Alain G A Pavé - Profile on Academia.edu (original) (raw)
Papers by Alain G A Pavé
Villeurbanne Cedex ( * ) LN.R.A., Station de Recherches sur la Flore pathogène dans le Sol, 17, r... more Villeurbanne Cedex ( * ) LN.R.A., Station de Recherches sur la Flore pathogène dans le Sol, 17, rue Sully, F 21034 Dijon Cedex Cet article présente les résultats obtenus après l'étude mathématique et biologique de la compétition nutritive entre Fusarium saprophytes et pathogènes. La dynamique de croissance de ces microorganismes suivant un modèle logistique, nous avons déterminé les paramètres de croissance de chaque souche par régression non linéaire. Une méthode efficace pour la détermination des paramètres de croissance en culture pure étant mise au point, nous pouvions alors nous intéresser au modèle de compétition. Construit sur l'hypothèse de partage d'un même substrat, il s'exprime simplement de la façon suivante : Après une brève étude mathématique, le modèle est confronté aux données biologiques. Son adéquation avec ces dernières nous permet de confirmer l'hypothèse biologique d'une compétition nutritive. De plus une carac- téristique importante réside dans la détermination d'un indice de compétition, spécifique du couple de souches étudié, dont le calcul peut se faire simplement à partir de la croissance de chacune des souches en culture pure ; l'issue de la compétition est ensuite déterminée par le rapport des concentrations d'inoculum initiales. Cette recherche suggère de nouvelles voies pour l'étude des interactions microbiennes utiles à la mise au point de pro- cédés de lutte biologique.
Methodology of Modeling in Biology and Ecology
Modeling Living Systems, 2013
On the Subject of Introducing Species
Etudes Rurales, Sep 1, 2010
Many environmentalists are as alarmist as the NGOs that seek to protect nature from introduced sp... more Many environmentalists are as alarmist as the NGOs that seek to protect nature from introduced species. Having developed around the concepts of the “equilibrium” and “stability” of ecosystems, the science of ecology has reinforced a static view of nature. Still imbued with a creationistic ideology, it has not yet taken into account the role of hazard and variability on the introduction of plant- and wildlife in an environment.
La nécessité du hasard
Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C’est un facteur externe, mais ... more Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C’est un facteur externe, mais aussi et surtout le produit de mécanismes internes ; on le retrouve à tous les niveaux d’organisation du monde vivant, du gène à la biosphère. Ce livre nous montre comment ces mécanismes internes, véritables roulettes biologiques et écologiques, de nature déterministe, fonctionnent dans des domaines chaotiques en produisant des résultats de type aléatoire. Face à un environnement changeant, imprévisible et souvent agressif, ils engendrent la diversité qui permet aux organismes, aux populations ou aux écosystèmes de subsister, de s’adapter et d’évoluer. Ces mécanismes sont aussi des produits de l’évolution. C’est à ce prix que la vie a pu se maintenir sur notre planète : le hasard n’est pas subi, il est tout simplement nécessaire à la vie. Penser la biodiversité, à toutes les échelles et à tous les niveaux, permet une lecture intégrée du vivant. Pour mieux la comprendre et modéliser sa dy...
Biological and Ecological Systems Hierarchical Organisation
Methodos Series
[Use of an expert system as a tool to carry out urinary cyto-bacteriologic tests]
Annales de biologie clinique, 1988
An expert system for urine examinations was developed. Its validation was performed in a routine ... more An expert system for urine examinations was developed. Its validation was performed in a routine work, by comparison of expert decisions with software conclusions. Results of finished examinations or in progress were taken into account. The agreement was satisfactory. In addition to reliability, advantages constituted by availability, flexibility and adaptability were notified. Repeatability and reproducibility were also emphasized.
[An expert system as an aid to the validation of results of the antibiogram. Feasibility study based on the example of Staphylococcus aureus]
Pathologie-biologie, 1988
A model of expert system using Prolog language was developed, to verify the coherence of the resu... more A model of expert system using Prolog language was developed, to verify the coherence of the results of the antibiotic sensitivity test. Biological knowledge was formalized in three different ways: a credibility coefficient based on epidemiological data is assigned to known observed resistance; co-existent resistances are described with lists of "implicit" resistances, reflecting phenotypes commonly observed within some antibiotic groups; every single or "implicit" resistance is connected to a "gregarius" status, expressing the plasmidic nature of resistance. Applied to Staphylococcus aureus, the expert system is able to detect the inconsistencies of the antibiotic sensitivity test and to identify required knowledges. It therefore allows phenotypic interpretation of results.
[Bacteriostatic and bactericidal antibiotics: differences in subinhibitory concentration effects on the growth of Escherichia coli]
Pathologie-biologie, 1989
The growth of Escherichia coli in synthetic medium was mathematically analysed at subinhibitory l... more The growth of Escherichia coli in synthetic medium was mathematically analysed at subinhibitory levels of bactericidal and bacteriostatic antibiotics. Over a threshold of concentration, bactericidal antibiotics induce an unexpected change of growth pattern. Bacteriostatic antibiotics induce a progressive effect linked to a continuously altered growth pattern that still remains close to the controls. This fundamental differential of antibiotic effects is reflecting well-known bacteriostatic or bactericidal phenomena. In vitro this analysis of the growth enables to measure the level of the antibiotic sensitivity. In vivo, these results must be taken into account when subinhibitory concentrations of antimicrobial agent are reached at the infection site.
Le modèle de Volterra-Kostitzin en dynamique des populations. Ajustement et interprétation des paramètres
ABSTRACT
De l'observation à l'analyse: implication de la biométrie dans les pays de développement
Les pays du Nord s'ecartent progressivement du "modele unique", des schemas simplif... more Les pays du Nord s'ecartent progressivement du "modele unique", des schemas simplificateurs. Ils se diversifient et diversifient leurs modes de developpement. Tous les secteurs d'intervention de la biometrie sont concernes : l'agriculture, la peche, la sante, la foret, l'environnement et cela a tous les niveaux d'organisation de l'exploitation a la region, de la peche artisanale a la peche industrielle, du malade au systeme de sante, de la parcelle forestiere "monospecifique" a la grande foret intertropicale, de l'environnement local et regional a l'environnement planetaire. Les questions, tant fondamentales que finalisees, posees en termes de biodiversite et qui concernent au premier plan les pays du Sud sont aussi un facteur important de progres pour la discipline. On peut gager que l'experience acquise dans l'etude des problemes des pays du Sud, par un retour curieux, permettra sans doute de mieux apprehender les situations nouvelles rencontrees dans les pays du Nord
Résumé/Abstract Un système coopératif d'aide à la résolution de problèmes doit être capable ... more Résumé/Abstract Un système coopératif d'aide à la résolution de problèmes doit être capable d'un côté de résoudre des problèmes de la manière la plus autonome et automatique possible et permettre de l'autre à son utilisateur d'intervenir ponctuellement ...
Monod's bacterial growth model revisited
Bulletin of Mathematical Biology, 1992
Object-centered representation for species systematics and identification in living systems in nature
Bioinformatics, 1990
An artificial intelligence application to identification in biological taxonomy is presented. An ... more An artificial intelligence application to identification in biological taxonomy is presented. An object-centered representation is described using SHIRKA, a knowledge-based system developed in France. The capacities of this system, relating to a classification algorithm, are described. An application to the identification of the trees and lianas of the evergreen forests of the Western Ghats (India) is presented to illustrate the problems encountered in the development of the knowledge base. A model of a systematist's reasoning, using evolutionary principles, is the basis of this work. Finally the efficiency of the system is discussed.
Mille chercheurs hi��rarchisent les urgences
Les tr��s grands ��quipements scientifiques: vers une ��volution des concepts et des moyens
EDP-Sciences, 2010
Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C'est un facteur externe, mais ... more Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C'est un facteur externe, mais aussi et surtout le produit de mécanismes internes ; on le retrouve à tous les niveaux d'organisation du monde vivant, du gène à la biosphère. Ce livre nous montre comment ces mécanismes internes, véritables roulettes biologiques et écologiques, de nature déterministe, fonctionnent dans des domaines chaotiques en produisant des résultats de type aléatoire. Face à un environnement changeant, imprévisible et souvent agressif, ils engendrent la diversité qui permet aux organismes, aux populations ou aux écosystèmes de subsister, de s'adapter et d'évoluer. Ces mécanismes sont aussi des produits de l'évolution. C'est à ce prix que la vie a pu se maintenir sur notre planète : le hasard n'est pas subi, il est tout simplement nécessaire à la vie. Penser la biodiversité, à toutes les échelles et à tous les niveaux, permet une lecture intégrée du vivant. Pour mieux la comprendre et modéliser sa dynamique, il nous faut récolter des données quantitatives tant au laboratoire que sur le terrain. La nécessité du hasard cherche à évaluer le champ de nos connaissances sur la biodiversité et son évolution, ainsi que les limites de l'action de l'Homme face à ces dynamiques spontanées, qui lui échappent le plus souvent. Ce livre est aussi un appel urgent à prendre en compte l'impérieuse nécessité de l'évaluation et de l'analyse de la biodiversité pour mieux la gérer.
The environment: a research field in the making
Environment and development: scientific approaches, structuring the field and coevolution between research of concerned scientific domains
MILLE CHERCHEURS HIERARCHISENT LES URGENCES-Un clivage assez net entre Anglo-Saxons et Latins, Europe du Nord et du Sud
Villeurbanne Cedex ( * ) LN.R.A., Station de Recherches sur la Flore pathogène dans le Sol, 17, r... more Villeurbanne Cedex ( * ) LN.R.A., Station de Recherches sur la Flore pathogène dans le Sol, 17, rue Sully, F 21034 Dijon Cedex Cet article présente les résultats obtenus après l'étude mathématique et biologique de la compétition nutritive entre Fusarium saprophytes et pathogènes. La dynamique de croissance de ces microorganismes suivant un modèle logistique, nous avons déterminé les paramètres de croissance de chaque souche par régression non linéaire. Une méthode efficace pour la détermination des paramètres de croissance en culture pure étant mise au point, nous pouvions alors nous intéresser au modèle de compétition. Construit sur l'hypothèse de partage d'un même substrat, il s'exprime simplement de la façon suivante : Après une brève étude mathématique, le modèle est confronté aux données biologiques. Son adéquation avec ces dernières nous permet de confirmer l'hypothèse biologique d'une compétition nutritive. De plus une carac- téristique importante réside dans la détermination d'un indice de compétition, spécifique du couple de souches étudié, dont le calcul peut se faire simplement à partir de la croissance de chacune des souches en culture pure ; l'issue de la compétition est ensuite déterminée par le rapport des concentrations d'inoculum initiales. Cette recherche suggère de nouvelles voies pour l'étude des interactions microbiennes utiles à la mise au point de pro- cédés de lutte biologique.
Methodology of Modeling in Biology and Ecology
Modeling Living Systems, 2013
On the Subject of Introducing Species
Etudes Rurales, Sep 1, 2010
Many environmentalists are as alarmist as the NGOs that seek to protect nature from introduced sp... more Many environmentalists are as alarmist as the NGOs that seek to protect nature from introduced species. Having developed around the concepts of the “equilibrium” and “stability” of ecosystems, the science of ecology has reinforced a static view of nature. Still imbued with a creationistic ideology, it has not yet taken into account the role of hazard and variability on the introduction of plant- and wildlife in an environment.
La nécessité du hasard
Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C’est un facteur externe, mais ... more Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C’est un facteur externe, mais aussi et surtout le produit de mécanismes internes ; on le retrouve à tous les niveaux d’organisation du monde vivant, du gène à la biosphère. Ce livre nous montre comment ces mécanismes internes, véritables roulettes biologiques et écologiques, de nature déterministe, fonctionnent dans des domaines chaotiques en produisant des résultats de type aléatoire. Face à un environnement changeant, imprévisible et souvent agressif, ils engendrent la diversité qui permet aux organismes, aux populations ou aux écosystèmes de subsister, de s’adapter et d’évoluer. Ces mécanismes sont aussi des produits de l’évolution. C’est à ce prix que la vie a pu se maintenir sur notre planète : le hasard n’est pas subi, il est tout simplement nécessaire à la vie. Penser la biodiversité, à toutes les échelles et à tous les niveaux, permet une lecture intégrée du vivant. Pour mieux la comprendre et modéliser sa dy...
Biological and Ecological Systems Hierarchical Organisation
Methodos Series
[Use of an expert system as a tool to carry out urinary cyto-bacteriologic tests]
Annales de biologie clinique, 1988
An expert system for urine examinations was developed. Its validation was performed in a routine ... more An expert system for urine examinations was developed. Its validation was performed in a routine work, by comparison of expert decisions with software conclusions. Results of finished examinations or in progress were taken into account. The agreement was satisfactory. In addition to reliability, advantages constituted by availability, flexibility and adaptability were notified. Repeatability and reproducibility were also emphasized.
[An expert system as an aid to the validation of results of the antibiogram. Feasibility study based on the example of Staphylococcus aureus]
Pathologie-biologie, 1988
A model of expert system using Prolog language was developed, to verify the coherence of the resu... more A model of expert system using Prolog language was developed, to verify the coherence of the results of the antibiotic sensitivity test. Biological knowledge was formalized in three different ways: a credibility coefficient based on epidemiological data is assigned to known observed resistance; co-existent resistances are described with lists of "implicit" resistances, reflecting phenotypes commonly observed within some antibiotic groups; every single or "implicit" resistance is connected to a "gregarius" status, expressing the plasmidic nature of resistance. Applied to Staphylococcus aureus, the expert system is able to detect the inconsistencies of the antibiotic sensitivity test and to identify required knowledges. It therefore allows phenotypic interpretation of results.
[Bacteriostatic and bactericidal antibiotics: differences in subinhibitory concentration effects on the growth of Escherichia coli]
Pathologie-biologie, 1989
The growth of Escherichia coli in synthetic medium was mathematically analysed at subinhibitory l... more The growth of Escherichia coli in synthetic medium was mathematically analysed at subinhibitory levels of bactericidal and bacteriostatic antibiotics. Over a threshold of concentration, bactericidal antibiotics induce an unexpected change of growth pattern. Bacteriostatic antibiotics induce a progressive effect linked to a continuously altered growth pattern that still remains close to the controls. This fundamental differential of antibiotic effects is reflecting well-known bacteriostatic or bactericidal phenomena. In vitro this analysis of the growth enables to measure the level of the antibiotic sensitivity. In vivo, these results must be taken into account when subinhibitory concentrations of antimicrobial agent are reached at the infection site.
Le modèle de Volterra-Kostitzin en dynamique des populations. Ajustement et interprétation des paramètres
ABSTRACT
De l'observation à l'analyse: implication de la biométrie dans les pays de développement
Les pays du Nord s'ecartent progressivement du "modele unique", des schemas simplif... more Les pays du Nord s'ecartent progressivement du "modele unique", des schemas simplificateurs. Ils se diversifient et diversifient leurs modes de developpement. Tous les secteurs d'intervention de la biometrie sont concernes : l'agriculture, la peche, la sante, la foret, l'environnement et cela a tous les niveaux d'organisation de l'exploitation a la region, de la peche artisanale a la peche industrielle, du malade au systeme de sante, de la parcelle forestiere "monospecifique" a la grande foret intertropicale, de l'environnement local et regional a l'environnement planetaire. Les questions, tant fondamentales que finalisees, posees en termes de biodiversite et qui concernent au premier plan les pays du Sud sont aussi un facteur important de progres pour la discipline. On peut gager que l'experience acquise dans l'etude des problemes des pays du Sud, par un retour curieux, permettra sans doute de mieux apprehender les situations nouvelles rencontrees dans les pays du Nord
Résumé/Abstract Un système coopératif d'aide à la résolution de problèmes doit être capable ... more Résumé/Abstract Un système coopératif d'aide à la résolution de problèmes doit être capable d'un côté de résoudre des problèmes de la manière la plus autonome et automatique possible et permettre de l'autre à son utilisateur d'intervenir ponctuellement ...
Monod's bacterial growth model revisited
Bulletin of Mathematical Biology, 1992
Object-centered representation for species systematics and identification in living systems in nature
Bioinformatics, 1990
An artificial intelligence application to identification in biological taxonomy is presented. An ... more An artificial intelligence application to identification in biological taxonomy is presented. An object-centered representation is described using SHIRKA, a knowledge-based system developed in France. The capacities of this system, relating to a classification algorithm, are described. An application to the identification of the trees and lianas of the evergreen forests of the Western Ghats (India) is presented to illustrate the problems encountered in the development of the knowledge base. A model of a systematist's reasoning, using evolutionary principles, is the basis of this work. Finally the efficiency of the system is discussed.
Mille chercheurs hi��rarchisent les urgences
Les tr��s grands ��quipements scientifiques: vers une ��volution des concepts et des moyens
EDP-Sciences, 2010
Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C'est un facteur externe, mais ... more Le hasard est essentiel aux systèmes vivants et à leur évolution. C'est un facteur externe, mais aussi et surtout le produit de mécanismes internes ; on le retrouve à tous les niveaux d'organisation du monde vivant, du gène à la biosphère. Ce livre nous montre comment ces mécanismes internes, véritables roulettes biologiques et écologiques, de nature déterministe, fonctionnent dans des domaines chaotiques en produisant des résultats de type aléatoire. Face à un environnement changeant, imprévisible et souvent agressif, ils engendrent la diversité qui permet aux organismes, aux populations ou aux écosystèmes de subsister, de s'adapter et d'évoluer. Ces mécanismes sont aussi des produits de l'évolution. C'est à ce prix que la vie a pu se maintenir sur notre planète : le hasard n'est pas subi, il est tout simplement nécessaire à la vie. Penser la biodiversité, à toutes les échelles et à tous les niveaux, permet une lecture intégrée du vivant. Pour mieux la comprendre et modéliser sa dynamique, il nous faut récolter des données quantitatives tant au laboratoire que sur le terrain. La nécessité du hasard cherche à évaluer le champ de nos connaissances sur la biodiversité et son évolution, ainsi que les limites de l'action de l'Homme face à ces dynamiques spontanées, qui lui échappent le plus souvent. Ce livre est aussi un appel urgent à prendre en compte l'impérieuse nécessité de l'évaluation et de l'analyse de la biodiversité pour mieux la gérer.
The environment: a research field in the making
Environment and development: scientific approaches, structuring the field and coevolution between research of concerned scientific domains
MILLE CHERCHEURS HIERARCHISENT LES URGENCES-Un clivage assez net entre Anglo-Saxons et Latins, Europe du Nord et du Sud
CNRS/Gaalade, 2010
This book relates the scientific implementation of scientific labs, driven by the well known fren... more This book relates the scientific implementation of scientific labs, driven by the well known french institute of research CNRS, in French Guyana. It contains also a part explaining how interdisciplinary researches are conceived and driven.