Sur la recherche de critères de sélection : la régression géno-phénotypique (original) (raw)
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2020
Currently, breeding programs exist only for few local pig breeds in Europe. For some of them, no or very few phenotypes are recorded. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed as part of the TREASURE H2020 project. This is the first step towards implementing breeding programs in European local pig breeds, based on standardised recording of growth, carcass and meat quality traits. First, the required variables were collected for six local breeds: Basque (FR), Bísara (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopolje (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total, 74 variables were identified representing animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers (IDs) used in the different countries: animal IDs, breed, farm, etc. codifications. Great attention was paid to describing methods for measuring traits. Thus, each carcass and meat quality phen...
Quelques méthodes de choix des génotypes à partir d'essais multilocaux
Agronomie, 1984
On montre, sur des exemples, comment trois méthodes d'analyse des données provenant d'essais multilocaux, dérivées en particulier des travaux de M ANDEL (1971), B URDON (1979), GoFFirreT & V INCOURT (1980), permettent d'enrichir la connaissance des sélectionneurs. Les effets des génotypes sont regardés comme fixés ou comme aléatoires. Ces techniques, qui permettent d'établir une continuité entre les concepts utilisés en sélection (héritabilité) et les critères empiriques de choix, peuvent être diffusées auprès des sélectionneurs au travers des programmes H ENDER et MuLTtLoc (développés en FORTRAN sur Mini-6, CII-HB). Mots clés additionnels : Interaction génotype x lieu, adaptation, index de sélection, coefficient de détermination génétique. SUMMARY How to select genotypes from multilocational data. From the approaches of M ANDEL (1971), B URDON (1979), and G OFFINET & V INCOURT (1980), three methods of analysis of genotype x environment data are presented through experimental results. Estimations obtained for genotype performance, with fixed or random effects, seemed to be able to improve the value of selection criteria, by integrating in the same approach both empirical practice and the concepts that are commonly used in selection, such as heritability or predicted gain.
Oléagineux, Corps gras, Lipides, 2000
L'adaptation au milieu est un objectif de sélection recherché pour un grand nombre d'espèces végétales et elle fait le plus souvent appel à l'analyse du rendement. L'améliorateur peut rechercher des génotypes présentant une « adaptation spécifique », c'est-à-dire une adaptation à des milieux spécifiques, ou au contraire une « adaptation générale » à des conditions de milieux variés *1+. L'adaptation spécifique pourra être obtenue pour des stress particuliers, observés en l'occurrence dans des milieux particuliers : citons, par exemple, l'adaptation du maïs à des froids printaniers dans les régions françaises septentrionales, l'adaptation du blé tendre d'hiver à une alimentation azotée sub-optimale, la tolérance de l'orge à la mosaïque modérée, etc. L'adaptation générale, parfois appelée adaptabilité, est conférée par une adaptation simultanée à un ensemble de contraintes du milieu, telles que le froid, la sécheresse, le manque d'eau, le manque ou l'excès d'azote, les maladies, etc. C'est en quelque sorte une somme d'adaptations spécifiques. Mais le nombre de contraintes du milieu est tel qu'il est difficile de les étudier toutes. Il faudrait, en effet, des dispositifs factoriels très lourds à mettre en place car nécessitant l'étude d'un grand nombre de facteurs à la fois, avec toutes les combinaisons entre facteurs. Les conditions naturelles sont, de surcroît, difficiles à reproduire en enceintes contrôlées. Ainsi, l'adaptation générale s'observe le plus souvent en conditions naturelles dans des réseaux d'expérimentation regroupant un ensemble de milieux sur plusieurs années, les « réseaux multilocaux et pluriannuels ». La notion d'adaptation est à replacer dans le contexte des interactions génotype/milieu car des variations d'adaptation se traduisent par des interactions génotype/milieu. Lorsque plusieurs génotypes sont étudiés dans plusieurs milieux, le caractère considéré, par exemple le rendement, présente deux sources de variation : celle due aux génotypes, appelée « effet du génotype », et celle due aux milieux, appelée « effet du milieu ». Pour des caractères agronomiques complexes tels que le rendement, la teneur en protéines, etc., ces deux sources sont rarement additives.
État de l'art de la sélection génomique en France et approche multiraciale
HAL is a multidisciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scientific research documents, whether they are published or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers. L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d'enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés. État de l'art de la sélection génomique en France et approche multiraciale
Schémas de sélection: de la représentation généalogique au modèle statistique. Élaboration du modèle
Genetics Selection Evolution, 1992
Nous présentons une méthode s'adressant plus particulièrement à des sélectionneurs d'espèces végétales qui veulent modéliser leurs observations dans le cadre des modèles linéaires multivariables à effets aléatoires et fixes. Cette méthode est basée sur une description par un schéma de la généalogie des plantes manipulées dans un protocole de sélection. Nous proposons des règles de construction du schéma et les illustrons sur un exemple. En utilisant une représentation de ce schéma à l'aide d'un graphe orienté, nous donnons une méthode pour construire le modèle statistique pour la valeur génétique des individus et énonçons les règles qui permettent de trouver les variance-covariances entre apparentés. sélection végétale / modèle statistique / modèle linéaire / graphe Summary -Selection schemes : from the genealogical representation to the statistical model. Model development. We present a methodology addressed particularly to plant breeders who want to model their data by a linear multivariate mixed model. The first part of this methodology is the description of the genealogy for the plants used in the protocol of selection, by a diagram. We propose the rules for drawing the diagram and give an example. Using an oriented graph related to the diagram we present the second part of the methodology for constructing the statistical model for the individual genetic value and set forth a rule for finding the variance-covariances between related individuals. plant breeding / statistical model / linear model / graph
Une génétique de pair à pair? L'émergence de la sélection participative
Les sciences citoyennes. Vigilance collective et rapport entre profane et scientifique dans les sciences naturalistes. Ed by F. Charvolin, A. Micoud & L. K. Nyhart (Ed. de l’Aube, Paris: 2007), 2007
Une version modifiée de ce texte est à paraître dans: Des sciences citoyennes ? sous la dir. de F Charvolin, A. Micoud et R. Ellis, Paris, Ed. de l'Aube, 2007. Si dans des domaines comme les disciplines naturalistes ou l'astronomie, de vigoureuses pratiques amateurs ont survécu à la professionnalisation amorcée au milieu du XIXe siècle et prospéré au XXe siècle, la génétique constitue, dans les décennies qui suivent la seconde guerre mondiale, une entreprise scientifique quasi-entièrement réservée aux scientifiques spécialisés des institutions publiques et privées. Elle est emblématique d'un type de « science confinée » que Michel Callon et ses collègues ont opposé à un type « science de plein air » (Callon et al., 2001). Des pratiques de « science de plein air » étaient pourtant légion au début du XXe siècle où un grand nombre de cultivateurs-sélectionneurs -sélectionnant pour euxmêmes, dans le cadre de communautés locales ou pour des marchés locaux -coexistait avec une petite fraction d'agriculteurs simples usagers de semences sélectionnées et les premières compagnies semencières. C'est pendant les Trente Glorieuses que s'est opérée une professionnalisation quasi-absolue des activités de génétique végétale. La démonétisation de la génétique raciale nazie et de l'agronomie prolétarienne lyssenkiste comme autant d'intrusions indues du « politique » dans « la science », les transformations de la « modernisation agricole » ou « révolution verte », l'émergence d'un secteur spécialisé et profitable d'innovation semencière, le durcissement des critères d'accès au marché des semences et variétés, la molécularisation de la génétique et la sophistication des méthodes et outils de la biologie moléculaire, ont été autant d'éléments de ce confinement de la génétique végétale dans l'espace physique et social de la station de recherche et du reflux des savoirs et pratiques des producteurs agricoles relativement à la conservation et l'utilisation de la variabilité génétique. Pourtant, ces dernières années, avec l'essor au Sud et au Nord de la « sélection participative », l'amélioration des plantes a rejoint la liste des domaines de recherche et d'innovation (instrumentation médicale, informatique, matériel sportif de pointe, étude et gestion des espaces naturels, etc.) où la mobilisation des savoirs des amateurs et usagers est devenue un facteur clé de réussite (von Hippel, 2005).