Fernanda Farinelli | Universidade de Brasília - UnB (original) (raw)

Papers by Fernanda Farinelli

ASKLEPION: Informação em Saúde, 2022

Objetivo: Apresentar subsídios teóricos a respeito das tipologias de fontes das informações em sa... more Objetivo: Apresentar subsídios teóricos a respeito das tipologias de fontes das informações em saúde usadas no suporte à tomada de decisão em saúde, com uma visão geral das tipologias, suas finalidades, onde encontrar cada tipo de informação e exemplos. Trata-se de pesquisa bibliográfica documental com revisão de literatura sobre vários conceitos e definições, tais como fontes primárias, secundárias e terciárias em contexto digital. Exemplifica as fontes de informação em saúde que fornecem embasamento à prática baseada em evidências. Considerações finais: Os exemplos apresentados neste estudo demonstram a riqueza e diversidade de fontes de informação primárias, secundárias e terciárias da área de saúde que podem ser utilizadas de maneira efetiva e eficiente pelos profissionais de saúde. A medicina baseada em evidências utiliza evidências científicas na tomada de decisões sobre o cuidado individual do paciente, portanto, é imprescindível o manejo correto das fontes de informação em saúde. Palavras-chave: Saúde Baseada em Evidências. Fontes de informação em saúde. Tipos de fontes de informação.

Anais 29° Congresso Brasileiro de Biblioteconomia, Documentação e Ciência da Informação, 2022

Eixo 4-Ciência da Informação: diálogos e conexões 1 INTRODUÇÃO No âmbito hospitalar há necessidad... more Eixo 4-Ciência da Informação: diálogos e conexões 1 INTRODUÇÃO No âmbito hospitalar há necessidade de padronização de terminologias clínicas das anamneses e evoluções, as quais contêm dados clínicos dos pacientes para fins de pesquisa e de comunicação efetiva entre os profissionais de saúde. Considera-se aqui "anamnese" como o registro no prontuário da história clínica completa de um paciente e "evolução" como o registro da resposta ao tratamento do paciente com informações-sinais vitais, sintomas, alteração físico-patológica, diagnóstico, medicamentos, etc.-registradas em ordem cronológica. Sem a construção de recursos que permitam a padronização para intercâmbio de terminologias, pode haver falhas na comunicação de informação sobre o paciente (SHORTLIFFE; BARNETT, 2014). Para melhor compreensão do artigo, vale diferenciar sinais e sintomas. Entende-se como sintomas, qualquer alteração que a própria pessoa percebe em seu organismo, já os sinais são as manifestações identificadas por um terceiro. Os sinais vitais incluem a frequência respiratória, frequência cardíaca, pressão arterial, e temperatura corporal. Neste contexto, destaca-se a importância a atuação do Bibliotecário em pesquisas no âmbito das terminologias clínicas devido à sua experiência com os vocabulários controlados da área médica. Estes vocabulários são essenciais para fins de recuperação de informação em saúde.

O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos ... more O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos minicursos selecionados e apresentados na 19a edicao do evento, incluindo quatro minicursos aceitos. Os minicursos sao uma oportunidade de atualizar os conhecimentos da comunidade com novos temas relacionados a saude e a computacao, de uma forma didatica e de amplo acesso ao publico. Os quatro trabalhos selecionados apresentam alta qualidade, resultado do esforco dos autores, que dedicaram muitas horas para a producao do conteudo escrito e da apresentacao.

As instituicoes de saude operam em ambientes de Big Data, onde sao produzidos grandes volumes de ... more As instituicoes de saude operam em ambientes de Big Data, onde sao produzidos grandes volumes de informacoes em velocidade cada vez mais altas alem de serem criadas em uma variedade de formatos. Sao gerados milhares de registros de saude por segundo desde uma simples consulta medica, a exames complexos e sofisticados. Os profissionais de saude usam o registro do paciente para registrar dados do estado fisico e mental dos pacientes e apoiar a comunicacao entre eles. O desenvolvimento da tecnologia da informacao torna esse registro eletronico e conhecido como prontuario eletronico do paciente (PEP). A continuidade dos cuidados aos individuos depende de tais registros. Assim, a continuidade do atendimento tanto para mulheres quanto para recem-nascidos deve agrupar registros de cuidados de saude prestados durante o pre-natal, intraparto e pos-parto. Em relacao ao Sistema Unico de Saude, um cuidado pode ser prestado dentro de uma pluralidade de instituicoes de saude, localizadas em difer...

A questao da interoperabilidade entre sistemas de informacao esta ha muitos anos na agenda de div... more A questao da interoperabilidade entre sistemas de informacao esta ha muitos anos na agenda de diversos governos ao redor do mundo, incluindo o Brasil. Prover servicos governamentais de qualidade requer a adocao de solucoes visando interoperabilidade, de forma a possibilitar a integracao de sistemas e o compartilhamento de informacoes entre as varias instâncias de governo. Em alguns setores governamentais, como por exemplo, de atencao a saude, a interoperabilidade e uma necessidade. O presente artigo e uma iniciativa no sentido de discutir essa questao no âmbito da Ciencia da Informacao. Em particular, pretende-se esclarecer o papel das ontologias nesse contexto, uma vez que ontologias vem sendo recomendadas como alternativa para prover interoperabilidade. Para tal, define-se interoperabilidade, apresentam-se iniciativas do governo brasileiro nesse sentido, para finalmente elucidar a aplicacao de ontologias em interoperabilidade. Apresentam-se ainda resultados parciais de pesquisa re...

Electronic Health Records (EHRs) serve as repositories of documented data collected in a health c... more Electronic Health Records (EHRs) serve as repositories of documented data collected in a health care encounter. An EHR records information about who receives, who provides the health care and about the place where the encounter happens. We also observe additional elements relating to social relations in which the healthcare consumer is involved. To provide a consensus representation of common data and to enhance interoperability between different EHR repositories we have created a solution grounded in formal ontology. Here, we present how an ontology for the obstetric and neonatal domain deals with these general elements documented in health care encounters. Our goal is to promote the interoperability of information among EHRs created in different specialties. To develop our ontology, we used two main approaches: one based on ontological realism, the other based on the principles of the OBO Foundry, including reuse of reference ontologies.

Devido à expansão do número de Instituições de Ensino Superior, principalmente da rede privada, d... more Devido à expansão do número de Instituições de Ensino Superior, principalmente da rede privada, desperta nos governos e nas instituições educacionais a preocupação com a qualidade do ensino oferecido. O MEC criou métodos para avaliar as condições do ensino que é oferecido por estas instituições. Porém, as próprias instituições têm se preocupado em elevar sua qualidade de ensino para manterem-se competitivas. Quando se pensa em uma instituição com qualidade é normal associá-la a um corpo docente competente para ensinar. Assim, a gestão de competências pode possibilitar o aumento do desempenho global da instituição, pois, permite a identificação e o desenvolvimento das competências individuais do professor. Os objetivos deste trabalho foram identificar as competências básicas dos professores de uma instituição de ensino superior, e analisar se o corpo docente atual pode ser considerado competente para ensinar. Para atingir estes objetivos, foi realizado um estudo descritivo e qualitat...

O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos ... more O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos minicursos selecionados e apresentados na 19a edicao do evento, incluindo quatro minicursos aceitos. Os minicursos sao uma oportunidade de atualizar os conhecimentos da comunidade com novos temas relacionados a saude e a computacao, de uma forma didatica e de amplo acesso ao publico. Os quatro trabalhos selecionados apresentam alta qualidade, resultado do esforco dos autores, que dedicaram muitas horas para a producao do conteudo escrito e da apresentacao.

Coleção desafios das engenharias: Engenharia de computação 3

The amount of medical information has generated challenges for interoperability between health in... more The amount of medical information has generated challenges for interoperability between health information systems (HIS). In the enterprise engineering context, is desirable the enterprise integration through interoperability of its systems. The semantic interoperability SI in HIS is the ability of such systems for exchanging data between themselves despite the different terminologies adopted. In seeking for ways to cope with issues of SI, one can find much research initiatives on subjects like vocabularies, thesauri, terminology, information models and ontologies. This paper describes the research carried out within a thesis in the construction phase, which general objective is to determine a top-level ontology based solution to provide semantic interoperability in HISs. This thesis is classified as a qualitative applied research. We hope to formulate a top-level ontology based solution to provide the semantic interoperability between the ontologies and terminologies which the heal...

This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo). This ontology has been created... more This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo). This ontology has been created to provide a consensus representation of salient electronic health record (EHR) data and to serve interoperability of the associated data and information systems. More generally, it will serve interoperability of clinical and translational data, for example deriving from genomics disciplines and from clinical trials. Interoperability of EHR data is important to ensuring continuity of care during the prenatal and postnatal periods for both mother and child. As a strategy to advance such interoperability we use an approach based on ontological realism and on the ontology development principles of the Open Biomedical Ontologies Foundry, including reuse of reference ontologies wherever possible. We describe the structure and coverage domain of OntONeo and the process of creating and maintaining the ontology.

Analisa o fenomeno Big Data na area de saude especificamente na oncologia, chamado neste trabalho... more Analisa o fenomeno Big Data na area de saude especificamente na oncologia, chamado neste trabalho de Big Health Data. A contribuicao do Big Health Data para os oncologistas refere-se a prover desde dados sobre o paciente para responder questoes sobre efetividade de tratamento e resultados. Neste contexto a padronizacao e interoperabilidade e requisito essencial. Coloca-se a seguinte questao de pesquisa emerge para ser investigada: de que forma as lacunas de interoperabilidade semântica existentes nas solucoes de Linked Health Data podem ser contornadas a fim de minimizar a variabilidade dos dados em solucoes de Big Health Data na area de Oncologia? Foram analisados artigos da area de medicina do PUBMED (2010-2015) e no Scielo (2000 a 2015). Como perspectivas futuras havera a continuidade do crescimento do Big data sobre câncer. O trabalho transdisciplinar sera importante para otimizacao e interoperalidade entre Big data e sistemas de informacao em oncologia.

Sistemas de Informacao devem ser baseados em representacoes consistentes da realidade. Modelos co... more Sistemas de Informacao devem ser baseados em representacoes consistentes da realidade. Modelos construidos de maneira ad-hoc, sem diretivas que orientem as acoes de modelagem, podem resultar em representacoes inadequadas, gerar dificuldade de comunicacao e impossibilidade de integracao e interoperabilidade entre sistemas. As ontologias sao instrumentos fundamentais para a melhoria da modelagem conceitual, uma vez que sao capazes de fornecer semânticas bem definidas. Este artigo apresenta um passo a passo para a modelagem conceitual, em forma de um roteiro, com base nos principios ontologicos extraidos da Unified Foundational Ontology. Para isto, contextualiza-se a atividade de modelagem conceitual e os principios ontologicos utilizados, atraves das categorias basicas de entidades e relacoes definidas pela ontologia de fundamentacao. Em seguida, sao descritas as atividades do roteiro proposto, bem como seus insumos e produtos gerados. Ao final, de forma a testar a viabilidade do rote...

O volume de informacao e a variedade de fontes de informacao gera desafios para a integracao info... more O volume de informacao e a variedade de fontes de informacao gera desafios para a integracao informacional. A necessidade de integracao de informacao entre sistemas de informacao distintos alavancou pesquisas para identificar alternativas capazes de proporcionar interoperabilidade semântica entre sistemas, ou seja, a especificacao da informacao sem gerar ambiguidades. Como contribuicao da Ciencia da Informacao, as ontologias servem como alternativa de padronizacao semântica das informacoes. Entretanto, o processo de construcao de ontologias ainda gera muita duvida entre pesquisadores. Muitos autores descrevem metodologias para a construcao de ontologias, mas observa-se uma lacuna entre os metodos descritos e a sua aplicacao na pratica. Busca-se demonstrar na pratica a construcao de uma ontologia que adotou duas consolidadas metodologias: o realismo ontologico e a metodologia NeOn. Em relacao aos metodos e procedimentos tecnicos realizados, esta pesquisa e um estudo de caso que inves...

Gathering information from EHRs connected to different information systems is a challenge and inv... more Gathering information from EHRs connected to different information systems is a challenge and involves the adoption of interoperability solutions. To overcome this interoperability failure among prenatal EHRs our strategy is to develop an ontology in the obstetric and neonatal domain (OntONeo ). Such ontology will be able to join different standards and terminologies adopted by information systems that deal with prenatal EHRs. OntONeo has the potential to contribute to interoperability of information among EHR from different specialties. In addition, the definitions of OntONeo will facilitate the understanding of how information can be organized in EHRs for purposes of healthcare.

Tema: Interoperabilidade: Interoperabilidade, políticas e padrões de metadados, redes, novas tecn... more Tema: Interoperabilidade: Interoperabilidade, políticas e padrões de metadados, redes, novas tecnologias e ferramentas, qualidade e normalização de metadados. Resumo A quantidade de informação médica produzida diariamente, a variedade de fontes de informação e os diferentes formatos em que as informações médicas são encontradas têm gerado desafios de interoperabilidade entre sistemas de informação de saúde. O grande desafio enfrentado pelas instituições de saúde é a integração de diferentes tipos de informação existentes em sistemas de informação, tanto com relação ao conteúdo quanto a natureza, endereçando estudos relacionados à interoperabilidade de sistemas. Para solucionar esse problema, é preciso uma forma de especificar, sem ambiguidade, os vocabulários subjacentes aos sistemas de informação. No âmbito da Ciência da Informação, surge dentre outros, os tesauros, terminologias, e ontologias para o tratamento da padronização semântica das informações. Na área biomédica, observa-se a existência de diversas terminologias e ontologias que focam na determinação de um padrão semântico, podem-se citar alguns como: Classificação Internacional de Doenças (CID), Medical Subject Headings (MeSH), Systematized Nomenclature of Medicine-ClinicalTerms (SNOMED CT), Health Level Seven International (HL7), Open Electronic Health Records (openEHR) e a norma ISO 13606. A proliferação do número de ontologias biomédicas geralmente implica aos sistemas de informação de saúde a necessidade de empregar mais de uma ontologia, e consequentemente problema de integração no âmbito da interoperabilidade semântica. Muitas ontologias e terminologias biomédicas descrevem áreas informacionais semelhantes, mas com formalismos distintos, como por exemplo, o registro eletrônico em saúde que são foco tanto da ISO 13606 quanto da openEHR, o que acaba levando a ambiguidades e especificações deficientes. Neste sentido, é evidente a necessidade de existir maior formalidade e riqueza semântica nas ontologias biomédicas. Este artigo descreve uma pesquisa, no âmbito da Ciência da Informação, cujo propósito é aprofundar nas questões identificadas referentes ao problema de interoperabilidade semântica sobre o registro de informações do paciente na norma openEHR. Para tal, define-se interoperabilidade semântica; apresentam-se os principais conceitos no campo das ontologias e os seus diferentes níveis de formalidade; analisa-se como ontologias formais e ontologias informais podem atuar na busca por interoperabilidade; identifica-se o nível de formalismo adotado pela openEHR e busca-se analisar os mecanismos nela existentes, suas vantagens e desvantagens. Apresentam-se ainda resultados parciais de pesquisa relacionada em andamento. Conclui-se que ontologias podem desempenhar papel relevante na busca pela interoperabilidade semântica entre sistemas, mas que muito ainda está por ser feito para que essa possibilidade se torne real. A informalidade na definição de termos que vão ser

Journal of the Association for Information Science and Technology

Organizational, Managerial, and Technological Dimensions, 2012

Concepts, Methodologies, Tools, and Applications, 2014

This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo), an ontology in development to ... more This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo), an ontology in development to provide a consensus representation of salient electronic health record (EHR) data for both mother and child and to serve interoperability of the associated data and information systems. More generally, it will serve interoperability of clinical and translational data, for example deriving from clinical trials. Interoperability of EHR data is important to ensuring continuity of care during the prenatal and postnatal periods for both mother and child. As a strategy to advance such interoperability we use an approach based on ontological realism and the ontology development principles of the Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry, including reuse of reference ontologies wherever possible. We describe the structure and coverage domain of OntONeo, the process of creating and maintaining the ontology.

ASKLEPION: Informação em Saúde, 2022

Objetivo: Apresentar subsídios teóricos a respeito das tipologias de fontes das informações em sa... more Objetivo: Apresentar subsídios teóricos a respeito das tipologias de fontes das informações em saúde usadas no suporte à tomada de decisão em saúde, com uma visão geral das tipologias, suas finalidades, onde encontrar cada tipo de informação e exemplos. Trata-se de pesquisa bibliográfica documental com revisão de literatura sobre vários conceitos e definições, tais como fontes primárias, secundárias e terciárias em contexto digital. Exemplifica as fontes de informação em saúde que fornecem embasamento à prática baseada em evidências. Considerações finais: Os exemplos apresentados neste estudo demonstram a riqueza e diversidade de fontes de informação primárias, secundárias e terciárias da área de saúde que podem ser utilizadas de maneira efetiva e eficiente pelos profissionais de saúde. A medicina baseada em evidências utiliza evidências científicas na tomada de decisões sobre o cuidado individual do paciente, portanto, é imprescindível o manejo correto das fontes de informação em saúde. Palavras-chave: Saúde Baseada em Evidências. Fontes de informação em saúde. Tipos de fontes de informação.

Anais 29° Congresso Brasileiro de Biblioteconomia, Documentação e Ciência da Informação, 2022

Eixo 4-Ciência da Informação: diálogos e conexões 1 INTRODUÇÃO No âmbito hospitalar há necessidad... more Eixo 4-Ciência da Informação: diálogos e conexões 1 INTRODUÇÃO No âmbito hospitalar há necessidade de padronização de terminologias clínicas das anamneses e evoluções, as quais contêm dados clínicos dos pacientes para fins de pesquisa e de comunicação efetiva entre os profissionais de saúde. Considera-se aqui "anamnese" como o registro no prontuário da história clínica completa de um paciente e "evolução" como o registro da resposta ao tratamento do paciente com informações-sinais vitais, sintomas, alteração físico-patológica, diagnóstico, medicamentos, etc.-registradas em ordem cronológica. Sem a construção de recursos que permitam a padronização para intercâmbio de terminologias, pode haver falhas na comunicação de informação sobre o paciente (SHORTLIFFE; BARNETT, 2014). Para melhor compreensão do artigo, vale diferenciar sinais e sintomas. Entende-se como sintomas, qualquer alteração que a própria pessoa percebe em seu organismo, já os sinais são as manifestações identificadas por um terceiro. Os sinais vitais incluem a frequência respiratória, frequência cardíaca, pressão arterial, e temperatura corporal. Neste contexto, destaca-se a importância a atuação do Bibliotecário em pesquisas no âmbito das terminologias clínicas devido à sua experiência com os vocabulários controlados da área médica. Estes vocabulários são essenciais para fins de recuperação de informação em saúde.

O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos ... more O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos minicursos selecionados e apresentados na 19a edicao do evento, incluindo quatro minicursos aceitos. Os minicursos sao uma oportunidade de atualizar os conhecimentos da comunidade com novos temas relacionados a saude e a computacao, de uma forma didatica e de amplo acesso ao publico. Os quatro trabalhos selecionados apresentam alta qualidade, resultado do esforco dos autores, que dedicaram muitas horas para a producao do conteudo escrito e da apresentacao.

As instituicoes de saude operam em ambientes de Big Data, onde sao produzidos grandes volumes de ... more As instituicoes de saude operam em ambientes de Big Data, onde sao produzidos grandes volumes de informacoes em velocidade cada vez mais altas alem de serem criadas em uma variedade de formatos. Sao gerados milhares de registros de saude por segundo desde uma simples consulta medica, a exames complexos e sofisticados. Os profissionais de saude usam o registro do paciente para registrar dados do estado fisico e mental dos pacientes e apoiar a comunicacao entre eles. O desenvolvimento da tecnologia da informacao torna esse registro eletronico e conhecido como prontuario eletronico do paciente (PEP). A continuidade dos cuidados aos individuos depende de tais registros. Assim, a continuidade do atendimento tanto para mulheres quanto para recem-nascidos deve agrupar registros de cuidados de saude prestados durante o pre-natal, intraparto e pos-parto. Em relacao ao Sistema Unico de Saude, um cuidado pode ser prestado dentro de uma pluralidade de instituicoes de saude, localizadas em difer...

A questao da interoperabilidade entre sistemas de informacao esta ha muitos anos na agenda de div... more A questao da interoperabilidade entre sistemas de informacao esta ha muitos anos na agenda de diversos governos ao redor do mundo, incluindo o Brasil. Prover servicos governamentais de qualidade requer a adocao de solucoes visando interoperabilidade, de forma a possibilitar a integracao de sistemas e o compartilhamento de informacoes entre as varias instâncias de governo. Em alguns setores governamentais, como por exemplo, de atencao a saude, a interoperabilidade e uma necessidade. O presente artigo e uma iniciativa no sentido de discutir essa questao no âmbito da Ciencia da Informacao. Em particular, pretende-se esclarecer o papel das ontologias nesse contexto, uma vez que ontologias vem sendo recomendadas como alternativa para prover interoperabilidade. Para tal, define-se interoperabilidade, apresentam-se iniciativas do governo brasileiro nesse sentido, para finalmente elucidar a aplicacao de ontologias em interoperabilidade. Apresentam-se ainda resultados parciais de pesquisa re...

Electronic Health Records (EHRs) serve as repositories of documented data collected in a health c... more Electronic Health Records (EHRs) serve as repositories of documented data collected in a health care encounter. An EHR records information about who receives, who provides the health care and about the place where the encounter happens. We also observe additional elements relating to social relations in which the healthcare consumer is involved. To provide a consensus representation of common data and to enhance interoperability between different EHR repositories we have created a solution grounded in formal ontology. Here, we present how an ontology for the obstetric and neonatal domain deals with these general elements documented in health care encounters. Our goal is to promote the interoperability of information among EHRs created in different specialties. To develop our ontology, we used two main approaches: one based on ontological realism, the other based on the principles of the OBO Foundry, including reuse of reference ontologies.

Devido à expansão do número de Instituições de Ensino Superior, principalmente da rede privada, d... more Devido à expansão do número de Instituições de Ensino Superior, principalmente da rede privada, desperta nos governos e nas instituições educacionais a preocupação com a qualidade do ensino oferecido. O MEC criou métodos para avaliar as condições do ensino que é oferecido por estas instituições. Porém, as próprias instituições têm se preocupado em elevar sua qualidade de ensino para manterem-se competitivas. Quando se pensa em uma instituição com qualidade é normal associá-la a um corpo docente competente para ensinar. Assim, a gestão de competências pode possibilitar o aumento do desempenho global da instituição, pois, permite a identificação e o desenvolvimento das competências individuais do professor. Os objetivos deste trabalho foram identificar as competências básicas dos professores de uma instituição de ensino superior, e analisar se o corpo docente atual pode ser considerado competente para ensinar. Para atingir estes objetivos, foi realizado um estudo descritivo e qualitat...

O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos ... more O livro Minicursos do Simposio Brasileiro de Computacao Aplicada a Saude 2019 traz os textos dos minicursos selecionados e apresentados na 19a edicao do evento, incluindo quatro minicursos aceitos. Os minicursos sao uma oportunidade de atualizar os conhecimentos da comunidade com novos temas relacionados a saude e a computacao, de uma forma didatica e de amplo acesso ao publico. Os quatro trabalhos selecionados apresentam alta qualidade, resultado do esforco dos autores, que dedicaram muitas horas para a producao do conteudo escrito e da apresentacao.

Coleção desafios das engenharias: Engenharia de computação 3

The amount of medical information has generated challenges for interoperability between health in... more The amount of medical information has generated challenges for interoperability between health information systems (HIS). In the enterprise engineering context, is desirable the enterprise integration through interoperability of its systems. The semantic interoperability SI in HIS is the ability of such systems for exchanging data between themselves despite the different terminologies adopted. In seeking for ways to cope with issues of SI, one can find much research initiatives on subjects like vocabularies, thesauri, terminology, information models and ontologies. This paper describes the research carried out within a thesis in the construction phase, which general objective is to determine a top-level ontology based solution to provide semantic interoperability in HISs. This thesis is classified as a qualitative applied research. We hope to formulate a top-level ontology based solution to provide the semantic interoperability between the ontologies and terminologies which the heal...

This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo). This ontology has been created... more This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo). This ontology has been created to provide a consensus representation of salient electronic health record (EHR) data and to serve interoperability of the associated data and information systems. More generally, it will serve interoperability of clinical and translational data, for example deriving from genomics disciplines and from clinical trials. Interoperability of EHR data is important to ensuring continuity of care during the prenatal and postnatal periods for both mother and child. As a strategy to advance such interoperability we use an approach based on ontological realism and on the ontology development principles of the Open Biomedical Ontologies Foundry, including reuse of reference ontologies wherever possible. We describe the structure and coverage domain of OntONeo and the process of creating and maintaining the ontology.

Analisa o fenomeno Big Data na area de saude especificamente na oncologia, chamado neste trabalho... more Analisa o fenomeno Big Data na area de saude especificamente na oncologia, chamado neste trabalho de Big Health Data. A contribuicao do Big Health Data para os oncologistas refere-se a prover desde dados sobre o paciente para responder questoes sobre efetividade de tratamento e resultados. Neste contexto a padronizacao e interoperabilidade e requisito essencial. Coloca-se a seguinte questao de pesquisa emerge para ser investigada: de que forma as lacunas de interoperabilidade semântica existentes nas solucoes de Linked Health Data podem ser contornadas a fim de minimizar a variabilidade dos dados em solucoes de Big Health Data na area de Oncologia? Foram analisados artigos da area de medicina do PUBMED (2010-2015) e no Scielo (2000 a 2015). Como perspectivas futuras havera a continuidade do crescimento do Big data sobre câncer. O trabalho transdisciplinar sera importante para otimizacao e interoperalidade entre Big data e sistemas de informacao em oncologia.

Sistemas de Informacao devem ser baseados em representacoes consistentes da realidade. Modelos co... more Sistemas de Informacao devem ser baseados em representacoes consistentes da realidade. Modelos construidos de maneira ad-hoc, sem diretivas que orientem as acoes de modelagem, podem resultar em representacoes inadequadas, gerar dificuldade de comunicacao e impossibilidade de integracao e interoperabilidade entre sistemas. As ontologias sao instrumentos fundamentais para a melhoria da modelagem conceitual, uma vez que sao capazes de fornecer semânticas bem definidas. Este artigo apresenta um passo a passo para a modelagem conceitual, em forma de um roteiro, com base nos principios ontologicos extraidos da Unified Foundational Ontology. Para isto, contextualiza-se a atividade de modelagem conceitual e os principios ontologicos utilizados, atraves das categorias basicas de entidades e relacoes definidas pela ontologia de fundamentacao. Em seguida, sao descritas as atividades do roteiro proposto, bem como seus insumos e produtos gerados. Ao final, de forma a testar a viabilidade do rote...

O volume de informacao e a variedade de fontes de informacao gera desafios para a integracao info... more O volume de informacao e a variedade de fontes de informacao gera desafios para a integracao informacional. A necessidade de integracao de informacao entre sistemas de informacao distintos alavancou pesquisas para identificar alternativas capazes de proporcionar interoperabilidade semântica entre sistemas, ou seja, a especificacao da informacao sem gerar ambiguidades. Como contribuicao da Ciencia da Informacao, as ontologias servem como alternativa de padronizacao semântica das informacoes. Entretanto, o processo de construcao de ontologias ainda gera muita duvida entre pesquisadores. Muitos autores descrevem metodologias para a construcao de ontologias, mas observa-se uma lacuna entre os metodos descritos e a sua aplicacao na pratica. Busca-se demonstrar na pratica a construcao de uma ontologia que adotou duas consolidadas metodologias: o realismo ontologico e a metodologia NeOn. Em relacao aos metodos e procedimentos tecnicos realizados, esta pesquisa e um estudo de caso que inves...

Gathering information from EHRs connected to different information systems is a challenge and inv... more Gathering information from EHRs connected to different information systems is a challenge and involves the adoption of interoperability solutions. To overcome this interoperability failure among prenatal EHRs our strategy is to develop an ontology in the obstetric and neonatal domain (OntONeo ). Such ontology will be able to join different standards and terminologies adopted by information systems that deal with prenatal EHRs. OntONeo has the potential to contribute to interoperability of information among EHR from different specialties. In addition, the definitions of OntONeo will facilitate the understanding of how information can be organized in EHRs for purposes of healthcare.

Tema: Interoperabilidade: Interoperabilidade, políticas e padrões de metadados, redes, novas tecn... more Tema: Interoperabilidade: Interoperabilidade, políticas e padrões de metadados, redes, novas tecnologias e ferramentas, qualidade e normalização de metadados. Resumo A quantidade de informação médica produzida diariamente, a variedade de fontes de informação e os diferentes formatos em que as informações médicas são encontradas têm gerado desafios de interoperabilidade entre sistemas de informação de saúde. O grande desafio enfrentado pelas instituições de saúde é a integração de diferentes tipos de informação existentes em sistemas de informação, tanto com relação ao conteúdo quanto a natureza, endereçando estudos relacionados à interoperabilidade de sistemas. Para solucionar esse problema, é preciso uma forma de especificar, sem ambiguidade, os vocabulários subjacentes aos sistemas de informação. No âmbito da Ciência da Informação, surge dentre outros, os tesauros, terminologias, e ontologias para o tratamento da padronização semântica das informações. Na área biomédica, observa-se a existência de diversas terminologias e ontologias que focam na determinação de um padrão semântico, podem-se citar alguns como: Classificação Internacional de Doenças (CID), Medical Subject Headings (MeSH), Systematized Nomenclature of Medicine-ClinicalTerms (SNOMED CT), Health Level Seven International (HL7), Open Electronic Health Records (openEHR) e a norma ISO 13606. A proliferação do número de ontologias biomédicas geralmente implica aos sistemas de informação de saúde a necessidade de empregar mais de uma ontologia, e consequentemente problema de integração no âmbito da interoperabilidade semântica. Muitas ontologias e terminologias biomédicas descrevem áreas informacionais semelhantes, mas com formalismos distintos, como por exemplo, o registro eletrônico em saúde que são foco tanto da ISO 13606 quanto da openEHR, o que acaba levando a ambiguidades e especificações deficientes. Neste sentido, é evidente a necessidade de existir maior formalidade e riqueza semântica nas ontologias biomédicas. Este artigo descreve uma pesquisa, no âmbito da Ciência da Informação, cujo propósito é aprofundar nas questões identificadas referentes ao problema de interoperabilidade semântica sobre o registro de informações do paciente na norma openEHR. Para tal, define-se interoperabilidade semântica; apresentam-se os principais conceitos no campo das ontologias e os seus diferentes níveis de formalidade; analisa-se como ontologias formais e ontologias informais podem atuar na busca por interoperabilidade; identifica-se o nível de formalismo adotado pela openEHR e busca-se analisar os mecanismos nela existentes, suas vantagens e desvantagens. Apresentam-se ainda resultados parciais de pesquisa relacionada em andamento. Conclui-se que ontologias podem desempenhar papel relevante na busca pela interoperabilidade semântica entre sistemas, mas que muito ainda está por ser feito para que essa possibilidade se torne real. A informalidade na definição de termos que vão ser

Journal of the Association for Information Science and Technology

Organizational, Managerial, and Technological Dimensions, 2012

Concepts, Methodologies, Tools, and Applications, 2014

This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo), an ontology in development to ... more This paper presents the Obstetric and Neonatal Ontology (OntONeo), an ontology in development to provide a consensus representation of salient electronic health record (EHR) data for both mother and child and to serve interoperability of the associated data and information systems. More generally, it will serve interoperability of clinical and translational data, for example deriving from clinical trials. Interoperability of EHR data is important to ensuring continuity of care during the prenatal and postnatal periods for both mother and child. As a strategy to advance such interoperability we use an approach based on ontological realism and the ontology development principles of the Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry, including reuse of reference ontologies wherever possible. We describe the structure and coverage domain of OntONeo, the process of creating and maintaining the ontology.

Analyzes the phenomenon of Big Data in healthcare specifically in oncology, called this work of B... more Analyzes the phenomenon of Big Data in healthcare specifically in oncology, called this work of Big Health Data. The Big Health Data contribution to oncologists refers to provide data from the patient to answer questions about the effectiveness of treatment and results. In this context the standardization and interoperability is an essential requirement. Place the following research question emerges to be investigated: how semantic interoperability gaps existing in the Linked Health Data solutions can be circumvented in order to minimize data variability in Big Health Data solutions in oncology area? They analyzed medical area of articles of PubMed (2010-2015) and Scielo (2000-2015). As future prospects will be the continued growth of Big data on cancer. The transdisciplinary work will be important for optimization and interoperability between Big data and information systems in oncology.