Число команд высшей лиги увеличено до 16. Вместо занявших в высшей лиге-98 три последних места "Нашей кампании" из Астаны, "Булата" из Темиртау и "Нарына" из Уральска в главный дивизион были допущены занявшие, соответственно, 1-е, 2-е и 4-е места в первой лиге-98 "Синтез" из Шымкента, СОПФК "Кайрат" из Алматы и "Аксесс-Есиль" из Петропавловска. Вместе с ними высшую лигу пополнили талдыкорганский "Жетысу", сыгравший в первой лиге-98 на предварительном этапе и "Тобол" из Костаная, возродившийся зимой 1999 года. За победу во VIII чемпионате Республики Казахстан по футболу начислялось 3 очка, за ничью 1 очко. Проигравшие команды очки не получали. Названия команд даны в соответствии со временем их переименований. Турнирное положение команд с равным количеством набранных очков дано с учетом определения приоритетов, оговаривавшихся Регламентом соревнований по футболу в Республике Казахстан. При равенстве количества набранных очков при определении мест претендентов учитывалось в первую очередь: наибольшее количество побед, забитых мячей, разность забитых и пропущенных мячей или жребий. Лучшие игроки по линиям и лучший игрок сезона определялись по итогам опроса главных тренеров команд. Впервые в истории казахстанского футбола, параллельно с главными тренерами команд, определяли лучшего игрока года и казахстанские спортивные журналисты. Ставший традицией последующих лет опрос коллег провела редакция, базирующегося в Алматы, центрально-азиатского футбольного еженедельника "ГОЛ!".