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オープンリーディングフレーム

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オープンリーディングフレーム

出典: フリー百科事典『ウィキペディア(Wikipedia)』 (2023/01/10 16:28 UTC 版)

分子遺伝学において、オープンリーディングフレーム: open reading frame、ORF)とは、翻訳される能力を持つリーディングフレームの部分のことである[1]。ORFとは、開始コドン(通常はAUG)で始まり、終止コドン(通常はUAA、UAG、UGA)で終わるコドンの連続した一続きである[2]。ORF(必ずしも最初のものとは限らない)内のATGコドン(RNAで言うAUG)は、翻訳が開始される場所を示している可能性がある。転写終結部位は、ORFの後に、翻訳終止コドンの先にある。もし、転写が終止コドンの手前で止まると、翻訳時に不完全なタンパク質が作られる[3]。複数のエクソンを持つ真核生物遺伝子では、転写後にイントロンが除去され、エクソンが結合されて、タンパク質翻訳のための最終的なmRNAが生成される。イントロンには終止コドンが含まれていたり、リーディングフレーム間のずれが発生する可能性があるため、遺伝子予測(英語版)(gene prediction)においては、ORFの開始-終止の定義は、ゲノムDNAではなく、スプライスされたmRNAにのみ適用される。別の定義は、ORFは3で割り切れる長さを持ち、終止コドンで囲まれた配列である[4][5]。この、より一般的な定義は、トランスクリプトミクスおよび(または)メタゲノミクスの分野においても有用であり、得られた配列に開始コドン/終止コドンが存在しない場合もある。このようなORFは、完全な遺伝子ではなく、遺伝子の一部に対応する。

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  19. ^ Singh, Urminder (2021-02-13), urmi-21/orfipy, https://github.com/urmi-21/orfipy 2021年2月13日閲覧。

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