13-й фронт был сформирован 1 февраля 1945 года для отражения возможного вторжения Союзников на собственно Японские острова. Его войска должны были оборонять регион Токай, штаб-квартира размещалась в городе Нагоя. С 8 февраля 1945 он перешёл под командование свежесозданного Первого командования, ответственного за оборону Восточной Японии.
Как и в прочих войсках обороны Японских островов, части, входившие в фронт, были укомплектованы слабо подготовленными резервистами, молодыми призывниками либо бойцами территориального ополчения, не имевшими нормального оружия и снаряжения. Войска фронта в боевых действиях не участвовали, и после капитуляции Японии были демобилизованы.