The Taxonomic Study of the Strain Bacillus sp. UCM B-7404 - Phytopathogenic Fungi Antagonist (original) (raw)
Related papers
Taxonomic Position of the Strain Bacillus sp. 10.1 as Effective Algicidal Agent
Mikrobiolohichnyi Zhurnal, 2017
Мета. Видова ідентифікація штаму Bacillus sp. 10.1 на основі ознак фенотипу та спорідненості нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК. Методи. Вивчення культурально-морфологічних та фізіолого-біохімічних властивостей штаму Bacillus sp. 10.1 проводили згідно з методичними рекомендаціями щодо виділення та ідентифікації бактерій роду Bacillus. Жирнокислотний склад клітинних ліпідів вивчали методом хромато-мас-спектрометрії. Ампліфікування нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК здійснювали, використовуючи праймери 27f і 1492r, згідно з стандартним протоколом. Дендрограму філогенетичних відносин будували із застосуванням методу найближчого зв'язування (Neighbor Joining) та з використанням двухпараметричної моделі Кімури за 100 репліками бутстреп-аналізу. Результати. Проведено філогенетичний аналіз штаму Bacillus sp. 10.1, активного щодо мікроскопічних водоростей Anabaena hassalii, Microcystis aeruginosa, M. pulvereae. Встановлено, що за сукупністю культурально-морфологічних та фізіолого-біохімічних ознак досліджуваний штам відноситься до виду B. amyloliquefaciens. Для уточнення таксономічного положення штаму Bacillus sp. 10.1 вивчено жирнокислотний склад клітинної стінки та проведено аналіз нуклеотидної послідовності гена 16S рРНК. Висновки. На основі аналізу спорідненості нуклеотидної послідовності гена 16SрРНК з типовими представниками роду Bacillus досліджуваний штам Bacillus sp. 10.1 віднесено до виду B. velezensis. Нуклеотидну послідовність гена 16SрРНК штаму Bacillus sp. 10.1 внесено до бази даних GenBank та зареєстровано під номером КХ962173.
Antagonistic activity of Bacillus subtilis strains isolated from various sources
Ukrainian Journal of Ecology
An important link in solving the problem of healthy food is the intensification of the livestock, poultry and fish farming, which is possible only in the adoption and rigorous implementation of the concept of rational feeding of animals. In the implementation of this concept required is the application of probiotic preparations. Currently, there is an increased interest in spore probiotics. In many ways, this can be explained by the fact that they use no vegetative forms of the bacilli and their spores. This property provides spore probiotics a number of advantages: they are not whimsical, easily could be selected, cultivated, and dried. Moreover, they are resistant to various factors and could remain viable during a long period. One of the most famous spore microorganisms, which are widely used in agriculture, is Bacillus subtilis. Among the requirements imposed to probiotic microorganisms is mandatory-antagonistic activity to pathogenic and conditional-pathogenic microflora. The article presents the results of the analysis of antagonistic activity of collection strains of B. subtilis, and strains isolated from commercial preparations. We studied the antagonistic activity on agar and liquid nutrient medias to trigger different antagonism mechanisms of B. subtilis. On agar media, we applied three diffusion methods: perpendicular bands, agar blocks, agar wells. We also applied the method of co-incubating the test culture (Escherichia coli) and the antagonist (or its supernatant) in the nutrient broth. Our results demonstrated that all our explored strains of B. subtilis have antimicrobial activity against a wild strain of E. coli, but to varying degrees. We identified strains of B. subtilis with the highest antagonistic effect that can be recommended for inclusion in microbial preparations for agriculture.
Morphological diversity of Bacillus subtilis
Ukrainian Journal of Ecology
Bacillus subtilis is the most studied bacterium from genus Bacillus and this microorganism is widespread in nature. B. subtilis is often found in fresh and seawater, in the rhizosphere, in the soil (especially contaminated with feces and manure). The large variety of strains are available in collections of microorganisms, but strains isolated from the rhizosphere of various plants are particularly interesting for science and practical use. At the same time, the morphological criterion (the form and other features of the colonies) is the main one in the identification of B. subtilis at the first stages of the study and allows to refuse of extraneous strains before use more expensive methods and materials. The article presents the description of the morphological diversity of B. subtilis strains that are used in agriculture. Typical R–colonies are characteristic of bacteria B. subtilis, and we established 2 morphologically diverse forms of these colonies in the studied strains.
Isolation and Quantitative Definition of Β -Exotoxin in Effective Strains of Bacillus Thuringiensis
2020
The quantitative content of β-exotoxin was determined in the effective strains of Bacillus thuringiensis. It was established that the greatest production of β-exotoxin in the Bt1 strain is 300.0 mg / L of the growing medium, then in the Bt18fo strain it is 123.0 mg / L and the low toxin production in the BtMth1 strain is 42.02 mg / L. The calculations correlate with the data on the bioinsecticidal activity of producer strains, for example, for strain Bt1 - 80% insect death, Bt18fo - 60%, Bt Mth1 - 30%
Дослідження пробіотичних властивостей штамів Bacillus sp. 1.1. та B. amyloliquefaciens УКМ В-5113
ScienceRise, 2014
Проведено дослідження пробіотичних властивостей, виділенних з навколишнього середовища штамів Bacillus sp. 1.1. та B. amyloliquefaciens УКМ В-5113. Встановлено їх морфологічні та фізіолого-біохімічні ознаки, досліджено та встановлено високу та середню антагоністичну активність щодо музейних та актуальних штамів умовно патогенних мікроорганізмів. Показана стійкість до низьких та високих значень рН та різних концентрацій жовчних кислот Ключові слова: бацилярні пробіотики, антагоністичні активність бацил, кормові пробіотики, вплив жовчі на бацили, атибіотики It is conducted the research of probiotic properties discharged from the environment Bacillus sp. 1.1. and B. amyloliquefaciens UKM B-5113 strains. It is determined their morphological and physiological and biochemical characteristics, investigated and found high and average antagonistic activity against actual museum and opportunistic strains of microorganisms. It is shown a resistance to low and high pH values and different concentrations of bile acids
2023
Антибіотикорезистентність у мікробних біоплівках: порівняльний аналіз антибіотикорезистентності біоплівкотвірних та планктонних форм бактерій роду Staphylococcus Одним із факторів, що потенціює формування антибіотикорезистентності, є формування бактеріями біоплівки. У ході нашого дослідження від 185 хворих в умовах хронічного тонзиліту ізольовано 210 клінічних ізолятів мікроорганізмів. Домінуючими представниками, які ізолювали в 52,5% випадків, були бактерії родини Staphylococcaceae та Streptococcaceae (S. pyogenes), які виявляли у 37% випадків. Серед стафілококів переважав S. aureus (35,7%) рідше виділяли S. epidermidis (12%) та S. haemolyticus (4,8%). Дослідження ізолятів, виділених у разі хронічного тонзиліту, показало, що до утворення біоплівки були здатні 69 штамів бактерій роду Staphylococcus, серед них 50-S. aureus, 3-S. haemolyticus та 16 штамів S. epidermidis. Тобто біоплівкотвірними були 69 (62%) із 111 досліджених. Встановлено, що більшість стафілококів, які утворювали біоплівку, проявляли підвищений рівень резистентності до антибіотиків та входили до складу асоціацій. Найвищий рівень резистентності серед біоплівковтірних ізолятів S. aureus виявили до антибіотиків ампіцилін, тетрациклін, доксициклін, кларитроміцин, канаміцин, азитроміцин. Серед біоплівкотвірних ізолятів S. aureus встановлено значно вищий рівень резистентності до цефуроксиму, азитроміцину, антибіотиків тетрациклінового ряду, ніж серед планктонних штамів. До фторхінолонів, стійких планктонних ізолятів золотистого стафілококу виявлено не було. Серед епідермальних стафілококів виявлена аналогічна тенденція вищого рівня резистентності серед біоплівкотвірних ізолятів. Таку закономірність встановлено до ампіциліну, цефалексіну, макролідів, канаміцину та лінкоміцину. До фторхінолонів усі планктонні ізоляти епідермального стафілококу були чутливими, серед біоплівкотвірних-виявляли стійкі до ломефлоксацину. Аналіз чутливості мікроорганізмів до антибіотиків є важливим складником моніторингових досліджень циркуляції антибіотикорезистентних ізолятів. Водночас важливим є встановлення локальних та регіональних особливостей циркуляції антибіотикостійких штамів. Ключові слова: антибіотикорезистентність, бактеріальна біоплівка, умовно-патогенні бактерії.
Acta Biomedica Scientifica
Background.CRISPR/Cas systems loci are one of the functionally important patterns in bacterial genome which perform the role of “adaptive immune defense” from foreign nucleic acids. The study of CRISPR/Cas systems structure in genomes of plasmids and phages provide new information about the evolution of this systems in bacterial hosts.Aims.A search of CRISPR/Cas systems structures in pCT281 plasmid from Bacillus thuringiensis subsp. chinensis strain CT-43 using bioinformatic methods.Materials and methods.Search studies using bioinformatics methods were performed with the genome of pCT281 plasmid of B. thuringiensis subsp. chinensis strain CT-43 from the RefSeq database. To search for the CRISPR/Cas system structure MacSyFinder (ver. 1.0.5) and three combined algorithms were used: CRISPRFinder; PILER-CR; CRISPR Recognition Tool (CRT). The consensus repeat sequence was generated in WebLogo 3.Results and discussion.In pCT281 plasmid we detected one locus of CRISPR/Cas system of the typ...
Факторы выявления видового состава древоразрушающих базидиальных грибов
Сафонов М.А. Факторы выявления видового состава древоразрушающих ба-зидиальных грибов // Вестник Оренбургского Государственного Педагогического Университета. - Электронный научный журнал (Online). ISSN 2303-9922. http://www.vestospu.ru, 2016. №1 (17). – С.70-75., 2016
Факторы выявления видового состава древоразрушающих базидиальных грибов Обсуждаются проблемы выявления видового состава биоты древоразрушающих грибов. Разная вы-являемость видов грибов в природе связана с различиями морфологии их плодовых тел, распределения в пространстве и по сезонам, приуроченности к субстратам и биотопам. Предлагается понятие «потенциал учета», которое отражает объективные и субъективные причины, определяющие вероятность плодовых тел какого-либо вида быть замеченными. Предложена балльная шкала оценки потенциала учета видов грибов. На основе данных о находках видов древоразрушающих грибов в Оренбургской области проведен анализ их распределения по рангам потенциала учета. Сделан прогноз об общем видовом разнообра-зии древоразрушающих базидиомицетов региона; прогностическая оценка разнообразия микобиоты — 850 видов. Ключевые слова: биоразнообразие, микобиота, древоразрушающие грибы, базидиомицеты, полнота выявления видового состава, прогноз видового разнообразия. Проблемы изучения, измерения и сохранения биоразнообразия очень важны. При этом многие вопросы, связанные с объективизацией данных о видовом составе биот, не решены. Это ставит под сомнение возможность выявления закономерностей форми-рования и развития биоразнообразия, а также прогнозирования его динамики. К важ-ным нерешенным вопросам относится проблема выявления полноты видовых составов групп организмов. Неполнота выявления составов видов может быть обусловлена как естественными причинами, например динамическими особенностями сообществ (сук-цессионная и сезонная динамика, флуктуации и т.д.), так и несовершенством методик сбора и анализа данных о видовом разнообразии. Например, при выявлении флористи-ческого состава фитоценозов большое значение имеют фенологическое состояние видов, поскольку обычно затруднена идентификация проростков и отмерших растений, и раз-меры отдельных растений, поскольку трудно учитывать виды в составе 2—3 подъяруса травянистого яруса (в степи, например, виды родов Alyssum, Androsace), которые обычно регистрируются только при специальных пристальных наблюдениях. Важность методических ограничений хорошо известна энтомологам. Например, применение только ловушек Барбера не позволяет выявить все разнообразие жесткокрылых насекомых территории. Более того, при использовании в ловушках разных жидкостей состав отлавливаемых видов существенно меняется. Большие погрешности существуют и при использовании других способов учета: ручном сборе, кошении, использовании световых ловушек. Сходные методические проблемы существуют при изучении разнообразия мелких млекопитающих и птиц. Как методические причины неполноты выявления состава биот важны также профессиональный уровень коллекторов и исследователей, выполняющих определение видов, использование адекватных определительных ключей, обеспечение сохранности образцов. Обычно широко распространенные методики позволяют учитывать лишь часть разнообразия какого-либо компонента биоты, включающую распространенные виды, легко диагностируемые по физиономическим признакам или с помощью соответствующих сигнатур. Поскольку такие виды отмечаются во многих регионах, это повышает сходство их видовых составов, но более тщательные обследования могут привести к выводам о существенных различиях между биотами.
2013
С помощью MIRU-VNTR типирования по 24 локусам и делеционного анализа по RD105 и RD207 среди тридцати одного изолята выявлены основные генотипы M. tuberculosis в Бурятии. Штаммы семейства Beijing составили 67,4 % и имели разнообразные профили с превалированием в выборке (22,6 %) двух современных эпидемически значимых субтипов Beijing MIT17 и MIT16. Обнаружены штаммы Beijing MIT 642, которые отличались числом повторов в вариабельных локусах, что может отражать более давнюю циркуляцию этих субтипов без формирования у них свойств эпидемически распространяющихся штаммов в современной популяции или имевших эпидемическое значение в прошлом. Так же проявилась неоднородность в ряде локусов среди штаммов, отнесенных к группе LAM, Т и Х, требующая дополнительных исследований. Целью настоящей работы было выявление современных эпидемически значимых генотипов возбудителя туберкулеза, а так же генотипов, имевших эпидемическое значение в прошлом на примере региона с высокими уровнями распространенн...