Nefrolitiazisli Asemptomatik Bir Olgunun İdrar Kültüründen İzole Edilen Mukoid Salmonella sp. Suşunun Tür Düzeyinde Tanımlanmasında PCR Yönteminin Değeri (original) (raw)
Related papers
2015
Bu calismada, Şanliurfa Ilinde brusella infeksiyonu oldugu dusunulen surulerdeki ineklerden alinan 68 adet kan (akyuvar kismi), serum, sut ve vajinal sivap orneklerinden Brucella etkenlerinin tanisi icin bakteriyolojik kultur ve PZR yontemlerinin karsilastirilmasi hedeflendi. Serum orneklerinin Rose Bengal Pleyt Test (RBPT) antijeni ile aglutinasyon testinde 35 ornek (% 51,4) ve sut orneklerinin Sut Ring Testi (SRT) ile analizinde ise 39 sut ornegi pozitif bulundu (% 57,4). Sut orneklerinden 15 (% 22) adet Brucella spp. izolasyonu gerceklesti. Tum izolatlar B. abortus biyotip 3 olarak identifiye edildi. Akyuvar kismindan ve vaginal sivaplardan Brucella spp. izolasyonu yapilamadi. Klinik orneklerin tumunun DNA ekstraksiyonlarinin ardindan yapilan cins spesifik PZR sonucu, sut orneklerinin 11’inden (% 16,2) ve akyuvar orneklerinin 6’sindan (% 8,8) 223 bp’lik DNA amplifikasyonu saptanirken, vaginal sivaplarin hicbirinden DNA amplifikasyonu gerceklestirilemedi. Serolojik olarak negatif ...
Turkish Journal of Agriculture - Food Science and Technology, 2017
Applying different technological processes during the production of food has a lethal effect on the bacteria but DNA of these bacterial strains may cause false positive results when detected by real time PCR technique because they preserve their existence for a certain period of time. To overcome this shortcoming of the real time PCR technique, a new method has been developed in recent years, based on the removal of dead cell DNA from the medium by treatment with Propodium Monoazide (PMA) before DNA extraction. In this study, real-time PCR method was combined with PMA application for the detection of live cells of Salmonella Typhimurium in heat treated milk samples. For this purpose, milk samples inoculated with S. Tyhimurium were heat treated at different temperatures (60, 65, 70 and 75°C) and times (15, 60, 300, 900 sec) and number of live bacteria was determined comparatively by direct real-time PCR, PMA/real-time PCR and conventional cultural method. As a result, unlike the dire...
Özet : Bu çalışmada, Erzincan Garnizonu'ndaki birliklerin ihtiyacı için alımı yapılan -18 0 C'de dondurulmuş-poşetlenmiş tavuk ve hindi etlerinin; but, deri ve göğüs kısımlarının Salmonella spp. yönünden kontaminasyon düzeyleri konvansiyonel ve moleküler yöntemlerle araştırıldı. Araştırmada, askeri birliğin soğuk hava deposuna donmuş olarak teslim edilen tavuk ve hindi etlerinden, 200 adedi 2-8 0 C'de çözündürüldü. Karkasların but, deri ve göğüs kısımları selektif ve selektif olmayan ön zenginleştirmeye tabi tutuldu. Etkenin izolasyonu amacıyla konvansiyonel kültür yöntemi kullanıldı. İzole edilen etkenler biyokimyasal testler ve Salmonella hızlı test yöntemi ile identifiye edildi. Ayrıca, selektif zenginleştirme aşamasında Rappaport Vassiliadis Broth (RVB)'dan alınan herbir numuneye ait süspansiyon Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR)'na tabi tutuldu. Kültür yöntemleriyle analiz edilen tavuk deri, but ve göğüs numunelerinde sırasıyla % 16, % 7,5 ve % 5,5'inde Salmonella spp. saptandı. Hindi but, deri ve göğüs numunelerinin hiçbirinde Salmonella spp. tespit edilemedi. Polimeraz zincir reaksiyonu ile yapılan analizler sonucu numunelerin hiçbirinden Salmonella spp. saptanamadı. Sonuç olarak, Erzincan Garnizonunda tüketime sunulan tavuk ve hindi etlerinin üretiminde ve işlenmesinde teknolojik ve hijyenik kurallara belirgin bir şekilde uyulduğu kanaatine varıldı. Anahtar kelimeler: İzolasyon, PZR, Salmonella spp., tavuk-hindi eti
Yumurtacı Tavuklarda Salmonella İzolatlarının Tanısı ve Tiplendirilmesi
Kafkas Universitesi Veteriner Fakultesi Dergisi, 2014
Çalışmada, farklı yetiştirme dönemlerindeki yumurtacı tavuklarda Salmonella aranmasında farklı metotların değerlendirilmesi, elde edilen izolatların serotiplendirilmesi, ribotiplendirilmesi ve antibiyotiplendirilmesi ile Salmonella yaygınlığının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla, 58 adet ticari yumurtacı tavuk kümesinden yetiştirmenin 15., 25. ve 40. haftalık dönemlerinde alınan toplam 174 adet drag svap örneği, Salmonella varlığı açısından standart kültür metodu olan ISO (ISO 6579:2002/Amd 1:2007-ISO) ve 2 farklı gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (rPCR) sistemi (Light Cycler SYBR Green I rPCR-LCSGIrPCR ve DuPont BAX Q7 rPCR-BAXrPCR) kullanılarak analiz edildi. İncelenen 58 kümesin 17 adedi (%29.31), 174 adet drag svap örneğinin 15. ve 25. haftalık dönemlerde 6'şar (%3.44 ve %3.44), 40. haftada ise 10 adedi (%5.74) olmak üzere toplam 22'si (%12.62) her 3 metotla Salmonella yönünden pozitif olarak bulundu. Elde edilen 22 adet Salmonella izolatının 20'sinin (%90.90) Salmonella enterica subsp. enterica olup 9'unun Enteritidis (SE) (%40.9), 7'sinin Infantis (SI) (%31.8), 1'inin Hadar (%4.5), 1'inin Montevideo (%4.5), 1'inin Colombo (%4.5) ve 1'inin de Spartel (%4.5) serovarı olduğu, 2'sinin (%9.10) ise Salmonella enterica subsp. arizonae ile Salmonella enterica subsp. houtenae alttürlerine ait olduğu belirlendi. Ayrıca izolatların test edilen 24 antibiyotiğin 23'üne karşı direnç oluşturduğu, en yüksek direnç oranının Ampicillin (%100), Neomycin (%100), Penicillin G (%100) ve Erythromycin'e (%95.45) karşı olduğu saptandı. Çalışmanın sonucunda, yumurtacı tavuklarda Salmonella'nın hızlı deteksiyonunda LCSGIrPCR ve BAXrPCR sistemlerinin ISO metodunu destekleyici olarak kullanılabileceği, incelenen tüm yetiştirme dönemlerinde Salmonella enterica subsp. enterica varlığının yüksek olduğu belirlendi.
Kocatepe Tıp Dergisi, 2015
Objective: There is growing resistance in most of the microorganisms causing urinary tract infections. The aim of the present study was to evaluate the prevalence of antibiotic susceptibility of ESBL-positive E.coli strains isolated from urine samples obtained from outpatient patients in Erbaa State Hospital. Material and Methods: Culture results retrospectively reviewed that E.coli isolated from mid-stream urine samples sent from various outpatient clinics with the suspicion of Urinary Tract Infections. Antibiotic susceptibility of the strains was determined using the Kirby-Bauer disc diffusion method in accordance with the principles of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). ESBL production was studied by using the combined disc method according to CLSI standards. Results: The prevalance of ESBL-producing strains was found as 12.4%. The antibiotics to which ESBL producing 26 Coşkun ve ark. strains are the most susceptible were as follows: imipenem, meropenem, nitrofurantoin. The antibiotics to which ESBL nonproducing strains are the most susceptible were as following: imipenem, meropenem, piperacillin-tazobactam, cefoperazone-sulbactam, fosfomycin, nitrofurantoin. Sensitivity in terms of ESBL production, resistance rates were higher in ESBL producing E.coli than in nonproducing strains (p < 0.001). Conclusion: There is growing resistance in most of the microorganisms causing urinary tract infections. Every hospital should identify the antibiotic susceptibility profiles of its own prevailing strains, and their own antibiotic policies should be developed. It is importance to maintain control over increasing antibiotic resistance and treatment success.
Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi Mecmuası, 1997
Ciddi enfeksiyon etkenleri arasında yer alan stafilokoklarda giderek artan oranlarda görülen metisilin direnci önemli bir sorundur. Metisiline Rezistan Staphylococcus Aureus (MRSA) epidemilere yol açabilen önemli bir nozokomiyal enfeksiyon etkenidir. Ayrıca nozokomiyal enfeksiyon etkenleri arasında koagülaz negatif stafilokokların önemi her geçen yıl giderek artmaktadır. 3u çalışmada, 1995 ve 1996 yılları arasında SSK Ankara Eğitim Hastanesi Infeksiyon Hastalıkları kliniği tarafından altı farklı klinikte yatan 103 hastadan alınan toplam 107 klinik örnekten izole edilen stafilokok suşlarında metisilin direnci ve bu dirençli suşlaıın antibiyotik duyarlılıkları incelendi. Metisilin direnci koagülaz (+) stafilokoklarda %35, koagülaz (-) stafilokoklarda ise %50 oranında saptandı. Yoğun bakım ünitesinde ise MRSA oranı en yüksekti (%52). Tüm stafilokok suşları vankomisine duyarlı idi.
2011
Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) resistance can be transferred by plasmids between species and related to epidemics in hospitals, inadequate treatment, prolonged hospital stay and increased mortality rates. The aim of the present study was to determine the frequency of ESBL production in E.coli strains isolated from blood cultures and the diffences in antibiotic susceptibility of ESBL producing and nonproducing strains. ESBL production was determined in 37 (39 %) of 95 E.coli strains. ESBL production was found higher in strains isolated from women comparing with men, in strains isolated from children comparing with adults, in strains isolated from intensive care units comparing with clinics. Imipenem, meropenem and ertapenem were found to be effective in all strains. The rates of resistance to antibiotics that used in treatment were found significiantly higher in ESBL positive E.coli strains when compared with ESBL negative E.coli strains.
Salmonella Gallinarum ve Salmonella Pullorum için qPCR Tanı Kitinin Geliştirilmesi
Konak spesifik ve biovar olan Salmonella Gallinarum ve Salmonella Pullorum başta tavuk olmak üzere hindi, bıldırcın, güvercin, serçe ve papağanlarda önemli hastalıklara sebep olmaktadır. Bu nedenle kanatlı hayvanlarda bu serotipleri saptamak için hızlı ve güvenilir tanı yöntemleri hastalığın etkin kontrolü için gerekli olmaktadır. Bu amaçla biovarları saptamak ve birbirinden ayrımını sağlamak için eş zamanlı olarak S. Gallinarum/Pullorum ve internal kontrol hedefli reaksiyonları içeren hızlı qPCR tanı kiti geliştirildi. S. Gallinarum/Pullorum referans ve VKMAE Kanatlı Hastalıkları Laboratuvarı'ndan temin edilen S. Gallinarum suşlarına qPCR metodu uygulandı. Çalışmada qPCR analizinin duyarlılığı ve özgüllüğü değerlendirildi. Sonuçlar geliştirilen qPCR yönteminin S. Gallinarum/Pullorum'u kesin olarak saptayabildiğini gösterdi. qPCR yönteminin kullanım kolaylığı, güvenirliliği, teknik olarak basit, tam otomasyon, spesifik, hassas, hızlı olmasından dolayı bu biovarların teşhisi ve ayrımında daha fazla avantaj sağlayacağı sonucuna varıldı.