Oddělení dějin středověku dějiny středověku s akcentem na vývoj českých a středoevropských dějin a historická geografie se zaměřením na vývoj krajiny od historických počátků do moderní doby
Oddělení dějin raného novověku výzkum politických, náboženských, kulturních, intelektuálních a vzdělanostních dějin 16.–18. století s hlavním zaměřením na země České koruny vnímané jako integrální součást habsburské monarchie a středoevropského prostoru
Oddělení moderních kulturních a sociálních dějin výzkum sociálních, hospodářských a každodenních dějin českých zemí v období od konce 18. století do moderní doby v kontextu vývoje habsburské monarchie a soudobého politického uspořádání střední, východní a jihovýchodní Evropy
Oddělení moderních transnacionálních a intelektuálních dějin výzkum dějin českých zemí a Československa v kontextu evropských dějin 19. a 20. století
