A Novel High-resolving Method for Genomic PCR-fingerprinting of Enterobacteria (original) (raw)

РеФеРАт Нами разработана оригинальная система геномного ПЦР-фингерпринтинга для дифференциации штаммов энтеробактерий, использующая единственный олигонуклеотид, специфичный к инвертированным терминальным повторам инсерционного элемента IS1 (IS1-профилинг). Эта система обладает большей разрешающей способностью, чем широко применяемый метод BOX-ПЦР; она позволяет дифференцировать близкородственные штаммы, идентичные по профилям BOX-ПЦР и риботипам, но различающиеся по чувствительности к фагам. По сравнению с аналогами наша система значительно менее чувствительна к качеству используемого оборудования и материалов. В то же время система BOX-ПЦР является более универсальной и пригодна для группировки штаммов и установления их ближних филогенетических отношений. Таким образом, предложенная нами система IS1-фингерпринтинга энтеробактерий является существенным дополнением к существующему инструментарию молекулярной дифференциации энтеробактерий, позволяющим решать задачи, связанные с детализированным исследованием высокогетерогенных и быстро эволюционирующих естественных популяций этих бактерий, в т.ч. в ходе работ по экологии колифагов. Однако некоторые штаммы не могут быть надежно дифференцированы с помощью IS1-профилинга из-за малого количества полос в паттернах, генерируемых на матрицах их ДНК. Для улучшения технических характеристик системы нами предложена модификация системы с использованием дополнительного праймера TR8834, специфичного к нуклеотидной последовательности гена транспозазы, распространенного в геномах колиформных бактерий. КлЮЧевые СловА геномный фингерпринтинг, ПЦР-фингерпринтинг на целых клетках, инсерционный элемент, разнообразие энтеробактерий, дифференциация штаммов. СПИСоК СоКРАщеНИй IS-инсерционная последовательность (insertion sequence), ERIC-энтеробактериальная повторяющаяся интрагенная последовательность (enterobacterial repetitive intergenic consensus), REP-повторяющаяся экстрагенная палиндромная последовательность (repetitive extragenic palindromic sequence), dNTPдезоксирибонуклеотидтрифосфат (deoxyribonucleotide triphosphate), OTUs-операционные таксономические единицы (operational taxonomic units).