IN SILICO ANALYSIS OF GCR1 GENE IN CRABTREE POSITIVE AND CRABTREE NEGATIVE YEAST SPECIES (original) (raw)
Related papers
Turkish Journal of Agriculture - Food Science and Technology, 2020
Cucurbitaceae family, contain lots of important species in terms of worldwide nutritional and economical value. Despite the molecular genetic researches conducted in recent years, genome data is quite limited for C. pepo which is agriculturally important. The main motivation of this work is to develop new and numerous SSR markers (Simple Sequence Repetitions) that is unique to Cucurbita genome which has extremely small number of genome-specific markers. The reference genome was scanned with bioinformatic tools in terms of repetitive motifs and 76744 genome-specific SSR loci were found. In this scope, 52303 SSR markers were developed for the first time by containing 20 chromosomes in C. pepo L. genotype and the data that belongs to the developed markers is saved in a database. The majority of the most common SSR motifs were detected as di-nucleotide repeats which was rich in terms of AT/AT. To evaluate the amplification efficiency and polymorphic band producing capability of newly de...
Tarım Bilimleri Dergisi, 2014
Tahıl kist nematodları (Heterodera avenae group) buğdayın önemli zararlılarından biri olup, Türkiye'de Heterodera avenae Wollenweber, H. latipons Franklin ve H. filipjevi (Madzhidov) Stone olmak üzere üç önemli türü farklı buğday üretim alanlarında saptanmıştır. Ülkemizin makarnalık buğdayın merkezi olan Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde Akdeniz tahıl kist nematodu, Heterodera latipons'un yaygın olarak bulunduğu, bölge genelinde birçok lokasyonda ekonomik zarar eşiğinin üstünde popülasyona sahip olduğu rapor edilmiştir. Buğday yetiştiriciliğinde kist nematodları ile en etkin mücadele yöntemi dayanıklı/tolerans çeşit kullanımı olarak bilinmektedir. Günümüzde buğdayın yabani türlerinden kültür formlarına aktarılmış dokuz farklı dayanıklılık geni (Cre genleri) mevcuttur. Bu çalışmada dayanıklılık geni Cre1'in H. latipons'un Gaziantep (Karkamış) popülasyonuna karşı etkinliği araştırılmıştır. Çalışmada genomunda dayanıklılık geni Cre1 bulunan SILVERSTAR buğday çeşidinin yanı sıra SOKOLL, CALINGIRI, GOLDMARKER, FRAME, STYLET, PASTOR ve CROC_1/AE.SQUARROSA(224)//OPATA çeşitlerine ait ebeveynlerin melezlenmesi ile geliştirilen 38 adeti dayanıklılık geni taşıyan, 26 adeti dayanıklılık geni taşımayan toplam 64 adet buğday genotipi H. latipons'a karşı denemeye alınmıştır. Çalışma sonucunda 64 adet genotipten 20'si nematoda dayanıklı, 32'si orta dayanıklı ve 12'sinin ise orta hassas olduğu tespit edilmiştir. Genomunda Cre1 geni taşıyan 38 melezden ise 10'nun H. latipons'a karşı dayanıklı, 20'sinin orta dayanıklı ve 8'nin ise orta hassas olduğu saptanmıştır. Bu çalışma ile dayanıklılık geni Cre1'in H. latipons'un Gaziantep (Karkamış) popülasyonuna karşı mutlak bir dayanıklılığa sahip olmamakla birlikte %78 etkinlik oranı ile başarılı olduğu ve ulusal buğday ıslah programlarında H. latipons'a karşı kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Ayrıca, PASTOR, SOKOLL ve CROC_1/AE.SQUARROSA(224)//OPATA buğday genotiplerinin H. latipons'a karşı iyi bir dayanıklılık kaynağına sahip olduğu saptanmıştır.
Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 2017
Özet Bu çal›flmada, tavuk yumurtas›n›n yüzeyine farkl› konsantrasyon (2 ppm, 4 ppm ve 6 ppm) ve sürelerde (2 dk ve 5 dk) ozon uygulanarak yumurtan›n mikrobiyel kalitesi üzerindeki etkileri araflt›r›lm›flt›r. Yumurta yüzeyinde Enterobacteriaceae, Staphylococcus aureus, toplam koloni, maya ve küf say›mlar› 24 °C'de 5 hafta depolama süresince haftal›k periyotlarda gerçeklefltirilmifltir. Ozon yumurtan›n mikrobiyel floras›n› h›zl› bir biçimde azaltmas›na ra¤men, depolama ile mikrobiyel geliflim devam etmifl ancak geliflme h›z› kontrol grubunun alt›nda seyretmifltir. Yumurtalarda Enterobacteriaceae, Staphylococcus aureus, toplam koloni, maya ve küf popülasyonu üzerine önemli düzeyde azalma sa¤lad›¤›; artan ozon konsantrasyon ve uygulama süreleri ile inaktivasyon düzeyinin önemli düzeyde artt›¤› belirlenmifltir. Oda flartlar›nda depolama boyunca ozon uygulanan yumurtalarda kontrol grubuna göre mikrobiyel yük yaklafl›k 2 log daha düflük ç›km›fl ve uygulaman›n mikroorganizmalar üzerindeki inhibisyon etkisi önemli bulunmufltur. Buna göre ozon uygulamas›n›n yumurtalar›n raf ömrü üzerine pozitif etkisi oldu¤u tespit edilmifltir. Çal›flmayla ozonun yumurtan›n muhafazas›nda önemli bir potansiyele sahip oldu¤u belirlenmifltir. Anahtar kelimeler: Yumurta, ozon, mikrobiyel inaktivasyon, depolama, raf ömrü, oda s›cakl›¤›.
PLATON DEVLET GENEL DEGERLENDIRME
ÖZET Bu çalışmada Platon'un olgunluk dönemi eseri olan Devlet kitabı incelenecektir. İdeal devletin ne olduğunu ve bu devletin özelliklerinin ele alındığı bu eser kendi içinde on kitaptan oluşmaktadır. Eserde geçen konular irdelenerek kuvvetler ayrılığı ilkesi ile ilgili olan kısımlar ele alınmaya çalışılacaktır.
2021
Particle shape is of importance in gravity concentration as well as particle size and density. Besides, it affects on the behavior of particles in the process. There are a lot of lab-scale studies related to optimization of affecting parameters (feed flow rate, slope, stroke, wash water flow rate, etc.) on shaking table concentration. However, the quantitative examination of particle shapes in streams of shaking table of an industrial concentration plant is lacking. The purpose of this study is to characterize the particles from the collected samples of coarse and fine shaking table circuits in the chromite concertation plant of Aksu Mining near Kangal district by using dynamic image analysis (DIA). The averages were of 3 consistent measurements given by counting more than 10.000 particles using various aspect ratio parameters (BRAR, EAR, FAR). DIA results have shown that, concentrate particles of both course and fine shaking table streams have the lowest aspect ratio, i.e, concentrate products have the most rounded particles while tailing products have the most elongated particles. This was due to round and elongated particles moving as rolling and sliding, respectively on the deck. DIA results from each sample were statistically significant at 95% confidence internal by ANOVA tests. In addition, DIA results are suitable for SEM and stereo microscope images. This work helps to increase separation recovery by shaking table according to required shapes of particles produced by selected grinding system.
Bazı Tritikale (X Triticosecale Wittmack) Genotiplerinin Verim ve Kalite Özelliklerinin Belirlenmesi
Türkiye tarımsal araştırmalar dergisi, 2017
'nin Diyarbakır ve Mardin lokasyonlarında verim ve kalite ile ilgili bazı özellikleri incelenerek, bölgeye adaptasyonlarının belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür. Çalışmada ayrıca, 2 ekmeklik buğday çeşidi (Pehlivan ve Cemre) de standart olarak kullanılmıştır. Araştırma, tesadüf blokları deneme desenine göre 4 tekerrürlü olarak yürütülmüştür. Çalışmada tane verimi, bin tane ağırlığı, hektolitre ağırlığı, protein içeriği, nişasta içeriği, gluten (yaş öz) içeriği ve zeleny sedimantasyon özellikleri incelenmiştir. Araştırma bulgularına göre lokasyonlar arası farklılıklar protein içeriği hariç, diğer tüm özellikler için önemli bulunmuştur.
Marinarozelotes barbatus (L. Koch, 1866)’un Sitogenetik Analizi
Düzce Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Dergisi
Örümcekler, en çok çalışılan araknid takımlarından birini temsil etmektedir. Karmaşık cinsiyet kromozomu belirleme sistemleri nedeniyle özellikle sitogenetik açıdan oldukça ilgi çekicidirler. Kromozomal çalışmalardaki bu karmaşıklık, örümcek sitogenetiği alanındaki çalışmaların sayısını kısıtlamıştır. Bu çalışmada Türkiye’nin farklı habitatlarından toplanan erkek örümceklerde Gnaphosidae familyasına ait Marinarozelotes barbatus’un kromozom özellikleri ilk kez araştırılmıştır. Yer örümceklerini incelemek için standart Giemsa boyaması, hipotonik uygulama, dokuların sabitlenmesi-ezilmesi ve son olarak havada kurutma yöntemleri uygulanmıştır. Türün diploid sayısı 2n♂=22 ve eşey kromozom sistemi X1X20 şeklindedir. Eşey kromozomların ve otozomların kromozom morfolojisi telosentrik tipte bulunmuştur. Otozomal kromozomlardaki relatif uzunluklar kademeli olarak azalış göstermiştir (%9,85-%7,07). Eşey kromozomlarından X1 (%11,11)’in karyotipte en büyük kromozom olduğu, X2 (%6,14)’nin ise en k...
2018
Bocek turleri bakimindan zengin bir cografyada yasamaktayiz. Ancak cografyamizda tespit edilen bocek turleri sayisi tahmin edilen sayidan cok daha azdir. Buradan yola cikarak yapilan bu calismada, Kocaeli ilinden rastgele toplanilan cesitli bocek turlerinin molekuler duzeyde tespit edilmesi amaclandi. Bunun icin boceklerden once DNA izolasyonu ardindan mitokondrial COI bolgelerine ait evrensel primerler kullanilarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ve DNA sekans analizi yapildi. Her bir DNA dizisi NCBI Nucleotide BLAST’a yuklenerek erisim numaralari elde edildi. Bocek turlerine ait COI gen dizileri MEGA 7.0 programina yuklenerek modelleme yontemleri ve mesafeleri belirlendi. DNA barkod geni olarak yaygin bir sekilde kullanilan COI geni ile yapilan bu calismada, bocek turlerinin Exechia seriata , Phlebotomus neglectus , Chironomus riparius , Drosophila tsukubaensis , ve Rhamphomyia sp. olduklari tespit edildi.
CERN European Organization for Nuclear Research - Zenodo, 2022
Biplot Analiz Yöntemi ile Makarnalık Buğday (Triticum durum Desf.) Genotiplerinde Kalite Özelliklerinin Değerlendirilmesi Özet Küresel buğday verimindeki önemli çeşitlilik, iklim değişikliği için çeşit seçiminde yetersiz araştırma ve sürdürülebilir tarım ekosistemlerinde uygun germplazm eksikliği göz önüne alındığında, yüksek verimin yanı sıra kalite parametreleri bakımından stabil değerlere sahip genotiplere de mutlak ihtiyaç olduğu kaçınılmazdır. Bu çalışma, Diyarbakır GAPUTAEM'e ait deneme sahasında 2015-2016 yıllarında gerçekleştirilmiştir. Araştırmada 120 adet ileri kademe makarnalık buğday hattı ile beş adet tescilli çeşit bitki materyal olarak kullanılmıştır. Çalışma, Augmented deneme desenine göre 6 blok ve her blok içinde 25 parsel olacak şekilde kurulmuştur. Araştırmada incelenen kalite parametrelerine GGE Biplot analiz yöntemi uygulanarak hem özellikler arası hem de genotip-özellik ilişkileri değerlendirilmiştir. GGE Biplot analiz sonucunda birbiri ile ilişkili olan özellikler ve belirli özellikler yönünden öne çıkan genotipler görsel olarak sunulmuştur. Oluşan görsel grafiğe göre incelenen özelliklerden camsılık oranı ve protein oranı, renk değeri ve sedimantasyon değeri, bin tane ağırlığı ve hektolitre ağırlığı özelliklerinin aynı grupta yer alarak güçlü korelasyon ilişkisi gösterdikleri ve çok sayıda genotipin değerlendirildiği bu tarz çalışmalarda bu ilişkinin göz önünde bulundurulması gerektiği belirlenmiştir. Ayrıca kontrol çeşitlerine kıyasla daha yüksek değerlere sahip olan genotiplerin farklı çevrelerdeki stabilitesini anlamak ve incelemek için bölge denemelerinde değerlendirilmesi ve bir üst kademeye aktarılarak çeşit geliştirmeye yönelik ıslah programlarında kullanılması sonucuna varılmıştır. Evaluation of Quality Characteristics of Durum Wheat (Triticum durum Desf.
Türkiye’de Yetiştirilen Bazı Sığır Irklarında GHR Geni Bakımından Genetik Çeşitlilik
Turkish Journal of Agriculture - Food Science and Technology
In this study, it is aimed to determine GHR gene polymorphism in dairy cattle and some native cattle breeds raised in different regions of Turkey. The study was carried out by 468 Holstein, 280 Jersey, 93 Grey Steppe, 86 Native Black, and 64 East Anatolian Red animals. The FIS values of the populations for the GHR gene were detected negatively except for Grey Steppe and Native Black. FIS value was found 14% and negative with reference to heterozygote genotype was higher than homozygote genotypes in overall population. The expected deviations from the Hardy-Weinberg Equilibrium in terms of the GHR locus were found significant in these five different breeds except for Native Black. The genetic distance values among the populations were calculated between 0.0004 and 0.1881. Based on the cluster analysis, Holstein and East Anatolian Red were located in close cluster; however Jersey, Native Black and Grey Steppe were grouped as in different clusters. As a result, the genetic variation in...