Klinik örneklerde saptanan Candida türlerinin MALDI-TOF MS ile tiplendirilmesi (original) (raw)
Related papers
Dicle Tıp Dergisi, 2019
Öz Amaç: Aspergillus tu ru mantar enfeksiyonları immu n sistemi baskılanmış hastalarda, yu ksek mortalite ve morbidite ile sonuçlanan invazif hastalıklara yol açmaktadır. Bu nedenle hızlı ve dog ru tanı konularak uygun antifungal tedavi başlanması invazif aspergillozlu hastalar için hayati o neme sahiptir. Gu nu mu zde daha hızlı, kolay uygulanabilir, yu ksek duyarlılık ve o zgu llu g e sahip yeni tanı yo ntemleri tercih edilmektedir. Bu çalışmada çeşitli klinik o rneklerden izole edilen Aspergillus tu rlerinin; geleneksel yo ntemler, MALDI-TOF MS sistemi ve DNA dizi analizi yo ntemi kullanılarak tanımlanması ve bu yo ntemlerin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Yo ntemler: Bu çalışmada çeşitli klinik o rneklerden izole edilen toplam 50 Aspergillus izolatı çalışmaya dahil edildi. Aspergillus suşlarından 2 tanesi kontaminasyondan dolayı çalışma dışı bırakıldı. Bulgular: Çalışmamızda referans tanımlama yo ntemi olarak kullandıg ımız ITS bo lgesinin dizi analiziyle, suşların 25 tanesi A.fumigatus tu r kompleksi (%52,08), 17'si A.flavus tu r kompleksi (%35,42), 3'u A.niger tu r kompleksi (%6,25), 2'si A.terreus tu r kompleksi (%4,17), 1'i A.sydowii tu r kompleksi (%2,08) olarak tanımlandı. Altın standart yo ntemin dizi analizi olduğu ve geleneksel yöntem ile karşılaştırıldığında %97,9 uyum olduğu gözlendi. İki farklı yazılım kullandığımız MALDI-TOF MS sisteminde ise güncel IVD (invitro diagnostik) VITEK MS V.2.0 yazılımı ile doğru tanımlanan köken 37(%77,1) iken SARAMIS 4.12 RUO yazılımı ile doğru tanımlanan köken 42(%87,5) olarak bulundu. Sonuç: Moleküler yöntemler, geleneksel yöntemlerin yetersiz kaldığı ve tür tanımının yapılamadığı durumlarda tamamlayıcı yöntem olarak kullanılabilir. Zaman açısından değerlendirildiğinde MALDI-TOF yöntemi hızlı ve duyarlı bir yöntem olmasına rağmen veri tabanının geliştirilmesi amacıyla suş sayısının arttırılarak bu tür çalışmaların tekrarlanması gerekir.
İstanbul Tıp Fakültesi Dergisi, 2021
Son yıllarda Candida türlerine bağlı enfeksiyon oranlarında artış gözlenmesi ve antifungal duyarlılık sonuçlarının türlere göre farklılıklar sergilemesi gibi nedenlerle, Candida izolatlarının hızlı ve doğru bir şekilde tür düzeyinde tanımlanması gerekli hale gelmiştir. Bu çalışmada, MALDI-TOF MS yönteminin, geleneksel ve moleküler yöntemler ile tür düzeyinde tanımlanmış ve uzun süre-20°C'de saklanmış Candida klinik izolatlarını tanımlamadaki etkinliğini araştırmak amaçlanmıştır.
Çeşitli örneklerden izole edilen Candidaların tür dağılımı ve antifungal direnç oranları
TURKISH JOURNAL of CLINICS and LABORATORY, 2018
Amaç: Bu çalışmada Bozok Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesi'ne başvuran hastalara ait çeşitli klinik örneklerden izole edilen Candidaların tür dağılımları ve antifungal duyarlılık oranlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: Ekim 2014-Ocak 2016 tarihleri arasında Candida türleri izole edilen 42 adet klinik örnek retrospektif olarak değerlendirildi. İzolatların tanımlanmasında germ tüp testi ile ticari VITEK 2 Compact® (Biomerieux, France) maya identifikasyon sistemi kullanıldı. İzolatların antifungal duyarlılıkları flukonazol, vorikonazol, kaspofungin, mikafungin, amfoterisin B ve flusitozin antifungallerini içeren disposable VITEK 2 AST YS02 test kartları kullanılarak belirlendi. Bulgular: Çeşitli klinik örneklerden toplam 42 Candida türü izole edildi. C. albicans % 66,7 ile en sık soyutlanan tür olurken, non-albicans türler %33,3 oranında saptandı. C.albicans'ı sırasıyla C.glabrata (%11,9), C.kefyr (%7,1), C.tropicalis (%4,8), C.famata (%2,4), C.krusei (%2,4), C.lusitaniae (%2,4) ve C.spherica (%2,4) izledi. Tüm izolatların antifungal direnç oranları sırasıyla; flukonazol %14, flusitozin %3, vorikonazol %6, amfoterisin-B %5, kaspofungin %6, mikafungin %3 oranları belirlendi. C.albicans izolatlarında flukonazol direnç oranı %11 olarak saptandı. C.kefyr, C.lusitaniae ve C.tropicalis izolatlarında mevcut antifungallere direnç görülmedi. C.glabrata'nın antifungal direnç oranı diğer Candida türlerine göre daha yüksekti. Sonuçlar: Çalışmamızda en sık izole edilen C.albican'tan sonra gelen C.glabrata izolatlarının diğer Candida türlerine göre antifungal direncinin daha yüksek olduğu saptanmıştır. Son yıllarda non-albicans türlerin ve antifungal direnç oranlarının artması sebebiyle Candidaların tür düzeyinde tanımlanması ve antifungal duyarlılık testlerinin yapılmasının gerekliliği düşünülmektedir.
Türk Mikrobiyoloji Cemiyeti Dergisi, 2021
Objective: Candida parapsilosis species complex and Lodderomyces elongisporus may have differences in terms of their virulence, prevalence, and antifungal susceptibility profiles. These species are difficult to identify with biochemical methods. Therefore, there is a need for more efficient identification methods in terms of time, cost, and applicability. This study aims to evaluate the diagnostic performance of the MALDI-TOF MS method in discriminating between isolates belonging to the C. parapsilosis species complex and L. elongisporus. Method: In the current study, a total of 32 reference strains, including the C. parapsilosis (n=8), Candida orthopsilosis (n=7), Candida metapsilosis (n=6), and L. elongisporus (n=11) species were identified using the MALDI-TOF MS method. Results: The species names of 31 (93.7%) isolates belonging to the C. parapsilosis species complex and L.elongisporus were correctly identified. Twenty four isolates including eight (100%) C. parapsilosis, five (8...
DergiPark (Istanbul University), 2022
Hastane kaynaklı enfeksiyonların en önemli sebeplerinden biri olan Candida türleri, kan kültürlerinde en sık izole edilen mantarlardan biridir. Bu çalışmanın amacı pandemi döneminde kan kültürlerinden izole edilen Candida türlerinin dağılımının ve antifungal duyarlılığının değerlendirilmesidir. Selçuk Üniversitesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvurına gönderilen kan kültürleri Ocak 2020-Temmuz 2022 tarihleri arasında geriye dönük olarak incelenmiştir. Tür tanımlaması ve antifungal duyarlılık testleri için VITEK 2 Compact® sistemi kullanılmıştır. Araştırma sonuçlarına göre Candida albicans 36 (%42.8), Candida parapsilosis 24 (%28.6), Candida glabrata 13 (%15.5), Candida tropicalis 5 (%5.9), Candida krusei (Issatchenkia orientalis) 4 (%4.8), Candida guilliermondii (Meyerozyma guilliermondii) 1 (%1.2) ve Candida sphaerica 1 (%1.2) izolatta saptanmıştır. Ayrıca, çalışmada en yüksek direnç caspofungine (%7.4) saptanırken, en düşük antifungal direnç amfoterisin B'ye (%1.8) karşı belirlenmiştir. Sonuç olarak özellikle yenidoğanlarda, yoğun bakım ünitelerinde tedavi gören hastalarda Candida türlerinin tiplendirilmesi ve antifungal duyarlılıklarının belirlenmesi, tedaviye yön vermesi açısından önemlidir.
Mikrobiyoloji Bulteni
Kandidemili olgularda en kısa sürede uygun tedavinin başlanması, sağkalımı etkilemekte ve patojenin tür düzeyinde erken tanımlanması, Candida türlerinde görülen türe özgü primer direnç ve değişken antifungal duyarlılık profilleri nedeniyle önem taşımaktadır. Son yıllarda moleküler temelli yeni yöntemler, kan kültüründe pozitif sinyalin alınmasıyla etkenin konvansiyonel yöntemlerle tanımlanması arasında kaybedilen zamanı azaltmaya çalışmaktadır. Bu yöntemlerden biri olan PNA-FISH (Peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization), sık izole edilen bazı Candida türlerinin kan kültüründe üremesini takiben, gruplar halinde ayırt edilebilmesine olanak sağlamaktadır. Bu çalışmanın amacı, maya üreyen kan kültürlerinde PNA-FISH yöntemiyle hızlı tür tanımlamasının konvansiyonel tanımlama yöntemleriyle uyumunun ve antifungal tedavi seçimine etkisinin araştırılmasıdır. Çalışmaya Ağustos-Aralık 2013 tarihlerinde pozitif sinyal alınan kan kültürlerinden Gram boyama yöntemiyle maya saptanan erişkin olgulara ait örnekler alınmıştır. Şişelerden eş zamanlı olarak "Yeast Traffic Light" PNA-FISH yöntemiyle hızlı tür tanımlaması ile katı besiyerine ekim ve üreme sonrası konvansiyonel yöntemlerle tanımlama (germ tüp testi, ID32C ve mısır unlu Tween 80 agarda morfolojik inceleme) yapılmıştır. "Yeast Traffic Light" PNA-FISH yöntemiyle,
2018
Amac: Bu calismanin amaci kankulturlerinden izole edilen Candida albicans ve albicans disi Candida suslarinda cesitli virulans faktorlerinin degerlendirilmesi ve bu suslarin antifungal duyarliliklarin saptanmasi amaclanmistir. Gerec ve Yontem: Bu calismada kan kulturlerinden izole edilen 34 Candida susu fosfolipaz, esteraz, hemolitik aktivite, slime uretimleri ve antifungal duyarlilik acisindan degerlendirilmistir. Calismaya kontrol grubu olarak, saglikli bireylerin oral florasindan izole edilen 39 Candida susu dahil edilmistir. Bulgular: Izole edilen 34 kandida susunun 15’i Candidaalbicans , 9’u Candida parapsilosis , 2’si Candida tropicalis , 3’u Candida glabrata , 2’si Candida famata , 1’i Candida sake , 1’i Candida krusei ve 1’ si Candida kefyr olarak tespit edilmistir. C.albicans suslarinda fosfolipaz, esteraz, β hemolitik aktivite ve slime uretimleri sirasiyla %93.3 %73.3 %93.3 ve %6.6, albicans disi Candida suslarinda ise %73.6 ,%21, %68.4 ve %26.3 olarak tespit edilmist...
Candida albicans suşlarının Moleküler Yöntemler Kullanılarak Tanımlanması
DergiPark (Istanbul University), 2017
Özet : İnvaziv mantar hastalıklarına sebep olan türlerin tanımlanmasında direkt mikroskobik inceleme ve kültüre alma metotları halen oldukça kullanışlı olmasına rağmen uygulamada zorluklar içerirler. Günümüzde, direkt mikroskobik inceleme ve kültüre alma metotlarının yerine mantar türlerinin tanımlanmasında kesin sonuçlar veren moleküler genetik metotlar kullanılmaktadır. Bu nedenle bu çalışmada bir mantar türü olan Candida albicans suşlarının genotiplerinin belirlenmesinde mikrobiyolojik ve moleküler genetik metotlar birlikte kullanılmıştır. Çalışmada, Bakırköy Dr. Sadi Konuk Eğitim ve Araştırma Hastanesi'nde, 0 ile 78 yaş arasındaki yatan hastalardan 150 klinik örnek (kan, idrar, balgam ve diş, ağız içi ve vajinal mukozalar) alınmıştır. Kontrol türleri olarak Candida albicans ATCC 90028, Candida krusei ATCC 6258 ve Candida parapsilosis ATCC 22019 kullanılmıştır. Çalışmanın sonuçları, ARG4 primerinin Candida dubliniensis'in tanımlanmasında önemli olduğu ispatlanmıştır. Candida albicans'ın virulens suşlarını tanımlamak için HIS1-2 primeri amplifikasyonlarda kullanılmıştır. C. albicans ATCC 90028 ve diğer C. albicans suşları arasında bir fark gözlenmemiştir. Sadece bir tane örneğin C. dubliniensis olma ihtimalinden dolayı p< 0.05 olarak gösterilmiştir.
Ege Tıp Dergisi, 2017
Amaç: İnvaziv girişimlerin artışı, geniş spektrumlu antibiyotiklerin kullanımı, immunsüpresif tedavilerin yaygınlaşması, kemik iliği baskılanması ve nötropeni gibi faktörler, ciddi fungal enfeksiyonların, özellikle Candida enfeksiyonlarının sıklığını arttırmaktadır. Bu artış kandidaların virülans faktörlerine dikkati çekmiştir. Biyofilm oluşturma kapasitesi önemli virülans faktörlerinden biridir. Çalışmamızda klinik örneklerden soyutlanan Candida türlerinde iki farklı yöntem ile biyofilm oluşumunu saptamayı amaçladık.