Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates from TB patients with spoligotyping (original) (raw)
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2021
Antecedentes: La incidencia de tuberculosis (TB) en México aumenta debido, entre otras causas, a un diagnóstico inespecífico o retardado. Marcadores moleculares como los genes rpoB y 16S rRNA se han utilizado en la identificación del género Mycobacterium. La secuencia de inserción 6110 (IS6110) ha sido empleada como marcador genético en la genotipificación del complejo Mycobacterium tuberculosis (CMTB). Objetivo: Realizar un estudio retrospectivo para evaluar a los genes rpoB, 16S rRNA y la IS6110, en la identificación de aislados del género Mycobacterium y del CMTB. Métodos: Se analizaron 146 muestras clínicas. Empleando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se amplificaron fragmentos de los genes rpoB, 16S rRNA e IS6110. La especie M. bovis fue identificada mediante un ensayo de PCR Multiplex. Resultados: En 65 muestras clínicas se determinó la presencia de micobacterias mediante amplificación de los genes 16S rRNA y rpoB. En 22/65 aislados se amplificaron únicamente los genes rpoB y/o 16S rRNA. La presencia del CMTB se confirmó en 43/65 aislados mediante la amplificación AyTBUAP 6(21):12-27 García-Cortés et al., 2021 13 Artículo original de la IS6110. La comparación de las secuencias obtenidas de los fragmentos amplificados de los genes rpoB, 16S rRNA y la IS6110 con las reportadas en el GenBank, demostró una homología de 98%-100% con especies de micobacterias pertenecientes al CMTB. Discusión: El uso de técnicas moleculares para el diagnóstico de enfermedades infecciosas permite obtener resultados precisos y en tiempos cortos. En el caso de las infecciones por micobacterias, el empleo de los marcadores genéticos rpoB, 16S rRNA y la IS6110 coadyuva al diagnóstico diferencial entre TB y micobacteriosis, lo que contribuye a orientar el tratamiento que se administre al paciente.
Variantes genéticas de Mycobacterium tuberculosis aisladas de pacientes de la Xª Región de Chile
Revista chilena de infectología, 2006
Genetic variants of Mycobacterium tuberculosis isolated from patients of the X th Region of Chile The emergence of new virulent and drug resistant strains of Mycobacterium tuberculosis has forced researchers to focus on the worldwide geographical distribution of the genetics variants of this pathogen. Mycobacterium bovis, a close related pathogen, contributes with human tuberculosis and therefore, it is particularly important in countries with significant bovine tuberculosis prevalence. Spoligotyping is currently one of the most widely used strategies for genotyping members of the M. tuberculosis complex. In this work, of a total of 41 isolates, 25 were from different patients from the X th Region from Chile. These isolates formed 15 clusters of spoligotypes. Twenty four percent of the spoligotypes corresponded to the worldwide distributed spoligotype 53 (SpolDB4). A significant number of spoligotypes were identical to profiles found in Brazil followed by Argentina and Spain. Although the patients where from rural areas, no cases of zoonosis were observed. To establish the geographical distribution, persistence and routes of dissemination of the pathogen, a greater number of epidemiologicaly relevant isolates are being analyzed using the MIRUs-VNTRs.
Biomédica, 2017
Introducción. La metodología de GenoType® MTBDRplus V.2 es una técnica molecular aprobada por la Organización Mundial de la Salud y la Organización Panamericana de la Salud para la detección de las mutaciones en el gen rpoβ del complejo Mycobacterium tuberculosis, las cuales confieren resistencia a la rifampicina, y las de los genes katG e inhA que la confieren frente a la isoniacida. Debido a la variación genética en las cepas circulantes a nivel mundial, los programas nacionales de control de la tuberculosis deben comprobar el desempeño de los nuevos métodos de diagnóstico para su aplicación como prueba rápida.Objetivo. Describir las mutaciones detectadas mediante la técnica GenoType® MTBDRplus V.2 en muestras pulmonares y aislamientos de M. tuberculosis procesados en el Laboratorio Nacional de Referencia del Instituto Nacional de Salud durante el 2014.Materiales y métodos. Se hizo un estudio retrospectivo descriptivo que determinó la expresión de los genes inhA, KatG y rpoβ respo...
Biomédica : revista del Instituto Nacional de Salud, 2004
The mummy studied belonged to the prehispanic Guane society. According to the Mom 003 record of the Archaeological Museum of the House of the Marqués de San Jorge, it was found in a cave in the department of Santander, Colombia, and was donated to the Culture Promotion Fund of the Banco Popular more than 30 years ago. The gender of the mummy had been previously determined by PCR study of the Y chromosome; computerized tomography studies (CT) were carried out and samples of lung tissue, vertebral spine and skin were taken for studying tuberculosis. The CT scans clearly show the presence of spinal tuberculosis, accounting for its important angular cifosis or Pott's disease. DNA obtained from lung tissue was submitted to ribotyping with genes of the 16S ribosomal subunit, giving positive results. This finding demonstrates the presence of tuberculosis in prehispanic Colombia.
The Guinea-Bissau Family of Mycobacterium tuberculosis Complex Revisited
PLOS One, 2011
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Phenotypic and genotypic methods for detecting multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis
2005
Biomédica 2005;25:22-33 PRUEBAS DE SUSCEPTIBILIDAD PARA M. TUBERCULOSIS Results. The susceptibility patterns established by colorimetric techniques were obtained after seven days of incubation. The performances of these tests were excellent for all drugsthe areas under curves were >0.9, 100% of sensitivity (S) and specificity (E) >80%. The genotypic method of RFLP oligotyping detected multidrug resistance with S of 100% and E of 93%. Conclusion. The results indicated that Alamar blue, MTT and RFLP methodologies are rapid and useful tools for characterizing multidrug resistance in M. tuberculosis, particularly for those patients with high risk of developing multidrug resistant tuberculosis.
Análisis genómico comparativo de cepas peruanas de Mycobacterium tuberculosis
Revista Peruana de Medicina Experimental y Salud Pública, 2016
Objetivos. Analizar comparativamente tres secuencias genómicas de Mycobacterium tuberculosis (MTB): INS-SEN, cepa sensible; INS-MDR, cepa multidrogorresistente e INS-XDR, cepa extensamente resistente, procedentes de la Ciudad de Lima, Perú. Materiales y métodos. Se identificaron los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) específicos en las cepas INS-SEN, INS-MDR y INS-XDR mediante el criterio de inclusión/exclusión. Se compararon los tres genomas de MTB y se construyó una filogenia molecular con 27 cepas de MTB de otros estudios, disponibles de la base de datos Genbank. Los SNPs específicos en cada genoma fueron organizados en clústers de grupos ortólogos (COGs). Resultados. El análisis de genomas permitió identificar un conjunto de SNPs asociados a determinantes de virulencia (familia de proteínas mce, policetidos, phiRv1, transposasas, metiltransferasas y relacionados a síntesis de vitaminas) principalmente. Se observa una estrecha relación entre la cepa INS-MDR y INS-XDR, con solo un 6,1% de SNPs diferentes, sin embargo, la cepa INS-SEN presenta un 50,2 y 50,3% de SNPs diferentes a las cepas MDR y XDR, respectivamente. La filogenia molecular agrupó a las cepas peruanas dentro del linaje LAM y cercanamente a las cepas F11 y KZN de Sudáfrica. Conclusiones. Se evidenció una alta similitud (99,9%) de la cepa INS-SEN con la cepa sudafricana F11, de gran alcance mundial, mientras los análisis de las cepas INS-MDR e INS-XDR demuestran una probable expansión de la familia KZN, cepa de Sudáfrica con alta virulencia y patogenicidad.