Rosetta@home | это... Что такое Rosetta@home? (original) (raw)

Rosetta@home

Разработчик	Baker laboratory, Вашингтонский университет, Rosetta Commons
Операционная система	Кроссплатформенное программное обеспечение
Первый выпуск	6 октября 2005
Аппаратная платформа	BOINC
Последняя версия	• Rosetta Beta: 5.98, • Rosetta Mini: 3.22
Состояние	Активное
Лицензия	Free for academic and non-profit use, proprietary license available for commercial use[1]
Сайт	http://boinc.bakerlab.org/rosetta

Rosetta@Home — проект добровольных вычислений, направленный на решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии — вычисление третичной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершённому проекту «Геном человека» известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. Хотя большая часть проекта ориентируется к фундаментальные исследования в области улучшения точности и надежности методов протеомики, Rosetta@home также способствует прикладным исследованиям для борьбы с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями[2]. Foldit — это видеоигра от Rosetta@Home, которая стремится достигать целей проекта с краудсорсинг подходом.

Результаты вычислений Rosetta@Home не доступны напрямую. Так же, нельзя использовать результаты вычислений собственного компьютера.[3] Однако они используются для большого количества научных публикаций.[4]

По сути Rosetta — это компьютерная программа, основными задачами которой являются:

• поиск структуры с наименьшей энергией для заданной аминокислотной последовательности для предсказания структуры белка;
• решение обратной задачи — поиск аминокислотной последовательности с наименьшей энергией для заданной белковой структуры;
• расчёт взаимодействия комплекса белок-белок.

В данном проекте используется обратная связь по прогнозированию и полученным результатам, чтобы улучшать потенциальные функции и алгоритмы поиска.

Robetta

Университетом Вашингтона так же поддерживается проект Robetta. На сайте проекта любой может запустить расчёт белков. Робетта использует тот же софт, что и Rosetta@home, но не использует ресурсы участников (это планируется в будущем)[5]. Результаты расчётов доступны для скачивания не только запустившему задачу, но и любому желающему, однако хранятся на сервере всего неделю.[6]

Результаты, полученные проектом Робетта на данный момент могут быть использованы только в образовательных и исследовательских целях. Для коммерческого использования (например, для изготовления лекарств)[7] предлагается лицензировать rosetta и запускать на собственном оборудовании.

Примечания

1. ↑ Portfolio Highlight: Rosetta++ Software Suite (англ.). UW TechTransfer – Digital Ventures. Архивировано из первоисточника 16 февраля 2012. Проверено 7 сентября 2008.
2. ↑ Rosetta@Home — Исследования, связанные с болезнями
3. ↑ Правила использования Rosetta
4. ↑ публикации Baker Lab
5. ↑ http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_about.php#plans
6. ↑ Robetta FAQ
7. ↑ Правила использования материалов Robetta

См. также

• Добровольные вычисления
• BOINC

Ссылки

• Официальный сайт проекта
• Российский сайт распределённых вычислений
• Кто организует распределённые вычисления и кто в них участвует?
• Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home?
• Научный FAQ по проекту Rosetta@Home
• FAQ по проекту Rosetta@Home Русский перевод
• Краткий обзор исследований
• Исследование Болезней
• Сравнение биомедицинских проектов распределённых вычислений
• Перевод статьи о проекте на сайте Livescience.com
• Помогать науке можно играя

Проекты добровольных вычислений
Астрономия	Albert@Home • Asteroids@home • Constellation • Cosmology@home • Einstein@Home • MilkyWay@home • Orbit@home • PlanetQuest • SETI@home • theSkyNet POGS
Биология имедицина	Biochemical Library • Cels@Home • CommunityTSC • Correlizer • Docking@Home • DrugDiscovery@Home • DNA@Home • evo@home • evolution@home • FightAIDS@Home • FightMalaria@Home • Folding@home • GPUGrid • Lattice Project • Malariacontrol.net • Neurona@Home • NRG • Poem@Home • Predictor@home • Proteins@Home • QMC@Home • RALPH@Home • RNA World • Rosetta@home • SIMAP@home • SimOne@home • Superlink@Technion • United Devices Cancer Research Project • Volpex@UH • Wildlife@Home
Когнитивные	Artificial Intelligence System • MindModeling@Home
Климат	APS@Home • BBC Climate Change Experiment • ClimatePrediction.net • Seasonal Attribution Project • Quake Catcher Network - Seismic Monitoring • Virtual Prairie
Математика	ABC@home • AQUA@home • Chess960@home • Collatz Conjecture • distributed.net • Enigma@Home • EulerNet • GIMPS • NFSNET • NQueens Project • NumberFields@Home • OProject@Home • PiHex • PrimeGrid • Ramsey@Home • Rectilinear Crossing Number • SAT@home • SHA-1 Collision Search Graz • SubsetSum@Home • RainbowCrack • Seventeen or Bust • SZTAKI Desktop Grid • WEP-M+2 Project • Wieferich@Home • VGTU@Home
Физико-технические	BRaTS@Home • CuboidSimulation • eOn • Hydrogen@Home • Leiden Classical • LHC@home • Magnetism@home • µFluids@home • Muon1 DPAD • NanoHive@Home • SLinCA@Home • Solar@Home • Spinhenge@home • QuantumFIRE
Многоцелевые	AlmereGrid • CAS@Home • EDGeS@Home • Ibercivis • Optima@home • World Community Grid • Yoyo@home
Прочие	Africa@HOME • BURP • DepSpid • DIMES • Ideologias@Home • FreeHAL@home • Gerasim@Home • Pirates@Home • RenderFarm@Home • RND@home • Surveill@Home • YAFU
Утилиты	BOINC (Account Manager • Manager • client-server technology • Credit System • Wrapper • WUProp)