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APAF1
PDBに登録されている構造PDBオルソログ検索: RCSB PDBe PDBj PDBのIDコード一覧1C15, 1CWW, 1CY5, 1Z6T, 2P1H, 2YGS, 3J2T, 3YGS, 4RHW, 3JBT
識別子
記号 APAF1, APAF-1, CED4, apoptotic peptidase activating factor 1
外部ID OMIM: 602233 MGI: 1306796 HomoloGene: 7626 GeneCards: APAF1
遺伝子の位置 (ヒト)染色体12番染色体 (ヒト)[1]バンドデータ無し開始点98,645,290 bp[1]終点98,735,433 bp[1]
遺伝子の位置 (マウス)染色体10番染色体 (マウス)[2]バンドデータ無し開始点90,989,311 bp[2]終点91,082,770 bp[2]
RNA発現パターンさらなる参照発現データ
遺伝子オントロジー分子機能• heat shock protein binding• ADP binding• 血漿タンパク結合• identical protein binding• ATP binding• ヌクレオチド結合• cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process細胞の構成要素• 細胞質• 細胞質基質• エキソソーム• 細胞核• アポトソーム• 細胞外領域• secretory granule lumen• ficolin-1-rich granule lumen• 高分子複合体生物学的プロセス• cellular response to transforming growth factor beta stimulus• neuron apoptotic process• regulation of apoptotic process• 細胞分化• response to hypoxia• response to nutrient• response to G1 DNA damage checkpoint signaling• 老化• positive regulation of apoptotic signaling pathway• glial cell apoptotic process• 神経系発生• 多細胞個体の発生• cardiac muscle cell apoptotic process• intrinsic apoptotic signaling pathway• intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress• neural tube closure• 脳発生• positive regulation of apoptotic process• apoptotic signaling pathway• 前脳発生• regulation of apoptotic DNA fragmentation• protein homooligomerization• activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process• activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c• アポトーシス• neutrophil degranulation• negative regulation of G0 to G1 transition• 腎臓発生出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
種 ヒト マウス
Entrez 317 11783
Ensembl ENSG00000120868 ENSMUSG00000019979
UniProt O14727 O88879
RefSeq(mRNA) NM_001160NM_013229NM_181861NM_181868NM_181869 NM_001042558NM_001282947NM_009684
RefSeq(タンパク質) NP_001151NP_037361NP_863651NP_863658NP_863659 NP_001036023NP_001269876NP_033814
場所(UCSC) Chr 12: 98.65 – 98.74 Mb Chr 12: 90.99 – 91.08 Mb
PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
閲覧/編集 ヒト閲覧/編集 マウス

APAF1（apoptotic peptidase activating factor 1）はアポトーシスに関与するタンパク質で、線虫_Caenorhabditis elegans_のCED-4のヒトホモログである[5][6][7]。

機能

_APAF1_遺伝子は、アポトーシス調節ネットワークの中心的なハブの1つを形成する細胞質タンパク質をコードする。APAF1タンパク質は（N末端から）CARDドメイン（英語版）、ATPアーゼドメイン（NB-ARC）、短いヘリカルドメイン、そして数個のWD40リピートドメインを含む。シトクロムcとdATPの結合に伴って、オリゴマーからなるアポトソーム（英語版）を形成する。アポトソームはカスパーゼ-9前駆体を結合して切断し、成熟した活性化型として放出する。この反応の正確な機構については未だ議論があるが、アポトソームはカスパーゼ-9の二量体化を誘導し、その後に自己触媒が行われることが示唆されている[8]。活性化されたカスパーゼ-9はその後カスパーゼカスケードを刺激し、細胞をアポトーシスに従事させる。

選択的スプライシングによって、異なるアイソフォームをコードする7種類のバリアントが産生される[5]。

構造

APAF1は6本のヘリックスからなるグリークキーモチーフを持つCARDドメイン、ロスマンフォールド型のヌクレオチド結合ドメイン、短いヘリカルモチーフ、ウィングドヘリックス（winged-helix）ドメインを含む[9]。

相互作用

APAF1は次に挙げる因子と相互作用することが示されている。

出典

  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000120868 - Ensembl, May 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000019979 - Ensembl, May 2017
  3. ^ Human PubMed Reference:
  4. ^ Mouse PubMed Reference:
  5. ^ a b “Entrez Gene: APAF1 apoptotic peptidase activating factor 1”. 2021年11月7日閲覧。
  6. ^ “Apaf-1, a human protein homologous to C. elegans CED-4, participates in cytochrome c-dependent activation of caspase-3”. Cell 90 (3): 405–13. (Aug 1997). doi:10.1016/S0092-8674(00)80501-2. PMID 9267021.
  7. ^ “Assignment of apoptotic protease activating factor-1 gene (APAF1) to human chromosome band 12q23 by fluorescence in situ hybridization”. Cytogenetics and Cell Genetics 87 (3–4): 252–3. (1999). doi:10.1159/000015436. PMID 10702682.
  8. ^ “The apoptosome activates caspase-9 by dimerization”. Molecular Cell 22 (2): 269–75. (Apr 2006). doi:10.1016/j.molcel.2006.03.009. PMID 16630894.
  9. ^ “Structure of the apoptotic protease-activating factor 1 bound to ADP”. Nature 434 (7035): 926–33. (Apr 2005). doi:10.1038/nature03465. PMID 15829969.
  10. ^ a b “Induced inhibition of ischemic/hypoxic injury by APIP, a novel Apaf-1-interacting protein”. The Journal of Biological Chemistry 279 (38): 39942–50. (Sep 2004). doi:10.1074/jbc.M405747200. PMID 15262985.
  11. ^ a b “Bcl-XL interacts with Apaf-1 and inhibits Apaf-1-dependent caspase-9 activation”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 95 (8): 4386–91. (Apr 1998). doi:10.1073/pnas.95.8.4386. PMC 22498. PMID 9539746. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC22498/.
  12. ^ a b “Caspase-9, Bcl-XL, and Apaf-1 form a ternary complex”. The Journal of Biological Chemistry 273 (10): 5841–5. (Mar 1998). doi:10.1074/jbc.273.10.5841. PMID 9488720.
  13. ^ “Cytochrome c and dATP-dependent formation of Apaf-1/caspase-9 complex initiates an apoptotic protease cascade”. Cell 91 (4): 479–89. (Nov 1997). doi:10.1016/s0092-8674(00)80434-1. PMID 9390557.
  14. ^ a b “A novel enhancer of the Apaf1 apoptosome involved in cytochrome c-dependent caspase activation and apoptosis”. The Journal of Biological Chemistry 276 (12): 9239–45. (Mar 2001). doi:10.1074/jbc.M006309200. PMID 11113115.
  15. ^ “Negative regulation of the Apaf-1 apoptosome by Hsp70”. Nature Cell Biology 2 (8): 476–83. (Aug 2000). doi:10.1038/35019510. PMID 10934467.

関連文献

外部リンク