Марина Іллєнок | КПИ - Academia.edu (original) (raw)

Papers by Марина Іллєнок

Структура та обсяг роботи: пояснювальна записка складається із вступу, шести розділів, висновків ... more Структура та обсяг роботи: пояснювальна записка складається із вступу, шести розділів, висновків та списку використаної літератури із 42-х джерел. Загальний обсяг дипломної роботи складає: 80 сторінку, ілюстрацій – 24, таблиць – 23 та 37 математичних формул. Метою дипломної роботи було створення програмного забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичності. Для виконання роботи було використано мову програмування Python версії 3 на базі програмного середовища «Jupyter Notebook», фреймворки для створення користувацького інтерфейсу та обчислення алгоритму. В результаті було розроблене програмне забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичності в послідовностях. Дипломна робота виконана на замовлення Національного технічного університету України «Київського політехнічного інституту імені Ігоря Сікорського», кафедри БМІ, результати впроваджені в роботу (акт впровадження від «____» ___________ 2019р.) Публікація: 1. Кисляк С.В., Іллєнок М.П., Розробка програмного за...

Біомедична інженерія і технологія

Факультет біомедичної інженерії Національний технічний університет «Київський політехнічний інсти... more Факультет біомедичної інженерії Національний технічний університет «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського» м. Київ, Україна Реферат-з появою методів секвенування нового покоління спостерігається експоненційне збільшення молекулярнобіологічних даних. Банки даних біологічних послідовностей, такі як GenBank [1], UniProt [2], KEGG [3] та інші досягли великих розмірів. При цьому швидкість опису просеквенованих послідовностей значно відстає від швидкості їх накоплення. При такому збільшенні об'єму інформації, вирішити проблему «відставання» неможливо без застосування ефективних алгоритмів. Досить цікавим, складним та таким, що заслуговує уваги та детального дослідження є напрямок геноміки, що відповідає за пошук ефективних алгоритмів для вирішення задачі ідентифікації генів про-та еукаріот. Найбільш популярними є програмні продукти, що дозволяють знаходити гени відповідно до отриманого парного вирівнювання послідовностей методом динамічного програмування. Такий підхід не дозволяє дослідити всі ділянки нуклеотидної послідовності, оскільки більшість генів протягом еволюції змінювались за рахунок, наприклад, точкових мутацій або кодуюча ділянка гена була отримана за рахунок об`єднання декількох генів. В такій ситуації інформація про ділянки, що формують гібридні гени, буде відсутньою в базах даних. Заслуговує уваги нетривіальний алгоритм, що був описаний в роботах [4]. Пошук точок зміни триплетної періодичності для прямої та зворотно компліментарної послідовності дає можливість визначення координат, які можуть вказувати на місце об'єднання двох генів. Ключові слова-нуклеотидна послідовність, триплетна періодичність,гібридні гени UDC-004.45

Структура та обсяг роботи: пояснювальна записка складається із вступу, шести розділів, висновків ... more Структура та обсяг роботи: пояснювальна записка складається із вступу, шести розділів, висновків та списку використаної літератури із 42-х джерел. Загальний обсяг дипломної роботи складає: 80 сторінку, ілюстрацій – 24, таблиць – 23 та 37 математичних формул. Метою дипломної роботи було створення програмного забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичності. Для виконання роботи було використано мову програмування Python версії 3 на базі програмного середовища «Jupyter Notebook», фреймворки для створення користувацького інтерфейсу та обчислення алгоритму. В результаті було розроблене програмне забезпечення для пошуку точок зміни триплетної періодичності в послідовностях. Дипломна робота виконана на замовлення Національного технічного університету України «Київського політехнічного інституту імені Ігоря Сікорського», кафедри БМІ, результати впроваджені в роботу (акт впровадження від «____» ___________ 2019р.) Публікація: 1. Кисляк С.В., Іллєнок М.П., Розробка програмного за...

Біомедична інженерія і технологія

Факультет біомедичної інженерії Національний технічний університет «Київський політехнічний інсти... more Факультет біомедичної інженерії Національний технічний університет «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського» м. Київ, Україна Реферат-з появою методів секвенування нового покоління спостерігається експоненційне збільшення молекулярнобіологічних даних. Банки даних біологічних послідовностей, такі як GenBank [1], UniProt [2], KEGG [3] та інші досягли великих розмірів. При цьому швидкість опису просеквенованих послідовностей значно відстає від швидкості їх накоплення. При такому збільшенні об'єму інформації, вирішити проблему «відставання» неможливо без застосування ефективних алгоритмів. Досить цікавим, складним та таким, що заслуговує уваги та детального дослідження є напрямок геноміки, що відповідає за пошук ефективних алгоритмів для вирішення задачі ідентифікації генів про-та еукаріот. Найбільш популярними є програмні продукти, що дозволяють знаходити гени відповідно до отриманого парного вирівнювання послідовностей методом динамічного програмування. Такий підхід не дозволяє дослідити всі ділянки нуклеотидної послідовності, оскільки більшість генів протягом еволюції змінювались за рахунок, наприклад, точкових мутацій або кодуюча ділянка гена була отримана за рахунок об`єднання декількох генів. В такій ситуації інформація про ділянки, що формують гібридні гени, буде відсутньою в базах даних. Заслуговує уваги нетривіальний алгоритм, що був описаний в роботах [4]. Пошук точок зміни триплетної періодичності для прямої та зворотно компліментарної послідовності дає можливість визначення координат, які можуть вказувати на місце об'єднання двох генів. Ключові слова-нуклеотидна послідовність, триплетна періодичність,гібридні гени UDC-004.45