In vivo reconstitution of active Thogoto virus polymerase: assays for the compatibility with other orthomyxovirus core proteins and template RNAs (original) (raw)
Related papers
Journal of aquatic animal health, 2016
A novel herpesvirus was found by molecular methods in samples of Lake Trout Salvelinus namaycush from Lake Erie, Pennsylvania, and Lake Ontario, Keuka Lake, and Lake Otsego, New York. Based on PCR amplification and partial sequencing of polymerase, terminase, and glycoprotein genes, a number of isolates were identified as a novel virus, which we have named Namaycush herpesvirus (NamHV) salmonid herpesvirus 5 (SalHV5). Phylogenetic analyses of three NamHV genes indicated strong clustering with other members of the genus Salmonivirus, placing these isolates into family Alloherpesviridae. The NamHV isolates were identical in the three partially sequenced genes; however, they varied from other salmonid herpesviruses in nucleotide sequence identity. In all three of the genes sequenced, NamHV shared the highest sequence identity with Atlantic Salmon papillomatosis virus (ASPV; SalHV4) isolated from Atlantic Salmon Salmo salar in northern Europe, including northwestern Russia. These result...
2010
Das Ziel dieser Arbeit war, zu untersuchen, ob ein direkter Austausch von RNAP Untereinheiten zwischen den Domänen der Eukarya und der Archaea möglich ist. Insbesondere sollte die Funktion der kleinen Untereinheiten RpoP/Rpb12 und RpoH/Rpb5 im Enzymkomplex aufgeklärt werden. Es wurden dazu die Vorzüge von zwei bisher getrennt betrachteten Modellorganismen und Systemen gebündelt. In der Hefe Saccharomyces cerevisiae konnte das etablierte Methodenspektrum und ein ausgereiftes genetisches System genutzt werden. Das archaeelle System bietet die Möglichkeit die RNAP aus elf Untereinheiten zu rekonstituieren. Auf diese Weise sollten zwei sich ergänzende Ansätze zur Klärung von Struktur-Funktionsbeziehungen eingesetzt werden. Im Hefesystem wurde untersucht, ob archaeelle Untereinheiten die eukaryotischen RNAP in vivo komplementieren können oder welche Funktion sie dort noch unterstützen können. Mit Hilfe der rekonstituierbaren archaeellen RNAP konnten eukaryotische Untereinheiten auf ihre ...
2016
Die Transkription ist der erste Schritt der Genexpression und damit ein zentraler Prozess in Zellen. Katalysiert wird sie durch das Enzym RNA-Polymerase (RNAP), das in Bakterien aus den Untereinheiten α 2 , β, β' und ω besteht. Die Transkription ist durch eine Vielzahl von Transkriptionsfaktoren hoch reguliert, unter denen die N-utilisation substance (Nus) Faktoren eine wichtige Rolle spielen. Diese wurden bisher hauptsächlich im Modellorganismus Escherichia coli charakterisiert und die Unterschiede zu anderen Organismen sind kaum aufgeklärt. Auch über die strukturellen Grundlagen ihrer Interaktion mit der RNAP ist wenig bekannt, was jedoch entscheidend für das Verständnis der Regulation der Transkription auf atomarer Ebene ist. In dieser Arbeit wurde zunächst der Transkriptionsfaktor NusG des hyperthermophilen Bakteriums Thermotoga maritima (tmNusG) untersucht. Auf Grundlage struktureller Analysen, die eine stabile, für NusG-Proteine einzigartige, Interaktion der flexibel verbundenen N-und C-terminalen Domänen (NTD und CTD) zeigten, wurde die Dynamik der Interaktion charakterisiert. Da die Wechselwirkungen mit seinen Interaktionspartnern verhindert werden, ist tmNusG autoinhibiert. Durch gezielten Aminosäureaustausch war es möglich, die Autoinhibition aufzuheben. Im Gegensatz zu NusG aus E. coli und vielen anderen Bakterien verfügt tmNusG über eine zusätzliche, in die NTD insertierte Domäne, DII. Mittels Fluoreszenz-Anisotropie und NMR-Spektroskopie konnte für DII sowohl eine sequenzunabhängige Nukleinsäurebindung mit Präferenz für doppelsträngige DNA als auch eine Bindung an die RNAP nachgewiesen werden. Daher ist DII möglicherweise in die Rekrutierung des autoinhibierten tmNusGs zur RNAP involviert und könnte die Bindung von tmNusG an den Elongationskomplex durch RNAP-und DNA-Bindung stabilisieren. Obwohl die RNAP aus E. coli strukturell und mechanistisch bereits intensiv analysiert wurde, existieren kaum Informationen über Intra-und Interdomänendynamiken oder transiente Interaktionen, die vorzugsweise mit NMR-Spektroskopie zugänglich sind. Zunächst wurde ein neues, effizientes Protokoll für die Assemblierung der aktiven RNAP aus den einzeln exprimierten Untereinheiten und deren Reinigung entwickelt. Dies erlaubt die Markierung einzelner Untereinheiten mit spezifischen NMR-Sonden. Mit dem deuterierten Enzym mit 1 H, 13 C-markierten Methylgruppen von Ile, Leu und Val-Resten und dem deuterierten Enzym mit methylgruppenmarkierter β'-Untereinheit konnten anschließend [ 1 H, 13 C]-Korrelationsspektren gemessen und die Bindung von NusG-NTD beobachtet werden. Die isolierten Untereinheiten der RNAP konnten ebenfalls löslich und funktionell gereinigt werden. Es wurde eine Methode entwickelt, um die mit einem Transkriptionsfaktor interagierende RNAP-Untereinheit zu bestimmen. Nach Validierung mit NusG-NTD und zwei NusA-Domänen wurde mit diesem Ansatz die β-Untereinheit als Bindungspartner für NusE ermittelt. Zusätzlich wurde eine Methode entwickelt, um die Bindestelle der RNAP auf einem Transkriptionsfaktor mit NMR-Spektroskopie zu identifizieren. Damit war es möglich, die bereits bekannten Bindestellen der RNAP auf NusG-Zusammenfassung III NTD zu bestätigen und diejenigen auf NusE und NusA-NTD zu ermitteln. Die RNAP-Bindestelle auf NusE überlappt mit der Interaktionsfläche für NusG-CTD, wodurch eine kompetitive Bindung entsteht, die möglicherweise in der Antitermination der Transkription eine Rolle spielt. Mit der RNAP-Bindestelle von NusA-NTD konnte ein detailliertes Modell zur RNAP-Bindung erstellt werden. Dieser Ansatz kann allgemein auf Systeme übertragen werden, in denen ein supramolekularer Komplex mit einem kleineren Bindungspartner (< 30 kDa) interagiert.
Virusproteine, IV. Die Konstitution des Hüllproteins des Phagen fd
Hoppe-Seyler´s Zeitschrift für physiologische Chemie, 1969
Zusammenfassung: Das Hüllprotein des Phagen fd, reanhydrid). Nach Succinylierung und Maleinie-Mol.-Gew. 1,1 • l O 7 (88% Protein, 12% DNA) be-rung des Proteins verschwindet der CoTTON-Effekt steht aus 1 900 Untereinheiten vom Mol.-Gew. 5169. bei 233 nm in der optischen Rotationsdispersion. Die Peptidkette einer Untereinheit besteht aus Die miteinander verwandten Phagen f l, Ml 3, Z J-2 49 Aminosäuren, deren Sequenz wiedergegeben wurden rein dargestellt und durch Bruttoanalysen wird. Ihre vollständige Konstitution konnte erst charakterisiert: Ml 3 und fd geben identische Brutnach Partialhydrolyse mit 12N HC1 ermittelt wer-toformeln, Z J-2 und fl zeigen nur einen Ammoden. Zu einer durchgreifenden enzymatischen Hy-Säureaustausch. Die durch diese Ergebnisse mögdrolyse (mit Thermolysin) eigneten sich nur ehe-lieh erscheinende chemische Synthese der Peptidmisch umgesetzte Präparationen des Phagenpro-ketten und damit eine erstmalige Partialsynthese teins (Umsetzung mit Bemsteinsäureanhydrid, eines Virus werden diskutiert. Maleinsäureanhydrid und Tetrafluorbernsteinsäu-Summary: Virusproteins, IV\ The constitution of the been determined. Sequential analysis of this procoat pro tern of the fd phage. The coat protein of the tein includes partial hydrolysis with 12N HC1. phage fd, molecular weight 1.1 • 10 7 (88% protein, Complete enzymatic degradation with thermoly-12% DNA) consists of 1900 subunits of molecular sin can only be achieved following succinylation weight 5169. Such a polypeptide chain contains of the whole phage protein with disappearance of 49 amino acid residues, the sequence of which has optical rotatory dispersion. Related phages fl,
„Ex vivo” Replikation des pathogenen Prion Proteins
2007
The prion protein (PrP) is an ubiquitous protein. Prion stands for proteinaceous infectious particle and is according to the 'protein-only hypothesis' the infective agens of the transmissible spongiforme enzephalopathie (TSE). TSE diseases are caused by a conformation change from a non pathogenic cellular isoform (PrPC) to a pathogenic isoform (PrPSc). This change can be spontaneous or induced by exogenous PrPSc. During this process there is a propagation from PrPC to PrPSc. TSE disease from human differs from other neurodegenerative disease only after a histological post mortem analysis of formed plaques. These pathogenic plaques can be seen especially in the brain of the infected organism. This infection is also known by other organism for example: cow, goat and monkeys. The PrP function is not completely clear until now, but it would be guess that this protein plays a role in the immune defence and also in the aging process. In this work 3T3, N2a and PrP knock-out cells w...
Zeitschrift für Angewandte Entomologie, 2009
Safety tea for the control of virus replication of nuclearpolyhedrosis virus from Mamestra brassicae in vertebrates The purpose of this safety study was to determine whether the nuclear polyhedrosis virus (NPV) of Mamestra brassicae can replicate in vertebrates. We consider the production of antibodies against virions and/or polyhedrin (matrix protein) to be an indication of a virus replication. After feeding of NPV (purified polyhedra, biological active virions and UV-inactivated virions) to NMRI-mice no antibodies against virions or against polyhedrin could be detected within sixty days p. i. using RIA. After aerosol application of polyhedra, also no antibody production could be observed. Therefore we conclude that no virus replication had taken place in vertebrates. Based upon these results, there is no hygienic risk from this point of view for the application of NPV in biological pest control, especially NPV from Mamestra brasszcae.