to the current data on the molecular epidemiology of cryptosporidiosis and giardiasis in cats. The findings also highlight the potential risk of cats for public health concerning the zoonotic transmission dynamics of G. intestinalis.

Bu calisma, Nevsehir yoresinde yetistiriciligi yapilan dogal enfekte koyunlarda ricobendazol (Ric... more Bu calisma, Nevsehir yoresinde yetistiriciligi yapilan dogal enfekte koyunlarda ricobendazol (Ricoben, Alke)’un mide-bagirsak nematodlarina karsi tedavi etkinligini degerlendirmek amaciyla yurutulmustur. Bu amacla, Şubat-Mart 2018 tarihleri arasinda Nevsehir yoresinde bir koyunculuk isletmesinde mide-bagirsak nematodlari yonunden enfekte olan koyunlardan 50’si gram diskidaki yumurta sayisi (EPG) dikkate alinarak secilmistir. Koyunlar ilac grubunda 40, kontrol grubunda ise 10 olmak uzere 2 gruba ayrilmis ve ilac uygulamasindan once diski ornekleri alinmistir. Ilac grubuna ureticinin onerileri dogrultusunda 3,75mg/kg CA dozda ricobendazol (Ricoben, Alke) enjektable olarak uygulanirken, kontrol grubuna herhangi bir uygulama yapilmamistir. Ilac uygulamasi sonrasi 0., 7. ve 14. gunlerde her gruptan diski ornekleri toplanmis ve mide-bagirsak nematodlarinin EPG degerleri belirlenmistir. Gruplar arasinda 0. gun icin EPG degerleri arasinda farklilik bulunmazken (p>0,05), gruplar arasinda ...

Bu calisma, Kayseri’nin farkli lokalizasyonlarindaki sigirlardan toplanmis eriskin ixodid keneler... more Bu calisma, Kayseri’nin farkli lokalizasyonlarindaki sigirlardan toplanmis eriskin ixodid kenelerden olusturulmus genomik DNA havuzlarinda Babesia bigemina ve B. bovis’in real time PCR analizleriyle arastirilmasi ve izolatlarin filo-genetik karakterlerinin saptanmasi amaciyla gerceklestirilmistir. Sigirlardan toplanmis 1115 eriskin ixodid keneden olusturulmus DNA havuzlarinda, B. bigemina ve B. bovis icin rap-1a ve msa-2c gen bolgelerini amplifiye eden primer-lerle TaqMan prob bazli ve Sybergreen tabanli real time PCR analizleri yapilmistir. Toplam 38 genomik DNA havuzu-nun ikisinde (%5.2) B. bovis ve sekizinde (%21) B. bigemina pozitifligi saptanmistir. Miks enfeksiyon belirlenmemistir. Babesia bigemina pozitiflerin dordu Rhipicephalus annulatus, ikisi R. turanicus, biri Hyalomma marginatum ve biri H. anatolicum havuzlarinda, B. bovis pozitiflerin ikisi de H. marginatum havuzunda saptanmistir. Ct (cycle threshold) (dR) degerleri B. bigemina ve B. bovis icin ortalama 35.75 ve 37.71 ...

The EuroBiotech Journal, 2021

The aim of this study was to compare three diagnostic methods for the diagnosis of cryptosporidio... more The aim of this study was to compare three diagnostic methods for the diagnosis of cryptosporidiosis and to detect subtypes ofCryptosporidium parvum by sequences analyses of gp60 gene in diarrheic calves in several herds in Konya province located in Central Anatolia Region of Turkey. Fecal samples were collected from a total of 194 pre-weaned calves (n=158, ≤15 days old, and n=36, 15 to 40 days old), with diarrhoea. For comparative diagnosis, all samples were examined by modified Ziehl-Neelsen staining of fecal smears for the presence of oocyst, nested PCR-RFLP of SSU rRNA and TaqMan qPCR for the detection of Cryptosporidium DNA. A total of 92 (47.4%) and 104 (53.6%) out of the examined samples were found positive by microscopic examination and molecular tools, respectively. The diagnostic sensitivity and specificity of microscopic identification were determined as 88.5% and 100.0%, respectively compared to molecular assays. Cryptosporidium parvum was the only detected species in al...

Acta Tropica, 2020

This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the ad... more This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the addition of a cover page and metadata, and formatting for readability, but it is not yet the definitive version of record. This version will undergo additional copyediting, typesetting and review before it is published in its final form, but we are providing this version to give early visibility of the article. Please note that, during the production process, errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain.

Kocatepe Veterinary Journal, 2020

Posthodiplostomum Dubois, 1936 species have worldwide distribution. Metacercariae of P. cuticola ... more Posthodiplostomum Dubois, 1936 species have worldwide distribution. Metacercariae of P. cuticola that is common in Europe causes "black spot" disease in freshwater fishes. A limited number of data on mitochondrial and ribosomal sequences of P. cuticola are available in the GenBank. In addition, there is no sequencing data on trematodes belonging to genus of Posthodiplostomum in Turkey. The aim of this study was to investigate the presence of Posthodiplostomum metacercariae in freshwater chubs (Squalius cephalus) and to reveal the molecular characterization of mt-COI and ITS-2 gene regions of the identified isolates. Posthodiplostomum metacercariae were detected in the gills of two (1.6%) out of 123 fish. The ITS-2 gene sequences of the isolates (POSTC1-C2) (MN701652-3) found in this study showed 99.8-100% identity with P. cuticola sequences isolated from skin, muscle and fins of different fish species in Czech Republic and Hungary. In addition, the mt-COI gene sequences of the POSTC1-C2 isolates (MN700658-9) showed 99.1-98.9% identity with P. cuticola isolate (cercariae) (KX931424) from Planorbis planorbis in Lithuanian. This study provides first molecular and phylogenetic characterization of P. cuticola isolates found in chubs (Squalius cephalus) in Turkey.

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2018

Bu çalışmada, Haziran-Ağustos 2014 tarihleri arasında Kayseri yöresinde çeşitli bölgelerden topla... more Bu çalışmada, Haziran-Ağustos 2014 tarihleri arasında Kayseri yöresinde çeşitli bölgelerden toplanmış sivrisinek örneklerinde Culex pipiens kompleks biyotipleri ve Cx. torrentium moleküler olarak araştırılmıştır. Saha çalışmaları boyunca toplam 1052 dişi sivrisinek örneklemesi yapılmış ve bunların 315'i (%29.9) morfolojik teşhis analizleriyle Cx. pipiens kompleks ve/veya Cx. torrentium olarak teşhis edilerek ayrılmıştır. Ayrılan örneklere ait genomik DNA izolatlarının ilk basamak Real time PCR analizlerinde tamamının Cx. pipiens kompleks nesillerine ait oldukları saptanmış, Cx. torrentium pozitifliği belirlenmemiştir. İkinci basamak Real time PCR analizlerinde Cx. pipiens komplekste belirlenen izolatların, 311'inin Cx. pipiens form pipiens nesillerine ait oldukları tespit edilmiş, Cx. pipiens form molestus pozitifliği görülmemiştir. Kalan 4 örnek, analizlerde her iki biyotip yönünden de amplifikasyon göstermemiştir. Real time PCR sonuçlarının konfirmasyonu ve hibrit nesillerin araştırılması amacıyla tüm örneklere ait izolatların ACE-2 ve CQ11 microsatellite DNA analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizlerde Cx. pipiens form pipiens olarak belirlenen tüm izolatların ilgili DNA markerları ile pipiens biyotipine özgü bant profilleri sergilediği görülmüş ve izolatların konfirmasyonu sağlanmıştır. Real time PCR analizlerinde biyoformlar yönünden amplifikasyon göstermeyen 4 izolatın microsatellite DNA analizleriyle Cx. pipiens form pipiens ve Cx. pipiens form molestus hibritleri oldukları tespit edilmiştir. Cx. pipiens form pipiens ve hibrit nesillere ait birer izolatın mitokondrial cytochrome oxidase I (mt-COI) gen bölgesine göre barkodlaması yapılmış ve filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Her iki izolatın sekans analiz sonuçlarına göre yeni bir haplotip oldukları belirlenmiş ve haplotip bazında Cx. pipiens komplekse ait GenBank'ta kayıtlı homolog nesillerle filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Anahtar sözcükler: Culex pipiens biyotipleri, Culex torrentium, Kayseri, moleküler karakterizasyon, Real time PCR. Investigation of Culex pipiens biotypes and Culex torrentium by Real time PCR in Kayseri region and molecular characterization of the isolates Summary: The biotypes of Culex pipiens complex and Cx. torrentium were molecularly investigated in the mosquito specimens collected from different regions of Kayseri between June and August 2015 in this study. A total of 1052 female mosquito specimens were sampled during the field surveys and 315 (29.9%) out of these were morphologically identified and reserved as Cx. pipiens complex and/or Cx. torrentium. The first step Real time PCR analyses of genomic DNA isolates from these reserved specimens revealed that all the specimens were belong to Culex pipiens complex and there was no Cx. torrentium positivity. Among the isolates determined in Culex pipiens complex, 311 were determined as belong to lineages of Cx. pipiens form pipiens according to second step Real time PCR analyses and there was no positivity for Cx. pipiens form molestus. The remaining 4 isolates showed no amplification for both two biotypes. ACE-2 and CQ11 microsatellite DNA analyses were carried out on the isolates from all specimens in order to confirm the real time PCR results and investigate the hybrid lineages. All the isolates determined as Cx. pipiens form pipiens showed specific banding pattern for pipiens biotype with the related DNA markers in the analyses result in the confirmation of the isolates. The 4 isolates that did not show amplification for both biotypes in Real time PCR assays were designated as the hybrids of Cx. pipiens form pipiens and Cx. pipiens form molestus with the microsatellite DNA analyses. DNA barcoding and phylogenetic analyses were performed on one isolate belong to each Cx. pipiens form pipiens pipiens and hybrids based on mitochondrial cytochrome oxidase I (mt-COI) gene region. Both isolates were determined as new haplotypes according to the sequence analyses and their phylogenetic relations based on haplotypes with the available homolog linages belong to Cx. pipiens complex in GenBank were revealed.

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2018

Turkish Journal of Parasitology, 2018

Turkish Journal of Parasitology, 2017

Bu çalışma, Kayseri yöresinden toplanmış Culex pipiens tür kompleksine ait örneklerin kan beslenm... more Bu çalışma, Kayseri yöresinden toplanmış Culex pipiens tür kompleksine ait örneklerin kan beslenmesinde konak tercihlerinin belirlenmesi amacıyla planlanmıştır. Yöntemler: Çalışmada toplam 1284 dişi sivrisinek morfolojik olarak incelenmiş ve 376'sı (%28,4) Cx. pipiens komplekste belirlenerek bireysel genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Genomik DNA izolatlarının kanatlı ve memeli mitochondrial cytochrome b (mt-cytb) gen bölgesini spesifik olarak amplifiye eden primerler ile Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) analizleri gerçekleştirilmiştir. Konak kanı yönünden pozitif belirlenen örneklere ait izolatların mt-cytb gen bölgesi amplikonları konak türü tayini için klonlanmış ve elde edilen plazmidler sekans analizine tabii tutulmuştur. Bulgular: Toplam 376 örneğin 148'i (%39,4) kanatlı ve/veya memeli kanı yönünden pozitif bulunmuştur. Pozitif belirlenen örneklerin toplam 43'ü yalnızca memeli, 98'i yalnızca kanatlı, 7'si ise hem kanatlı hem de memeli kanı yönünden pozitif belirlenmiştir. Cx. pipiens komplekse ait örneklerin kan beslenmesinde kanatlı konak tercihi önemli bulunmuştur. Kanatlı kanı pozitif 15 örnekten 9'unun Passeriformes, 3'ünün Accipitriformes, 2'sinin Columbiformes ve birinin de Strigiformes takımlarında yer alan kanatlı türlerinden kan emdiği belirlenmiştir. Memeli kanı pozitif 15 örneğin ise 6'sı insan, 4'ü sığır, 3'ü koyun, 2'si de köpek kanı yönünden pozitif olduğu saptanmıştır. Sonuç: Bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez Cx. pipiens tür kompleksine ait sivrisinek örneklerinin kan beslenmesinde konak tercihleri üzerine moleküler düzeyde veriler elde edilmiştir.

Comparative Cytogenetics, 2016

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2014

Bu çalışma, Kayseri yöresinde klinik olarak normal görünümlü köpeklerden toplanmış toplam 400 ade... more Bu çalışma, Kayseri yöresinde klinik olarak normal görünümlü köpeklerden toplanmış toplam 400 adet EDTA'lı periferal tam kan örneğinde Neospora caninum ve Toxoplasma gondii takizoitlerinin araştırılması amacıyla yapılmıştır. Kan örneklerinden genomik DNA izolasyonunu takiben, elde edilen genomik DNA'ların spektrofotometrik ölçümleri yapılmış ve Real Time PCR (qPCR) için uygun konsantrasyonlar hazırlanmıştır. N. caninum için NC5 ve T.gondii için RE gen bölgelerini hedef alan spesifik primer ve problar kullanılarak örneklerin qPCR analizleri gerçekleştirilmiştir. qPCR sonuçlarına göre 400 örneğin 15'inde (%3,8) N. caninum pozitifliği tespit edilmiş olup hiçbir örnekte T. gondii pozitifliğine rastlanmamıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez Kayseri yöresinde köpeklerin perifer tam kan örneklerinde N.caninum ve T. gondii takizoitleri TaqMan Prob Bazlı Real Time PCR tekniği ile araştırılmış ve moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmiştir. Anahtar sözcükler: Köpek, Neospora caninum, Real Time PCR, takizoit, Toxoplasma gondii. Investigation of Neospora caninum and Toxoplasma gondii tachyzoites in peripheral blood samples of dogs by TaqMan probe based Real Time PCR Summary: This study was carried out to investigate Neospora caninum and Toxoplasma gondii tachyzoites in total of 400 whole peripheral blood samples with EDTA which were collected from the clinically healthy dogs in Kayseri region. Following the isolation of genomic DNA from the blood samples, spectrophotometric measurements of the obtained genomic DNAs were performed and appropriate concentrations were prepared for Real Time PCR (qPCR). qPCR analyses of the samples were conducted using the specific primers and probes that target the gene regions NC5 for N. caninum and RE for T. gondii. Out of 400 blood samples, 15 (3.8%) were found to be infected with N. caninum while no T. gondii positivity was determined in the examined samples. In conclusion, some molecular epidemiological data about N. caninum and T. gondii infections dogs in Kayseri region were firstly demonstrated in Turkey with this study.

Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı... more Bu çalışmada, Gökkuşağı alabalıklarında enfeksiyonoluşturan Ichthyophthirius multifiliis’infarklı bölgelerden izole edilmiş saha suşlarının genotipik yapıları temelindeimmundominant özellik gösteren rekombinant immobilizan antijenlerini(i-antijen) kodlayan genlerin bakteriyel ekspresyon sistemine klonlanarakeksprese ve karakterize edilmeleri, antijenik profillerinin ortaya çıkarılmasıve aşı adayı olabilecek rekombinant antijenlerin elde edilmesi amaçlanmıştır. Çalışmada 2018 ve 2019 yıllarının Temmuz ve Ağustos ayları arasında Gökkuşağıalabalığı yetiştiriciliğinin yoğun yapıldığı Samsun, Rize, Kayseri, Elazığ,Burdur, Antalya ve Muğla illerinde bulunan işletmeler ziyaret edilerek balıkpopülasyonları üzerinde saha araştırmaları yürütülmüş ve I. multifiliis ile enfekte bulunan balıklardan ilgili protokolleregöre izolasyon gerçekleştirilmiştir. Laboratuvara uygun solüsyonlar ve soğukzincir altında intikal ettirilen örneklerden cDNA ve gDNA izolasyonlarıgerçekleştirilmiştir. I. mult...

Kocatepe Veterinary Journal, 2022

Blastocystis is one of the most common emerging zoonotic parasites in humans and animals. This st... more Blastocystis is one of the most common emerging zoonotic parasites in humans and animals. This study aimed to determine the molecular prevalence and subtype of Blastocystis in cattle (Bos taurus). A total of 150 fresh fecal samples were collected from slaughtered cattle from various slaughterhouses in Kayseri Province, Central Anatolia. Genomic DNA was extracted from all samples and used in PCR analyses of the small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) gene of Blastocystis. Blastocystis positive samples were sequenced for identify subtypes. Obtained sequences were assembled with suitable genetic software, then phylogenetic relationships were revealed. According to PCR analyses, overall prevalence of Blastocystis was determined as 58.7%. The sequence analyses of the PCR product gene revealed the presence of one known livestock-specific subtype, ST10. Phylogenetic analysis revealed that ST10 isolates the characterized in the study were clustered with isolates identified previously from cattle. Molecular characterization and subtype of Blastocystis sp. in slaughtered cattle in slaughterhouses were obtained data with this study.

Bu calisma, Avanos ve cevresindeki sokak kopeklerinde filarial nematod enfeksiyonlarinin prevalan... more Bu calisma, Avanos ve cevresindeki sokak kopeklerinde filarial nematod enfeksiyonlarinin prevalansini tespit etmek amaciyla yurutulmustur. Bu amacla, Mayis-Eylul 2013 tarihleri arasinda farkli yas, cinsiyet ve irktan olmak uzere toplam 138 sokak kopeginden kan ornekleri alinmistir. Alinan kan ornekleri oncelikle natif, modifiye knott ve membran filtrasyon-asit fosfataz histokimyasal boyama yontemleri ile perifer kandaki mikrofilerler yonunden incelenmistir. Sonraki basamakta toplanan kanlardan genomik DNA ekstraksiyonu yapilmis ve elde edilen genomik DNA’lar Dirofilaria immitis’in 5.8S-ITS2-28S ve cytochrome oxidase subunit 1 (COI) spesifik gen bolgelerini parsiyel olarak amplifiye eden primerler ile PCR analizine tabii tutulmuslardir. PCR analizi sonucunda, 138 kopegin 3’u (%2.17) D. immitis pozitif olarak belirlenmis, diger filarial nematod enfeksiyonlarina ise rastlanmamistir. Molekuler olarak pozitif belirlenen 3 ornegin 2’sinde perifer kan muayene yontemleri ile mikrofilerler s...

Turkish Journal of Parasitology, 2021

Investigation of Zoonotic Cryptosporidium and Giardia intestinalis Species and Genotypes in Cats ... more Investigation of Zoonotic Cryptosporidium and Giardia intestinalis Species and Genotypes in Cats (Felis catus) Kedilerde (Felis catus) Zoonotik Cryptosporidium ve Giardia intestinalis Tür/Genotiplerinin Araştırılması Objective: Giardia intestinalis and Cryptosporidium spp. are important zoonotic protozoan parasites that infect humans and various animals. We investigated the occurrence of G. intestinalis and Cryptosporidium spp. infection in cats. To provide data on the zoonotic transmission dynamics of these parasites, genotypes of the detected isolates were investigated through DNA sequence characterization. Methods: A total of 100 fecal samples were collected from cats between June and October 2020 in Kayseri and Samsun provinces. Fecal samples were examined by nested polymerase chain reaction (PCR), targeting the β-giardin gene of G. intestinalis and small subunit (SSU) rRNA gene of Cryptosporidium spp. All PCR products were sequenced for genotyping. Results: Of the samples examined, Giardia intestinalis was determined in 8 samples (8.0%), whereas none of the samples were found positive for Cryptosporidium spp. Sequence analyses of the β-giardin PCR products indicated that all G. intestinalis isolates were classed into the zoonotic assemblage B. Conclusion: This study adds to the current data on the molecular epidemiology of cryptosporidiosis and giardiasis in cats. The findings also highlight the potential risk of cats for public health concerning the zoonotic transmission dynamics of G. intestinalis.

Bu calisma, Nevsehir yoresinde yetistiriciligi yapilan dogal enfekte koyunlarda ricobendazol (Ric... more Bu calisma, Nevsehir yoresinde yetistiriciligi yapilan dogal enfekte koyunlarda ricobendazol (Ricoben, Alke)’un mide-bagirsak nematodlarina karsi tedavi etkinligini degerlendirmek amaciyla yurutulmustur. Bu amacla, Şubat-Mart 2018 tarihleri arasinda Nevsehir yoresinde bir koyunculuk isletmesinde mide-bagirsak nematodlari yonunden enfekte olan koyunlardan 50’si gram diskidaki yumurta sayisi (EPG) dikkate alinarak secilmistir. Koyunlar ilac grubunda 40, kontrol grubunda ise 10 olmak uzere 2 gruba ayrilmis ve ilac uygulamasindan once diski ornekleri alinmistir. Ilac grubuna ureticinin onerileri dogrultusunda 3,75mg/kg CA dozda ricobendazol (Ricoben, Alke) enjektable olarak uygulanirken, kontrol grubuna herhangi bir uygulama yapilmamistir. Ilac uygulamasi sonrasi 0., 7. ve 14. gunlerde her gruptan diski ornekleri toplanmis ve mide-bagirsak nematodlarinin EPG degerleri belirlenmistir. Gruplar arasinda 0. gun icin EPG degerleri arasinda farklilik bulunmazken (p>0,05), gruplar arasinda ...

Bu calisma, Kayseri’nin farkli lokalizasyonlarindaki sigirlardan toplanmis eriskin ixodid keneler... more Bu calisma, Kayseri’nin farkli lokalizasyonlarindaki sigirlardan toplanmis eriskin ixodid kenelerden olusturulmus genomik DNA havuzlarinda Babesia bigemina ve B. bovis’in real time PCR analizleriyle arastirilmasi ve izolatlarin filo-genetik karakterlerinin saptanmasi amaciyla gerceklestirilmistir. Sigirlardan toplanmis 1115 eriskin ixodid keneden olusturulmus DNA havuzlarinda, B. bigemina ve B. bovis icin rap-1a ve msa-2c gen bolgelerini amplifiye eden primer-lerle TaqMan prob bazli ve Sybergreen tabanli real time PCR analizleri yapilmistir. Toplam 38 genomik DNA havuzu-nun ikisinde (%5.2) B. bovis ve sekizinde (%21) B. bigemina pozitifligi saptanmistir. Miks enfeksiyon belirlenmemistir. Babesia bigemina pozitiflerin dordu Rhipicephalus annulatus, ikisi R. turanicus, biri Hyalomma marginatum ve biri H. anatolicum havuzlarinda, B. bovis pozitiflerin ikisi de H. marginatum havuzunda saptanmistir. Ct (cycle threshold) (dR) degerleri B. bigemina ve B. bovis icin ortalama 35.75 ve 37.71 ...

The EuroBiotech Journal, 2021

The aim of this study was to compare three diagnostic methods for the diagnosis of cryptosporidio... more The aim of this study was to compare three diagnostic methods for the diagnosis of cryptosporidiosis and to detect subtypes ofCryptosporidium parvum by sequences analyses of gp60 gene in diarrheic calves in several herds in Konya province located in Central Anatolia Region of Turkey. Fecal samples were collected from a total of 194 pre-weaned calves (n=158, ≤15 days old, and n=36, 15 to 40 days old), with diarrhoea. For comparative diagnosis, all samples were examined by modified Ziehl-Neelsen staining of fecal smears for the presence of oocyst, nested PCR-RFLP of SSU rRNA and TaqMan qPCR for the detection of Cryptosporidium DNA. A total of 92 (47.4%) and 104 (53.6%) out of the examined samples were found positive by microscopic examination and molecular tools, respectively. The diagnostic sensitivity and specificity of microscopic identification were determined as 88.5% and 100.0%, respectively compared to molecular assays. Cryptosporidium parvum was the only detected species in al...

Acta Tropica, 2020

This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the ad... more This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the addition of a cover page and metadata, and formatting for readability, but it is not yet the definitive version of record. This version will undergo additional copyediting, typesetting and review before it is published in its final form, but we are providing this version to give early visibility of the article. Please note that, during the production process, errors may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain.

Kocatepe Veterinary Journal, 2020

Posthodiplostomum Dubois, 1936 species have worldwide distribution. Metacercariae of P. cuticola ... more Posthodiplostomum Dubois, 1936 species have worldwide distribution. Metacercariae of P. cuticola that is common in Europe causes "black spot" disease in freshwater fishes. A limited number of data on mitochondrial and ribosomal sequences of P. cuticola are available in the GenBank. In addition, there is no sequencing data on trematodes belonging to genus of Posthodiplostomum in Turkey. The aim of this study was to investigate the presence of Posthodiplostomum metacercariae in freshwater chubs (Squalius cephalus) and to reveal the molecular characterization of mt-COI and ITS-2 gene regions of the identified isolates. Posthodiplostomum metacercariae were detected in the gills of two (1.6%) out of 123 fish. The ITS-2 gene sequences of the isolates (POSTC1-C2) (MN701652-3) found in this study showed 99.8-100% identity with P. cuticola sequences isolated from skin, muscle and fins of different fish species in Czech Republic and Hungary. In addition, the mt-COI gene sequences of the POSTC1-C2 isolates (MN700658-9) showed 99.1-98.9% identity with P. cuticola isolate (cercariae) (KX931424) from Planorbis planorbis in Lithuanian. This study provides first molecular and phylogenetic characterization of P. cuticola isolates found in chubs (Squalius cephalus) in Turkey.

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2018

Bu çalışmada, Haziran-Ağustos 2014 tarihleri arasında Kayseri yöresinde çeşitli bölgelerden topla... more Bu çalışmada, Haziran-Ağustos 2014 tarihleri arasında Kayseri yöresinde çeşitli bölgelerden toplanmış sivrisinek örneklerinde Culex pipiens kompleks biyotipleri ve Cx. torrentium moleküler olarak araştırılmıştır. Saha çalışmaları boyunca toplam 1052 dişi sivrisinek örneklemesi yapılmış ve bunların 315'i (%29.9) morfolojik teşhis analizleriyle Cx. pipiens kompleks ve/veya Cx. torrentium olarak teşhis edilerek ayrılmıştır. Ayrılan örneklere ait genomik DNA izolatlarının ilk basamak Real time PCR analizlerinde tamamının Cx. pipiens kompleks nesillerine ait oldukları saptanmış, Cx. torrentium pozitifliği belirlenmemiştir. İkinci basamak Real time PCR analizlerinde Cx. pipiens komplekste belirlenen izolatların, 311'inin Cx. pipiens form pipiens nesillerine ait oldukları tespit edilmiş, Cx. pipiens form molestus pozitifliği görülmemiştir. Kalan 4 örnek, analizlerde her iki biyotip yönünden de amplifikasyon göstermemiştir. Real time PCR sonuçlarının konfirmasyonu ve hibrit nesillerin araştırılması amacıyla tüm örneklere ait izolatların ACE-2 ve CQ11 microsatellite DNA analizleri gerçekleştirilmiştir. Analizlerde Cx. pipiens form pipiens olarak belirlenen tüm izolatların ilgili DNA markerları ile pipiens biyotipine özgü bant profilleri sergilediği görülmüş ve izolatların konfirmasyonu sağlanmıştır. Real time PCR analizlerinde biyoformlar yönünden amplifikasyon göstermeyen 4 izolatın microsatellite DNA analizleriyle Cx. pipiens form pipiens ve Cx. pipiens form molestus hibritleri oldukları tespit edilmiştir. Cx. pipiens form pipiens ve hibrit nesillere ait birer izolatın mitokondrial cytochrome oxidase I (mt-COI) gen bölgesine göre barkodlaması yapılmış ve filogenetik analizleri gerçekleştirilmiştir. Her iki izolatın sekans analiz sonuçlarına göre yeni bir haplotip oldukları belirlenmiş ve haplotip bazında Cx. pipiens komplekse ait GenBank'ta kayıtlı homolog nesillerle filogenetik ilişkileri ortaya konmuştur. Anahtar sözcükler: Culex pipiens biyotipleri, Culex torrentium, Kayseri, moleküler karakterizasyon, Real time PCR. Investigation of Culex pipiens biotypes and Culex torrentium by Real time PCR in Kayseri region and molecular characterization of the isolates Summary: The biotypes of Culex pipiens complex and Cx. torrentium were molecularly investigated in the mosquito specimens collected from different regions of Kayseri between June and August 2015 in this study. A total of 1052 female mosquito specimens were sampled during the field surveys and 315 (29.9%) out of these were morphologically identified and reserved as Cx. pipiens complex and/or Cx. torrentium. The first step Real time PCR analyses of genomic DNA isolates from these reserved specimens revealed that all the specimens were belong to Culex pipiens complex and there was no Cx. torrentium positivity. Among the isolates determined in Culex pipiens complex, 311 were determined as belong to lineages of Cx. pipiens form pipiens according to second step Real time PCR analyses and there was no positivity for Cx. pipiens form molestus. The remaining 4 isolates showed no amplification for both two biotypes. ACE-2 and CQ11 microsatellite DNA analyses were carried out on the isolates from all specimens in order to confirm the real time PCR results and investigate the hybrid lineages. All the isolates determined as Cx. pipiens form pipiens showed specific banding pattern for pipiens biotype with the related DNA markers in the analyses result in the confirmation of the isolates. The 4 isolates that did not show amplification for both biotypes in Real time PCR assays were designated as the hybrids of Cx. pipiens form pipiens and Cx. pipiens form molestus with the microsatellite DNA analyses. DNA barcoding and phylogenetic analyses were performed on one isolate belong to each Cx. pipiens form pipiens pipiens and hybrids based on mitochondrial cytochrome oxidase I (mt-COI) gene region. Both isolates were determined as new haplotypes according to the sequence analyses and their phylogenetic relations based on haplotypes with the available homolog linages belong to Cx. pipiens complex in GenBank were revealed.

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2018

Turkish Journal of Parasitology, 2018

Turkish Journal of Parasitology, 2017

Bu çalışma, Kayseri yöresinden toplanmış Culex pipiens tür kompleksine ait örneklerin kan beslenm... more Bu çalışma, Kayseri yöresinden toplanmış Culex pipiens tür kompleksine ait örneklerin kan beslenmesinde konak tercihlerinin belirlenmesi amacıyla planlanmıştır. Yöntemler: Çalışmada toplam 1284 dişi sivrisinek morfolojik olarak incelenmiş ve 376'sı (%28,4) Cx. pipiens komplekste belirlenerek bireysel genomik DNA izolasyonu yapılmıştır. Genomik DNA izolatlarının kanatlı ve memeli mitochondrial cytochrome b (mt-cytb) gen bölgesini spesifik olarak amplifiye eden primerler ile Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) analizleri gerçekleştirilmiştir. Konak kanı yönünden pozitif belirlenen örneklere ait izolatların mt-cytb gen bölgesi amplikonları konak türü tayini için klonlanmış ve elde edilen plazmidler sekans analizine tabii tutulmuştur. Bulgular: Toplam 376 örneğin 148'i (%39,4) kanatlı ve/veya memeli kanı yönünden pozitif bulunmuştur. Pozitif belirlenen örneklerin toplam 43'ü yalnızca memeli, 98'i yalnızca kanatlı, 7'si ise hem kanatlı hem de memeli kanı yönünden pozitif belirlenmiştir. Cx. pipiens komplekse ait örneklerin kan beslenmesinde kanatlı konak tercihi önemli bulunmuştur. Kanatlı kanı pozitif 15 örnekten 9'unun Passeriformes, 3'ünün Accipitriformes, 2'sinin Columbiformes ve birinin de Strigiformes takımlarında yer alan kanatlı türlerinden kan emdiği belirlenmiştir. Memeli kanı pozitif 15 örneğin ise 6'sı insan, 4'ü sığır, 3'ü koyun, 2'si de köpek kanı yönünden pozitif olduğu saptanmıştır. Sonuç: Bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez Cx. pipiens tür kompleksine ait sivrisinek örneklerinin kan beslenmesinde konak tercihleri üzerine moleküler düzeyde veriler elde edilmiştir.

Comparative Cytogenetics, 2016

Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi, 2014

Bu çalışma, Kayseri yöresinde klinik olarak normal görünümlü köpeklerden toplanmış toplam 400 ade... more Bu çalışma, Kayseri yöresinde klinik olarak normal görünümlü köpeklerden toplanmış toplam 400 adet EDTA'lı periferal tam kan örneğinde Neospora caninum ve Toxoplasma gondii takizoitlerinin araştırılması amacıyla yapılmıştır. Kan örneklerinden genomik DNA izolasyonunu takiben, elde edilen genomik DNA'ların spektrofotometrik ölçümleri yapılmış ve Real Time PCR (qPCR) için uygun konsantrasyonlar hazırlanmıştır. N. caninum için NC5 ve T.gondii için RE gen bölgelerini hedef alan spesifik primer ve problar kullanılarak örneklerin qPCR analizleri gerçekleştirilmiştir. qPCR sonuçlarına göre 400 örneğin 15'inde (%3,8) N. caninum pozitifliği tespit edilmiş olup hiçbir örnekte T. gondii pozitifliğine rastlanmamıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Türkiye'de ilk kez Kayseri yöresinde köpeklerin perifer tam kan örneklerinde N.caninum ve T. gondii takizoitleri TaqMan Prob Bazlı Real Time PCR tekniği ile araştırılmış ve moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmiştir. Anahtar sözcükler: Köpek, Neospora caninum, Real Time PCR, takizoit, Toxoplasma gondii. Investigation of Neospora caninum and Toxoplasma gondii tachyzoites in peripheral blood samples of dogs by TaqMan probe based Real Time PCR Summary: This study was carried out to investigate Neospora caninum and Toxoplasma gondii tachyzoites in total of 400 whole peripheral blood samples with EDTA which were collected from the clinically healthy dogs in Kayseri region. Following the isolation of genomic DNA from the blood samples, spectrophotometric measurements of the obtained genomic DNAs were performed and appropriate concentrations were prepared for Real Time PCR (qPCR). qPCR analyses of the samples were conducted using the specific primers and probes that target the gene regions NC5 for N. caninum and RE for T. gondii. Out of 400 blood samples, 15 (3.8%) were found to be infected with N. caninum while no T. gondii positivity was determined in the examined samples. In conclusion, some molecular epidemiological data about N. caninum and T. gondii infections dogs in Kayseri region were firstly demonstrated in Turkey with this study.