Aspectos metodológicos no reuso de ontologias: um estudo a partir das anotações genômicas no domínio dos tripanosomatídeos (original) (raw)
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Reciis, 2009
Resumo: Nos últimos anos tem havido um impulso no número de ontologias produzidas, refletindo um contínuo amadurecimento dos esforços de desenvolvimento de vocabulários, em especial na área de Biomedicina, caracterizada como um domínio inter e multidisciplinar e de temática complexa. Entretanto, apesar de haver propostas metodológicas e de melhores práticas sobre como organizar a estrutura terminológica de ontologias e de suas relações, pouco se explica sobre os métodos adotados para o levantamento terminológico do seu domínio e da delimitação de seu escopo, especialmente considerando o reuso de ontologias. O objetivo desse trabalho é apresentar as bases da Ciência da Informação e da Computação para atividades de reuso em ontologias, como um passo metodológico para a aquisição de conhecimento, visando possibilitar mecanismos para o mapeamento e alinhamento de termos em ontologias no domínio dos Tripanosomatídeos. .
Resumo: Nos últimos anos tem havido um impulso no número de ontologias produzidas, refletindo um contínuo amadurecimento dos esforços de desenvolvimento de vocabulários, em especial na área de Biomedicina, caracterizada como um domínio inter e multidisciplinar e de temática complexa. Entretanto, apesar de haver propostas metodológicas e de melhores práticas sobre como organizar a estrutura terminológica de ontologias e de suas relações, pouco se explica sobre os métodos adotados para o levantamento terminológico do seu domínio e da delimitação de seu escopo, especialmente considerando o reuso de ontologias. O objetivo desse trabalho é apresentar as bases da Ciência da Informação e da Computação para atividades de reuso em ontologias, como um passo metodológico para a aquisição de conhecimento, visando possibilitar mecanismos para o mapeamento e alinhamento de termos em ontologias no domínio dos Tripanosomatídeos. .
Encontros Bibli: revista eletrônica de biblioteconomia e ciência da informação, 2012
Obter conhecimento especializado de um dado domínio do conhecimento é um desafio para diversos campos científicos. Em áreas correlatas às ciências da vida a terminologia é abrangente e complexa sujeita a diferentes interpretações para termos especializados. Esse tipo de problema, dentre outros relacionados, tem sido abordado há anos pela Ciência da Informação. O objetivo geral do presente trabalho é buscar alternativas para minimizar a distância entre o que o especialista tem a oferecer e aquilo que é de fato registrado como o que ele sabe. Para tal, foi proposto um roteiro para elicitação de conhecimento, para obtenção de conhecimento especializado sobre Mielopatia associada ao HTLV I. O universo empírico de dados corresponde à participação de pesquisadores do Grupo de Pesquisa em HTLV-GIPH, bem como a sua produção científica. Uma contribuição evidente da pesquisa é o roteiro metodológico descrito, que possibilitou a obtenção dos principais termos do domínio, candidatos à ontologia. PALAVRAS-CHAVE: Aquisição de conhecimento. Expertise. Conhecimento especializado. Terminologia biomédica. Construção de ontologias.
Reengenharia e ontologias: análise e aplicação
WWS'2004 I Workshop …, 2004
Ontologies are a basic building block of the Semantic Web. An ontology presents a common vocabulary of a certain domain, defining precisely the meaning and relationships between its terms. As a consequence, a great number of researchers are working in method and techniques to build ontologies through automatic or semi-automatic processes, which perform knowledge acquisition from texts, dictionaries and structured and semi-structured knowledge bases. On the other hand, reverse engineering, when applied to software engineering, uses a collection of theories, methodologies and techniques to support information abstraction and extraction from a piece of software. This paper presents a preliminary proposal, which uses reverse engineering techniques applied to ontology engineering, whose goal is to reduce the time consuming task of ontology creation. * Parcialmente financiado pelo CNPq, proc. 301041/95-4.
Encontros Bibli: revista eletrônica de biblioteconomia e ciência da informação, 2012
Obter conhecimento especializado de um dado domínio do conhecimento é um desafio para diversos campos científicos. Em áreas correlatas às ciências da vida a terminologia é abrangente e complexa sujeita a diferentes interpretações para termos especializados. Esse tipo de problema, dentre outros relacionados, tem sido abordado há anos pela Ciência da Informação. O objetivo geral do presente trabalho é buscar alternativas para minimizar a distância entre o que o especialista tem a oferecer e aquilo que é de fato registrado como o que ele sabe. Para tal, foi proposto um roteiro para elicitação de conhecimento, para obtenção de conhecimento especializado sobre Mielopatia associada ao HTLV I. O universo empírico de dados corresponde à participação de pesquisadores do Grupo de Pesquisa em HTLV-GIPH, bem como a sua produção científica. Uma contribuição evidente da pesquisa é o roteiro metodológico descrito, que possibilitou a obtenção dos principais termos do domínio, candidatos à ontologia. PALAVRAS-CHAVE: Aquisição de conhecimento. Expertise. Conhecimento especializado. Terminologia biomédica. Construção de ontologias.
2023
Esta pesquisa objetivou discutir os vieses metafísico-ontológicos subjacentes a diferentes programas de pesquisa na história da sistemática biológica, ressaltando a importância das mudanças metafísicas concatenadas pelo entomólogo Willi Hennig, o pai da sistemática filogenética. Por isso, foi utilizado como eixo comparativo o contraste entre diferentes casos da sistemática biológica pré-hennigiana e o caso particular da sistemática filogenética hennigiana. Após uma introdução que trata da validade da metafísica da biologia como disciplina autêntica, na filosofia contemporânea, a justificativa da importância de analisar o caso hennigiano é apresentada, mostrando como é só através dele que a sistemática biológica se adequa aos desafios metafísicos postos pela teoria evolutiva darwiniana. Antes de analisar vieses metafísico-ontológicos, a dissertação passa por um exame filosófico mais geral da sistemática biológica, que problematiza tanto a sua relação com atos classificatórios num sentido mais universal, quanto a sua própria definição como ciência, em vista de algumas imprecisões ainda correntes na literatura. Das diferentes dimensões filosóficas desta ciência, a sua dimensão metafísica é discutida em maior detalhe, servindo de âncora para um exercício analítico multifacetado, que começa pela narrativa e discussão de um experimento mental intitulado “Parque Exobiótico”, que ressalta a incontornabilidade do uso de vieses metafísico-ontológicos por sistematas, usando uma ficção que possibilita a integração de diferentes “sistemáticas biológicas” possíveis, desenvolvidas com referência a diferentes semaforontes provenientes de diferentes biotas possíveis. Posteriormente, os vieses metafísico-ontológicos da sistemática biológica são discutidos no âmbito de sua própria historiografia, tomando como objetos as sistemáticas biológicas aristotélica, cristianizada, fenética e a transformista. Para além de ressaltar os vieses singulares a cada um destes programas de pesquisa, que refletem como é inadequado cobrir toda esta diversidade sob o guarda-chuva do “essencialismo” ou do “pensamento tipológico” (referindo-se a uma carga metafísica única subjacente a toda história natural), também é discutido como toda esta diversidade, num sentido frouxo, está unida através de um ancoramento numa ontologia de substâncias. Num terceiro momento, uma análise mais profunda é executada, focada apenas nos vieses da sistemática filogenética hennigiana. Ela se dá em dois movimentos, um decomposicional e um sintético. O decomposicional envolveu a extração e discussão de vieses provenientes de importações metafísico-ontológicas centrais, periféricas ou mesmo de vieses usados como contraposições. Constatou-se a importância de noções como as de “individualidade transtemporal dos táxons” (Nicolai Hartmann), “relacionalidade multidimensional de entidades integradas causalmente” (Georg Theodor Ziehen), “hierarquia mereológica de partição” (Joseph Henry Woodger), e a de “emergentismo organicista-processualista” (Ludwig von Bertalanffy). Como resultado da execução do movimento sintético, evidenciou-se como tais vieses centrais estão interconectados, tanto entre si quanto com os periféricos, na estruturação de um panorama de alta coerência interna, capaz de acomodar os desafios metafísicos que surgem da necessidade de lidar com entidades biológicas fluidas num âmbito relacional. A dissertação finaliza com uma breve comparação entre estes vieses e aqueles subjacentes a sistemática biológica lineana, ressaltando o alto grau de incompatibilidade existente entre os dois, e como isso mina algumas tentativas contemporâneas de reconciliação entre tais abordagens.
As ontologias clássicas e a Web Semântica
RESUMO: O conceito de ontologias se desenvolveu historicamente acompanhando as diversas áreas do saber, as quais se organizaram em determinadas épocas do pensamento humano. Assim, fazer uma análise pormenorizada das ontologias de cada época e relacioná-las ao pensamento é fundamental para o entendimento da dinâmica do próprio conhecimento. Além disto, este estudo visa auxiliar na elaboração das ontologias atuais a partir das relações existentes em determinadas áreas de domínio, sendo possível a ampliação até a análise de áreas temáticas para a web semântica. O objetivo neste trabalho é conceituar três grandes sistemas de ontologias (Aristóteles, Jacob Lorhard e Leibniz-Wolff) e estabelecer a relação destes com a evolução das ontologias e os conceitos da web semântica atuais. Palavras-chave: ontologias clássicas; web semântica; ontologias atuais
Processo de desenvolvimento de ontologias: uma proposta e uma ferramenta
Processo de desenvolvimento de ontologias: uma proposta e uma ferramenta Resumo Ontologias são um importante meio de representar, formalizar e compartilhar conhecimento. No contexto da Engenharia de Ontologias, várias metodologias para desenvolver ontologias são propostas, cada qual com suas características e potencialidades em relação ao ciclo de vida de ontologias. Por falta de um consenso, prega-se na literatura que uma combinação das melhores práticas metodológicas torna-se pertinente para atender a todo processo de ontologia. Mediante o estudo de algumas metodologias é abstraído um conjunto de elementos para o projeto de ontologias, atentando às características de expressividade e funcionalidade destes elementos. Como resultado do estudo tem-se a definição de um processo para o desenvolvimento de ontologias, o qual prima pelas atividades de especificação, conceitualização, formalização, implementação e validação de ontologias e a utilização de ambientes computacionais. Validou-se o processo proposto perante a sua utilização em pesquisas exploratórias de projetos de ontologias e a implementação de uma ferramenta computacional de apoio, a ontoKEM. Palavras-chave: Processo para desenvolvimento de ontologias. Projeto de ontologias. Engenharia de Ontologias. Ontologias. OntoKEM.