* Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, откорректировано по состоянию на 19 июля 2010. ** Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, откорректировано по состояниюна 19 июля 2010.
Профессиональную карьеру Миллиган начал в клубах низших австралийских лиг «Новерн Спирит» и «Блэктаун Сити». В 2005 году он попал в клуб А-лиги «Сидней», за который отыграл 3 сезона, затем ещё сезон он провёл в другом клубе высшего австралийского дивизиона «Ньюкасл Юнайтед Джетс». В 2009 году Миллиган решил попробовать себя в иностранном чемпионате, но в отличие от большинства австралийских футболистов он переехал не в Европу, а в Азию, проведя сначала один сезон в китайском «Шанхай Шэньхуа», а с 2010 года выступая за японский «ДЖЕФ Юнайтед».