Южно-Сахалинская Апостольская префектура была создана 18 июля 1932 года бревеCum Nos instanterРимского папыПия XI, который выделил её из Апостольского викариатаСаппоро (ныне — епархия Саппоро). Первоначально Южно-Сахалинская префектура имела название «Апостольская префектура Карафуто». Название Карафуто связано с тем, что в 1845 году Япония в одностороннем порядке провозгласила свой суверенитет над всем островом Сахалином, называвшемся по-японским Карафуто. В 1932 году на острове была создана католическая миссия «Sui iuris Karafutoensis», которая стала обслуживать проживавших на Сахалине католиков-японцев. 21 мая 1938 года, когда южная часть Сахалина принадлежала Японии, миссия «sui iuris Karafutoensis» была преобразована Ватиканом в Апостольскую префектуру Карафуто.
После передачи южной части Сахалина СССР, Апостольская префектура Карафуто сохранила свое название, что после восстановления Католических структур в России вызвало негативное отношение государственных органов Российской Федерации. Ординарий епархии святого Иосифа епископ Ежи Мазур имел титул «ординарий епархии святого Иосифа и администратор Карафуто». Мид России расценил использование в титуле епископа Ежи Мазура японского названия острова Сахалина как недружественный акт и вмешательство во внутренние дела России со стороны Ватикана[1], что привело к тому, что епископа Ежи Мазура, гражданина Польши, объявили «persona non grata». В связи с этим 10 апреля 2002 года Ватикан переименовал Апостольскую префектуру Карафуто в Южно-Сахалинскую Апостольскую префектуру. В настоящее время Южно-Сахалинская Апостольская префектура подчиняется непосредственно Ватикану.
Ординарии префектуры
епископ Венцеслав Кинольд (1934 г. — 1938 г.) — Апостольский администратор;
свящ. Фелис Германн OFM (31.05.1938 г. — 1941 г.) — Апостольский префект Карафуто;
свящ. Тодо Лоренцо Татеваки (1941 г. — 1944 г.) — Апостольский администратор Карафуто;
свящ. Агостино Исаму Сено (1944 г. — 1953 г.) — Апостольский префект Карафуто;
епископ Бенедикт Такахико Томидзава (30.01.1953 г. — 03.10.1987 г.) — Апостольский администратор; с 1952 по 1987 — епископ Саппоро;
епископ Петер Тошио Йинуши (03.10.1987 г. — 2000 г.) — Апостольский администратор; с 1987 — епископ Саппоро;
епископ Ежи Мазур SVD (2000 г. — 17.04.2003 г.) — Апостольский администратор; с 18.05.1999 по 11.02.2002 — Апостольский администратор Восточной Сибири, с 11.02.2002 по 17.04.2003 — ординарий епархии св. Иосифа в Иркутске;
епископ Кирилл Климович (17.04.2003 г. — по настоящее время) — Апостольский администратор; с 17.04.2003 — ординарий епархии св. Иосифа в Иркутске и администратор Южно-Сахалинской апостольской префектуры.