Identification of immunogenic mutant neoantigens in the genome of murine melanoma (original) (raw)

2019, Rossijskij bioterapevtičeskij žurnal

Одним из перспективных подходов к иммунотерапии р ака являет ся создание персонализированных прот ивоопухо левы х вакцин, направленных на усиление распознавания иммунной системой мут ант ных опухолевых неоантигенов. Цель исследованияразработка биоинформатического подхода для анализа данных N G S-секвенирования образцов меланомы и нормальной т кани и предсказания пепт идов, способных вызывать иммунный ответ на модели мышиной меланомы B16F10. Материалы и методы. Секвенировали экзом и транскриптом опухолевой т кани меланомы B16F10 и нормальной т кани мышей линии С57В1/6. Процедура секвенирования библиотек была произведена на платформе Шитта H iSeq 2500, анализ качества всех полученных библиотек был выполнен с помощью программ FastQC и М и Ш^. Полученные файлы были использованы для дальней шего биоинформатического анализа. Д л я поиска мут аций в образцах опухоли использовали программы G ATKМиТесШ2 и Strelka. Результаты. В образцах мат ериала, полученного от нескольких мышей, проведен поиск сомат ических м ут аций, присут ст вую щ их только в опухолях и отсутст вующ их в нормальной т кани, показано, что мут ации в разны х образцах опухоли значительно перекрываются, но не идентичны. П редсказание корот ких пептидов, аффинных к главном у ком плексу гист о совместимости (М НС) мыши Н-2 , было проведено с использованием модели теШМНСрап (версия 3.0), использующей глубокие искусственные нейронные сети. Д л я предсказания корот ких пептидов, способных вызвать иммунный ответ, использовались мут ации т ипа миссенс и фреймшифт. Д л я подтверж дения, что мутированные аллели экспрессируются в опухоли, исполь зовали транскриптомные данные. С помощью пайплайна Vaxrank были предсказаны иммуногенные пептиды длиной 25-2 7 аа, представлены параметры их синтезируемости и растворимости. Выводы. Разработан биоинформатический подход для предсказания пептидов, способных вызывать иммунный ответ на м о дели мышиной меланомы B16F10.