DNA Barcode, una alternativa para identificar especies del Complejo Midas Cichlidae en Nicaragua (original) (raw)
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Encuentro, 2012
Las lagunas cratéricas de Nicaragua se consideran verdaderos “laboratorios” naturales de investigación debido a que son geológicamente jóvenes y por su pequeña dimensión, lo que permite el estudio de procesos evolutivos y de especiación. En estas lagunas se encuentran especies endémicas (familia Cichlidae) que representan recursos valiosos para estudios de especiación, incluyendo la velocidad y fuerzas con las que el aislamiento geográfico, la selección natural y sexual provocan la diversificación fenotípica y, finalmente, la especiación misma. Los peces de la familia Cichlidae han sido objeto de mucha controversia debido a que morfológicamente es difícil diferenciarlos y se requieren de nuevas herramientas moleculares para descifrar las diferencias a nivel genético y entender mejor los procesos de especiación de este fascinante grupo de peces. En este estudio se utilizó el gen Citocromo Oxidasa I, COI, para determinar las relaciones filogenéticas entre los peces del Complejo presen...
Mastozoología Neotropical, 2021
We analyzed 162 individuals from 50 localities belonging to 31 species primarily determined by morphology. Most of the studied localities (72%) are from the Yungas forest while 71% of the analyzed species inhabit some of their altitudinal strata. We performed two species delimitation analyzes, the Bayesian Poisson Tree Processes (bPTP) method, and the Automated Barcode Gap Discovery (ABGD) method, the latter under two substitution models K2P and JC69. The bPTP method reported the presence of di erent lineages in some species totaling 44 species, 13 more than the 31 originally listed in our database. The ABGD method resulted in 40 species on average for all recursive partitions under the two substitution models. The following species presented more than one genetic lineage (putative species): Akodon budini, Akodon simulator, Akodon spegazzinii, Andinomys edax, Necromys lactens, Oligoryzomys chacoensis, Oligoryzomys avescens and Phyllotis tucumanus. Our results suggest that the diversity of sigmodontine rodents in northwestern Argentina is higher than the currently recognized, and highlight the need for more exhaustive faunal surveys which allows a more accurate biodiversity inventory.
2012
El “DNA barcoding” (codigo de barras de ADN) es una tecnica usada para identificar la especie a la cual pertenece un especimen biologico, usando una secuencia corta de ADN proveniente de una region estandarizada, la cual se compara con una secuencia de referencia. Los “DNA barcodes” son secuencias relativamente cortas dentro de los genomas de las especies, que se obtienen facilmente mediante amplificacion por PCR. Para que sean precisas, las secuencias “DNA barcode”, deben poseer baja variabilidad intraespecifica y alta variabilidad interespecifica. Para que una secuencia sea oficialmente considerada un “DNA barcode”, debe estar incluida en la base de datos BOLD (The Barcode of Life Data Systems), para lo cual debe pasar estrictos analisis bioinformaticos que valoran su idoneidad. El objetivo de este articulo es hacer una revision de algunas herramientas bioinformaticas, propuestas por Barcodinglife.org para determinar si una secuencia cumple los requisitos para ser considerada un “...
en altitudes superiores a 3900 m -volcanes Pichincha, Guamaní/Papallacta, Antisana y Cayambe - Pierre MORET -Proyecto SUMMITEX, 2016 Esta clave simplificada está basada en la revisión taxonómica de Moret 2005, con algunos complementos sacados de Allegro et al. 2008 y Toledano 2008. A diferencia de las claves del primer trabajo citado, no se utilizan aquí los caracteres de la genitalia masculina, y en el caso del género Dyscolus, tampoco se utilizan las variaciones de la pubescencia o de la forma de los metatarsos. Aunque esta clave permite una determinación segura de la mayoría de las especies, en los casos dudosos habrá que recurrir a los caracteres de las genitalias que se describen en Moret 2005.
Intropica
Debido a la gran cantidad de especies y a las dificultades en su identificación morfológica, muchos estudios taxonómicos actuales de tardígrados se basan en el uso de técnicas genéticas y moleculares. En Colombia son necesarios estudios enfocados en esta disciplina que permitan complementar la información morfológica; por consiguiente se analizaron siete secuencias del gen COI en el género de tardígrado Paramacrobiotus de la cuenca baja del río Manzanares, en Santa Marta, y se compararon con las secuencias del mismo género presentes en la base de datos de GenBank a través de un análisis de divergencia específica y análisis de vecino más cercano (NJ). Las secuencias obtenidas en el estudio mostraron una clara diferenciación de las secuencias de GenBank y una baja distancia intraespecífica, obteniéndose el código de barras genético correspondiente a una sola especie. Las diferencias de los resultados con el análisis morfológico reflejan la eficacia de técnicas moleculares como los cód...
En la región no codificadora (RNC) del DNA mitocóndrico (mtDNA) se ha informado la razón de substitución intragénica más rápida de la molécula. En este trabajo, caracterizamos las secuencias de la mitad 5' de la RNC de los haplotipos identificados en las colonias de anidación del suroeste de Cuba de Chelonia mydas y Caretta caretta, teniendo en cuenta el tipo y sentido de sustitución nucleotídica, respecto al haplotipo ancestral y los centros de diversificación determinados dentro de cada linaje. Los haplotipos de C. mydas pertenecieron a un sólo linaje, mientras que en C. caretta a dos. La mayoría de las sustituciones intraespecíficas fueron transiciones, con balance similar entre purinas y pirimidinas, así como entre los sentidos de las sustituciones en relación al camino más parsimonioso respecto al ancestro. El mayor porcentaje de estas sustituciones representaron cambios diagnósticos para C. caretta respecto a C. mydas. Los porcentajes equitativos de transiciones entre purinas y pirimidinas, concuerdan con la abundancia de A y T, y con la predisposición a la conversión de CpG por el alto porcentaje de metilación de C. Chelonia mydas presenta una distribución de mutaciones similar entre los linajes de la cuenca atlántica a diferencia de C. caretta, porque los de esta última no comparten un ancestro común. Por consiguiente, entre estos linajes pueden ocurrir homoplasias y fijarse un mayor número de mutaciones, apareciendo transversiones e indels diagnósticos de linajes en la medida en que aumentan las distancias evolutivas entre éstos.
Aplicación De Los Códigos De Barras De Dna en El Descubrimiento De La Diversidad Animal Marina
CICIMAR oceánides, 2015
RESUMEN. Los códigos de barras de DNA constituyen un instrumento cuyo objetivo central es la identificación acertada de todas las especies existentes en planeta. La secuencia empleada como identificador de especies animales es un fragmento del gen mitocondrial Citocromo Oxidasa I (COI), cuya longitud es de 350 a 800 pb. El fragmento ha resultado útil en la identificación de especies crípticas y ha ampliado el conocimiento de la diversidad animal; no obstante, no resulta exitoso en plantas y hongos y es inconsistente en diversos grupos como las esponjas de mar. El gen COI es un recurso que a pesar de sus inexactitudes ha aportado enormes beneficios para el conocimiento de la biodiversidad. En este trabajo se analiza la información actual que está en la base de datos BOLD Systems v3, se examina la dinámica de BOLD a través del tiempo y se complementa con información reciente de la literatura. Existen varios hechos que el análisis revela, entre ellos que la generación de secuencias es notable entre 2009 y 2013, y se aprecia una aceleración de 2013 a 2015. Existen datos contrastantes tales como que de las 52525 especies de moluscos marinos sólo se conozcan los códigos del 9.2% y de las 47217 especies de artrópodos se tengan códigos para el 7.6%, en contraste con las 21515 especies de cordados marinos que cuentan con los códigos para el 33.8%. Esta comparación indica un sesgo a favor de las especies carismáticas y de las que tienen importancia económica. Destaca que el número de secuencias de todas las formas de vida que están asociadas a una especie bien identificada siempre está relacionado a un 28 a 30% de especies interinas, ya que es difícil asignarles un nombre definitivo, lo que indica un alto nivel de incertidumbre. Palabras clave: DNA, código de barra, COI, diversidad animal, marina Application of DNA barcodes for the discovery of marine animal diversity ABSTRACT. DNA barcoding is a useful tool for the correct identification of species. The most commonly used sequence is a 350 to 800 bp-long fragment of the mitochondrial gene Cytochrome Oxidase I (COI). This fragment has been successfully used to identify cryptic species and has contributed to an increased understanding of animal diversity. However, its use in plants and fungi has been unsuccessful and results have been inconsistent when used in other groups such as marine sponges. This work analyses current data available in the BOLD System V3 database. It compares how the BOLD system has evolved and complements this with an analysis of current literature. This analysis reveals several important facts, among which is the notable increase in sequences submitted between 2009 and 2013 and an increase in the rate of sequence submission since 2013. The analysis also reveals a clear bias in the phyla that are being sequenced for barcoding. Of the 52525 species of marine molluscs only 9.2% have their barcode available. This percentage is even lower (7.6%) for arthropods. This contrasts with marine chordates in which 33.6% of the 21515 known species have their barcodes available. This data suggests a bias towards charismatic and commercially important species. Finally, the general analysis of BOLD database reveals 70% of barcodes are assigned to clearly identified species and near 30% to interim species (those for which a name cannot be definitively assigned to), which highlights the inaccuracies of the identification system.