L’évaluation des reproducteurs : L’évaluation génétique des reproducteurs pour des caractères à seuil (original) (raw)
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Genetics Selection Evolution, 1991
Article original Approches statistiques de l'évaluation génétique des reproducteurs pour des caractères binaires à seuils JL Foulley, E Manfredi POSITION DU PROBLÈME L'évaluation génétique des reproducteurs repose actuellement sur le BLUP (Best linear unbiased prediction, Henderson, 1973) pour les paramètres de position et le REML (Restricted maximum likelihood, Patterson et Thompson, 1971) pour les celle du modèle linéaire généralisé et de la quasi-vraisemblance telle que définie par Gilmour et al (1985) et enfin, l'approche bayésienne du mode conjoint a posteriori (MAP) développée notamment par Gianola et Foulley (1983).
Utilisation des marqueurs pour la caractérisation des ressources génétiques
INRAE Productions Animales, 2000
Un aperçu des méthodes de caractérisation des ressources génétiques basées sur les marqueurs moléculaires est présenté. La variabilité génétique entre races s’exprime généralement, à partir d’un ensemble de fréquences alléliques, sous la forme d’indices de fixation et de diversité génique, ainsi que de distances génétiques entre races. Ces dernières peuvent être converties en phylogénie, classification ou mesure globale de diversité. La richesse allélique est une information complémentaire intéressante à prendre en compte. La planification expérimentale des études de diversité et leur fiabilité statistique sont brièvement discutées.
JOURNAL OF OASIS AGRICULTURE AND SUSTAINABLE DEVELOPMENT
L’opération la plus importante dans un schéma d’amélioration génétique est le contrôle des performances qui doit être simple, fiable et peu coûteux. L’étude vise à simuler les méthodes alternatives de simplification de l'enregistrement des poids à âge type pour calculer les gains moyens quotidiens (GMQ) des chevreaux locaux et évaluer l'impact de leur utilisation d'un point de vue génétique pour établir la base d’une amélioration future. Un total de 945 chevreaux (531 mâles et 414 femelles), issus de 19 boucs et 285 chèvres, nés entre 1998 et 2014, ont été utilisé dans cette étude. Les paramètres génétiques ont été estimés pour cinq phénotypes : GMQ (1 -30), GMQ (30-60), GMQ (60-90), GMQ (90-120), GMQ (120-150). L’âge de la mère à la mise bas, l’année et mois de naissance et le sexe du chevreau ont été inclus en tant que facteurs fixes, dans le modèle mixte. La simplification à une et deux semaines a conduit à des héritabilités directes et maternelles pour les différents...
Modèles d’évaluation génomique: application aux populations bovines laitières françaises
2009
RESUME-La disponibilité de puces denses de SNP a suscité une certaine révolution au niveau international dans le domaine de la sélection des bovins laitiers. En effet, l'information fournie par ces puces permet d'estimer la valeur génétique de reproducteurs dès leur naissance avec une précision nettement supérieure à celle obtenue par un modèle polygénique classique. Plusieurs méthodes sont envisageables et font l'objet de nombreux développements. La méthode actuellement utilisée en France (dite SAM2 pour sélection assistée par marqueurs de seconde génération) offre un bon compromis entre une évaluation rapide reposant sur une information limitée à quelques régions QTL bien confirmées et une bonne précision des valeurs génétiques estimées. Les méthodes d'évaluation génomique au sens strict considèrent quant à elles l'effet de l'ensemble du génome, au risque d'utiliser des régions qui n'ont pas d'effet réel. Leur avantage est de prendre en compte, par construction, la totalité de la variance génétique, là où la SAM2 se limite à une fraction expliquée par les QTL, comprise aujourd'hui entre 40 et 60 % selon les caractères. La méthode actuellement la plus efficace (BayesB) pose des problèmes de temps de calcul et de définition des paramètres. C'est pourquoi des méthodes alternatives sont proposées. Dans un premier temps, nous passons en revue les différentes familles de modèle d'évaluation génomique, en mettant en avant leur efficacité, leurs avantages et inconvénients respectifs. Dans un second temps, à l'aide d'un jeu de données issu du programme de sélection assistée par marqueurs SAM2, nous comparons la qualité prédictive d'un ensemble de modèles sur deux échantillons de reproducteurs, de race Holstein et Montbéliard, mis à l'épreuve en 2004 et avec des index sur descendance en 2008. Ces résultats sont comparés à la méthode actuellement mise en oeuvre en France (SAM2). La comparaison est effectuée sur des caractères de production. Les facteurs clés concourant le plus à la réussite d'un programme de sélection génomique sont également dégagés. Enfin, on présente des perspectives d'évolution pour augmenter la précision mais aussi pour disposer de méthodes adaptées aux différentes populations d'élevage.
Studii de Lingvistica, 2019
This paper has a twofold objective: the first is to identify the metadiscursive uses of the Romanian metadiscursive marker gen and those of its French equivalent genre; the second is to compare their pragmatic values in order to highlight common and divergent aspects of their usage. The analysis is based on a corpus consisting of examples provided by previous studies on gen and genre, examples extracted from spontaneous oral interactions available on ORTOLANG, OFROM and CoRoLa, as well as bilingual examples taken from ReversoContext and Linguee online translation dictionaries.
Des marqueurs génomiques au service de la qualité de la viande
INRA Productions Animales
Le séquençage et l’annotation du génome des principaux animaux producteurs de viande ou de chair, ont permis l’essor des études de génomique au cours de la dernière décennie. Les techniques utilisées concernent d’une part la détection de mutations sur des régions du génome (QTL : « Quantitative Trait Loci »). Cette approche dite de génomique structurale a permis la détection de gènes majeurs (mutations ayant un effet majeur sur un caractère), comme le gène « culard » chez le bovin et le mouton, les gènes halothane et « Rendement Napole » chez le porc. Des QTL associés à une qualité, comme la vitesse de chute de pH chez le poulet, ont été identifiés. D’autre part, le niveau d’expression des gènes mesuré au travers de l’abondance relative d’ARN messagers et de protéines est analysé respectivement dans les études de transcriptomique et de protéomique. Des protéines ou des ARN messagers dont l’abondance est associée à une composante de qualité de viande, ont été identifiés chez le porc,...