Patrick Mouguiama-Daouda | Université Omar BONGO (original) (raw)
Papers by Patrick Mouguiama-Daouda
Current Biology
African rainforests support exceptionally high biodiversity and host the world's largest numb... more African rainforests support exceptionally high biodiversity and host the world's largest number of active hunter-gatherers [1-3]. The genetic history of African rainforest hunter-gatherers and neighboring farmers is characterized by an ancient divergence more than 100,000 years ago, together with recent population collapses and expansions, respectively [4-12]. While the demographic past of rainforest hunter-gatherers has been deeply characterized, important aspects of their history of genetic adaptation remain unclear. Here, we investigated how these groups have adapted-through classic selective sweeps, polygenic adaptation, and selection since admixture-to the challenging rainforest environments. To do so, we analyzed a combined dataset of 566 high-coverage exomes, including 266 newly generated exomes, from 14 populations of rainforest hunter-gatherers and farmers, together with 40 newly generated, low-coverage genomes. We find evidence for a strong, shared selective sweep among all hunter-gatherer groups in the regulatory region of TRPS1-primarily involved in morphological traits. We detect strong signals of polygenic adaptation for height and life history traits such as reproductive age; however, the latter appear to result from pervasive pleiotropy of height-associated genes. Furthermore, polygenic adaptation signals for functions related to responses of mast cells to allergens and microbes, the IL-2 signaling pathway, and host interactions with viruses support a history of pathogen-driven selection in the rainforest. Finally, we find that genes involved in heart and bone development and immune responses are enriched in both selection signals and local hunter-gatherer ancestry in admixed populations, suggesting that selection has maintained adaptive variation in the face of recent gene flow from farmers.
Nature Communications, 2015
The distribution of deleterious genetic variation across human populations is a key issue in evol... more The distribution of deleterious genetic variation across human populations is a key issue in evolutionary biology and medical genetics. However, the impact of different modes of subsistence on recent changes in population size, patterns of gene flow, and deleterious mutational load remains to be fully characterized. We addressed this question, by generating 300 high-coverage exome sequences from various populations of rainforest hunter-gatherers and neighboring farmers from the western and eastern parts of the central African equatorial rainforest. We show here, by model-based demographic inference, that the effective population size of African populations remained fairly constant until recent millennia, during which the populations of rainforest hunter-gatherers have experienced a ~75% collapse and those of farmers a mild expansion, accompanied by a marked increase in gene flow between them. Despite these contrasting demographic patterns, African populations display limited differe...
Prix du numéro: 60 francs (+ frais de port pour l'étranger) Payable par chèque établi à l&ap... more Prix du numéro: 60 francs (+ frais de port pour l'étranger) Payable par chèque établi à l'ordre de: Madame l'Agent comptable de l'Université Lyon 2 à envoyer à l'adresse ci-dessus. PHOLIA PHOLIA (ISSN 0992-4396) est une publication annuelle qui rassemble des contributions consacrées à la PHOnétique et à la LInguistique Africaine. Elle contient des articles écrits en français ou en anglais par les membres du Laboratoire de Phonétique et Linguistique Africaine (LAPHOLIA) ou par des chercheurs dont les travaux sont directement liés aux projets du laboratoire. Cette équipe, implantée à l'Université Lumière-Lyon 2, fait partie du LACITO (Laboratoire des Langues et Civilisations à Tradition Orale, UPR 3-121 du CNRS) et collabore avec le GRECO Communication Parlée. Les thèmes de recherche de l'équipe sont:- l'analyse interne et comparative des langues bantu;- la phonétique expérimentale comme aide à la décision phonologique: application aux systèmes ...
L’objet de cet article est de montrer comment différents éléments de l’écosystème interviennent d... more L’objet de cet article est de montrer comment différents éléments de l’écosystème interviennent dans la catégorisation et dans la dénomination des organismes vivants. De même, les relations particulières que les organismes vivants entretiennent les uns avec les autres contribuent à leur reconnaissance. Il est aussi envisagé comment les changements de milieu naturel conduisent les êtres humains à modifier leur connaissance ethnobiologique. Dans ces cas, l’étude de l’évolution sémantique peut mettre en évidence les changements de biotope. Plus généralement, on constate que la connaissance ethnobiologique est un témoin de la durée d’implantation d’une population dans un environnement donné. Mots- clés
Comme celle des poissons, l’étude des noms d’oiseaux dans un groupe de langues bantu s’est avérée... more Comme celle des poissons, l’étude des noms d’oiseaux dans un groupe de langues bantu s’est avérée particulièrement difficile. A la différence des mammifères, les oiseaux et les poissons n’ont pas suscité un réel enthousiasme chez les
Les systemes vocaliques les plus courants sont de deux ordres avec 3 ou 4 degreàs d’aperture ant ... more Les systemes vocaliques les plus courants sont de deux ordres avec 3 ou 4 degreàs d’aperture ant post 1 i u 2 e o 3 a ant post 1 i u 2 e o 3 á ó 4 a On a des systeèmes de deux ordres aè trois degreàs complexes comme en tswana: ant post 1 i u 2 3 e/á o/ó 4 a
Cette étude est une présentation des principes de dénomination, des indices de catégorisation et ... more Cette étude est une présentation des principes de dénomination, des indices de catégorisation et des croyances relatives aux oiseaux en lembaama. Plus de la moitié de la soixantaine des désignations attestées dans cette langue du Gabon est constituée de lexèmes simples. Il y a également des lexèmes complexes; la grande majorité d’entre eux sont des indices de catégorisation et apparaissent sous la forme [Nom1-Nom2]. Le premier terme est un générique désignant une « sorte d’oiseau » ; le second est un spécificateur déterminant précisément l’organisme. D’autres éléments de la langue constituent des indices de catégorisation, notamment la polysémie et les phonesthèmes, couples de mots se différenciant par un minimum de marques formels corrélés à des nuances sémantiques. En lembaama, les catégories ne sont pas toujours verbalisées, c’est pourquoi il faut recourir à d’autres critères pour révéler certains regroupements (interdit alimentaire, anthroponymie gémellaire, etc.). Dans la mesur...
Cette etude essaye d'apporter des reponses aux problemes des migrations bantoues. Nous faison... more Cette etude essaye d'apporter des reponses aux problemes des migrations bantoues. Nous faisons d'abord le point sur les acquis de la linguistique historique, notamment en bantouistique. Le corpus est constitue de noms de poissons. Nous degageons ensuite des principes generaux de classification populaire. Nous procedons aussi a l'etude de l'evolution des systemes phonologiques et des prefixes nominaux des langues du Gabon par rapport au proto-bantou. Enfin nous procedons a la comparaison des items lexicaux, apres les avoir examines par rapport aux regles historiques des langues ou ils sont attestes. Finalement trois aires de denominations sont degagees : le nord, le sud, le sud-est. D'une maniere generale, elles recoupent le sens des migrations revele par l'archeologie et la tradition orale.
This study is a presentation of the principles of denomination, the indices of categorization and... more This study is a presentation of the principles of denomination, the indices of categorization and beliefs about names of birds in Lembaama of Gabon, a language that presents sixty names of birds. More than half of these designations are composed of simple lexemes. Other lexemes have a complex structure. The vast majority of names in complex terms are indicators of categorization and appear as [Noun1, Noun 2]; the first term is a generic one which means "a kind of bird" while the second term is the one that specifies, determines the organism. Other elements of the language represent indices of categorization, namely polysemy and “phonesthemes ”, a couple of words which differ by at least formal indicators correlated to semantic nuances. In Lembaama, categories are not always verbalized, so we must use other criteria in order to reveal certain taxa (taboos regarding food, anthroponyms related to twins, etc.). Insofar as our approach lies at the crossroads of linguistics anth...
The great majority of sub-Saharan Africans speak one of > 500 closely related Bantu languages.... more The great majority of sub-Saharan Africans speak one of > 500 closely related Bantu languages. The highest linguistic diversity of the Bantu family is found in Nigeria and western Cameroon, suggesting this area as the « core » region of the Bantu dispersals starting 5000 YBP. The Ogooué-Ivindo region, covering Gabon and parts of Congo-Brazzaville, is located in the southern lobe of the putative Bantu homeland and it has been extensively studied from a linguistic standpoint. Central Africa is poorly sampled and mtDNA variation in this region remains largely uncharacterised. We have therefore defined mtDNA variation 308 individuals from 7 Bantu-speaking populations from the Ogooué-Ivindo area in order to (i) determine the maternal variation in central African populations and compare it to the global African landscape and (ii) to contrast the linguistic classification of these populations with genetic data. populations, were analysed for HVS-I sequence variation and a number of codi...
Comme l’indoeuropeen et l’austronesien, le domaine bantu est un exemple reussi d’application de l... more Comme l’indoeuropeen et l’austronesien, le domaine bantu est un exemple reussi d’application de la methode comparative. On est en effet parvenu a restituer le berceau originel de la famille des langues bantu, a reconstruire la proto-langue ou a esquisser la culture des proto-locuteurs. En revanche, il reste a savoir comment les 500 langues concernees se sont constituees, et comment elles se sont repandues depuis la frontiere nigero-camerounaise jusqu’a occuper presque tout le sous-continent, du centre du Cameroun a l’Afrique du Sud. Le present ouvrage apporte des elements de reponse decisifs a ces questions. Apres avoir rappele les fondements et les methodes de la linguistique historique et comparative, l’auteur etudie les principales propositions sur la langue originelle et les plus recentes tentatives de classification des langues bantu. L’examen de lexiques specifiques, tels la faune ou la flore, lui permet de reconstruire la forme lexicale qu’auraient du avoir ces termes dans la...
Diachronica, 2005
Page 1. Phonological irregularities, reconstruction and cultural vocabulary The names of fish in ... more Page 1. Phonological irregularities, reconstruction and cultural vocabulary The names of fish in the Bantu languages of the Northwest (Gabon)* Patrick Mouguiama-Daouda CNRS, Lyon This study aims to distinguish irregularities ...
Contribution de la linguistique à l’histoire des peuples du Gabon, 2000
Contribution de la linguistique à l’histoire des peuples du Gabon, 2000
Contribution de la linguistique à l’histoire des peuples du Gabon, 2000
Current Biology
African rainforests support exceptionally high biodiversity and host the world's largest numb... more African rainforests support exceptionally high biodiversity and host the world's largest number of active hunter-gatherers [1-3]. The genetic history of African rainforest hunter-gatherers and neighboring farmers is characterized by an ancient divergence more than 100,000 years ago, together with recent population collapses and expansions, respectively [4-12]. While the demographic past of rainforest hunter-gatherers has been deeply characterized, important aspects of their history of genetic adaptation remain unclear. Here, we investigated how these groups have adapted-through classic selective sweeps, polygenic adaptation, and selection since admixture-to the challenging rainforest environments. To do so, we analyzed a combined dataset of 566 high-coverage exomes, including 266 newly generated exomes, from 14 populations of rainforest hunter-gatherers and farmers, together with 40 newly generated, low-coverage genomes. We find evidence for a strong, shared selective sweep among all hunter-gatherer groups in the regulatory region of TRPS1-primarily involved in morphological traits. We detect strong signals of polygenic adaptation for height and life history traits such as reproductive age; however, the latter appear to result from pervasive pleiotropy of height-associated genes. Furthermore, polygenic adaptation signals for functions related to responses of mast cells to allergens and microbes, the IL-2 signaling pathway, and host interactions with viruses support a history of pathogen-driven selection in the rainforest. Finally, we find that genes involved in heart and bone development and immune responses are enriched in both selection signals and local hunter-gatherer ancestry in admixed populations, suggesting that selection has maintained adaptive variation in the face of recent gene flow from farmers.
Nature Communications, 2015
The distribution of deleterious genetic variation across human populations is a key issue in evol... more The distribution of deleterious genetic variation across human populations is a key issue in evolutionary biology and medical genetics. However, the impact of different modes of subsistence on recent changes in population size, patterns of gene flow, and deleterious mutational load remains to be fully characterized. We addressed this question, by generating 300 high-coverage exome sequences from various populations of rainforest hunter-gatherers and neighboring farmers from the western and eastern parts of the central African equatorial rainforest. We show here, by model-based demographic inference, that the effective population size of African populations remained fairly constant until recent millennia, during which the populations of rainforest hunter-gatherers have experienced a ~75% collapse and those of farmers a mild expansion, accompanied by a marked increase in gene flow between them. Despite these contrasting demographic patterns, African populations display limited differe...
Prix du numéro: 60 francs (+ frais de port pour l'étranger) Payable par chèque établi à l&ap... more Prix du numéro: 60 francs (+ frais de port pour l'étranger) Payable par chèque établi à l'ordre de: Madame l'Agent comptable de l'Université Lyon 2 à envoyer à l'adresse ci-dessus. PHOLIA PHOLIA (ISSN 0992-4396) est une publication annuelle qui rassemble des contributions consacrées à la PHOnétique et à la LInguistique Africaine. Elle contient des articles écrits en français ou en anglais par les membres du Laboratoire de Phonétique et Linguistique Africaine (LAPHOLIA) ou par des chercheurs dont les travaux sont directement liés aux projets du laboratoire. Cette équipe, implantée à l'Université Lumière-Lyon 2, fait partie du LACITO (Laboratoire des Langues et Civilisations à Tradition Orale, UPR 3-121 du CNRS) et collabore avec le GRECO Communication Parlée. Les thèmes de recherche de l'équipe sont:- l'analyse interne et comparative des langues bantu;- la phonétique expérimentale comme aide à la décision phonologique: application aux systèmes ...
L’objet de cet article est de montrer comment différents éléments de l’écosystème interviennent d... more L’objet de cet article est de montrer comment différents éléments de l’écosystème interviennent dans la catégorisation et dans la dénomination des organismes vivants. De même, les relations particulières que les organismes vivants entretiennent les uns avec les autres contribuent à leur reconnaissance. Il est aussi envisagé comment les changements de milieu naturel conduisent les êtres humains à modifier leur connaissance ethnobiologique. Dans ces cas, l’étude de l’évolution sémantique peut mettre en évidence les changements de biotope. Plus généralement, on constate que la connaissance ethnobiologique est un témoin de la durée d’implantation d’une population dans un environnement donné. Mots- clés
Comme celle des poissons, l’étude des noms d’oiseaux dans un groupe de langues bantu s’est avérée... more Comme celle des poissons, l’étude des noms d’oiseaux dans un groupe de langues bantu s’est avérée particulièrement difficile. A la différence des mammifères, les oiseaux et les poissons n’ont pas suscité un réel enthousiasme chez les
Les systemes vocaliques les plus courants sont de deux ordres avec 3 ou 4 degreàs d’aperture ant ... more Les systemes vocaliques les plus courants sont de deux ordres avec 3 ou 4 degreàs d’aperture ant post 1 i u 2 e o 3 a ant post 1 i u 2 e o 3 á ó 4 a On a des systeèmes de deux ordres aè trois degreàs complexes comme en tswana: ant post 1 i u 2 3 e/á o/ó 4 a
Cette étude est une présentation des principes de dénomination, des indices de catégorisation et ... more Cette étude est une présentation des principes de dénomination, des indices de catégorisation et des croyances relatives aux oiseaux en lembaama. Plus de la moitié de la soixantaine des désignations attestées dans cette langue du Gabon est constituée de lexèmes simples. Il y a également des lexèmes complexes; la grande majorité d’entre eux sont des indices de catégorisation et apparaissent sous la forme [Nom1-Nom2]. Le premier terme est un générique désignant une « sorte d’oiseau » ; le second est un spécificateur déterminant précisément l’organisme. D’autres éléments de la langue constituent des indices de catégorisation, notamment la polysémie et les phonesthèmes, couples de mots se différenciant par un minimum de marques formels corrélés à des nuances sémantiques. En lembaama, les catégories ne sont pas toujours verbalisées, c’est pourquoi il faut recourir à d’autres critères pour révéler certains regroupements (interdit alimentaire, anthroponymie gémellaire, etc.). Dans la mesur...
Cette etude essaye d'apporter des reponses aux problemes des migrations bantoues. Nous faison... more Cette etude essaye d'apporter des reponses aux problemes des migrations bantoues. Nous faisons d'abord le point sur les acquis de la linguistique historique, notamment en bantouistique. Le corpus est constitue de noms de poissons. Nous degageons ensuite des principes generaux de classification populaire. Nous procedons aussi a l'etude de l'evolution des systemes phonologiques et des prefixes nominaux des langues du Gabon par rapport au proto-bantou. Enfin nous procedons a la comparaison des items lexicaux, apres les avoir examines par rapport aux regles historiques des langues ou ils sont attestes. Finalement trois aires de denominations sont degagees : le nord, le sud, le sud-est. D'une maniere generale, elles recoupent le sens des migrations revele par l'archeologie et la tradition orale.
This study is a presentation of the principles of denomination, the indices of categorization and... more This study is a presentation of the principles of denomination, the indices of categorization and beliefs about names of birds in Lembaama of Gabon, a language that presents sixty names of birds. More than half of these designations are composed of simple lexemes. Other lexemes have a complex structure. The vast majority of names in complex terms are indicators of categorization and appear as [Noun1, Noun 2]; the first term is a generic one which means "a kind of bird" while the second term is the one that specifies, determines the organism. Other elements of the language represent indices of categorization, namely polysemy and “phonesthemes ”, a couple of words which differ by at least formal indicators correlated to semantic nuances. In Lembaama, categories are not always verbalized, so we must use other criteria in order to reveal certain taxa (taboos regarding food, anthroponyms related to twins, etc.). Insofar as our approach lies at the crossroads of linguistics anth...
The great majority of sub-Saharan Africans speak one of > 500 closely related Bantu languages.... more The great majority of sub-Saharan Africans speak one of > 500 closely related Bantu languages. The highest linguistic diversity of the Bantu family is found in Nigeria and western Cameroon, suggesting this area as the « core » region of the Bantu dispersals starting 5000 YBP. The Ogooué-Ivindo region, covering Gabon and parts of Congo-Brazzaville, is located in the southern lobe of the putative Bantu homeland and it has been extensively studied from a linguistic standpoint. Central Africa is poorly sampled and mtDNA variation in this region remains largely uncharacterised. We have therefore defined mtDNA variation 308 individuals from 7 Bantu-speaking populations from the Ogooué-Ivindo area in order to (i) determine the maternal variation in central African populations and compare it to the global African landscape and (ii) to contrast the linguistic classification of these populations with genetic data. populations, were analysed for HVS-I sequence variation and a number of codi...
Comme l’indoeuropeen et l’austronesien, le domaine bantu est un exemple reussi d’application de l... more Comme l’indoeuropeen et l’austronesien, le domaine bantu est un exemple reussi d’application de la methode comparative. On est en effet parvenu a restituer le berceau originel de la famille des langues bantu, a reconstruire la proto-langue ou a esquisser la culture des proto-locuteurs. En revanche, il reste a savoir comment les 500 langues concernees se sont constituees, et comment elles se sont repandues depuis la frontiere nigero-camerounaise jusqu’a occuper presque tout le sous-continent, du centre du Cameroun a l’Afrique du Sud. Le present ouvrage apporte des elements de reponse decisifs a ces questions. Apres avoir rappele les fondements et les methodes de la linguistique historique et comparative, l’auteur etudie les principales propositions sur la langue originelle et les plus recentes tentatives de classification des langues bantu. L’examen de lexiques specifiques, tels la faune ou la flore, lui permet de reconstruire la forme lexicale qu’auraient du avoir ces termes dans la...
Diachronica, 2005
Page 1. Phonological irregularities, reconstruction and cultural vocabulary The names of fish in ... more Page 1. Phonological irregularities, reconstruction and cultural vocabulary The names of fish in the Bantu languages of the Northwest (Gabon)* Patrick Mouguiama-Daouda CNRS, Lyon This study aims to distinguish irregularities ...
Contribution de la linguistique à l’histoire des peuples du Gabon, 2000
Contribution de la linguistique à l’histoire des peuples du Gabon, 2000
Contribution de la linguistique à l’histoire des peuples du Gabon, 2000