Кристоф Влиген начал профессиональную карьеру в 2001 году. За год до этого в 2000 году попал в поле зрение специалистов, выиграв юниорские соревнования в парном разряде Уимблдонского турнира. В 2002 году выиграл два турнира серии Futures и один серии Challenger в Женеве. Успешно для него начался 2003 год. На турнире ATP в Аделаиде ему удалось выйти финал, переиграв по пути таких теннисистов, как Томас Энквист, Арвинд Пармар, Альберто Мартин и Рихард Крайчек. В лишь в финале он уступил Николаю Давыденко со счетом 2-6, 6-7(3). В этом году он сумеет записать в свой актив ещё две победы на турнирах серии Challenger и впервые по ходу сезона занимать место в первой сотне в рейтинге ATP. В апреле 2004 ему удалось выти в полуфинал престижного турнира в Барселоне, обыграв в четвертьфинале восьмого теннисиста в мире на тот момент Давида Налбандяна. Самым успешным в карьере Кристофа стал 2006 год. В этот год он смог дойти до полуфиналов на турнирах в Ченнае, Мемфисе и Халле. На турнире в Мюнхене ему во второй раз в карьере удается пробится в финал турнира ATP, где он уступает своему соотечественнику Оливье Рохусу 4-6, 2-6. Благодаря этому он впервые смог занть место в тридцати лучших в рейтинге ATP (30-е место). В 2008 году он побеждает сразу на четырех турнирах серии Challenger, а в 2009 добавляет в свой актив ещё две победы.